# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Aug  3 19:29:41 2021
#   Inital geometry file: a 128 line input string
#   Ligand name: (3R,7S)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-3-hydroxy-7-[(1R)-1-hydroxyethyl]-5-oxo-2,4-dioxa-6-aza-3-phosphaoctan-8-oic acid 3-oxide (non-preferred name)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H](O)[C@H](NC(=O)O[P](O)(=O)OC[C@H]1O[C@H]([C@H](O)[C@@H]1O)n2cnc3c(N)ncnc23)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TXA  TXA  '(3R,7S)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-3-hydroxy-7-[(1R)-1-hydroxyethyl]-5-oxo-2,4-dioxa-6-aza-3-phosphaoctan-8-oic acid 3-oxide (non-preferred name)'  ligand  54  33  .  2022-11-18  2022-11-18
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TXA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TXA  OXT  O  OH1   0  -0.575    2.0593  23.5779  15.2331
 TXA  CX   C  C     0   0.560    3.2938  23.1946  15.4966
 TXA  OX   O  O     0  -0.443    4.2788  23.7122  15.0347
 TXA  CAX  C  CH1   0  -0.218    3.3744  22.0246  16.4710
 TXA  CBX  C  CH1   0   0.020    4.1274  20.8684  15.8100
 TXA  CGX  C  CH3   0  -0.690    4.3688  19.7152  16.7683
 TXA  OGX  O  OH1   0  -0.670    3.3467  20.4968  14.6939
 TXA  NX   N  NH1   0  -0.645    2.0924  21.5843  16.9494
 TXA  CCA  C  C     0   0.769    1.4840  22.1874  17.9733
 TXA  OP2  O  O2    0  -0.596    0.2734  21.6314  18.2242
 TXA  OCA  O  O     0  -0.498    1.9265  23.0992  18.6363
 TXA  P    P  P     0   1.473   -0.7027  22.3203  19.3568
 TXA  OP3  O  OH1   0  -0.717    0.0584  22.1421  20.7335
 TXA  OP1  O  O     0  -0.679   -1.1789  23.6522  18.9559
 TXA  O5'  O  O2    0  -0.568   -1.7619  21.1526  19.5027
 TXA  C5'  C  CH2   0  -0.217   -3.0312  21.1722  18.8442
 TXA  C4'  C  CH1   0   0.010   -4.0064  22.0859  19.5718
 TXA  C3'  C  CH1   0  -0.033   -4.0697  21.8828  21.0833
 TXA  O3'  O  OH1   0  -0.648   -3.1149  22.6841  21.7176
 TXA  C2'  C  CH1   0  -0.040   -5.5134  22.3116  21.3842
 TXA  O2'  O  OH1   0  -0.663   -5.6231  23.7070  21.4078
 TXA  C1'  C  CH1   0   0.170   -6.2456  21.8068  20.1418
 TXA  O4'  O  O2    0  -0.497   -5.3152  21.7913  19.0974
 TXA  N9   N  NR5   0  -0.535   -6.7820  20.4675  20.3347
 TXA  C8   C  CR15  0   0.101   -6.2346  19.2569  20.0091
 TXA  N7   N  N     0  -0.450   -6.9751  18.2455  20.3577
 TXA  C5   C  CR56  0  -0.002   -8.0720  18.8134  20.9497
 TXA  C6   C  CR6   0   0.457   -9.2344  18.2783  21.5357
 TXA  N6   N  NH2   0  -0.816   -9.4716  16.9676  21.6022
 TXA  N1   N  N     0  -0.473  -10.1346  19.1332  22.0341
 TXA  C2   C  CR16  0   0.041   -9.9011  20.4410  21.9585
 TXA  N3   N  N     0  -0.459   -8.8549  21.0597  21.4392
 TXA  C4   C  CR56  0   0.487   -7.9709  20.1950  20.9454
 TXA  H1   H  HOH1  0   0.488    2.0682  24.3332  14.6250
 TXA  H2   H  HCH1  0   0.321    3.9721  22.3683  17.3190
 TXA  H3   H  HCH1  0   0.240    5.1000  21.2635  15.4944
 TXA  H4   H  HCH3  0   0.238    4.9415  20.0486  17.6344
 TXA  H5   H  HCH3  0   0.236    3.4381  19.2731  17.1243
 TXA  H6   H  HCH3  0   0.247    4.9495  18.9341  16.2757
 TXA  H7   H  HOH1  0   0.462    3.7693  19.7537  14.2510
 TXA  H8   H  HNH1  0   0.416    1.5803  20.9101  16.3992
 TXA  H9   H  HOH1  0   0.505    0.7324  22.8148  20.9052
 TXA  H10  H  HCH2  0   0.265   -3.3823  20.1413  18.8736
 TXA  H11  H  HCH2  0   0.274   -2.9281  21.4606  17.7960
 TXA  H12  H  HCH1  0   0.260   -3.7647  23.1324  19.3574
 TXA  H13  H  HCH1  0   0.254   -3.9425  20.8222  21.3370
 TXA  H14  H  HOH1  0   0.470   -2.9068  22.3067  22.5779
 TXA  H15  H  HCH1  0   0.263   -5.9041  21.8542  22.3009
 TXA  H16  H  HOH1  0   0.453   -4.8218  24.0570  21.8178
 TXA  H17  H  HCH1  0   0.286   -7.0922  22.4512  19.8909
 TXA  H18  H  HCR5  0   0.298   -5.2885  19.1704  19.4993
 TXA  H19  H  HNH2  0   0.404  -10.2861  16.6256  22.0821
 TXA  H20  H  HNH2  0   0.411   -8.7829  16.3003  21.3023
 TXA  H21  H  HCR6  0   0.253  -10.6715  21.0768  22.3815

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TXA  OX   CX   double    1.205  0.020  1.205
 TXA  OGX  CBX  single    1.412  0.020  1.412
 TXA  CX   OXT  single    1.319  0.020  1.319
 TXA  CX   CAX  single    1.525  0.020  1.525
 TXA  CBX  CAX  single    1.530  0.020  1.530
 TXA  CBX  CGX  single    1.519  0.020  1.519
 TXA  CAX  NX   single    1.437  0.020  1.437
 TXA  NX   CCA  single    1.335  0.020  1.335
 TXA  OCA  CCA  double    1.211  0.020  1.211
 TXA  CCA  OP2  single    1.356  0.020  1.356
 TXA  OP2  P    single    1.646  0.020  1.646
 TXA  O4'  C1'  single    1.399  0.020  1.399
 TXA  O4'  C4'  single    1.423  0.020  1.423
 TXA  OP1  P    double    1.470  0.020  1.470
 TXA  C1'  N9   single    1.456  0.020  1.456
 TXA  C1'  C2'  single    1.528  0.020  1.528
 TXA  N3   C2   aromatic  1.322  0.020  1.322
 TXA  N3   C4   aromatic  1.331  0.020  1.331
 TXA  C2   N1   aromatic  1.331  0.020  1.331
 TXA  C4   N9   aromatic  1.364  0.020  1.364
 TXA  C4   C5   aromatic  1.385  0.020  1.385
 TXA  N9   C8   aromatic  1.368  0.020  1.368
 TXA  P    O5'  single    1.583  0.020  1.583
 TXA  P    OP3  single    1.583  0.020  1.583
 TXA  N1   C6   aromatic  1.338  0.020  1.338
 TXA  C8   N7   aromatic  1.301  0.020  1.301
 TXA  C5   C6   aromatic  1.407  0.020  1.407
 TXA  C5   N7   aromatic  1.370  0.020  1.370
 TXA  C6   N6   single    1.334  0.020  1.334
 TXA  C4'  C5'  single    1.522  0.020  1.522
 TXA  C4'  C3'  single    1.526  0.020  1.526
 TXA  C5'  O5'  single    1.430  0.020  1.430
 TXA  O2'  C2'  single    1.400  0.020  1.400
 TXA  C2'  C3'  single    1.536  0.020  1.536
 TXA  C3'  O3'  single    1.399  0.020  1.399
 TXA  OXT  H1   single    0.850  0.020  0.980
 TXA  CAX  H2   single    0.970  0.020  1.090
 TXA  CBX  H3   single    0.970  0.020  1.090
 TXA  CGX  H4   single    0.970  0.020  1.090
 TXA  CGX  H5   single    0.970  0.020  1.090
 TXA  CGX  H6   single    0.970  0.020  1.090
 TXA  OGX  H7   single    0.850  0.020  0.980
 TXA  NX   H8   single    0.860  0.020  1.020
 TXA  OP3  H9   single    0.850  0.020  0.980
 TXA  C5'  H10  single    0.970  0.020  1.090
 TXA  C5'  H11  single    0.970  0.020  1.090
 TXA  C4'  H12  single    0.970  0.020  1.090
 TXA  C3'  H13  single    0.970  0.020  1.090
 TXA  O3'  H14  single    0.850  0.020  0.980
 TXA  C2'  H15  single    0.970  0.020  1.090
 TXA  O2'  H16  single    0.850  0.020  0.980
 TXA  C1'  H17  single    0.970  0.020  1.090
 TXA  C8   H18  single    0.930  0.020  1.080
 TXA  N6   H19  single    0.860  0.020  1.020
 TXA  N6   H20  single    0.860  0.020  1.020
 TXA  C2   H21  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TXA  H1   OXT  CX   110.06  3.000
 TXA  CAX  CX   OX   122.11  3.000
 TXA  CAX  CX   OXT  113.58  3.000
 TXA  OX   CX   OXT  124.30  3.000
 TXA  H2   CAX  NX   109.02  3.000
 TXA  H2   CAX  CBX  107.68  3.000
 TXA  NX   CAX  CBX  110.57  3.000
 TXA  H2   CAX  CX   106.46  3.000
 TXA  NX   CAX  CX   113.61  3.000
 TXA  CBX  CAX  CX   109.26  3.000
 TXA  H3   CBX  OGX  110.97  3.000
 TXA  H3   CBX  CGX  108.32  3.000
 TXA  OGX  CBX  CGX  112.76  3.000
 TXA  H3   CBX  CAX  106.78  3.000
 TXA  CGX  CBX  CAX  112.30  3.000
 TXA  OGX  CBX  CAX  105.57  3.000
 TXA  H6   CGX  H5   108.15  3.000
 TXA  H6   CGX  H4   107.34  3.000
 TXA  H5   CGX  H4   108.24  3.000
 TXA  H6   CGX  CBX  110.08  3.000
 TXA  H5   CGX  CBX  112.23  3.000
 TXA  H4   CGX  CBX  110.64  3.000
 TXA  H7   OGX  CBX  108.91  3.000
 TXA  H8   NX   CCA  119.24  3.000
 TXA  H8   NX   CAX  118.39  3.000
 TXA  CCA  NX   CAX  121.56  3.000
 TXA  OCA  CCA  OP2  122.26  3.000
 TXA  OP2  CCA  NX   111.32  3.000
 TXA  OCA  CCA  NX   126.40  3.000
 TXA  P    OP2  CCA  119.03  3.000
 TXA  O5'  P    OP1  118.46  3.000
 TXA  O5'  P    OP3   99.12  3.000
 TXA  OP1  P    OP3  119.66  3.000
 TXA  OP3  P    OP2  105.43  3.000
 TXA  O5'  P    OP2   98.71  3.000
 TXA  OP1  P    OP2  112.55  3.000
 TXA  H9   OP3  P    114.27  3.000
 TXA  C5'  O5'  P    122.77  3.000
 TXA  H11  C5'  H10  107.83  3.000
 TXA  H11  C5'  C4'  111.16  3.000
 TXA  H10  C5'  C4'  110.42  3.000
 TXA  H11  C5'  O5'  111.21  3.000
 TXA  H10  C5'  O5'  105.11  3.000
 TXA  C4'  C5'  O5'  110.91  3.000
 TXA  H12  C4'  O4'  109.60  3.000
 TXA  H12  C4'  C3'  109.28  3.000
 TXA  O4'  C4'  C3'  105.33  3.000
 TXA  H12  C4'  C5'  109.81  3.000
 TXA  C3'  C4'  C5'  114.84  3.000
 TXA  O4'  C4'  C5'  107.80  3.000
 TXA  H13  C3'  C2'  109.48  3.000
 TXA  H13  C3'  O3'  111.69  3.000
 TXA  C2'  C3'  O3'  113.13  3.000
 TXA  H13  C3'  C4'  110.64  3.000
 TXA  O3'  C3'  C4'  110.15  3.000
 TXA  C2'  C3'  C4'  101.29  3.000
 TXA  H14  O3'  C3'  109.17  3.000
 TXA  H15  C2'  C1'  111.79  3.000
 TXA  H15  C2'  O2'  111.95  3.000
 TXA  C1'  C2'  O2'  107.79  3.000
 TXA  H15  C2'  C3'  112.47  3.000
 TXA  O2'  C2'  C3'  110.82  3.000
 TXA  C1'  C2'  C3'  101.47  3.000
 TXA  H16  O2'  C2'  107.66  3.000
 TXA  H17  C1'  N9   106.70  3.000
 TXA  H17  C1'  O4'  110.51  3.000
 TXA  N9   C1'  O4'  109.50  3.000
 TXA  H17  C1'  C2'  111.28  3.000
 TXA  N9   C1'  C2'  111.89  3.000
 TXA  O4'  C1'  C2'  106.98  3.000
 TXA  C1'  O4'  C4'  111.13  3.000
 TXA  C4   N9   C8   106.17  3.000
 TXA  C8   N9   C1'  129.44  3.000
 TXA  C4   N9   C1'  124.36  3.000
 TXA  H18  C8   N7   124.31  3.000
 TXA  H18  C8   N9   122.33  3.000
 TXA  N7   C8   N9   113.35  3.000
 TXA  C5   N7   C8   104.44  3.000
 TXA  C4   C5   C6   116.15  3.000
 TXA  C6   C5   N7   133.14  3.000
 TXA  C4   C5   N7   110.72  3.000
 TXA  N1   C6   N6   119.33  3.000
 TXA  N6   C6   C5   122.77  3.000
 TXA  N1   C6   C5   117.90  3.000
 TXA  H20  N6   H19  118.16  3.000
 TXA  H20  N6   C6   121.06  3.000
 TXA  H19  N6   C6   120.15  3.000
 TXA  C2   N1   C6   119.26  3.000
 TXA  H21  C2   N3   116.17  3.000
 TXA  H21  C2   N1   115.43  3.000
 TXA  N3   C2   N1   128.41  3.000
 TXA  C4   N3   C2   111.55  3.000
 TXA  N3   C4   C5   126.73  3.000
 TXA  C5   C4   N9   105.32  3.000
 TXA  N3   C4   N9   127.95  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TXA  CONST_01  C2   N3   C4   N9   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_02  C6   C5   C4   N9   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_03  N7   C5   C4   N9     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_04  C5   N7   C8   N9     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_05  N3   C4   N9   C8   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_06  C5   C4   N9   C8     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_07  C4   C5   N7   C8     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_08  C6   C5   N7   C8   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_09  C4   N9   C8   N7     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_10  N3   C4   C5   N7   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_11  N1   C6   C5   N7   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_12  C2   N3   C4   C5     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_13  C2   N1   C6   C5     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_14  N3   C2   N1   C6     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_15  N3   C4   C5   C6     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_16  C4   N3   C2   N1     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_17  C4   C5   C6   N1     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_18  N3   C4   N9   C1'    0.00   0.0  0
 TXA  CONST_19  C5   C4   N9   C1'  180.00   0.0  0
 TXA  CONST_20  N7   C8   N9   C1'  180.00   0.0  0
 TXA  CONST_21  N6   C6   C5   N7     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_22  C2   N1   C6   N6   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_23  C4   C5   C6   N6   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_24  H18  C8   N9   C1'    0.00   0.0  0
 TXA  CONST_25  H21  C2   N1   C6   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_26  H19  N6   C6   C5   180.00   0.0  0
 TXA  CONST_27  H20  N6   C6   C5     0.00   0.0  0
 TXA  CONST_28  H1   OXT  CX   OX     0.00   0.0  0
 TXA  Var_01    C4'  C5'  O5'  P    -78.00  30.0  2
 TXA  Var_02    OCA  CCA  NX   CAX   -3.08  30.0  2
 TXA  Var_03    OP1  P    OP2  CCA   66.74  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TXA  chir_01  CAX  CX   CBX  NX   positiv
 TXA  chir_02  CBX  OGX  CAX  CGX  negativ
 TXA  chir_04  C4'  O4'  C5'  C3'  positiv
 TXA  chir_05  C3'  O3'  C4'  C2'  positiv
 TXA  chir_06  C2'  O2'  C3'  C1'  positiv
 TXA  chir_07  C1'  O4'  N9   C2'  negativ
 TXA  chir_08  P    OP1  O5'  OP3  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TXA  plan-1  C1'  0.020
 TXA  plan-1  N9   0.020
 TXA  plan-1  C8   0.020
 TXA  plan-1  N7   0.020
 TXA  plan-1  C5   0.020
 TXA  plan-1  C6   0.020
 TXA  plan-1  N6   0.020
 TXA  plan-1  N1   0.020
 TXA  plan-1  C2   0.020
 TXA  plan-1  N3   0.020
 TXA  plan-1  C4   0.020
 TXA  plan-1  H18  0.020
 TXA  plan-1  H21  0.020
 TXA  plan-2  C6   0.020
 TXA  plan-2  N6   0.020
 TXA  plan-2  H19  0.020
 TXA  plan-2  H20  0.020
 TXA  plan-3  OXT  0.020
 TXA  plan-3  CX   0.020
 TXA  plan-3  OX   0.020
 TXA  plan-3  CAX  0.020
 TXA  plan-3  H1   0.020
 TXA  plan-4  NX   0.020
 TXA  plan-4  CCA  0.020
 TXA  plan-4  OP2  0.020
 TXA  plan-4  OCA  0.020

