# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 02:50:18 2020
#   Inital geometry file: a 144 line input string
#   Ligand name: N-[(3,5-difluorophenyl)carbamoyl]-3-methyl-L-valyl-N~2~-(cyclopentylmethyl)-N-hydroxyglycinamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)(C)[C@H](NC(=O)Nc1cc(F)cc(F)c1)C(=O)N(CC2CCCC2)CC(=O)NO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 UDB  UDB  N-[(3,5-difluorophenyl)carbamoyl]-3-methyl-L-valyl-N~2~-(cyclopentylmethyl)-N-hydroxyglycinamide  ligand  61  31  .  2021-08-24  2021-08-24  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_UDB
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 UDB  C     C  C     0   0.596  -1.5293   0.3669  -1.2275
 UDB  N     N  NH1   0  -0.676   0.7790   1.0382  -1.4059
 UDB  O     O  O     0  -0.493  -1.3628  -0.5107  -2.0618
 UDB  F1    F  F     0  -0.312   3.5072  -2.7719   3.2258
 UDB  F2    F  F     0  -0.309   6.5651  -2.6386  -0.2965
 UDB  CA    C  CH1   0  -0.160  -0.5572   1.5637  -1.2462
 UDB  CB    C  CT    0  -0.121  -0.8700   2.6153  -2.3421
 UDB  CAA   C  CH3   0  -0.662  -2.2382   3.2341  -2.0586
 UDB  CAC   C  CH3   0  -0.631   0.1905   3.7176  -2.2577
 UDB  CAD   C  CH3   0  -0.648  -0.8746   2.0310  -3.7566
 UDB  CAG   C  C     0   0.761   1.3649   0.3788  -0.3747
 UDB  OAH   O  O     0  -0.506   0.8930   0.3637   0.7513
 UDB  NAI   N  NH1   0  -0.795   2.5426  -0.2425  -0.7179
 UDB  CAJ   C  CR6   0   0.419   3.3438  -1.0535   0.0697
 UDB  CAK   C  CR16  0  -0.505   2.9840  -1.5105   1.3401
 UDB  CAL   C  CR6   0   0.574   3.8629  -2.3386   2.0088
 UDB  CAM   C  CR16  0  -0.583   5.0798  -2.7486   1.5033
 UDB  CAN   C  CR6   0   0.555   5.3955  -2.2745   0.2440
 UDB  CAP   C  CR16  0  -0.527   4.5700  -1.4445  -0.4807
 UDB  NAS   N  NT    0  -0.456  -2.5003   0.2692  -0.2884
 UDB  CAT   C  CH2   0  -0.448  -2.7604   1.2266   0.7518
 UDB  CAU   C  C     0   0.519  -4.1934   1.7509   0.6956
 UDB  OAV   O  O     0  -0.459  -4.8284   1.8564  -0.3353
 UDB  NAW   N  NH1   0  -0.368  -4.6447   2.1322   1.9007
 UDB  OAX   O  OH1   0  -0.540  -5.9195   2.5834   2.0443
 UDB  CAY   C  CH2   0  -0.323  -3.2700  -0.9699  -0.1929
 UDB  CAZ   C  CH1   0  -0.235  -2.7226  -1.9575   0.8291
 UDB  CBA   C  CH2   0  -0.437  -3.6416  -3.1779   0.9969
 UDB  CBB   C  CH2   0  -0.443  -2.7288  -4.3291   1.4777
 UDB  CBC   C  CH2   0  -0.446  -1.3020  -3.7531   1.4863
 UDB  CBD   C  CH2   0  -0.438  -1.3660  -2.5828   0.5103
 UDB  HN    H  HNH1  0   0.397   1.0734   0.8176  -2.3445
 UDB  HA    H  HCH1  0   0.271  -0.5638   2.1011  -0.2984
 UDB  HAA   H  HCH3  0   0.225  -2.2690   3.7060  -1.0737
 UDB  HAAA  H  HCH3  0   0.239  -2.4528   4.0093  -2.7960
 UDB  HAAB  H  HCH3  0   0.245  -3.0448   2.5035  -2.1043
 UDB  HAC   H  HCH3  0   0.231   1.1840   3.3585  -2.5269
 UDB  HACA  H  HCH3  0   0.231  -0.0642   4.5294  -2.9410
 UDB  HACB  H  HCH3  0   0.227   0.2470   4.1367  -1.2507
 UDB  HAD   H  HCH3  0   0.238  -1.6583   1.2889  -3.8992
 UDB  HADA  H  HCH3  0   0.231  -1.0484   2.8354  -4.4740
 UDB  HADB  H  HCH3  0   0.222   0.0769   1.5703  -4.0307
 UDB  HNAI  H  HNH1  0   0.418   2.8901  -0.0798  -1.6509
 UDB  HAK   H  HCR6  0   0.303   2.0501  -1.2365   1.8016
 UDB  HAM   H  HCR6  0   0.300   5.7428  -3.3996   2.0560
 UDB  HAP   H  HCR6  0   0.295   4.8727  -1.1033  -1.4629
 UDB  HAT   H  HCH2  0   0.282  -2.5479   0.7951   1.7346
 UDB  HATA  H  HCH2  0   0.307  -2.1088   2.0929   0.6713
 UDB  HNAW  H  HNH1  0   0.419  -4.1669   1.9142   2.7631
 UDB  HOAX  H  HOH1  0   0.480  -5.8749   3.5471   1.9901
 UDB  HAY   H  HCH2  0   0.253  -4.2990  -0.7154   0.0697
 UDB  HAYA  H  HCH2  0   0.257  -3.3108  -1.4387  -1.1750
 UDB  HAZ   H  HCH1  0   0.225  -2.6420  -1.4571   1.8022
 UDB  HBA   H  HCH2  0   0.233  -4.4633  -2.9754   1.6852
 UDB  HBAA  H  HCH2  0   0.221  -4.0937  -3.4322   0.0339
 UDB  HBB   H  HCH2  0   0.227  -3.0200  -4.7012   2.4605
 UDB  HBBA  H  HCH2  0   0.224  -2.7938  -5.1745   0.7908
 UDB  HBC   H  HCH2  0   0.216  -1.0501  -3.3817   2.4833
 UDB  HBCA  H  HCH2  0   0.227  -0.5454  -4.4938   1.2225
 UDB  HBD   H  HCH2  0   0.211  -1.3629  -2.9473  -0.5214
 UDB  HBDA  H  HCH2  0   0.242  -0.5369  -1.8832   0.6165

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 UDB  C    O     double    1.222  0.020  1.222
 UDB  C    CA    single    1.542  0.020  1.542
 UDB  C    NAS   single    1.354  0.020  1.354
 UDB  N    CA    single    1.445  0.020  1.445
 UDB  N    CAG   single    1.357  0.020  1.357
 UDB  F1   CAL   single    1.340  0.020  1.340
 UDB  F2   CAN   single    1.339  0.020  1.339
 UDB  CA   CB    single    1.551  0.020  1.551
 UDB  CB   CAA   single    1.528  0.020  1.528
 UDB  CB   CAC   single    1.532  0.020  1.532
 UDB  CB   CAD   single    1.530  0.020  1.530
 UDB  CAG  OAH   double    1.221  0.020  1.221
 UDB  CAG  NAI   single    1.375  0.020  1.375
 UDB  NAI  CAJ   single    1.386  0.020  1.386
 UDB  CAJ  CAK   aromatic  1.397  0.020  1.397
 UDB  CAJ  CAP   aromatic  1.400  0.020  1.400
 UDB  CAK  CAL   aromatic  1.380  0.020  1.380
 UDB  CAL  CAM   aromatic  1.380  0.020  1.380
 UDB  CAM  CAN   aromatic  1.382  0.020  1.382
 UDB  CAN  CAP   aromatic  1.377  0.020  1.377
 UDB  NAS  CAT   single    1.437  0.020  1.437
 UDB  NAS  CAY   single    1.462  0.020  1.462
 UDB  CAT  CAU   single    1.527  0.020  1.527
 UDB  CAU  OAV   double    1.215  0.020  1.215
 UDB  CAU  NAW   single    1.342  0.020  1.342
 UDB  NAW  OAX   single    1.360  0.020  1.360
 UDB  CAY  CAZ   single    1.523  0.020  1.523
 UDB  CAZ  CBA   single    1.537  0.020  1.537
 UDB  CAZ  CBD   single    1.527  0.020  1.527
 UDB  CBA  CBB   single    1.546  0.020  1.546
 UDB  CBB  CBC   single    1.539  0.020  1.539
 UDB  CBC  CBD   single    1.525  0.020  1.525
 UDB  N    HN    single    0.890  0.020  1.040
 UDB  CA   HA    single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAA  HAA   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAA  HAAA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAA  HAAB  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAC  HAC   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAC  HACA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAC  HACB  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAD  HAD   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAD  HADA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAD  HADB  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  NAI  HNAI  single    0.860  0.020  1.020
 UDB  CAK  HAK   single    0.930  0.020  1.080
 UDB  CAM  HAM   single    0.930  0.020  1.080
 UDB  CAP  HAP   single    0.930  0.020  1.080
 UDB  CAT  HAT   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAT  HATA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  NAW  HNAW  single    0.860  0.020  1.020
 UDB  OAX  HOAX  single    0.850  0.020  0.980
 UDB  CAY  HAY   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAY  HAYA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CAZ  HAZ   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBA  HBA   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBA  HBAA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBB  HBB   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBB  HBBA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBC  HBC   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBC  HBCA  single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBD  HBD   single    0.970  0.020  1.090
 UDB  CBD  HBDA  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 UDB  NAS   C    CA    121.09  3.000
 UDB  NAS   C    O     121.27  3.000
 UDB  CA    C    O     117.59  3.000
 UDB  HN    N    CAG   118.37  3.000
 UDB  HN    N    CA    116.91  3.000
 UDB  CAG   N    CA    119.48  3.000
 UDB  HA    CA   CB    106.21  3.000
 UDB  HA    CA   N     106.33  3.000
 UDB  CB    CA   N     110.80  3.000
 UDB  HA    CA   C     111.62  3.000
 UDB  CB    CA   C     114.07  3.000
 UDB  N     CA   C     107.58  3.000
 UDB  CAD   CB   CAC   109.13  3.000
 UDB  CAD   CB   CAA   108.87  3.000
 UDB  CAC   CB   CAA   108.55  3.000
 UDB  CAD   CB   CA    113.26  3.000
 UDB  CAC   CB   CA    108.02  3.000
 UDB  CAA   CB   CA    108.90  3.000
 UDB  HAAB  CAA  HAAA  107.61  3.000
 UDB  HAAB  CAA  HAA   107.86  3.000
 UDB  HAAA  CAA  HAA   107.27  3.000
 UDB  HAAB  CAA  CB    112.56  3.000
 UDB  HAAA  CAA  CB    109.77  3.000
 UDB  HAA   CAA  CB    111.55  3.000
 UDB  HACB  CAC  HACA  107.70  3.000
 UDB  HACB  CAC  HAC   107.88  3.000
 UDB  HACA  CAC  HAC   107.65  3.000
 UDB  HACB  CAC  CB    111.27  3.000
 UDB  HACA  CAC  CB    109.82  3.000
 UDB  HAC   CAC  CB    112.34  3.000
 UDB  HADB  CAD  HADA  106.53  3.000
 UDB  HADB  CAD  HAD   107.86  3.000
 UDB  HADA  CAD  HAD   107.55  3.000
 UDB  HADB  CAD  CB    112.98  3.000
 UDB  HADA  CAD  CB    109.06  3.000
 UDB  HAD   CAD  CB    112.55  3.000
 UDB  NAI   CAG  OAH   123.76  3.000
 UDB  NAI   CAG  N     113.56  3.000
 UDB  OAH   CAG  N     122.67  3.000
 UDB  HNAI  NAI  CAJ   114.89  3.000
 UDB  HNAI  NAI  CAG   116.94  3.000
 UDB  CAJ   NAI  CAG   128.16  3.000
 UDB  CAP   CAJ  CAK   119.45  3.000
 UDB  CAP   CAJ  NAI   116.52  3.000
 UDB  CAK   CAJ  NAI   124.01  3.000
 UDB  HAK   CAK  CAL   119.81  3.000
 UDB  HAK   CAK  CAJ   121.98  3.000
 UDB  CAL   CAK  CAJ   118.21  3.000
 UDB  CAM   CAL  CAK   124.21  3.000
 UDB  CAM   CAL  F1    118.08  3.000
 UDB  CAK   CAL  F1    117.71  3.000
 UDB  HAM   CAM  CAN   122.16  3.000
 UDB  HAM   CAM  CAL   122.17  3.000
 UDB  CAN   CAM  CAL   115.68  3.000
 UDB  CAP   CAN  CAM   123.33  3.000
 UDB  CAP   CAN  F2    118.37  3.000
 UDB  CAM   CAN  F2    118.30  3.000
 UDB  HAP   CAP  CAN   119.99  3.000
 UDB  HAP   CAP  CAJ   120.89  3.000
 UDB  CAN   CAP  CAJ   119.12  3.000
 UDB  CAY   NAS  CAT   114.96  3.000
 UDB  CAY   NAS  C     118.94  3.000
 UDB  CAT   NAS  C     125.69  3.000
 UDB  HATA  CAT  HAT   105.33  3.000
 UDB  HATA  CAT  CAU   106.63  3.000
 UDB  HAT   CAT  CAU   110.53  3.000
 UDB  HATA  CAT  NAS   111.64  3.000
 UDB  HAT   CAT  NAS   110.62  3.000
 UDB  CAU   CAT  NAS   111.83  3.000
 UDB  NAW   CAU  OAV   124.15  3.000
 UDB  NAW   CAU  CAT   112.33  3.000
 UDB  OAV   CAU  CAT   123.46  3.000
 UDB  HNAW  NAW  OAX   115.15  3.000
 UDB  HNAW  NAW  CAU   123.12  3.000
 UDB  OAX   NAW  CAU   120.28  3.000
 UDB  HOAX  OAX  NAW   106.36  3.000
 UDB  HAYA  CAY  HAY   106.38  3.000
 UDB  HAYA  CAY  CAZ   109.85  3.000
 UDB  HAY   CAY  CAZ   109.17  3.000
 UDB  HAYA  CAY  NAS   109.01  3.000
 UDB  HAY   CAY  NAS   108.32  3.000
 UDB  CAZ   CAY  NAS   113.84  3.000
 UDB  HAZ   CAZ  CBD   107.85  3.000
 UDB  HAZ   CAZ  CBA   108.01  3.000
 UDB  CBD   CAZ  CBA   103.23  3.000
 UDB  HAZ   CAZ  CAY   109.02  3.000
 UDB  CBD   CAZ  CAY   116.40  3.000
 UDB  CBA   CAZ  CAY   111.92  3.000
 UDB  HBAA  CBA  HBA   106.70  3.000
 UDB  HBAA  CBA  CBB   110.17  3.000
 UDB  HBA   CBA  CBB   112.76  3.000
 UDB  HBAA  CBA  CAZ   109.60  3.000
 UDB  HBA   CBA  CAZ   111.83  3.000
 UDB  CBB   CBA  CAZ   105.80  3.000
 UDB  HBBA  CBB  HBB   106.68  3.000
 UDB  HBBA  CBB  CBC   110.41  3.000
 UDB  HBB   CBB  CBC   111.74  3.000
 UDB  HBBA  CBB  CBA   110.24  3.000
 UDB  HBB   CBB  CBA   112.13  3.000
 UDB  CBC   CBB  CBA   105.70  3.000
 UDB  HBCA  CBC  HBC   106.94  3.000
 UDB  HBCA  CBC  CBD   113.29  3.000
 UDB  HBC   CBC  CBD   109.42  3.000
 UDB  HBCA  CBC  CBB   112.80  3.000
 UDB  HBC   CBC  CBB   110.23  3.000
 UDB  CBD   CBC  CBB   104.16  3.000
 UDB  HBDA  CBD  HBD   107.67  3.000
 UDB  HBDA  CBD  CBC   113.46  3.000
 UDB  HBD   CBD  CBC   110.34  3.000
 UDB  HBDA  CBD  CAZ   113.11  3.000
 UDB  HBD   CBD  CAZ   109.62  3.000
 UDB  CBC   CBD  CAZ   102.58  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 UDB  CONST_01  CAM   CAL  CAK  CAJ    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_02  CAM   CAN  CAP  CAJ    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_03  CAN   CAP  CAJ  CAK    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_04  CAN   CAM  CAL  CAK    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_05  CAP   CAJ  CAK  CAL    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_06  CAP   CAN  CAM  CAL    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_07  CAJ   CAK  CAL  F1   180.00   0.0  0
 UDB  CONST_08  CAN   CAM  CAL  F1   180.00   0.0  0
 UDB  CONST_09  CAL   CAM  CAN  F2   180.00   0.0  0
 UDB  CONST_10  CAJ   CAP  CAN  F2   180.00   0.0  0
 UDB  CONST_11  CAL   CAK  CAJ  NAI  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_12  CAN   CAP  CAJ  NAI  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_13  HAP   CAP  CAJ  CAK  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_14  HAM   CAM  CAL  CAK  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_15  HAK   CAK  CAL  CAM  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_16  CAK   CAJ  NAI  CAG    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_17  CAP   CAJ  NAI  CAG  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_18  HNAI  NAI  CAJ  CAK  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_19  CAJ   NAI  CAG  OAH    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_20  CAJ   NAI  CAG  N    180.00   0.0  0
 UDB  CONST_21  CAT   NAS  C    O    180.00   0.0  0
 UDB  CONST_22  CAY   NAS  C    O      0.00   0.0  0
 UDB  CONST_23  CAT   NAS  C    CA     0.00   0.0  0
 UDB  CONST_24  CAY   NAS  C    CA   180.00   0.0  0
 UDB  CONST_25  OAH   CAG  N    CA     0.00   0.0  0
 UDB  CONST_26  OAX   NAW  CAU  CAT  180.00   0.0  0
 UDB  CONST_27  OAX   NAW  CAU  OAV    0.00   0.0  0
 UDB  CONST_28  NAI   CAG  N    CA   180.00   0.0  0
 UDB  CONST_30  HNAW  NAW  CAU  CAT    0.00   0.0  0
 UDB  Var_01    CBC   CBB  CBA  CAZ   -3.39  30.0  1
 UDB  Var_02    CBB   CBC  CBD  CAZ   40.23  30.0  1
 UDB  Var_03    CBD   CBC  CBB  CBA  -22.65  30.0  1
 UDB  Var_04    CAZ   CAY  NAS  C     94.21  30.0  3
 UDB  Var_05    CAU   CAT  NAS  C    122.55  30.0  3
 UDB  Var_06    OAV   CAU  CAT  NAS  -30.61  30.0  3
 UDB  Var_07    HAA   CAA  CB   CA    58.67  30.0  3
 UDB  Var_08    HAC   CAC  CB   CA    66.53  30.0  3
 UDB  Var_09    HAD   CAD  CB   CA    63.70  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 UDB  chir_01  CA   C    N    CB   negativ
 UDB  chir_02  CAZ  CAY  CBA  CBD  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 UDB  plan-1  F1    0.020
 UDB  plan-1  F2    0.020
 UDB  plan-1  NAI   0.020
 UDB  plan-1  CAJ   0.020
 UDB  plan-1  CAK   0.020
 UDB  plan-1  CAL   0.020
 UDB  plan-1  CAM   0.020
 UDB  plan-1  CAN   0.020
 UDB  plan-1  CAP   0.020
 UDB  plan-1  HAK   0.020
 UDB  plan-1  HAM   0.020
 UDB  plan-1  HAP   0.020
 UDB  plan-2  N     0.020
 UDB  plan-2  CA    0.020
 UDB  plan-2  CAG   0.020
 UDB  plan-2  OAH   0.020
 UDB  plan-2  NAI   0.020
 UDB  plan-2  CAJ   0.020
 UDB  plan-2  HN    0.020
 UDB  plan-2  HNAI  0.020
 UDB  plan-3  CAT   0.020
 UDB  plan-3  CAU   0.020
 UDB  plan-3  OAV   0.020
 UDB  plan-3  NAW   0.020
 UDB  plan-3  OAX   0.020
 UDB  plan-3  HNAW  0.020
 UDB  plan-4  C     0.020
 UDB  plan-4  O     0.020
 UDB  plan-4  CA    0.020
 UDB  plan-4  NAS   0.020
 UDB  plan-4  CAT   0.020
 UDB  plan-4  CAY   0.020

