# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 00:01:19 2022
#   Inital geometry file: a 65 line input string
#   Ligand name: (2S)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propane-1,1-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](Cc1ccc(O)cc1)C(O)O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TYW  TYW  (2S)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propane-1,1-diol  peptide  26  13  .  2016-04-26  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TYW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TYW  C    C  CH1   0   0.293  12.8455  -33.3397  10.6998
 TYW  N    N  NH2   0  -0.818  11.3148  -34.0810  12.3811
 TYW  O    O  OH1   0  -0.665  13.6718  -33.7440   9.6626
 TYW  CA   C  CH1   0  -0.159  12.2826  -34.5758  11.4106
 TYW  CB   C  CH2   0  -0.500  11.5955  -35.5521  10.4487
 TYW  CG   C  CR6   0   0.086  11.1144  -36.7924  11.1510
 TYW  CZ   C  CR6   0   0.337  10.2548  -39.0935  12.5244
 TYW  CD1  C  CR16  0  -0.285  12.0132  -37.7924  11.5233
 TYW  CD2  C  CR16  0  -0.302   9.7758  -36.9771  11.4811
 TYW  CE1  C  CR16  0  -0.320  11.6003  -38.9280  12.1981
 TYW  CE2  C  CR16  0  -0.369   9.3417  -38.1100  12.1588
 TYW  OXT  O  OH1   0  -0.679  11.8010  -32.5492  10.2015
 TYW  HN   H  HNH2  0   0.365  10.7990  -34.8507  12.7894
 TYW  HNA  H  HNH2  0   0.356  11.7923  -33.6261  13.1505
 TYW  HA   H  HCH1  0   0.225  13.1278  -35.0992  11.8804
 TYW  HB   H  HCH2  0   0.238  10.7550  -35.0529   9.9610
 TYW  HBA  H  HCH2  0   0.252  12.3007  -35.8304   9.6638
 TYW  HOH  H  HOH1  0   0.471   8.9529  -40.2205  13.3546
 TYW  HD1  H  HCR6  0   0.246  13.0631  -37.6858  11.2744
 TYW  HD2  H  HCR6  0   0.253   9.0470  -36.2244  11.2026
 TYW  HE1  H  HCR6  0   0.257  12.3167  -39.6931  12.4713
 TYW  HE2  H  HCR6  0   0.266   8.2902  -38.2220  12.4000
 TYW  HO   H  HOH1  0   0.459  14.2664  -33.0240   9.4303
 TYW  HXT  H  HOH1  0   0.439  11.0812  -32.6548  10.8443
 TYW  H1   H  HCH1  0   0.187  13.4271  -32.7604  11.4384
 TYW  OH   O  OH1   0  -0.632   9.9013  -40.2170  13.1831

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TYW  C    O    single    1.231  0.020  1.231
 TYW  C    CA   single    1.525  0.021  1.525
 TYW  C    OXT  single    1.401  0.020  1.401
 TYW  N    CA   single    1.458  0.019  1.458
 TYW  CA   CB   single    1.530  0.020  1.530
 TYW  CB   CG   single    1.504  0.020  1.504
 TYW  CG   CD1  aromatic  1.395  0.020  1.395
 TYW  CG   CD2  aromatic  1.391  0.020  1.391
 TYW  OH   CZ   single    1.350  0.020  1.350
 TYW  CZ   CE1  aromatic  1.394  0.020  1.394
 TYW  CZ   CE2  aromatic  1.391  0.020  1.391
 TYW  CD1  CE1  aromatic  1.384  0.020  1.384
 TYW  CD2  CE2  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TYW  N    HN   single    0.890  0.020  1.040
 TYW  N    HNA  single    0.890  0.020  1.040
 TYW  CA   HA   single    0.970  0.020  0.970
 TYW  CB   HB   single    0.970  0.020  1.090
 TYW  CB   HBA  single    0.970  0.020  1.090
 TYW  OH   HOH  single    0.850  0.020  0.980
 TYW  CD1  HD1  single    0.930  0.020  1.080
 TYW  CD2  HD2  single    0.930  0.020  1.080
 TYW  CE1  HE1  single    0.930  0.020  1.080
 TYW  CE2  HE2  single    0.930  0.020  1.080
 TYW  O    HO   single    0.850  0.020  0.980
 TYW  OXT  HXT  single    0.850  0.020  0.980
 TYW  C    H1   single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TYW  H1   C    OXT  109.54  3.000
 TYW  H1   C    CA   107.83  3.000
 TYW  OXT  C    CA   110.24  3.000
 TYW  H1   C    O    109.84  3.000
 TYW  OXT  C    O    110.04  3.000
 TYW  CA   C    O    120.80  1.700
 TYW  HNA  N    HN   105.97  3.000
 TYW  HNA  N    CA   110.19  3.000
 TYW  HN   N    CA   110.41  3.000
 TYW  HO   O    C    109.32  3.000
 TYW  HA   CA   CB   109.00  3.000
 TYW  HA   CA   N    110.00  3.000
 TYW  CB   CA   N    110.50  1.700
 TYW  HA   CA   C    109.00  3.000
 TYW  CB   CA   C    110.10  1.900
 TYW  N    CA   C    111.00  2.800
 TYW  HBA  CB   HB   107.02  3.000
 TYW  HBA  CB   CG   109.40  3.000
 TYW  HB   CB   CG   109.82  3.000
 TYW  HBA  CB   CA   108.91  3.000
 TYW  HB   CB   CA   109.51  3.000
 TYW  CG   CB   CA   112.05  3.000
 TYW  CD2  CG   CD1  117.48  3.000
 TYW  CD2  CG   CB   121.88  3.000
 TYW  CD1  CG   CB   120.63  3.000
 TYW  CE2  CZ   CE1  119.21  3.000
 TYW  CE2  CZ   OH   123.03  3.000
 TYW  CE1  CZ   OH   117.76  3.000
 TYW  HD1  CD1  CE1  118.78  3.000
 TYW  HD1  CD1  CG   119.48  3.000
 TYW  CE1  CD1  CG   121.74  3.000
 TYW  HD2  CD2  CE2  118.77  3.000
 TYW  HD2  CD2  CG   119.59  3.000
 TYW  CE2  CD2  CG   121.64  3.000
 TYW  HE1  CE1  CD1  120.35  3.000
 TYW  HE1  CE1  CZ   119.70  3.000
 TYW  CD1  CE1  CZ   119.96  3.000
 TYW  HE2  CE2  CD2  119.70  3.000
 TYW  HE2  CE2  CZ   120.33  3.000
 TYW  CD2  CE2  CZ   119.97  3.000
 TYW  HXT  OXT  C    104.82  3.000
 TYW  HOH  OH   CZ   110.34  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TYW  CONST_01  CZ   CE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 TYW  CONST_02  CZ   CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 TYW  CONST_03  CE2  CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 TYW  CONST_04  CE2  CZ   CE1  CD1    0.00   0.0  0
 TYW  CONST_05  CE1  CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 TYW  CONST_06  CE1  CZ   CE2  CD2    0.00   0.0  0
 TYW  CONST_07  CE1  CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_08  CE2  CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_09  CD1  CE1  CZ   OH   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_10  CD2  CE2  CZ   OH   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_11  HE1  CE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_12  HE2  CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_13  HD1  CD1  CE1  CZ   180.00   0.0  0
 TYW  CONST_14  HD2  CD2  CE2  CZ   180.00   0.0  0
 TYW  Var_01    CD1  CG   CB   CA   -76.14  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TYW  chir_01  CA  C  N  CB  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TYW  plan-1  CB   0.020
 TYW  plan-1  CG   0.020
 TYW  plan-1  CZ   0.020
 TYW  plan-1  CD1  0.020
 TYW  plan-1  CD2  0.020
 TYW  plan-1  CE1  0.020
 TYW  plan-1  CE2  0.020
 TYW  plan-1  HD1  0.020
 TYW  plan-1  HD2  0.020
 TYW  plan-1  HE1  0.020
 TYW  plan-1  HE2  0.020
 TYW  plan-1  OH   0.020

