# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Oct 21 16:56:47 2020
#
#   Inital geometry file: a 105 line input string
#   Ligand name: thymidine 5'-(trihydrogen diphosphate)
#   CSD Mogul values: True
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
TYD        TYD 'thymidine 5'-(trihydrogen diphosphate)' ligand 38 25 .
2020-10-21 2020-10-21
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_TYD
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
TYD         PA     P   P      0    .      -0.1430   -0.0020   -2.9000
TYD         O1A    O   O      0    .       0.6330    1.2100   -2.5580
TYD         O2A    O   OP    -1    .      -1.4730    0.4210   -3.7030
TYD         O3A    O   O2     0    .       0.7520   -0.9720   -3.8210
TYD         PB     P   P      0    .       1.1260   -0.1400   -5.1470
TYD         O1B    O   O      0    .       1.8840    1.0740   -4.7710
TYD         O2B    O   OP    -1    .       2.0270   -1.0550   -6.1190
TYD         O3B    O   OP    -1    .      -0.2240    0.2850   -5.9120
TYD        O5'     O   O2     0    .      -0.5550   -0.7740   -1.5490
TYD        C5'     C   CH2    0    .      -1.3450    0.1330   -0.7790
TYD        C4'     C   CH1    0    .      -1.7720   -0.5410    0.5250
TYD        O4'     O   O2     0    .      -0.6240   -0.8090    1.3630
TYD        C3'     C   CH1    0    .      -2.6310    0.4210    1.3830
TYD        O3'     O   OH1    0    .      -4.0080    0.3490    1.0070
TYD        C2'     C   CH2    0    .      -2.4180   -0.1370    2.8110
TYD        C1'     C   CH1    0    .      -1.1130   -0.9490    2.7080
TYD         N1     N   NR6    0    .      -0.1240   -0.4250    3.6540
TYD         C2     C   CR6    0    .       0.2760    0.8540    3.5580
TYD         O2     O   OC     0    .      -0.1860    1.5640    2.6850
TYD         N3     N   NR16   0    .       1.1820    1.3620    4.4140
TYD         C4     C   CR6    0    .       1.7010    0.5900    5.3900
TYD         O4     O   OC     0    .       2.5220    1.0480    6.1650
TYD         C5     C   CR6    0    .       1.2920   -0.7600    5.4990
TYD         C5M    C   CH3    0    .       1.8600   -1.6450    6.5780
TYD         C6     C   CR16   0    .       0.3810   -1.2430    4.6270
TYD        H5'1    H   HCH2   0    .      -2.2300    0.4170   -1.3470
TYD        H5'2    H   HCH2   0    .      -0.7580    1.0230   -0.5520
TYD        H4'     H   HCH1   0    .      -2.3170   -1.4620    0.3190
TYD        H3'     H   HCH1   0    .      -2.2620    1.4440    1.3070
TYD        HO3'    H   HOH1   0    .      -4.4980    0.8980    1.6350
TYD        H2'1    H   HCH2   0    .      -3.2490   -0.7840    3.0950
TYD        H2'2    H   HCH2   0    .      -2.3060    0.6760    3.5270
TYD        H1'     H   HCH1   0    .      -1.3110   -1.9990    2.9230
TYD         HN3    H   HNR6   0    .       1.4600    2.2870    4.3300
TYD         H51    H   HCH3   0    .       2.5730   -1.0780    7.1760
TYD         H52    H   HCH3   0    .       1.0530   -2.0020    7.2180
TYD         H53    H   HCH3   0    .       2.3650   -2.4970    6.1210
TYD         H6     H   HCR6   0    .       0.0540   -2.2700    4.6970
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
TYD   PA      O1A   deloc         1.477 0.020     1.477
TYD   PA      O2A   deloc         1.529 0.022     1.529
TYD   PA      O3A   single        1.592 0.030     1.592
TYD   PA     O5'    single        1.579 0.011     1.579
TYD   O3A     PB    single        1.600 0.010     1.600
TYD   PB      O1B   deloc         1.491 0.022     1.491
TYD   PB      O2B   deloc         1.533 0.032     1.533
TYD   PB      O3B   deloc         1.533 0.028     1.533
TYD  O5'     C5'    single        1.443 0.028     1.443
TYD  C5'     C4'    single        1.508 0.015     1.508
TYD  C5'     H5'1   single        0.970 0.011     1.090
TYD  C5'     H5'2   single        0.970 0.011     1.090
TYD  C4'     O4'    single        1.444 0.011     1.444
TYD  C4'     C3'    single        1.527 0.011     1.527
TYD  C4'     H4'    single        0.970 0.012     1.090
TYD  O4'     C1'    single        1.418 0.012     1.418
TYD  C3'     O3'    single        1.428 0.013     1.428
TYD  C3'     C2'    single        1.523 0.010     1.523
TYD  C3'     H3'    single        0.970 0.011     1.090
TYD  O3'     HO3'   single        0.850 0.011     0.980
TYD  C2'     C1'    single        1.521 0.011     1.521
TYD  C2'     H2'1   single        0.970 0.012     1.090
TYD  C2'     H2'2   single        0.970 0.012     1.090
TYD  C1'      N1    single        1.475 0.012     1.475
TYD  C1'     H1'    single        0.970 0.017     1.090
TYD   N1      C2    aromatic      1.379 0.017     1.379
TYD   N1      C6    aromatic      1.377 0.010     1.377
TYD   C2      O2    double        1.223 0.013     1.223
TYD   C2      N3    aromatic      1.374 0.012     1.374
TYD   N3      C4    aromatic      1.382 0.010     1.382
TYD   N3      HN3   single        0.860 0.012     1.020
TYD   C4      O4    double        1.230 0.012     1.230
TYD   C4      C5    aromatic      1.446 0.014     1.446
TYD   C5      C5M   single        1.502 0.010     1.502
TYD   C5      C6    aromatic      1.342 0.018     1.342
TYD   C5M     H51   single        0.970 0.010     1.090
TYD   C5M     H52   single        0.970 0.010     1.090
TYD   C5M     H53   single        0.970 0.010     1.090
TYD   C6      H6    single        0.930 0.010     1.080
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
TYD  O5'      PA      O3A         102.67 2.380
TYD  O5'      PA      O2A         108.07 2.651
TYD   O3A     PA      O2A         106.94 1.880
TYD  O5'      PA      O1A         110.65 3.490
TYD   O3A     PA      O1A         111.24 2.719
TYD   O2A     PA      O1A         114.42 3.527
TYD   PB      O3A     PA          139.87 1.000
TYD   O3B     PB      O2B         108.70 2.785
TYD   O3B     PB      O1B         113.32 2.534
TYD   O2B     PB      O1B         113.32 2.534
TYD   O3B     PB      O3A         104.48 1.135
TYD   O2B     PB      O3A         104.48 1.135
TYD   O1B     PB      O3A         110.47 1.644
TYD  C5'     O5'      PA          121.27 1.000
TYD  H5'2    C5'     H5'1         109.47 3.000
TYD  H5'2    C5'     C4'          109.44 3.000
TYD  H5'1    C5'     C4'          109.44 3.000
TYD  H5'2    C5'     O5'          109.45 3.000
TYD  H5'1    C5'     O5'          109.50 3.000
TYD  C4'     C5'     O5'          108.83 2.328
TYD  H4'     C4'     C3'          127.18 3.000
TYD  H4'     C4'     O4'          127.18 3.000
TYD  C3'     C4'     O4'          105.64 1.084
TYD  H4'     C4'     C5'          127.18 3.000
TYD  C3'     C4'     C5'          114.72 1.915
TYD  O4'     C4'     C5'          109.53 1.437
TYD  C1'     O4'     C4'          109.55 1.311
TYD  H3'     C3'     C2'          124.52 3.000
TYD  H3'     C3'     O3'          124.52 3.000
TYD  C2'     C3'     O3'          110.97 2.419
TYD  H3'     C3'     C4'          124.52 3.000
TYD  C2'     C3'     C4'          102.59 1.017
TYD  O3'     C3'     C4'          110.26 2.320
TYD  HO3'    O3'     C3'          106.78 3.000
TYD  H2'2    C2'     H2'1         110.48 3.000
TYD  H2'2    C2'     C1'          110.51 3.000
TYD  H2'1    C2'     C1'          110.50 3.000
TYD  H2'2    C2'     C3'          110.58 3.000
TYD  H2'1    C2'     C3'          110.44 3.000
TYD  C1'     C2'     C3'          102.57 1.360
TYD  H1'     C1'      N1          123.04 3.000
TYD  H1'     C1'     C2'          123.04 3.000
TYD   N1     C1'     C2'          113.92 1.278
TYD  H1'     C1'     O4'          123.04 3.000
TYD   N1     C1'     O4'          108.01 1.000
TYD  C2'     C1'     O4'          106.23 1.052
TYD   C6      N1      C2          121.30 1.000
TYD   C6      N1     C1'          120.69 1.410
TYD   C2      N1     C1'          117.69 1.459
TYD   N3      C2      O2          121.99 1.083
TYD   N3      C2      N1          114.83 1.000
TYD   O2      C2      N1          122.84 1.000
TYD   HN3     N3      C4          116.34 3.000
TYD   HN3     N3      C2          116.34 3.000
TYD   C4      N3      C2          127.33 1.000
TYD   C5      C4      O4          124.92 1.000
TYD   C5      C4      N3          115.32 1.000
TYD   O4      C4      N3          120.30 1.378
TYD   C6      C5      C5M         122.99 1.000
TYD   C6      C5      C4          118.02 1.000
TYD   C5M     C5      C4          118.77 1.000
TYD   H53     C5M     H52         109.45 3.000
TYD   H53     C5M     H51         109.48 3.000
TYD   H52     C5M     H51         109.43 3.000
TYD   H53     C5M     C5          109.47 3.000
TYD   H52     C5M     C5          109.50 3.000
TYD   H51     C5M     C5          109.51 3.000
TYD   H6      C6      C5          118.33 3.000
TYD   H6      C6      N1          118.33 3.000
TYD   C5      C6      N1          123.34 1.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
TYD CONST_01       C4      N3      C2      N1           -0.24   0.0 0
TYD CONST_02       C4      C5      C6      N1            0.30   0.0 0
TYD CONST_03       C5      C6      N1      C2           -0.07   0.0 0
TYD CONST_04       C5      C4      N3      C2            0.47   0.0 0
TYD CONST_05       C6      N1      C2      N3            0.03   0.0 0
TYD CONST_06       C6      C5      C4      N3           -0.50   0.0 0
TYD CONST_07       N3      C2      N1     C1'          179.94   0.0 0
TYD CONST_08       C5      C6      N1     C1'         -179.98   0.0 0
TYD CONST_09       O2      C2      N1     C1'           -0.09   0.0 0
TYD CONST_10       C5M     C5      C6      N1          179.99   0.0 0
TYD CONST_11       O4      C4      N3      C2          179.94   0.0 0
TYD CONST_12       C6      N1      C2      O2          180.00   0.0 0
TYD CONST_13       C4      N3      C2      O2          179.79   0.0 0
TYD CONST_14       C5M     C5      C4      N3          179.81   0.0 0
TYD CONST_15       C6      C5      C4      O4         -179.97   0.0 0
TYD CONST_16       H6      C6      N1     C1'            0.10   0.0 0
TYD CONST_17       HN3     N3      C2      N1          179.96   0.0 0
TYD Var_01         H51     C5M     C5      C4           -0.29  30.0 2
TYD Var_02        C4'     C5'     O5'      PA          180.00  30.0 3
TYD Var_03         O1B     PB      O3A     PA           59.98  30.0 3
TYD Var_04        O5'      PA      O3A     PB         -180.00  30.0 1
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
TYD chir_02  C4'     C5'     O4'     C3'    negativ
TYD chir_03  C3'     O3'     C4'     C2'    positiv
TYD chir_04  C1'     O4'      N1     C2'    negativ
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
TYD plan-1    C1' 0.020
TYD plan-1     N1 0.020
TYD plan-1     C2 0.020
TYD plan-1     O2 0.020
TYD plan-1     N3 0.020
TYD plan-1     C4 0.020
TYD plan-1     O4 0.020
TYD plan-1     C5 0.020
TYD plan-1    C5M 0.020
TYD plan-1     C6 0.020
TYD plan-1    HN3 0.020
TYD plan-1     H6 0.020
