# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 06:25:40 2020
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: (2R)-N-(4-chloro-3-oxobutyl)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)(CO)[C@@H](O)C(=O)NCCC(=O)CCl
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TXI  TXI  (2R)-N-(4-chloro-3-oxobutyl)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanamide  ligand  34  16  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TXI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TXI  N1   N   NH1   0  -0.639   0.1252   0.1245   0.3642
 TXI  O1   O   O     0  -0.372  -3.9151  -1.0609   0.1004
 TXI  C1   C   CH2   0  -0.564  -4.6997   1.1947   0.0814
 TXI  O2   O   O     0  -0.496   1.1718  -1.8361   0.6946
 TXI  C2   C   CH3   0  -0.645   4.0233  -1.6354  -0.2249
 TXI  C3   C   C     0   0.417  -3.6454   0.1112   0.1320
 TXI  O3   O   OH1   0  -0.664   2.2879   1.5456   0.8866
 TXI  C4   C   CH2   0  -0.616  -2.2381   0.6362   0.2282
 TXI  O4   O   OH1   0  -0.669   5.8219   0.4210  -0.9749
 TXI  C5   C   CH3   0  -0.667   3.0106   0.0912  -1.7266
 TXI  C6   C   CH2   0  -0.230  -1.1912  -0.4625   0.2406
 TXI  C7   C   CH1   0  -0.030   2.5267   0.1601   0.7631
 TXI  C8   C   C     0   0.520   1.2141  -0.6162   0.5973
 TXI  C9   C   CT    0  -0.195   3.5779  -0.1742  -0.3297
 TXI  C10  C   CH2   0  -0.107   4.7956   0.7269  -0.0603
 TXI  CL1  CL  CL    0  -0.133  -6.3448   0.5320   0.0439
 TXI  H1   H   HNH1  0   0.401   0.2154   1.1272   0.3790
 TXI  H2   H   HCH2  0   0.318  -4.6044   1.8463   0.9502
 TXI  H3   H   HCH2  0   0.320  -4.5518   1.8098  -0.8071
 TXI  H4   H   HCH3  0   0.232   4.8435  -1.8274  -0.9149
 TXI  H5   H   HCH3  0   0.220   4.3728  -1.8709   0.7829
 TXI  H6   H   HCH3  0   0.241   3.2211  -2.3256  -0.4706
 TXI  H7   H   HOH1  0   0.454   2.3254   1.9648   0.0200
 TXI  H8   H   HCH2  0   0.291  -2.0714   1.3287  -0.6042
 TXI  H9   H   HCH2  0   0.293  -2.1673   1.2470   1.1352
 TXI  H10  H   HOH1  0   0.456   6.5465   1.0328  -0.8188
 TXI  H11  H   HCH3  0   0.239   2.1658  -0.5635  -1.9457
 TXI  H12  H   HCH3  0   0.221   2.6762   1.1230  -1.8654
 TXI  H13  H   HCH3  0   0.249   3.7666  -0.0933  -2.4887
 TXI  H14  H   HCH2  0   0.246  -1.2545  -1.0558  -0.6748
 TXI  H15  H   HCH2  0   0.246  -1.3693  -1.1435   1.0747
 TXI  H16  H   HCH1  0   0.264   2.9377  -0.1610   1.7276
 TXI  H17  H   HCH2  0   0.198   5.1255   0.5634   0.9767
 TXI  H18  H   HCH2  0   0.199   4.5162   1.7834  -0.1437

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TXI  N1   C6   single  1.447  0.020  1.447
 TXI  N1   C8   single  1.337  0.020  1.337
 TXI  N1   H1   single  0.860  0.020  1.020
 TXI  O1   C3   double  1.203  0.020  1.203
 TXI  C1   C3   single  1.513  0.020  1.513
 TXI  C1   CL1  single  1.774  0.020  1.774
 TXI  C1   H2   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C1   H3   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  O2   C8   double  1.225  0.020  1.225
 TXI  C2   C9   single  1.531  0.020  1.531
 TXI  C2   H4   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C2   H5   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C2   H6   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C3   C4   single  1.505  0.020  1.505
 TXI  O3   C7   single  1.411  0.020  1.411
 TXI  O3   H7   single  0.850  0.020  0.980
 TXI  C4   C6   single  1.518  0.020  1.518
 TXI  C4   H8   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C4   H9   single  0.970  0.020  1.090
 TXI  O4   C10  single  1.408  0.020  1.408
 TXI  O4   H10  single  0.850  0.020  0.980
 TXI  C5   C9   single  1.531  0.020  1.531
 TXI  C5   H11  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C5   H12  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C5   H13  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C6   H14  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C6   H15  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C7   C8   single  1.534  0.020  1.534
 TXI  C7   C9   single  1.553  0.020  1.553
 TXI  C7   H16  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C9   C10  single  1.539  0.020  1.539
 TXI  C10  H17  single  0.970  0.020  1.090
 TXI  C10  H18  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TXI  H1   N1   C8   118.43  3.000
 TXI  H1   N1   C6   119.13  3.000
 TXI  C8   N1   C6   122.08  3.000
 TXI  H3   C1   H2   107.47  3.000
 TXI  H3   C1   CL1  108.62  3.000
 TXI  H2   C1   CL1  108.73  3.000
 TXI  H3   C1   C3   109.67  3.000
 TXI  H2   C1   C3   109.91  3.000
 TXI  CL1  C1   C3   112.30  3.000
 TXI  H6   C2   H5   107.94  3.000
 TXI  H6   C2   H4   107.50  3.000
 TXI  H5   C2   H4   107.80  3.000
 TXI  H6   C2   C9   112.09  3.000
 TXI  H5   C2   C9   111.22  3.000
 TXI  H4   C2   C9   110.12  3.000
 TXI  C4   C3   C1   113.83  3.000
 TXI  C4   C3   O1   123.44  3.000
 TXI  C1   C3   O1   122.73  3.000
 TXI  H7   O3   C7   109.99  3.000
 TXI  H9   C4   H8   105.47  3.000
 TXI  H9   C4   C6   110.63  3.000
 TXI  H8   C4   C6   111.03  3.000
 TXI  H9   C4   C3   107.92  3.000
 TXI  H8   C4   C3   108.31  3.000
 TXI  C6   C4   C3   113.14  3.000
 TXI  H10  O4   C10  107.80  3.000
 TXI  H13  C5   H12  106.46  3.000
 TXI  H13  C5   H11  107.17  3.000
 TXI  H12  C5   H11  107.69  3.000
 TXI  H13  C5   C9   110.60  3.000
 TXI  H12  C5   C9   113.13  3.000
 TXI  H11  C5   C9   111.48  3.000
 TXI  H15  C6   H14  106.98  3.000
 TXI  H15  C6   C4   110.20  3.000
 TXI  H14  C6   C4   110.27  3.000
 TXI  H15  C6   N1   109.65  3.000
 TXI  H14  C6   N1   110.16  3.000
 TXI  C4   C6   N1   109.55  3.000
 TXI  H16  C7   C9   107.60  3.000
 TXI  H16  C7   C8   105.52  3.000
 TXI  C9   C7   C8   113.22  3.000
 TXI  H16  C7   O3   105.89  3.000
 TXI  C9   C7   O3   112.80  3.000
 TXI  C8   C7   O3   111.19  3.000
 TXI  C7   C8   O2   121.68  3.000
 TXI  C7   C8   N1   115.80  3.000
 TXI  O2   C8   N1   122.51  3.000
 TXI  C10  C9   C7   106.65  3.000
 TXI  C10  C9   C5   110.58  3.000
 TXI  C7   C9   C5   110.73  3.000
 TXI  C10  C9   C2   108.46  3.000
 TXI  C7   C9   C2   110.74  3.000
 TXI  C5   C9   C2   109.61  3.000
 TXI  H18  C10  H17  106.94  3.000
 TXI  H18  C10  C9   110.46  3.000
 TXI  H17  C10  C9   108.38  3.000
 TXI  H18  C10  O4   110.22  3.000
 TXI  H17  C10  O4   111.17  3.000
 TXI  C9   C10  O4   109.62  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TXI  CONST_01  C6   N1   C8  O2     0.00   0.0  0
 TXI  CONST_02  C7   C8   N1  C6   180.00   0.0  0
 TXI  CONST_03  H1   N1   C8  O2   180.00   0.0  0
 TXI  Var_01    C3   C4   C6  N1  -178.75  30.0  1
 TXI  Var_02    CL1  C1   C3  O1     2.50  30.0  1
 TXI  Var_03    C6   C4   C3  O1     1.68  30.0  3
 TXI  Var_04    O4   C10  C9  C2    57.41  30.0  3
 TXI  Var_05    C8   N1   C6  C4   169.97  30.0  1
 TXI  Var_06    H11  C5   C9  C2    58.61  30.0  3
 TXI  Var_07    H4   C2   C9  C5    64.27  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TXI  chir_01  C7  O3  C8  C9  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TXI  plan-1  N1  0.020
 TXI  plan-1  O2  0.020
 TXI  plan-1  C6  0.020
 TXI  plan-1  C7  0.020
 TXI  plan-1  C8  0.020
 TXI  plan-1  H1  0.020
 TXI  plan-2  O1  0.020
 TXI  plan-2  C1  0.020
 TXI  plan-2  C3  0.020
 TXI  plan-2  C4  0.020

