# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 21:44:34 2020
#   Inital geometry file: a 129 line input string
#   Ligand name: N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-N-{1-[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]piperidin-4-yl}pyridin-3-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: FC(F)(F)c1ccc(cc1)N(C2CCN(CC2)c3ccc(cn3)C(F)(F)F)c4cccnc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDD  UDD  N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-N-{1-[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]piperidin-4-yl}pyridin-3-amine  ligand  53  33  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_UDD
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDD  CAJ   C  CR16  0  -0.322  -3.6050   0.5761  -0.9940
 UDD  CAL   C  CR16  0  -0.265  -4.8797   0.0540  -1.0855
 UDD  CAZ   C  CR6   0  -0.241  -5.5140  -0.4863   0.0274
 UDD  CBF   C  CT    0   1.049  -6.8686  -1.0929  -0.0770
 UDD  FAB   F  F     0  -0.320  -6.8186  -2.4271  -0.2507
 UDD  FAC   F  F     0  -0.314  -7.6042  -0.8909   1.0264
 UDD  FAA   F  F     0  -0.310  -7.5698  -0.6054  -1.1091
 UDD  CAM   C  CR16  0  -0.265  -4.8282  -0.4976   1.2362
 UDD  CAK   C  CR16  0  -0.333  -3.5507   0.0190   1.3388
 UDD  CAX   C  CR6   0   0.375  -2.8982   0.5752   0.2228
 UDD  NBE   N  NT    0  -0.597  -1.6295   1.1088   0.3073
 UDD  CAY   C  CR6   0   0.114  -1.1510   1.8564  -0.7965
 UDD  CAI   C  CR16  0  -0.154  -0.4477   1.2596  -1.8344
 UDD  CAG   C  CR16  0  -0.321  -0.0175   2.0470  -2.8897
 UDD  CAH   C  CR16  0  -0.063  -0.3083   3.4030  -2.8654
 UDD  NAV   N  N     0  -0.399  -0.9941   3.9822  -1.8864
 UDD  CAP   C  CR16  0  -0.059  -1.4109   3.2203  -0.8851
 UDD  CBC   C  CH1   0  -0.133  -0.9210   1.1185   1.5958
 UDD  CAS   C  CH2   0  -0.454  -0.3718  -0.2620   1.9555
 UDD  CAU   C  CH2   0  -0.297   0.8245  -0.6508   1.1102
 UDD  CAR   C  CH2   0  -0.485   0.2369   2.1065   1.6844
 UDD  CAT   C  CH2   0  -0.299   1.5124   1.7192   0.9445
 UDD  NBD   N  NT    0  -0.496   1.8929   0.3366   1.1792
 UDD  CBB   C  CR6   0   0.564   3.1801  -0.0583   0.9789
 UDD  NAW   N  N     0  -0.478   3.4437  -1.3650   1.0761
 UDD  CAQ   C  CR16  0  -0.062   4.6818  -1.8024   0.9287
 UDD  CBA   C  CR6   0  -0.349   5.7610  -0.9782   0.6626
 UDD  CBG   C  CT    0   1.061   7.1436  -1.4918   0.4955
 UDD  FAE   F  F     0  -0.306   7.2189  -2.8214   0.6193
 UDD  FAF   F  F     0  -0.319   7.6548  -1.1820  -0.7086
 UDD  FAD   F  F     0  -0.319   7.9907  -0.9685   1.3986
 UDD  CAN   C  CR16  0  -0.148   5.4978   0.3878   0.5366
 UDD  CAO   C  CR16  0  -0.403   4.2186   0.8583   0.6860
 UDD  HAJ   H  HCR6  0   0.273  -3.1632   0.9877  -1.8893
 UDD  HAL   H  HCR6  0   0.267  -5.3722   0.0800  -2.0486
 UDD  HAM   H  HCR6  0   0.269  -5.2825  -0.9066   2.1297
 UDD  HAK   H  HCR6  0   0.280  -3.0791  -0.0120   2.3093
 UDD  HBC   H  HCH1  0   0.267  -1.6387   1.4257   2.3617
 UDD  HAI   H  HCR6  0   0.284  -0.2401   0.1973  -1.8142
 UDD  HAP   H  HCR6  0   0.277  -1.9817   3.7077  -0.1004
 UDD  HAG   H  HCR6  0   0.279   0.5354   1.6208  -3.7150
 UDD  HAH   H  HCR6  0   0.271   0.0217   4.0467  -3.6729
 UDD  HAS1  H  HCH2  0   0.243  -0.0869  -0.2533   3.0109
 UDD  HAS2  H  HCH2  0   0.258  -1.1310  -1.0367   1.8403
 UDD  HAR1  H  HCH2  0   0.269  -0.0557   3.1091   1.3695
 UDD  HAR2  H  HCH2  0   0.267   0.4707   2.1836   2.7485
 UDD  HAU1  H  HCH2  0   0.277   1.2116  -1.6036   1.4571
 UDD  HAU2  H  HCH2  0   0.227   0.5156  -0.8051   0.0686
 UDD  HAT1  H  HCH2  0   0.239   1.4209   1.9166  -0.1286
 UDD  HAT2  H  HCH2  0   0.268   2.2937   2.3779   1.3194
 UDD  HAO   H  HCR6  0   0.281   4.0361   1.9140   0.5610
 UDD  HAQ   H  HCR6  0   0.270   4.8091  -2.8746   1.0268
 UDD  HAN   H  HCR6  0   0.281   6.2897   1.0915   0.3110

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDD  CAJ  CAL   aromatic  1.380  0.020  1.380
 UDD  CAJ  CAX   aromatic  1.407  0.020  1.407
 UDD  CAL  CAZ   aromatic  1.390  0.020  1.390
 UDD  CAZ  CBF   single    1.488  0.020  1.488
 UDD  CAZ  CAM   aromatic  1.390  0.020  1.390
 UDD  CBF  FAB   single    1.346  0.020  1.346
 UDD  CBF  FAC   single    1.341  0.020  1.341
 UDD  CBF  FAA   single    1.340  0.020  1.340
 UDD  CAM  CAK   aromatic  1.382  0.020  1.382
 UDD  CAK  CAX   aromatic  1.407  0.020  1.407
 UDD  CAX  NBE   single    1.379  0.020  1.379
 UDD  NBE  CAY   single    1.416  0.020  1.416
 UDD  NBE  CBC   single    1.470  0.020  1.470
 UDD  CAY  CAI   aromatic  1.388  0.020  1.388
 UDD  CAY  CAP   aromatic  1.391  0.020  1.391
 UDD  CAI  CAG   aromatic  1.385  0.020  1.385
 UDD  CAG  CAH   aromatic  1.387  0.020  1.387
 UDD  CAH  NAV   aromatic  1.328  0.020  1.328
 UDD  NAV  CAP   aromatic  1.325  0.020  1.325
 UDD  CBC  CAS   single    1.529  0.020  1.529
 UDD  CBC  CAR   single    1.525  0.020  1.525
 UDD  CAS  CAU   single    1.516  0.020  1.516
 UDD  CAU  NBD   single    1.456  0.020  1.456
 UDD  CAR  CAT   single    1.525  0.020  1.525
 UDD  CAT  NBD   single    1.453  0.020  1.453
 UDD  NBD  CBB   single    1.361  0.020  1.361
 UDD  CBB  NAW   aromatic  1.337  0.020  1.337
 UDD  CBB  CAO   aromatic  1.416  0.020  1.416
 UDD  NAW  CAQ   aromatic  1.321  0.020  1.321
 UDD  CAQ  CBA   aromatic  1.384  0.020  1.384
 UDD  CBA  CBG   single    1.484  0.020  1.484
 UDD  CBA  CAN   aromatic  1.397  0.020  1.397
 UDD  CBG  FAE   single    1.337  0.020  1.337
 UDD  CBG  FAF   single    1.344  0.020  1.344
 UDD  CBG  FAD   single    1.344  0.020  1.344
 UDD  CAN  CAO   aromatic  1.371  0.020  1.371
 UDD  CAJ  HAJ   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAL  HAL   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAM  HAM   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAK  HAK   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CBC  HBC   single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAI  HAI   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAP  HAP   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAG  HAG   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAH  HAH   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAS  HAS1  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAS  HAS2  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAR  HAR1  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAR  HAR2  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAU  HAU1  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAU  HAU2  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAT  HAT1  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAT  HAT2  single    0.970  0.020  1.090
 UDD  CAO  HAO   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAQ  HAQ   single    0.930  0.020  1.080
 UDD  CAN  HAN   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDD  HAJ   CAJ  CAX   120.77  3.000
 UDD  HAJ   CAJ  CAL   117.84  3.000
 UDD  CAX   CAJ  CAL   121.39  3.000
 UDD  HAL   CAL  CAZ   120.94  3.000
 UDD  HAL   CAL  CAJ   118.04  3.000
 UDD  CAZ   CAL  CAJ   121.01  3.000
 UDD  CAM   CAZ  CBF   120.46  3.000
 UDD  CAM   CAZ  CAL   118.31  3.000
 UDD  CBF   CAZ  CAL   121.17  3.000
 UDD  FAA   CBF  FAC   106.97  3.000
 UDD  FAA   CBF  FAB   106.30  3.000
 UDD  FAC   CBF  FAB   106.00  3.000
 UDD  FAA   CBF  CAZ   112.48  3.000
 UDD  FAC   CBF  CAZ   112.34  3.000
 UDD  FAB   CBF  CAZ   112.29  3.000
 UDD  HAM   CAM  CAK   117.90  3.000
 UDD  HAM   CAM  CAZ   120.92  3.000
 UDD  CAK   CAM  CAZ   121.18  3.000
 UDD  HAK   CAK  CAX   121.45  3.000
 UDD  HAK   CAK  CAM   117.38  3.000
 UDD  CAX   CAK  CAM   121.17  3.000
 UDD  NBE   CAX  CAK   122.07  3.000
 UDD  NBE   CAX  CAJ   120.99  3.000
 UDD  CAK   CAX  CAJ   116.94  3.000
 UDD  CBC   NBE  CAY   121.11  3.000
 UDD  CBC   NBE  CAX   119.97  3.000
 UDD  CAY   NBE  CAX   117.86  3.000
 UDD  CAP   CAY  CAI   117.93  3.000
 UDD  CAP   CAY  NBE   120.26  3.000
 UDD  CAI   CAY  NBE   121.79  3.000
 UDD  HAI   CAI  CAG   120.83  3.000
 UDD  HAI   CAI  CAY   120.33  3.000
 UDD  CAG   CAI  CAY   118.85  3.000
 UDD  HAG   CAG  CAH   120.41  3.000
 UDD  HAG   CAG  CAI   121.09  3.000
 UDD  CAH   CAG  CAI   118.51  3.000
 UDD  HAH   CAH  NAV   116.57  3.000
 UDD  HAH   CAH  CAG   120.24  3.000
 UDD  NAV   CAH  CAG   123.19  3.000
 UDD  CAP   NAV  CAH   117.94  3.000
 UDD  HAP   CAP  NAV   116.95  3.000
 UDD  HAP   CAP  CAY   119.48  3.000
 UDD  NAV   CAP  CAY   123.56  3.000
 UDD  HBC   CBC  CAR   106.00  3.000
 UDD  HBC   CBC  CAS   108.94  3.000
 UDD  CAR   CBC  CAS   107.38  3.000
 UDD  HBC   CBC  NBE   107.42  3.000
 UDD  CAR   CBC  NBE   114.90  3.000
 UDD  CAS   CBC  NBE   111.92  3.000
 UDD  HAS2  CAS  HAS1  106.79  3.000
 UDD  HAS2  CAS  CAU   107.96  3.000
 UDD  HAS1  CAS  CAU   109.56  3.000
 UDD  HAS2  CAS  CBC   111.50  3.000
 UDD  HAS1  CAS  CBC   108.28  3.000
 UDD  CAU   CAS  CBC   112.59  3.000
 UDD  HAU2  CAU  HAU1  106.28  3.000
 UDD  HAU2  CAU  NBD   110.29  3.000
 UDD  HAU1  CAU  NBD   108.57  3.000
 UDD  HAU2  CAU  CAS   110.07  3.000
 UDD  HAU1  CAU  CAS   109.18  3.000
 UDD  NBD   CAU  CAS   112.25  3.000
 UDD  HAR2  CAR  HAR1  105.90  3.000
 UDD  HAR2  CAR  CAT   108.16  3.000
 UDD  HAR1  CAR  CAT   108.53  3.000
 UDD  HAR2  CAR  CBC   105.36  3.000
 UDD  HAR1  CAR  CBC   112.03  3.000
 UDD  CAT   CAR  CBC   116.26  3.000
 UDD  HAT2  CAT  HAT1  106.77  3.000
 UDD  HAT2  CAT  NBD   109.40  3.000
 UDD  HAT1  CAT  NBD   110.59  3.000
 UDD  HAT2  CAT  CAR   106.24  3.000
 UDD  HAT1  CAT  CAR   111.10  3.000
 UDD  NBD   CAT  CAR   112.48  3.000
 UDD  CBB   NBD  CAT   119.99  3.000
 UDD  CBB   NBD  CAU   119.34  3.000
 UDD  CAT   NBD  CAU   116.44  3.000
 UDD  CAO   CBB  NAW   120.22  3.000
 UDD  CAO   CBB  NBD   122.43  3.000
 UDD  NAW   CBB  NBD   117.35  3.000
 UDD  CAQ   NAW  CBB   120.02  3.000
 UDD  HAQ   CAQ  CBA   120.98  3.000
 UDD  HAQ   CAQ  NAW   115.30  3.000
 UDD  CBA   CAQ  NAW   123.72  3.000
 UDD  CAN   CBA  CBG   120.25  3.000
 UDD  CAN   CBA  CAQ   116.93  3.000
 UDD  CBG   CBA  CAQ   122.82  3.000
 UDD  FAD   CBG  FAF   105.81  3.000
 UDD  FAD   CBG  FAE   106.82  3.000
 UDD  FAF   CBG  FAE   106.90  3.000
 UDD  FAD   CBG  CBA   112.12  3.000
 UDD  FAF   CBG  CBA   112.04  3.000
 UDD  FAE   CBG  CBA   112.71  3.000
 UDD  HAN   CAN  CAO   118.81  3.000
 UDD  HAN   CAN  CBA   121.09  3.000
 UDD  CAO   CAN  CBA   120.10  3.000
 UDD  HAO   CAO  CAN   118.75  3.000
 UDD  HAO   CAO  CBB   122.25  3.000
 UDD  CAN   CAO  CBB   119.00  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UDD  CONST_01  CAM  CAZ  CAL  CAJ    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_02  CAM  CAK  CAX  CAJ    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_03  CAK  CAX  CAJ  CAL    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_04  CAK  CAM  CAZ  CAL    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_05  CAX  CAJ  CAL  CAZ    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_06  CAX  CAK  CAM  CAZ    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_07  CAH  CAG  CAI  CAY    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_08  CAH  NAV  CAP  CAY    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_09  NAV  CAP  CAY  CAI    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_10  NAV  CAH  CAG  CAI    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_11  CAP  CAY  CAI  CAG    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_12  CAP  NAV  CAH  CAG    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_13  CBA  CAQ  NAW  CBB    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_14  CBA  CAN  CAO  CBB    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_15  CAN  CAO  CBB  NAW    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_16  CAN  CBA  CAQ  NAW    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_17  CAO  CBB  NAW  CAQ    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_18  CAO  CAN  CBA  CAQ    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_19  CAQ  NAW  CBB  NBD  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_20  CAN  CAO  CBB  NBD  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_21  CBF  CAZ  CAL  CAJ  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_22  NBE  CAX  CAJ  CAL  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_23  CAK  CAM  CAZ  CBF  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_24  NBE  CAX  CAK  CAM  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_25  CAG  CAI  CAY  NBE  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_26  NAV  CAP  CAY  NBE  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_27  CBG  CBA  CAQ  NAW  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_28  CAO  CAN  CBA  CBG  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_29  HAK  CAK  CAX  CAJ  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_30  HAM  CAM  CAZ  CAL  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_31  HAJ  CAJ  CAL  CAZ  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_32  HAL  CAL  CAZ  CAM  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_33  HAG  CAG  CAI  CAY  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_34  HAP  CAP  CAY  CAI  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_35  HAH  CAH  CAG  CAI  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_36  HAI  CAI  CAG  CAH  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_37  HAO  CAO  CBB  NBD    0.00   0.0  0
 UDD  CONST_38  HAQ  CAQ  NAW  CBB  180.00   0.0  0
 UDD  CONST_39  HAN  CAN  CAO  CBB  180.00   0.0  0
 UDD  Var_01    NBD  CAU  CAS  CBC   55.59  30.0  1
 UDD  Var_02    NBD  CAT  CAR  CBC  -45.81  30.0  1
 UDD  Var_03    CAT  NBD  CAU  CAS  -50.30  30.0  1
 UDD  Var_04    CAR  CAT  NBD  CAU   44.63  30.0  1
 UDD  Var_05    NAW  CBB  NBD  CAU  -17.16  30.0  2
 UDD  Var_06    CAY  NBE  CAX  CAJ   10.54  30.0  2
 UDD  Var_07    CAI  CAY  NBE  CAX  -90.58  30.0  2
 UDD  Var_08    FAB  CBF  CAZ  CAL   94.97  30.0  2
 UDD  Var_09    FAE  CBG  CBA  CAQ    0.51  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 UDD  chir_01  CBC  NBE  CAS  CAR  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UDD  plan-1  CAJ  0.020
 UDD  plan-1  CAL  0.020
 UDD  plan-1  CAZ  0.020
 UDD  plan-1  CBF  0.020
 UDD  plan-1  CAM  0.020
 UDD  plan-1  CAK  0.020
 UDD  plan-1  CAX  0.020
 UDD  plan-1  NBE  0.020
 UDD  plan-1  HAJ  0.020
 UDD  plan-1  HAL  0.020
 UDD  plan-1  HAM  0.020
 UDD  plan-1  HAK  0.020
 UDD  plan-2  NBE  0.020
 UDD  plan-2  CAY  0.020
 UDD  plan-2  CAI  0.020
 UDD  plan-2  CAG  0.020
 UDD  plan-2  CAH  0.020
 UDD  plan-2  NAV  0.020
 UDD  plan-2  CAP  0.020
 UDD  plan-2  HAI  0.020
 UDD  plan-2  HAP  0.020
 UDD  plan-2  HAG  0.020
 UDD  plan-2  HAH  0.020
 UDD  plan-3  NBD  0.020
 UDD  plan-3  CBB  0.020
 UDD  plan-3  NAW  0.020
 UDD  plan-3  CAQ  0.020
 UDD  plan-3  CBA  0.020
 UDD  plan-3  CBG  0.020
 UDD  plan-3  CAN  0.020
 UDD  plan-3  CAO  0.020
 UDD  plan-3  HAO  0.020
 UDD  plan-3  HAQ  0.020
 UDD  plan-3  HAN  0.020

