# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Aug  2 06:20:05 2021
#   Inital geometry file: a 103 line input string
#   Ligand name: 1,2,3,4-tetra-O-sulfo-alpha-D-allopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@@H]1O[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TUJ  TUJ  1,2,3,4-tetra-O-sulfo-alpha-D-allopyranose  D-saccharide  40  28  .  2023-02-15  2023-02-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_TUJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TUJ  O6   O  OH1   0  -0.651  18.3200  36.6919  28.7756
 TUJ  C6   C  CH2   0  -0.178  18.6335  38.0491  28.6488
 TUJ  C5   C  CH1   0  -0.068  17.6249  38.8428  29.4716
 TUJ  O5   O  O2    0  -0.458  17.4942  38.3874  30.8070
 TUJ  C1   C  CH1   0   0.297  18.6225  38.5479  31.5871
 TUJ  O1   O  OC2   0  -0.584  18.2931  38.0720  32.8701
 TUJ  C4   C  CH1   0  -0.043  17.9474  40.3353  29.4522
 TUJ  O4   O  OC2   0  -0.574  16.8116  41.0611  29.9454
 TUJ  C3   C  CH1   0   0.005  19.1327  40.6427  30.3597
 TUJ  O3   O  OC2   0  -0.584  19.2335  42.0586  30.4576
 TUJ  C2   C  CH1   0  -0.104  18.9921  40.0207  31.7455
 TUJ  O2   O  OC2   0  -0.559  17.9275  40.6767  32.4416
 TUJ  O32  O  OS    0  -0.605  20.9044  43.4917  29.3266
 TUJ  S3   S  S     0   1.640  20.6698  42.7786  30.5477
 TUJ  O31  O  OS    0  -0.620  21.6316  41.8218  31.0357
 TUJ  O33  O  OS    0  -0.705  20.3236  43.8656  31.6213
 TUJ  S2   S  S     0   1.697  18.1886  41.5387  33.7456
 TUJ  O23  O  OS    0  -0.687  18.3076  40.4528  34.8775
 TUJ  O21  O  OS    0  -0.663  19.4616  42.2259  33.6298
 TUJ  O22  O  OS    0  -0.586  16.9682  42.2495  33.9581
 TUJ  O13  O  OS    0  -0.698  20.1357  36.6502  33.6933
 TUJ  S1   S  S     0   1.653  18.6145  36.5503  33.2785
 TUJ  O11  O  OS    0  -0.605  18.4640  35.6970  32.1330
 TUJ  O12  O  OS    0  -0.601  17.8759  36.3612  34.4891
 TUJ  S4   S  S     0   1.649  15.9956  41.9618  28.9079
 TUJ  O43  O  OS    0  -0.685  14.8282  42.3831  29.8697
 TUJ  O41  O  OS    0  -0.623  15.5316  41.1221  27.8323
 TUJ  O42  O  OS    0  -0.612  16.7293  43.1618  28.6228
 TUJ  H61  H  HCH2  0   0.215  19.6640  38.2596  28.9616
 TUJ  H62  H  HCH2  0   0.237  18.5505  38.4068  27.6143
 TUJ  H5   H  HCH1  0   0.305  16.6377  38.6966  29.0291
 TUJ  H1   H  HCH1  0   0.273  19.4972  38.0215  31.1779
 TUJ  H4   H  HCH1  0   0.324  18.2079  40.6407  28.4338
 TUJ  H3   H  HCH1  0   0.333  20.0208  40.2083  29.8896
 TUJ  H2   H  HCH1  0   0.332  19.9394  40.0899  32.2859
 TUJ  H33  H  H     0   0.511  20.0568  43.4653  32.4822
 TUJ  H23  H  H     0   0.521  19.2199  40.2897  35.1725
 TUJ  H13  H  H     0   0.520  20.7461  36.3523  32.9969
 TUJ  H43  H  H     0   0.521  14.1758  41.6760  30.0190
 TUJ  HO6  H  HOH1  0   0.463  19.0175  36.1825  28.3534

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TUJ  O42  S4   double  1.435  0.020  1.435
 TUJ  O41  S4   double  1.441  0.020  1.441
 TUJ  S4   O43  single  1.570  0.020  1.570
 TUJ  S4   O4   single  1.598  0.020  1.598
 TUJ  O6   C6   single  1.399  0.020  1.399
 TUJ  C6   C5   single  1.525  0.020  1.525
 TUJ  O32  S3   double  1.433  0.020  1.433
 TUJ  O4   C4   single  1.435  0.020  1.435
 TUJ  C4   C5   single  1.527  0.020  1.527
 TUJ  C4   C3   single  1.524  0.020  1.524
 TUJ  C5   O5   single  1.417  0.020  1.417
 TUJ  S3   O31  double  1.442  0.020  1.442
 TUJ  S3   O3   single  1.609  0.020  1.609
 TUJ  S3   O33  single  1.567  0.020  1.567
 TUJ  C3   O3   single  1.423  0.020  1.423
 TUJ  C3   C2   single  1.525  0.020  1.525
 TUJ  O5   C1   single  1.381  0.020  1.381
 TUJ  O11  S1   double  1.436  0.020  1.436
 TUJ  C1   C2   single  1.527  0.020  1.527
 TUJ  C1   O1   single  1.408  0.020  1.408
 TUJ  C2   O2   single  1.431  0.020  1.431
 TUJ  S1   O1   single  1.608  0.020  1.608
 TUJ  S1   O12  double  1.431  0.020  1.431
 TUJ  S1   O13  single  1.580  0.020  1.580
 TUJ  O2   S2   single  1.585  0.020  1.585
 TUJ  O21  S2   double  1.451  0.020  1.451
 TUJ  O22  S2   double  1.428  0.020  1.428
 TUJ  S2   O23  single  1.573  0.020  1.573
 TUJ  C6   H61  single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C6   H62  single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C5   H5   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C4   H4   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C3   H3   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C2   H2   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  O33  H33  single  0.850  0.020  0.980
 TUJ  O23  H23  single  0.850  0.020  0.980
 TUJ  O13  H13  single  0.850  0.020  0.980
 TUJ  O43  H43  single  0.850  0.020  0.980
 TUJ  O6   HO6  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TUJ  HO6  O6   C6   108.16  3.000
 TUJ  H62  C6   H61  106.09  3.000
 TUJ  H62  C6   C5   106.80  3.000
 TUJ  H61  C6   C5   111.56  3.000
 TUJ  H62  C6   O6   112.63  3.000
 TUJ  H61  C6   O6   111.76  3.000
 TUJ  C5   C6   O6   107.93  3.000
 TUJ  H5   C5   C4   108.46  3.000
 TUJ  H5   C5   O5   104.81  3.000
 TUJ  C4   C5   O5   110.21  3.000
 TUJ  H5   C5   C6   108.05  3.000
 TUJ  O5   C5   C6   113.73  3.000
 TUJ  C4   C5   C6   111.24  3.000
 TUJ  C1   O5   C5   114.81  3.000
 TUJ  H1   C1   C2   107.93  3.000
 TUJ  H1   C1   O1   111.31  3.000
 TUJ  C2   C1   O1   106.75  3.000
 TUJ  H1   C1   O5   112.58  3.000
 TUJ  O1   C1   O5   106.52  3.000
 TUJ  C2   C1   O5   111.62  3.000
 TUJ  S1   O1   C1   120.31  3.000
 TUJ  H4   C4   C3   108.21  3.000
 TUJ  H4   C4   O4   111.52  3.000
 TUJ  C3   C4   O4   107.99  3.000
 TUJ  H4   C4   C5   109.56  3.000
 TUJ  C3   C4   C5   110.72  3.000
 TUJ  O4   C4   C5   108.83  3.000
 TUJ  S4   O4   C4   117.78  3.000
 TUJ  H3   C3   C2   107.64  3.000
 TUJ  H3   C3   O3   111.53  3.000
 TUJ  C2   C3   O3   110.47  3.000
 TUJ  H3   C3   C4   107.16  3.000
 TUJ  C2   C3   C4   112.76  3.000
 TUJ  O3   C3   C4   107.26  3.000
 TUJ  S3   O3   C3   120.82  3.000
 TUJ  H2   C2   O2   112.04  3.000
 TUJ  H2   C2   C3   110.09  3.000
 TUJ  O2   C2   C3   108.88  3.000
 TUJ  H2   C2   C1   108.80  3.000
 TUJ  O2   C2   C1   108.22  3.000
 TUJ  C3   C2   C1   108.75  3.000
 TUJ  S2   O2   C2   121.80  3.000
 TUJ  O33  S3   O31  112.09  3.000
 TUJ  O33  S3   O32  105.95  3.000
 TUJ  O31  S3   O32  120.62  3.000
 TUJ  O33  S3   O3    98.72  3.000
 TUJ  O31  S3   O3   108.51  3.000
 TUJ  O32  S3   O3   108.72  3.000
 TUJ  H33  O33  S3   112.11  3.000
 TUJ  O22  S2   O21  121.72  3.000
 TUJ  O22  S2   O23  107.53  3.000
 TUJ  O21  S2   O23  108.54  3.000
 TUJ  O23  S2   O2   103.24  3.000
 TUJ  O22  S2   O2   104.62  3.000
 TUJ  O21  S2   O2   109.65  3.000
 TUJ  H23  O23  S2   113.89  3.000
 TUJ  H13  O13  S1   113.38  3.000
 TUJ  O12  S1   O11  122.83  3.000
 TUJ  O12  S1   O13  106.46  3.000
 TUJ  O11  S1   O13  110.36  3.000
 TUJ  O13  S1   O1   101.50  3.000
 TUJ  O12  S1   O1   103.70  3.000
 TUJ  O11  S1   O1   109.80  3.000
 TUJ  O42  S4   O41  120.23  3.000
 TUJ  O41  S4   O43  111.97  3.000
 TUJ  O42  S4   O43  106.11  3.000
 TUJ  O43  S4   O4    97.66  3.000
 TUJ  O41  S4   O4   108.70  3.000
 TUJ  O42  S4   O4   109.83  3.000
 TUJ  H43  O43  S4   113.41  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TUJ  Var_01  O11  S1  O1  C1  -34.11  30.0  2
 TUJ  Var_02  O42  S4  O4  C4  -75.53  30.0  1
 TUJ  Var_03  O32  S3  O3  C3  110.41  30.0  1
 TUJ  Var_04  O21  S2  O2  C2   35.50  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TUJ  chir_01  C5  C6  C4  O5  positiv
 TUJ  chir_02  C1  O1  O5  C2  negativ
 TUJ  chir_03  C4  O4  C5  C3  positiv
 TUJ  chir_04  C3  O3  C2  C4  negativ
 TUJ  chir_05  C2  O2  C3  C1  positiv

