# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Aug  1 22:58:33 2022
#   Inital geometry file: a 84 line input string
#   Ligand name: 5-naphthalen-1-ylpentanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CCCCc1cccc2ccccc12
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 U3Q  U3Q  "1-Naphthalenepentanoic acid"  ligand  32  17  .  2022-08-11  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_U3Q
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 U3Q  C01  C  CR16   0  -0.250   0.0522  -4.9958  4.3048
 U3Q  C02  C  CR16   0  -0.260  -0.5497  -6.2611  4.4546
 U3Q  C03  C  CR16   0  -0.310   0.0375  -7.2035  5.2526
 U3Q  C04  C  CR66   0   0.113   1.2491  -6.9305  5.9309
 U3Q  C05  C  CR16   0  -0.338   1.8484  -7.9018  6.7664
 U3Q  C06  C  CR16   0  -0.238   3.0106  -7.6169  7.4243
 U3Q  C07  C  CR16   0  -0.338   3.6248  -6.3589  7.2652
 U3Q  C08  C  CR6    0   0.126   3.0920  -5.3849  6.4567
 U3Q  C09  C  CH2    0  -0.549   3.8068  -4.0727  6.2872
 U3Q  C10  C  CH2    0  -0.422   4.5558  -3.9372  4.9553
 U3Q  C11  C  CH2    0  -0.434   5.6811  -4.9469  4.7443
 U3Q  C12  C  CH2    0  -0.532   6.7964  -4.9375  5.7950
 U3Q  C13  C  C      0   0.392   7.5070  -3.5770  5.8873
 U3Q  C16  C  CR66   0   0.076   1.8686  -5.6594  5.7738
 U3Q  C17  C  CR16   0  -0.333   1.2266  -4.7053  4.9453
 U3Q  O14  O  OC    -1  -0.616   8.4772  -3.3944  5.1223
 U3Q  O15  O  O      0  -0.615   7.0417  -2.7500  6.7017
 U3Q  H1   H  HCR6   0   0.254  -0.4202  -4.2481  3.6809
 U3Q  H2   H  HCR6   0   0.253  -1.4766  -6.4815  3.9411
 U3Q  H3   H  HCR6   0   0.251  -0.4211  -8.1769  5.3799
 U3Q  H4   H  HCR6   0   0.250   1.3702  -8.8674  6.8793
 U3Q  H5   H  HCR6   0   0.251   3.4689  -8.3551  8.0699
 U3Q  H6   H  HCR6   0   0.248   4.5477  -6.1565  7.7953
 U3Q  H7   H  HCH2   0   0.250   4.5195  -3.9430  7.1033
 U3Q  H8   H  HCH2   0   0.241   3.0999  -3.2436  6.3775
 U3Q  H9   H  HCH2   0   0.223   4.9517  -2.9213  4.8944
 U3Q  H10  H  HCH2   0   0.220   3.8496  -4.0352  4.1263
 U3Q  H11  H  HCH2   0   0.214   5.2550  -5.9537  4.6946
 U3Q  H12  H  HCH2   0   0.216   6.1234  -4.7626  3.7606
 U3Q  H13  H  HCH2   0   0.202   6.3882  -5.2141  6.7704
 U3Q  H14  H  HCH2   0   0.203   7.5142  -5.7163  5.5221
 U3Q  H15  H  HCR6   0   0.252   1.6637  -3.7244  4.8164

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 U3Q  C01  C02  aromatic  1.409  0.020  1.409
 U3Q  C01  C17  aromatic  1.369  0.020  1.369
 U3Q  C02  C03  aromatic  1.367  0.020  1.367
 U3Q  C10  C11  single    1.527  0.020  1.527
 U3Q  C10  C09  single    1.534  0.020  1.534
 U3Q  C17  C16  aromatic  1.417  0.020  1.417
 U3Q  C11  C12  single    1.532  0.020  1.532
 U3Q  O15  C13  deloc     1.250  0.020  1.250
 U3Q  C03  C04  aromatic  1.415  0.020  1.415
 U3Q  O14  C13  deloc     1.249  0.020  1.249
 U3Q  C13  C12  single    1.538  0.020  1.538
 U3Q  C16  C04  aromatic  1.423  0.020  1.423
 U3Q  C16  C08  aromatic  1.428  0.020  1.428
 U3Q  C04  C05  aromatic  1.414  0.020  1.414
 U3Q  C09  C08  single    1.504  0.020  1.504
 U3Q  C08  C07  aromatic  1.373  0.020  1.373
 U3Q  C05  C06  aromatic  1.366  0.020  1.366
 U3Q  C07  C06  aromatic  1.409  0.020  1.409
 U3Q  C01  H1   single    0.930  0.020  1.080
 U3Q  C02  H2   single    0.930  0.020  1.080
 U3Q  C03  H3   single    0.930  0.020  1.080
 U3Q  C05  H4   single    0.930  0.020  1.080
 U3Q  C06  H5   single    0.930  0.020  1.080
 U3Q  C07  H6   single    0.930  0.020  1.080
 U3Q  C09  H7   single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C09  H8   single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C10  H9   single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C10  H10  single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C11  H11  single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C11  H12  single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C12  H14  single    0.970  0.020  1.090
 U3Q  C17  H15  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 U3Q  H1   C01  C17  119.84  3.000
 U3Q  H1   C01  C02  119.68  3.000
 U3Q  C17  C01  C02  120.48  3.000
 U3Q  H2   C02  C03  120.28  3.000
 U3Q  H2   C02  C01  119.88  3.000
 U3Q  C03  C02  C01  119.83  3.000
 U3Q  H3   C03  C04  118.65  3.000
 U3Q  H3   C03  C02  120.39  3.000
 U3Q  C04  C03  C02  120.96  3.000
 U3Q  C16  C04  C05  119.62  3.000
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 U3Q  H4   C05  C06  120.76  3.000
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 U3Q  H5   C06  C07  119.45  3.000
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 U3Q  C07  C06  C05  120.19  3.000
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 U3Q  H8   C09  H7   105.68  3.000
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 U3Q  H8   C09  C08  110.19  3.000
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 U3Q  C16  C17  C01  121.28  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 U3Q  CONST_21  C17  C16  C08  C09     0.00   0.0  0
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 U3Q  CONST_31  H4   C05  C06  C07   180.00   0.0  0
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 U3Q  CONST_33  H5   C06  C07  C08   180.00   0.0  0
 U3Q  CONST_34  H1   C01  C17  C16   180.00   0.0  0
 U3Q  CONST_35  H3   C03  C04  C16   180.00   0.0  0
 U3Q  CONST_36  H4   C05  C04  C16   180.00   0.0  0
 U3Q  CONST_37  H6   C07  C08  C16   180.00   0.0  0
 U3Q  CONST_38  H2   C02  C01  C17   180.00   0.0  0
 U3Q  Var_01    C10  C09  C08  C07   103.20  30.0  2
 U3Q  Var_02    C16  C08  C09  C10   -75.74  30.0  2
 U3Q  Var_03    H7   C09  C08  C07   -18.59  30.0  2
 U3Q  Var_04    H8   C09  C08  C07  -134.28  30.0  2
 U3Q  Var_05    H7   C09  C08  C16   162.47  30.0  2
 U3Q  Var_06    H8   C09  C08  C16    46.78  30.0  2
 U3Q  Var_07    C11  C10  C09  C08   -62.48  30.0  2
 U3Q  Var_08    H9   C10  C09  C08   174.51  30.0  2
 U3Q  Var_09    H10  C10  C09  C08    59.55  30.0  2
 U3Q  Var_10    C12  C11  C10  C09   -58.67  30.0  3
 U3Q  Var_11    C13  C12  C11  C10   -59.59  30.0  3
 U3Q  Var_12    O15  C13  C12  C11    90.46  30.0  2
 U3Q  Var_13    O14  C13  C12  C11   -88.15  30.0  2
 U3Q  Var_14    H11  C11  C10  C09    64.41  30.0  3
 U3Q  Var_15    H12  C11  C10  C09   178.98  30.0  3
 U3Q  Var_16    H13  C12  C11  C10    63.35  30.0  3
 U3Q  Var_17    H14  C12  C11  C10   179.12  30.0  3
 U3Q  Var_18    H7   C09  C10  C11    59.64  30.0  3
 U3Q  Var_19    H8   C09  C10  C11   174.18  30.0  3
 U3Q  Var_20    H9   C10  C11  C12    63.27  30.0  2
 U3Q  Var_21    H10  C10  C11  C12   178.54  30.0  2
 U3Q  Var_22    H11  C11  C12  C13   177.09  30.0  1
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loop_
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