# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Aug  1 20:18:51 2022
#   Inital geometry file: a 68 line input string
#   Ligand name: 4~{H}-thieno[3,2-c]chromene-2-carboxylic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1sc2c(COc3ccccc23)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 U62  U62  "4~{H}-thieno[3,2-c]chromene-2-carboxylic acid"  ligand  23  16  .  2022-08-11  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_U62
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 U62  C10  C  CR16   0  -0.345   0.0324  -7.0424  5.9899
 U62  C13  C  CR16   0  -0.332   0.9643  -4.8768  4.5181
 U62  C15  C  CR5    0  -0.198   3.2340  -5.2255  5.5618
 U62  C04  C  CR5    0  -0.326   5.5277  -4.3328  5.7742
 U62  C05  C  CR15   0  -0.236   5.3926  -5.5706  6.3354
 U62  C06  C  CR5    0   0.071   4.0797  -6.0819  6.2114
 U62  C07  C  CH2    0  -0.215   3.5511  -7.4098  6.6450
 U62  C09  C  CR6    0   0.323   1.3635  -6.6622  6.0855
 U62  C11  C  CR16   0  -0.257  -0.8285  -6.3372  5.1600
 U62  C12  C  CR16   0  -0.262  -0.3650  -5.2570  4.4189
 U62  C14  C  CR6    0   0.032   1.8427  -5.5654  5.3515
 U62  O01  O  O      0  -0.592   6.5452  -2.3631  5.0781
 U62  O03  O  OC    -1  -0.576   7.7802  -3.8655  6.1968
 U62  O08  O  O2     0  -0.481   2.1610  -7.3353  6.9466
 U62  S16  S  S2     0   0.223   4.0406  -3.7805  5.0998
 U62  H1   H  HCR6   0   0.263  -0.3251  -7.8852  6.5681
 U62  H2   H  HCR6   0   0.253   1.3277  -4.0331  3.9431
 U62  H3   H  HCR5   0   0.255   6.2078  -6.0929  6.8172
 U62  H4   H  HCH2   0   0.234   3.7180  -8.1662  5.8666
 U62  H5   H  HCH2   0   0.256   4.0405  -7.7597  7.5534
 U62  H6   H  HCR6   0   0.257  -1.8644  -6.6416  5.0876
 U62  H7   H  HCR6   0   0.255  -1.0357  -4.7129  3.7677
 U62  C02  C  C      0   0.397   6.7354  -3.4387  5.6771

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 U62  C12  C13  aromatic  1.386  0.020  1.386
 U62  C12  C11  aromatic  1.390  0.020  1.390
 U62  C13  C14  aromatic  1.393  0.020  1.393
 U62  C11  C10  aromatic  1.388  0.020  1.388
 U62  S16  C15  aromatic  1.718  0.020  1.718
 U62  S16  C04  aromatic  1.724  0.020  1.724
 U62  O01  C02  deloc     1.246  0.020  1.246
 U62  C14  C15  aromatic  1.448  0.020  1.448
 U62  C14  C09  aromatic  1.404  0.020  1.404
 U62  C02  C04  single    1.506  0.020  1.506
 U62  C02  O03  deloc     1.243  0.020  1.243
 U62  C15  C06  aromatic  1.368  0.020  1.368
 U62  C04  C05  aromatic  1.366  0.020  1.366
 U62  C10  C09  aromatic  1.388  0.020  1.388
 U62  C09  O08  single    1.353  0.020  1.353
 U62  C06  C05  aromatic  1.414  0.020  1.414
 U62  C06  C07  single    1.494  0.020  1.494
 U62  C07  O08  single    1.424  0.020  1.424
 U62  C10  H1   single    0.930  0.020  1.080
 U62  C13  H2   single    0.930  0.020  1.080
 U62  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 U62  C07  H4   single    0.970  0.020  1.090
 U62  C07  H5   single    0.970  0.020  1.090
 U62  C11  H6   single    0.930  0.020  1.080
 U62  C12  H7   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 U62  H1   C10  C11  120.65  3.000
 U62  H1   C10  C09  119.55  3.000
 U62  C11  C10  C09  119.79  3.000
 U62  H2   C13  C14  119.40  3.000
 U62  H2   C13  C12  119.81  3.000
 U62  C14  C13  C12  120.79  3.000
 U62  S16  C15  C14  127.56  3.000
 U62  C14  C15  C06  121.09  3.000
 U62  S16  C15  C06  111.35  3.000
 U62  S16  C04  C05  111.46  3.000
 U62  C05  C04  C02  130.08  3.000
 U62  S16  C04  C02  118.45  3.000
 U62  H3   C05  C06  124.35  3.000
 U62  H3   C05  C04  123.11  3.000
 U62  C06  C05  C04  112.54  3.000
 U62  C07  C06  C05  128.64  3.000
 U62  C07  C06  C15  118.41  3.000
 U62  C05  C06  C15  112.91  3.000
 U62  H5   C07  H4   107.56  3.000
 U62  H5   C07  O08  106.18  3.000
 U62  H4   C07  O08  109.54  3.000
 U62  H5   C07  C06  111.63  3.000
 U62  H4   C07  C06  110.66  3.000
 U62  O08  C07  C06  111.12  3.000
 U62  O08  C09  C14  121.34  3.000
 U62  O08  C09  C10  118.23  3.000
 U62  C14  C09  C10  120.36  3.000
 U62  H6   C11  C12  120.15  3.000
 U62  H6   C11  C10  119.39  3.000
 U62  C12  C11  C10  120.45  3.000
 U62  H7   C12  C11  120.35  3.000
 U62  H7   C12  C13  119.99  3.000
 U62  C11  C12  C13  119.67  3.000
 U62  C09  C14  C15  115.82  3.000
 U62  C09  C14  C13  118.93  3.000
 U62  C15  C14  C13  125.24  3.000
 U62  C09  O08  C07  117.82  3.000
 U62  C04  S16  C15   91.74  3.000
 U62  O03  C02  O01  128.76  3.000
 U62  O03  C02  C04  116.33  3.000
 U62  O01  C02  C04  114.91  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 U62  CONST_01  C13  C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 U62  CONST_02  C13  C14  C09  C10     0.00   0.0  0
 U62  CONST_03  C15  C14  C09  C10   180.00   0.0  0
 U62  CONST_04  S16  C15  C14  C13     0.00   0.0  0
 U62  CONST_05  C06  C15  C14  C13   180.00   0.0  0
 U62  CONST_06  C05  C04  S16  C15     0.00   0.0  0
 U62  CONST_07  C12  C13  C14  C15   180.00   0.0  0
 U62  CONST_08  C04  C05  C06  C15     0.00   0.0  0
 U62  CONST_09  C14  C15  S16  C04   180.00   0.0  0
 U62  CONST_10  C06  C15  S16  C04     0.00   0.0  0
 U62  CONST_11  S16  C15  C06  C05     0.00   0.0  0
 U62  CONST_12  C14  C15  C06  C05   180.00   0.0  0
 U62  CONST_13  C09  C14  C15  C06     0.00   0.0  0
 U62  CONST_14  S16  C04  C05  C06     0.00   0.0  0
 U62  CONST_16  C12  C13  C14  C09     0.00   0.0  0
 U62  CONST_17  S16  C15  C14  C09   180.00   0.0  0
 U62  CONST_18  C12  C11  C10  C09     0.00   0.0  0
 U62  CONST_19  C14  C13  C12  C11     0.00   0.0  0
 U62  CONST_20  C14  C09  C10  C11     0.00   0.0  0
 U62  CONST_21  C02  C04  S16  C15   180.00   0.0  0
 U62  CONST_22  C06  C05  C04  C02   180.00   0.0  0
 U62  CONST_23  H7   C12  C11  C10   180.00   0.0  0
 U62  CONST_24  H6   C11  C12  C13   180.00   0.0  0
 U62  CONST_25  H2   C13  C14  C15     0.00   0.0  0
 U62  CONST_26  H3   C05  C06  C15   180.00   0.0  0
 U62  CONST_27  H3   C05  C06  C07     0.00   0.0  0
 U62  CONST_28  H2   C13  C14  C09   180.00   0.0  0
 U62  CONST_29  H6   C11  C10  C09   180.00   0.0  0
 U62  CONST_30  H2   C13  C12  C11   180.00   0.0  0
 U62  CONST_31  H1   C10  C11  C12   180.00   0.0  0
 U62  CONST_32  H7   C12  C13  C14   180.00   0.0  0
 U62  CONST_33  H1   C10  C09  C14   180.00   0.0  0
 U62  CONST_34  H1   C10  C09  O08     0.00   0.0  0
 U62  CONST_35  H3   C05  C04  S16   180.00   0.0  0
 U62  Var_01    C07  O08  C09  C10   151.77  30.0  1
 U62  Var_02    O08  C07  C06  C15   -30.48  30.0  1
 U62  Var_03    O08  C07  C06  C05   152.02  30.0  1
 U62  Var_04    C14  C09  O08  C07   -31.29  30.0  1
 U62  Var_05    H4   C07  C06  C15    91.44  30.0  1
 U62  Var_06    H5   C07  C06  C15  -148.81  30.0  1
 U62  Var_07    H4   C07  C06  C05   -86.07  30.0  1
 U62  Var_08    H5   C07  C06  C05    33.69  30.0  1
 U62  Var_09    H4   C07  O08  C09   -77.88  30.0  1
 U62  Var_10    H5   C07  O08  C09   166.26  30.0  1
 U62  Var_11    O01  C02  C04  C05   178.85  30.0  2
 U62  Var_12    O03  C02  C04  C05    -1.03  30.0  2
 U62  Var_13    S16  C04  C02  O01    -1.34  30.0  2
 U62  Var_14    S16  C04  C02  O03   178.78  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 U62  plan-1  C04  0.020
 U62  plan-1  O01  0.020
 U62  plan-1  O03  0.020
 U62  plan-1  C02  0.020
 U62  plan-2  C15  0.020
 U62  plan-2  C04  0.020
 U62  plan-2  C05  0.020
 U62  plan-2  C06  0.020
 U62  plan-2  C07  0.020
 U62  plan-2  C14  0.020
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 U62  plan-2  H3   0.020
 U62  plan-2  C02  0.020
 U62  plan-3  C10  0.020
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 U62  plan-3  C09  0.020
 U62  plan-3  C11  0.020
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 U62  plan-3  C14  0.020
 U62  plan-3  O08  0.020
 U62  plan-3  H1   0.020
 U62  plan-3  H2   0.020
 U62  plan-3  H6   0.020
 U62  plan-3  H7   0.020

