# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 09:23:50 2022
#   Inital geometry file: a 84 line input string
#   Ligand name: N-[(3-hydroxyquinolin-2-yl)carbonyl]-D-serine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@@H](NC(=O)c1nc2ccccc2cc1O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDS  UDS  N-[(3-hydroxyquinolin-2-yl)carbonyl]-D-serine  D-peptide  31  20  .  2016-04-26  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_UDS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDS  N1    N  N      0  -0.455  -0.6735  5.1371  11.6032
 UDS  C2    C  CR6    0  -0.067  -1.8245  5.7414  11.4680
 UDS  C3    C  CR6    0   0.359  -2.2818  6.2803  10.2296
 UDS  C4    C  CR16   0  -0.308  -1.4631  6.1406   9.1332
 UDS  C5    C  C1     0  -0.323   0.6700  5.3181   8.1812
 UDS  C6    C  C1     0  -0.245   1.8649  4.6839   8.3718
 UDS  C7    C  C1     0  -0.266   2.2300  4.1964   9.6488
 UDS  C8    C  C1     0  -0.285   1.3881  4.3498  10.7130
 UDS  C9    C  CR6    0   0.196   0.1416  5.0000  10.5444
 UDS  C10   C  CR6    0   0.114  -0.2245  5.4944   9.2650
 UDS  C11   C  C      0   0.603  -2.6921  5.8604  12.6831
 UDS  O1    O  O      0  -0.533  -3.7956  6.4221  12.6031
 UDS  O3    O  OH1    0  -0.632  -3.4558  6.8991  10.1197
 UDS  N     N  NH1    0  -0.638  -2.2052  5.3371  13.7947
 UDS  CA    C  CH1    0  -0.261  -2.9020  5.2707  15.0603
 UDS  C     C  C      0   0.431  -2.2409  4.1754  15.9410
 UDS  O     O  O      0  -0.592  -2.7892  3.9817  17.0370
 UDS  CB    C  CH2    0  -0.171  -2.8958  6.6200  15.7749
 UDS  OG    O  OH1    0  -0.662  -1.5987  7.0506  16.1128
 UDS  OXT   O  OC    -1  -0.587  -1.2393  3.6036  15.4707
 UDS  H4    H  HCR6   0   0.275  -1.7738  6.5302   8.1707
 UDS  H3    H  HOH1   0   0.475  -3.8755  6.8769  11.0165
 UDS  H5    H  H      0   0.261   0.3922  5.6925   7.2036
 UDS  H6    H  H      0   0.263   2.5443  4.5524   7.5398
 UDS  H7    H  H      0   0.262   3.1832  3.7009   9.7765
 UDS  H8    H  H      0   0.263   1.6515  3.9837  11.6971
 UDS  H     H  HNH1   0   0.397  -1.3377  4.8144  13.7484
 UDS  HA    H  HCH1   0   0.250  -3.9469  4.9903  14.8884
 UDS  HB1C  H  HCH2   0   0.208  -3.4198  7.3647  15.1641
 UDS  HB2C  H  HCH2   0   0.225  -3.4548  6.5186  16.7055
 UDS  HG    H  HOH1   0   0.442  -1.0998  7.1617  15.2971

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDS  N1   C2    aromatic  1.307  0.020  1.307
 UDS  N1   C9    aromatic  1.343  0.020  1.343
 UDS  C2   C3    aromatic  1.426  0.020  1.426
 UDS  C2   C11   single    1.498  0.020  1.498
 UDS  C3   C4    aromatic  1.375  0.020  1.375
 UDS  C3   O3    single    1.332  0.020  1.332
 UDS  C4   C10   aromatic  1.403  0.020  1.403
 UDS  C5   C6    aromatic  1.366  0.020  1.366
 UDS  C5   C10   aromatic  1.416  0.020  1.416
 UDS  C6   C7    aromatic  1.415  0.020  1.415
 UDS  C7   C8    aromatic  1.366  0.020  1.366
 UDS  C8   C9    aromatic  1.416  0.020  1.416
 UDS  C9   C10   aromatic  1.420  0.020  1.420
 UDS  C11  O1    double    1.241  0.020  1.241
 UDS  C11  N     single    1.322  0.020  1.322
 UDS  N    CA    single    1.457  0.020  1.457
 UDS  CA   C     single    1.561  0.020  1.561
 UDS  CA   CB    single    1.537  0.020  1.537
 UDS  C    O     deloc     1.263  0.020  1.263
 UDS  C    OXT   deloc     1.245  0.020  1.245
 UDS  CB   OG    single    1.408  0.020  1.408
 UDS  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 UDS  O3   H3    single    0.850  0.020  0.980
 UDS  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 UDS  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 UDS  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 UDS  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 UDS  N    H     single    0.860  0.020  0.860
 UDS  CA   HA    single    0.970  0.020  0.970
 UDS  CB   HB1C  single    0.970  0.020  1.090
 UDS  CB   HB2C  single    0.970  0.020  1.090
 UDS  OG   HG    single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDS  C9    N1   C2    120.01  3.000
 UDS  C11   C2   C3    119.26  3.000
 UDS  C11   C2   N1    117.58  3.000
 UDS  C3    C2   N1    123.16  3.000
 UDS  O3    C3   C4    120.41  3.000
 UDS  O3    C3   C2    122.01  3.000
 UDS  C4    C3   C2    117.58  3.000
 UDS  H4    C4   C10   120.13  3.000
 UDS  H4    C4   C3    120.04  3.000
 UDS  C10   C4   C3    119.83  3.000
 UDS  H5    C5   C10   119.05  3.000
 UDS  H5    C5   C6    120.72  3.000
 UDS  C10   C5   C6    120.23  3.000
 UDS  H6    C6   C7    119.35  3.000
 UDS  H6    C6   C5    119.89  3.000
 UDS  C7    C6   C5    120.77  3.000
 UDS  H7    C7   C8    120.17  3.000
 UDS  H7    C7   C6    119.45  3.000
 UDS  C8    C7   C6    120.37  3.000
 UDS  H8    C8   C9    118.53  3.000
 UDS  H8    C8   C7    121.36  3.000
 UDS  C9    C8   C7    120.10  3.000
 UDS  C10   C9   C8    119.62  3.000
 UDS  C10   C9   N1    121.22  3.000
 UDS  C8    C9   N1    119.16  3.000
 UDS  C9    C10  C5    118.90  3.000
 UDS  C9    C10  C4    118.21  3.000
 UDS  C5    C10  C4    122.89  3.000
 UDS  N     C11  O1    124.14  3.000
 UDS  N     C11  C2    115.95  3.000
 UDS  O1    C11  C2    119.92  3.000
 UDS  H3    O3   C3    106.76  3.000
 UDS  H     N    CA    107.09  3.000
 UDS  H     N    C11   118.75  3.000
 UDS  CA    N    C11   125.22  3.000
 UDS  HA    CA   CB    107.69  3.000
 UDS  HA    CA   C     106.38  3.000
 UDS  CB    CA   C     108.98  3.000
 UDS  HA    CA   N     106.89  3.000
 UDS  CB    CA   N     112.16  3.000
 UDS  C     CA   N     114.36  3.000
 UDS  OXT   C    O     128.12  3.000
 UDS  OXT   C    CA    117.38  3.000
 UDS  O     C    CA    118.49  3.000
 UDS  HB2C  CB   HB1C  107.07  3.000
 UDS  HB2C  CB   OG    107.22  3.000
 UDS  HB1C  CB   OG    111.48  3.000
 UDS  HB2C  CB   CA    108.37  3.000
 UDS  HB1C  CB   CA    109.73  3.000
 UDS  OG    CB   CA    112.73  3.000
 UDS  HG    OG   CB    108.02  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UDS  CONST_01  C4   C3   C2   N1      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_02  C7   C8   C9   N1    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_03  C4   C10  C9   N1      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_04  C5   C10  C9   N1    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_05  C8   C9   N1   C2    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_06  C10  C9   N1   C2      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_07  C10  C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_08  C9   N1   C2   C3      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_09  C5   C10  C4   C3    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_10  C9   C10  C4   C3      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_11  C6   C5   C10  C4    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_12  C8   C9   C10  C4    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_13  C8   C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_14  C8   C9   C10  C5      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_15  C9   C10  C5   C6      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_16  C9   C8   C7   C6      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_17  C10  C5   C6   C7      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_18  C10  C9   C8   C7      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_19  O3   C3   C2   N1    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_20  C11  C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_21  C11  C2   N1   C9    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_22  O3   C3   C4   C10   180.00   0.0  0
 UDS  CONST_23  H8   C8   C9   N1      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_24  H4   C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_25  H5   C5   C10  C4      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_26  H7   C7   C6   C5    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_27  H6   C6   C7   C8    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_28  CA   N    C11  C2    180.00   0.0  0
 UDS  CONST_29  H    N    C11  C2      0.00   0.0  0
 UDS  CONST_30  CA   N    C11  O1      0.00   0.0  0
 UDS  Var_01    O1   C11  C2   N1   -179.77  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 UDS  chir_01  CA  N  C  CB  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UDS  plan-1  N1   0.020
 UDS  plan-1  C2   0.020
 UDS  plan-1  C3   0.020
 UDS  plan-1  C4   0.020
 UDS  plan-1  C5   0.020
 UDS  plan-1  C6   0.020
 UDS  plan-1  C7   0.020
 UDS  plan-1  C8   0.020
 UDS  plan-1  C9   0.020
 UDS  plan-1  C10  0.020
 UDS  plan-1  C11  0.020
 UDS  plan-1  O3   0.020
 UDS  plan-1  H4   0.020
 UDS  plan-1  H5   0.020
 UDS  plan-1  H6   0.020
 UDS  plan-1  H7   0.020
 UDS  plan-1  H8   0.020
 UDS  plan-2  C2   0.020
 UDS  plan-2  C11  0.020
 UDS  plan-2  O1   0.020
 UDS  plan-2  N    0.020
 UDS  plan-2  CA   0.020
 UDS  plan-2  H    0.020
 UDS  plan-3  CA   0.020
 UDS  plan-3  C    0.020
 UDS  plan-3  O    0.020
 UDS  plan-3  OXT  0.020

