# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Aug  3 09:15:29 2022
#   Inital geometry file: a 152 line input string
#   Ligand name: ~{N}-[[(3~{R})-1-[6-(methylamino)pyrimidin-4-yl]-3-oxidanyl-piperidin-3-yl]methyl]-4-(piperidin-1-ylmethyl)benzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNc1cc(ncn1)N2CCC[C@@](O)(CNC(=O)c3ccc(CN4CCCCC4)cc3)C2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDQ  UDQ  "N-[[(3R)-3-Hydroxy-1-[6-(methylamino)pyrimidin-4-yl]piperidin-3-yl]methyl]-4-(piperidin-1-ylmethyl)benzamide"
  ligand  66  32  .  2022-08-11  2022-08-11
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_UDQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDQ  C10  C  CH2   0  -0.361  -12.1603  18.6539  -11.8104
 UDQ  C15  C  CR6   0  -0.051  -15.7367  22.0247  -11.6063
 UDQ  C17  C  CR16  0  -0.273  -17.6570  23.3845  -12.1384
 UDQ  C21  C  CH2   0  -0.275  -18.5358  24.1306  -15.5187
 UDQ  C22  C  CH2   0  -0.435  -18.5354  25.5545  -16.0520
 UDQ  C24  C  CH2   0  -0.436  -20.9030  25.7546  -15.2936
 UDQ  C26  C  CR16  0  -0.296  -17.3277  21.3035  -13.2704
 UDQ  C01  C  CH3   0  -0.529   -6.7328  16.2341  -14.6951
 UDQ  C03  C  CR6   0   0.519   -8.3027  15.9368  -12.8227
 UDQ  C04  C  CR16  0  -0.516   -9.1076  17.0073  -13.2161
 UDQ  C05  C  CR6   0   0.563  -10.2342  17.2860  -12.4342
 UDQ  C07  C  CH2   0  -0.340  -10.7975  19.3483  -13.6592
 UDQ  C08  C  CH2   0  -0.428  -10.2694  20.5545  -12.8904
 UDQ  C09  C  CH2   0  -0.446  -11.2810  20.9895  -11.8327
 UDQ  C11  C  CT    0   0.221  -11.7080  19.8301  -10.9332
 UDQ  C12  C  CH2   0  -0.319  -12.8318  20.2410   -9.9633
 UDQ  C14  C  C     0   0.528  -14.4709  21.8707  -10.8263
 UDQ  C16  C  CR16  0  -0.254  -16.4916  23.1827  -11.4222
 UDQ  C18  C  CR6   0   0.096  -18.0945  22.4440  -13.0703
 UDQ  C19  C  CH2   0  -0.326  -19.3809  22.6610  -13.8227
 UDQ  C23  C  CH2   0  -0.439  -19.9407  25.9829  -16.4525
 UDQ  C25  C  CH2   0  -0.277  -20.8177  24.3201  -14.7961
 UDQ  C27  C  CR16  0  -0.281  -16.1629  21.0902  -12.5458
 UDQ  C31  C  CR16  0   0.055   -9.6744  15.5518  -11.0784
 UDQ  N06  N  NT    0  -0.474  -11.1209  18.2688  -12.7427
 UDQ  N13  N  NH1   0  -0.651  -14.0722  20.6033  -10.6052
 UDQ  N20  N  NT    0  -0.414  -19.4597  23.9830  -14.4055
 UDQ  N30  N  N     0  -0.511  -10.5070  16.5395  -11.3464
 UDQ  N32  N  N     0  -0.484   -8.5910  15.1950  -11.7335
 UDQ  O28  O  O     0  -0.480  -13.8565  22.8484  -10.4229
 UDQ  O29  O  OH1   0  -0.669  -10.5785  19.4681  -10.1640
 UDQ  H1   H  HCH2  0   0.256  -13.0383  18.9479  -12.3923
 UDQ  H2   H  HCH2  0   0.273  -12.4483  17.7998  -11.1993
 UDQ  H3   H  HCR6  0   0.247  -18.2338  24.2873  -11.9827
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 UDQ  H7   H  HCH2  0   0.229  -17.8516  25.6213  -16.9009
 UDQ  H8   H  HCH2  0   0.229  -21.9306  25.9716  -15.5933
 UDQ  H9   H  HCH2  0   0.214  -20.6588  26.4346  -14.4719
 UDQ  H10  H  HCR6  0   0.254  -17.6350  20.5731  -14.0093
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 UDQ  H22  H  HCH2  0   0.256  -13.0307  19.4077   -9.2836
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 UDQ  H29  H  HCH2  0   0.233  -21.4717  24.1863  -13.9307
 UDQ  H30  H  HCR6  0   0.260  -15.5793  20.2017  -12.7553
 UDQ  H31  H  HCR6  0   0.241   -9.9141  14.9610  -10.1983
 UDQ  H33  H  HNH1  0   0.408  -14.6970  19.8545  -10.8543
 UDQ  H35  H  HOH1  0   0.445  -10.7078  18.5759   -9.8210
 UDQ  N02  N  NH1   0  -0.645   -7.1977  15.5834  -13.5000
 UDQ  H4   H  HCH2  0   0.237  -17.5314  23.8634  -15.1824
 UDQ  H32  H  HNH1  0   0.388   -6.6908  14.7880  -13.1502

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDQ  C19  N20  single    1.447  0.020  1.447
 UDQ  C19  C18  single    1.506  0.020  1.506
 UDQ  C25  N20  single    1.453  0.020  1.453
 UDQ  C25  C24  single    1.521  0.020  1.521
 UDQ  C26  C18  aromatic  1.389  0.020  1.389
 UDQ  C26  C27  aromatic  1.388  0.020  1.388
 UDQ  N20  C21  single    1.454  0.020  1.454
 UDQ  C21  C22  single    1.520  0.020  1.520
 UDQ  C18  C17  aromatic  1.394  0.020  1.394
 UDQ  C24  C23  single    1.524  0.020  1.524
 UDQ  C27  C15  aromatic  1.392  0.020  1.392
 UDQ  C01  N02  single    1.438  0.020  1.438
 UDQ  C23  C22  single    1.523  0.020  1.523
 UDQ  C17  C16  aromatic  1.383  0.020  1.383
 UDQ  N02  C03  single    1.343  0.020  1.343
 UDQ  C15  C16  aromatic  1.395  0.020  1.395
 UDQ  C15  C14  single    1.495  0.020  1.495
 UDQ  C07  C08  single    1.525  0.020  1.525
 UDQ  C07  N06  single    1.452  0.020  1.452
 UDQ  C08  C09  single    1.527  0.020  1.527
 UDQ  C04  C03  aromatic  1.396  0.020  1.396
 UDQ  C04  C05  aromatic  1.399  0.020  1.399
 UDQ  C03  N32  aromatic  1.349  0.020  1.349
 UDQ  C14  O28  double    1.223  0.020  1.223
 UDQ  C14  N13  single    1.347  0.020  1.347
 UDQ  C09  C11  single    1.528  0.020  1.528
 UDQ  N06  C05  single    1.359  0.020  1.359
 UDQ  N06  C10  single    1.448  0.020  1.448
 UDQ  C05  N30  aromatic  1.347  0.020  1.347
 UDQ  N13  C12  single    1.443  0.020  1.443
 UDQ  C10  C11  single    1.535  0.020  1.535
 UDQ  N32  C31  aromatic  1.315  0.020  1.315
 UDQ  C11  C12  single    1.540  0.020  1.540
 UDQ  C11  O29  single    1.414  0.020  1.414
 UDQ  N30  C31  aromatic  1.319  0.020  1.319
 UDQ  C10  H1   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C10  H2   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C17  H3   single    0.930  0.020  1.080
 UDQ  C21  H4   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C21  H5   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C22  H6   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C22  H7   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C24  H8   single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C24  H9   single    0.970  0.020  1.090
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 UDQ  C19  H25  single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C23  H26  single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C23  H27  single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C25  H28  single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C25  H29  single    0.970  0.020  1.090
 UDQ  C27  H30  single    0.930  0.020  1.080
 UDQ  C31  H31  single    0.930  0.020  1.080
 UDQ  N02  H32  single    0.860  0.020  1.020
 UDQ  N13  H33  single    0.860  0.020  1.020
 UDQ  O29  H35  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDQ  H2   C10  H1   107.28  3.000
 UDQ  H2   C10  N06  110.03  3.000
 UDQ  H1   C10  N06  107.77  3.000
 UDQ  H2   C10  C11  110.99  3.000
 UDQ  H1   C10  C11  109.54  3.000
 UDQ  N06  C10  C11  111.10  3.000
 UDQ  C27  C15  C16  118.74  3.000
 UDQ  C16  C15  C14  118.37  3.000
 UDQ  C27  C15  C14  122.84  3.000
 UDQ  H3   C17  C18  119.43  3.000
 UDQ  H3   C17  C16  119.75  3.000
 UDQ  C18  C17  C16  120.81  3.000
 UDQ  H5   C21  H4   106.59  3.000
 UDQ  H5   C21  N20  110.80  3.000
 UDQ  H4   C21  N20  108.89  3.000
 UDQ  H5   C21  C22  109.43  3.000
 UDQ  H4   C21  C22  109.68  3.000
 UDQ  N20  C21  C22  111.34  3.000
 UDQ  H7   C22  H6   107.04  3.000
 UDQ  H7   C22  C23  110.86  3.000
 UDQ  H6   C22  C23  109.74  3.000
 UDQ  H7   C22  C21  109.28  3.000
 UDQ  H6   C22  C21  109.01  3.000
 UDQ  C23  C22  C21  110.82  3.000
 UDQ  H9   C24  H8   107.01  3.000
 UDQ  H9   C24  C25  109.15  3.000
 UDQ  H8   C24  C25  109.26  3.000
 UDQ  H9   C24  C23  109.70  3.000
 UDQ  H8   C24  C23  110.84  3.000
 UDQ  C25  C24  C23  110.78  3.000
 UDQ  H10  C26  C27  119.37  3.000
 UDQ  H10  C26  C18  119.68  3.000
 UDQ  C27  C26  C18  120.95  3.000
 UDQ  H13  C01  H12  108.02  3.000
 UDQ  H13  C01  H11  107.97  3.000
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 UDQ  H13  C01  N02  111.97  3.000
 UDQ  H12  C01  N02  112.17  3.000
 UDQ  H11  C01  N02  108.58  3.000
 UDQ  N32  C03  N02  115.99  3.000
 UDQ  N32  C03  C04  121.74  3.000
 UDQ  N02  C03  C04  122.27  3.000
 UDQ  H14  C04  C05  122.59  3.000
 UDQ  H14  C04  C03  120.05  3.000
 UDQ  C05  C04  C03  117.36  3.000
 UDQ  N30  C05  N06  116.86  3.000
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loop_
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_chem_comp_tor.id
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 UDQ  chir_01  C11  C10  C09  O29  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UDQ  plan-1  C15  0.020
 UDQ  plan-1  C17  0.020
 UDQ  plan-1  C26  0.020
 UDQ  plan-1  C14  0.020
 UDQ  plan-1  C16  0.020
 UDQ  plan-1  C18  0.020
 UDQ  plan-1  C19  0.020
 UDQ  plan-1  C27  0.020
 UDQ  plan-1  H3   0.020
 UDQ  plan-1  H10  0.020
 UDQ  plan-1  H23  0.020
 UDQ  plan-1  H30  0.020
 UDQ  plan-2  C03  0.020
 UDQ  plan-2  C04  0.020
 UDQ  plan-2  C05  0.020
 UDQ  plan-2  C31  0.020
 UDQ  plan-2  N06  0.020
 UDQ  plan-2  N30  0.020
 UDQ  plan-2  N32  0.020
 UDQ  plan-2  H14  0.020
 UDQ  plan-2  H31  0.020
 UDQ  plan-2  N02  0.020
 UDQ  plan-3  C15  0.020
 UDQ  plan-3  C12  0.020
 UDQ  plan-3  C14  0.020
 UDQ  plan-3  N13  0.020
 UDQ  plan-3  O28  0.020
 UDQ  plan-3  H33  0.020
 UDQ  plan-4  C01  0.020
 UDQ  plan-4  C03  0.020
 UDQ  plan-4  N02  0.020
 UDQ  plan-4  H32  0.020

