# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 10:08:13 2022
#   Inital geometry file: a 133 line input string
#   Ligand name: (5alpha,8alpha)-17-(pyridin-3-yl)androst-16-en-3-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@]12CCC(=O)C[C@@H]1CC[C@@H]3[C@@H]2CC[C@@]4(C)[C@H]3CC=C4c5cccnc5
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDJ  UDJ  (5alpha,8alpha)-17-(pyridin-3-yl)androst-16-en-3-one  ligand  57  26  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_UDJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDJ  C10   C  CR16  0  -0.219  -25.1417  39.1010  -52.6070
 UDJ  C15   C  CR5   0  -0.142  -26.4271  37.1031  -54.7338
 UDJ  C17   C  CH2   0  -0.412  -26.3212  36.0858  -53.6020
 UDJ  C20   C  CT    0  -0.057  -27.1348  32.8591  -55.7666
 UDJ  C21   C  CH3   0  -0.691  -25.8279  32.7208  -56.5582
 UDJ  C22   C  CH2   0  -0.432  -27.1503  31.8225  -54.6323
 UDJ  C24   C  C     0   0.416  -28.3269  30.1356  -56.1021
 UDJ  C26   C  CH2   0  -0.557  -28.4257  31.1618  -57.1975
 UDJ  C01   C  CH1   0  -0.221  -28.3786  32.5902  -56.6441
 UDJ  C02   C  CH2   0  -0.414  -28.5484  33.6174  -57.7560
 UDJ  C03   C  CH2   0  -0.418  -28.6480  35.0216  -57.1795
 UDJ  C04   C  CH1   0  -0.235  -27.4596  35.3570  -56.2855
 UDJ  C05   C  CR15  0  -0.194  -27.6356  36.6968  -55.5963
 UDJ  C06   C  CH2   0  -0.465  -27.9714  37.9655  -56.3802
 UDJ  C07   C  CR15  0  -0.292  -27.6314  39.0116  -55.3545
 UDJ  C08   C  CR5   0   0.161  -26.8320  38.5339  -54.3907
 UDJ  C09   C  CR6   0  -0.010  -26.3787  39.2925  -53.2227
 UDJ  C11   C  CR16  0  -0.309  -24.7956  39.8733  -51.5097
 UDJ  C12   C  CR16  0  -0.078  -25.6971  40.8184  -51.0480
 UDJ  C14   C  CR16  0  -0.112  -27.2118  40.2616  -52.6506
 UDJ  C18   C  CH2   0  -0.450  -26.1954  34.6636  -54.1655
 UDJ  C19   C  CH1   0  -0.174  -27.2867  34.2882  -55.1808
 UDJ  C23   C  CH2   0  -0.563  -27.2110  30.3709  -55.1197
 UDJ  N13   N  N     0  -0.395  -26.8882  41.0077  -51.6064
 UDJ  O25   O  O     0  -0.402  -29.0812  29.1903  -56.0216
 UDJ  H101  H  HCR6  0   0.263  -24.4414  38.3687  -52.9843
 UDJ  H171  H  HCH2  0   0.226  -25.4672  36.2815  -52.9474
 UDJ  H172  H  HCH2  0   0.219  -27.2169  36.1552  -52.9765
 UDJ  H211  H  HCH3  0   0.234  -24.9643  32.7735  -55.8939
 UDJ  H213  H  HCH3  0   0.235  -25.7588  31.7680  -57.0835
 UDJ  H212  H  HCH3  0   0.237  -25.7041  33.4996  -57.3103
 UDJ  H221  H  HCH2  0   0.244  -26.2644  31.9283  -54.0034
 UDJ  H222  H  HCH2  0   0.230  -28.0129  32.0134  -53.9842
 UDJ  H262  H  HCH2  0   0.256  -29.3463  31.0068  -57.7641
 UDJ  H261  H  HCH2  0   0.257  -27.5945  30.9991  -57.8934
 UDJ  H011  H  HCH1  0   0.225  -29.2478  32.6979  -55.9794
 UDJ  H022  H  HCH2  0   0.228  -29.4503  33.3856  -58.3298
 UDJ  H021  H  HCH2  0   0.216  -27.7128  33.5497  -58.4597
 UDJ  H032  H  HCH2  0   0.232  -28.7313  35.7564  -57.9846
 UDJ  H031  H  HCH2  0   0.204  -29.5697  35.0988  -56.5899
 UDJ  H041  H  HCH1  0   0.219  -26.5619  35.3891  -56.9134
 UDJ  H051  H  HCR5  0   0.221  -28.4706  36.5722  -54.8910
 UDJ  H062  H  HCH2  0   0.234  -27.3636  38.0800  -57.2863
 UDJ  H061  H  HCH2  0   0.242  -29.0153  38.0101  -56.6979
 UDJ  H071  H  HCR5  0   0.237  -27.9848  40.0341  -55.4162
 UDJ  H111  H  HCR6  0   0.269  -23.8387  39.7470  -51.0217
 UDJ  H121  H  HCR6  0   0.261  -25.4532  41.4412  -50.1947
 UDJ  H141  H  HCR6  0   0.253  -28.2034  40.4215  -53.0622
 UDJ  H182  H  HCH2  0   0.237  -26.2268  33.9673  -53.3248
 UDJ  H181  H  HCH2  0   0.222  -25.2044  34.5408  -54.6096
 UDJ  H191  H  HCH1  0   0.204  -28.2367  34.2860  -54.6229
 UDJ  H231  H  HCH2  0   0.260  -27.3107  29.6865  -54.2758
 UDJ  H232  H  HCH2  0   0.261  -26.2744  30.1110  -55.6258
 UDJ  C16   C  CH3   0  -0.668  -25.1198  37.1614  -55.5431
 UDJ  H162  H  HCH3  0   0.236  -24.3003  37.5478  -54.9354
 UDJ  H163  H  HCH3  0   0.235  -24.8069  36.1832  -55.9061
 UDJ  H161  H  HCH3  0   0.235  -25.2111  37.8161  -56.4110

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDJ  C02  C03   single    1.521  0.020  1.521
 UDJ  C02  C01   single    1.523  0.020  1.523
 UDJ  C26  C01   single    1.533  0.020  1.533
 UDJ  C26  C24   single    1.504  0.020  1.504
 UDJ  C03  C04   single    1.524  0.020  1.524
 UDJ  C01  C20   single    1.546  0.020  1.546
 UDJ  C21  C20   single    1.534  0.020  1.534
 UDJ  C06  C05   single    1.529  0.020  1.529
 UDJ  C06  C07   single    1.504  0.020  1.504
 UDJ  C04  C05   single    1.517  0.020  1.517
 UDJ  C04  C19   single    1.547  0.020  1.547
 UDJ  C24  O25   double    1.212  0.020  1.212
 UDJ  C24  C23   single    1.505  0.020  1.505
 UDJ  C20  C19   single    1.552  0.020  1.552
 UDJ  C20  C22   single    1.537  0.020  1.537
 UDJ  C05  C15   single    1.539  0.020  1.539
 UDJ  C16  C15   single    1.539  0.020  1.539
 UDJ  C07  C08   double    1.340  0.020  1.340
 UDJ  C19  C18   single    1.537  0.020  1.537
 UDJ  C23  C22   single    1.532  0.020  1.532
 UDJ  C15  C08   single    1.526  0.020  1.526
 UDJ  C15  C17   single    1.525  0.020  1.525
 UDJ  C08  C09   single    1.465  0.020  1.465
 UDJ  C18  C17   single    1.535  0.020  1.535
 UDJ  C09  C10   aromatic  1.395  0.020  1.395
 UDJ  C09  C14   aromatic  1.400  0.020  1.400
 UDJ  C10  C11   aromatic  1.386  0.020  1.386
 UDJ  C14  N13   aromatic  1.324  0.020  1.324
 UDJ  C11  C12   aromatic  1.385  0.020  1.385
 UDJ  N13  C12   aromatic  1.329  0.020  1.329
 UDJ  C10  H101  single    0.930  0.020  1.080
 UDJ  C17  H171  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C17  H172  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C21  H211  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C21  H213  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C21  H212  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C22  H221  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C22  H222  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C26  H262  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C26  H261  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C01  H011  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C02  H022  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C02  H021  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C03  H032  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C03  H031  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C04  H041  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C05  H051  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C06  H062  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C06  H061  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C07  H071  single    0.930  0.020  1.080
 UDJ  C11  H111  single    0.930  0.020  1.080
 UDJ  C12  H121  single    0.930  0.020  1.080
 UDJ  C14  H141  single    0.930  0.020  1.080
 UDJ  C16  H162  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C16  H163  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C16  H161  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C18  H182  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C19  H191  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 UDJ  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDJ  H101  C10  C11   119.48  3.000
 UDJ  H101  C10  C09   120.88  3.000
 UDJ  C11   C10  C09   119.63  3.000
 UDJ  C16   C15  C08   107.94  3.000
 UDJ  C08   C15  C05    99.50  3.000
 UDJ  C16   C15  C05   112.48  3.000
 UDJ  C08   C15  C17   118.49  3.000
 UDJ  C16   C15  C17   110.89  3.000
 UDJ  C05   C15  C17   107.11  3.000
 UDJ  H172  C17  H171  106.59  3.000
 UDJ  H172  C17  C18   109.60  3.000
 UDJ  H171  C17  C18   108.76  3.000
 UDJ  H172  C17  C15   108.96  3.000
 UDJ  H171  C17  C15   112.27  3.000
 UDJ  C18   C17  C15   110.56  3.000
 UDJ  C19   C20  C01   107.20  3.000
 UDJ  C19   C20  C22   109.97  3.000
 UDJ  C01   C20  C22   107.07  3.000
 UDJ  C22   C20  C21   109.19  3.000
 UDJ  C19   C20  C21   111.17  3.000
 UDJ  C01   C20  C21   112.14  3.000
 UDJ  H212  C21  H213  106.55  3.000
 UDJ  H212  C21  H211  107.21  3.000
 UDJ  H213  C21  H211  106.59  3.000
 UDJ  H212  C21  C20   112.86  3.000
 UDJ  H213  C21  C20   112.42  3.000
 UDJ  H211  C21  C20   110.84  3.000
 UDJ  H222  C22  H221  106.34  3.000
 UDJ  H222  C22  C23   108.78  3.000
 UDJ  H221  C22  C23   107.89  3.000
 UDJ  H222  C22  C20   109.09  3.000
 UDJ  H221  C22  C20   110.59  3.000
 UDJ  C23   C22  C20   113.87  3.000
 UDJ  O25   C24  C23   122.68  3.000
 UDJ  C23   C24  C26   114.67  3.000
 UDJ  O25   C24  C26   122.65  3.000
 UDJ  H261  C26  H262  106.79  3.000
 UDJ  H261  C26  C01   110.14  3.000
 UDJ  H262  C26  C01   110.22  3.000
 UDJ  H261  C26  C24   108.13  3.000
 UDJ  H262  C26  C24   109.65  3.000
 UDJ  C01   C26  C24   111.77  3.000
 UDJ  H011  C01  C02   106.68  3.000
 UDJ  H011  C01  C26   106.58  3.000
 UDJ  C02   C01  C26   111.19  3.000
 UDJ  H011  C01  C20   106.02  3.000
 UDJ  C26   C01  C20   113.07  3.000
 UDJ  C02   C01  C20   112.76  3.000
 UDJ  H021  C02  H022  106.21  3.000
 UDJ  H021  C02  C03   110.53  3.000
 UDJ  H022  C02  C03   109.91  3.000
 UDJ  H021  C02  C01   110.03  3.000
 UDJ  H022  C02  C01   109.39  3.000
 UDJ  C03   C02  C01   110.68  3.000
 UDJ  H031  C03  H032  106.53  3.000
 UDJ  H031  C03  C04   108.92  3.000
 UDJ  H032  C03  C04   110.08  3.000
 UDJ  H031  C03  C02   108.89  3.000
 UDJ  H032  C03  C02   110.27  3.000
 UDJ  C04   C03  C02   111.98  3.000
 UDJ  H041  C04  C19   109.75  3.000
 UDJ  H041  C04  C05   109.23  3.000
 UDJ  C19   C04  C05   107.39  3.000
 UDJ  H041  C04  C03   108.00  3.000
 UDJ  C19   C04  C03   110.73  3.000
 UDJ  C05   C04  C03   111.73  3.000
 UDJ  H051  C05  C06   104.83  3.000
 UDJ  H051  C05  C04   106.22  3.000
 UDJ  C06   C05  C04   121.71  3.000
 UDJ  H051  C05  C15   105.46  3.000
 UDJ  C04   C05  C15   113.36  3.000
 UDJ  C06   C05  C15   103.93  3.000
 UDJ  H061  C06  H062  106.56  3.000
 UDJ  H061  C06  C07   112.71  3.000
 UDJ  H062  C06  C07   111.43  3.000
 UDJ  H061  C06  C05   113.14  3.000
 UDJ  H062  C06  C05   112.86  3.000
 UDJ  C07   C06  C05   100.25  3.000
 UDJ  H071  C07  C08   124.88  3.000
 UDJ  H071  C07  C06   122.94  3.000
 UDJ  C08   C07  C06   112.17  3.000
 UDJ  C09   C08  C07   124.99  3.000
 UDJ  C09   C08  C15   125.65  3.000
 UDJ  C07   C08  C15   109.32  3.000
 UDJ  C14   C09  C08   120.02  3.000
 UDJ  C14   C09  C10   116.25  3.000
 UDJ  C08   C09  C10   123.73  3.000
 UDJ  H111  C11  C12   120.34  3.000
 UDJ  H111  C11  C10   120.87  3.000
 UDJ  C12   C11  C10   118.79  3.000
 UDJ  H121  C12  N13   116.77  3.000
 UDJ  H121  C12  C11   120.52  3.000
 UDJ  N13   C12  C11   122.71  3.000
 UDJ  H141  C14  N13   116.06  3.000
 UDJ  H141  C14  C09   119.38  3.000
 UDJ  N13   C14  C09   124.55  3.000
 UDJ  H181  C18  H182  105.50  3.000
 UDJ  H181  C18  C19   110.36  3.000
 UDJ  H182  C18  C19   109.41  3.000
 UDJ  H181  C18  C17   109.12  3.000
 UDJ  H182  C18  C17   107.81  3.000
 UDJ  C19   C18  C17   114.24  3.000
 UDJ  H191  C19  C18   106.15  3.000
 UDJ  H191  C19  C04   105.47  3.000
 UDJ  C18   C19  C04   112.48  3.000
 UDJ  H191  C19  C20   105.89  3.000
 UDJ  C18   C19  C20   113.87  3.000
 UDJ  C04   C19  C20   112.19  3.000
 UDJ  H232  C23  H231  106.65  3.000
 UDJ  H232  C23  C24   107.16  3.000
 UDJ  H231  C23  C24   109.81  3.000
 UDJ  H232  C23  C22   109.74  3.000
 UDJ  H231  C23  C22   110.60  3.000
 UDJ  C24   C23  C22   112.65  3.000
 UDJ  C14   N13  C12   118.05  3.000
 UDJ  H161  C16  H163  107.33  3.000
 UDJ  H161  C16  H162  107.07  3.000
 UDJ  H163  C16  H162  106.73  3.000
 UDJ  H161  C16  C15   111.72  3.000
 UDJ  H163  C16  C15   112.66  3.000
 UDJ  H162  C16  C15   111.02  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UDJ  CONST_01  N13   C14  C09  C10     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_02  N13   C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_03  C12   C11  C10  C09     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_04  C12   N13  C14  C09     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_05  C14   C09  C10  C11     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_06  C14   N13  C12  C11     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_07  C11   C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 UDJ  CONST_08  N13   C14  C09  C08   180.00   0.0  0
 UDJ  CONST_09  H141  C14  C09  C10   180.00   0.0  0
 UDJ  CONST_10  H121  C12  C11  C10   180.00   0.0  0
 UDJ  CONST_11  H101  C10  C09  C08     0.00   0.0  0
 UDJ  CONST_12  H111  C11  C10  C09   180.00   0.0  0
 UDJ  Var_01    C07   C08  C09  C10  -147.86  30.0  2
 UDJ  Var_02    C06   C07  C08  C15     5.22  30.0  1
 UDJ  Var_03    C19   C18  C17  C15   -52.42  30.0  1
 UDJ  Var_04    C24   C23  C22  C20   -51.57  30.0  1
 UDJ  Var_05    C26   C24  C23  C22    46.94  30.0  1
 UDJ  Var_06    C04   C03  C02  C01    54.90  30.0  1
 UDJ  Var_07    C23   C24  C26  C01   -48.52  30.0  1
 UDJ  Var_08    C08   C07  C06  C05    18.79  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 UDJ  chir_01  C15  C05  C08  C17  negativ
 UDJ  chir_02  C20  C19  C22  C01  negativ
 UDJ  chir_03  C01  C02  C26  C20  negativ
 UDJ  chir_04  C04  C03  C05  C19  negativ
 UDJ  chir_05  C05  C06  C04  C15  negativ
 UDJ  chir_06  C19  C18  C20  C04  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UDJ  plan-1  C10   0.020
 UDJ  plan-1  C08   0.020
 UDJ  plan-1  C09   0.020
 UDJ  plan-1  C11   0.020
 UDJ  plan-1  C12   0.020
 UDJ  plan-1  C14   0.020
 UDJ  plan-1  N13   0.020
 UDJ  plan-1  H101  0.020
 UDJ  plan-1  H111  0.020
 UDJ  plan-1  H121  0.020
 UDJ  plan-1  H141  0.020
 UDJ  plan-2  C24   0.020
 UDJ  plan-2  C26   0.020
 UDJ  plan-2  C23   0.020
 UDJ  plan-2  O25   0.020

