# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Mar 23 19:36:46 2022
#   Inital geometry file: a 103 line input string
#   Ligand name: 1,2,3,4-tetra-O-sulfo-alpha-D-allopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@H](O[S](O)(=O)=O)[C@@H]1O[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TUJ  TUJ  1,2,3,4-tetra-O-sulfo-alpha-D-allopyranose  D-saccharide  36  28  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_TUJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TUJ  O6   O  OH1    0  -0.660  18.3313  36.8550  28.6823
 TUJ  C6   C  CH2    0  -0.182  18.6029  38.2333  28.6564
 TUJ  C5   C  CH1    0  -0.063  17.5841  38.9407  29.5478
 TUJ  O5   O  O2     0  -0.480  17.4809  38.3673  30.8356
 TUJ  C1   C  CH1    0   0.290  18.6110  38.5348  31.6432
 TUJ  O1   O  OC2    0  -0.622  18.3490  37.8836  32.8427
 TUJ  C4   C  CH1    0   0.003  17.8583  40.4485  29.6192
 TUJ  O4   O  OC2    0  -0.615  16.7133  41.1552  30.0641
 TUJ  C3   C  CH1    0   0.007  19.0120  40.7294  30.5820
 TUJ  O3   O  OC2    0  -0.615  19.1409  42.1250  30.7527
 TUJ  C2   C  CH1    0  -0.032  18.8664  40.0136  31.9218
 TUJ  O2   O  OC2    0  -0.620  17.7957  40.5524  32.6624
 TUJ  O32  O  OS     0  -0.736  21.1680  42.4265  29.3585
 TUJ  S3   S  S      0   1.560  20.6645  42.7570  30.6941
 TUJ  O31  O  OS     0  -0.732  21.3988  42.1039  31.7812
 TUJ  O33  O  OS    -1  -0.722  20.3790  44.1715  30.9086
 TUJ  S2   S  S      0   1.558  17.9803  41.0291  34.2357
 TUJ  O23  O  OS    -1  -0.732  16.8556  40.3695  34.8969
 TUJ  O21  O  OS     0  -0.732  19.2995  40.5627  34.6688
 TUJ  O22  O  OS     0  -0.735  17.8567  42.4858  34.1670
 TUJ  O13  O  OS    -1  -0.732  20.5276  36.7047  33.0086
 TUJ  S1   S  S      0   1.559  19.0963  36.4314  33.1512
 TUJ  O11  O  OS     0  -0.728  18.5707  35.4961  32.1572
 TUJ  O12  O  OS     0  -0.719  18.6450  36.2015  34.5188
 TUJ  S4   S  S      0   1.563  15.7295  41.8531  28.9399
 TUJ  O43  O  OS    -1  -0.726  14.8436  42.6239  29.8069
 TUJ  O41  O  OS     0  -0.736  15.0825  40.7418  28.2351
 TUJ  O42  O  OS     0  -0.736  16.6039  42.6614  28.0855
 TUJ  H61  H  HCH2   0   0.205  19.6338  38.4406  28.9706
 TUJ  H62  H  HCH2   0   0.219  18.4987  38.6572  27.6486
 TUJ  H5   H  HCH1   0   0.265  16.6009  38.7974  29.0948
 TUJ  H1   H  HCH1   0   0.208  19.5090  38.1264  31.1547
 TUJ  H4   H  HCH1   0   0.253  18.1631  40.8004  28.6261
 TUJ  H3   H  HCH1   0   0.252  19.9096  40.3113  30.1070
 TUJ  H2   H  HCH1   0   0.261  19.8098  40.0981  32.4664
 TUJ  HO6  H  HOH1   0   0.454  19.0088  36.4078  28.1675

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TUJ  O42  S4   deloc   1.466  0.020  1.466
 TUJ  O41  S4   deloc   1.466  0.020  1.466
 TUJ  S4   O43  deloc   1.460  0.020  1.460
 TUJ  S4   O4   single  1.649  0.020  1.649
 TUJ  O6   C6   single  1.405  0.020  1.405
 TUJ  C6   C5   single  1.527  0.020  1.527
 TUJ  O32  S3   deloc   1.465  0.020  1.465
 TUJ  O4   C4   single  1.417  0.020  1.417
 TUJ  C4   C5   single  1.534  0.020  1.534
 TUJ  C4   C3   single  1.529  0.020  1.529
 TUJ  C5   O5   single  1.413  0.020  1.413
 TUJ  S3   O31  deloc   1.465  0.020  1.465
 TUJ  S3   O3   single  1.651  0.020  1.651
 TUJ  S3   O33  deloc   1.459  0.020  1.459
 TUJ  C3   O3   single  1.412  0.020  1.412
 TUJ  C3   C2   single  1.526  0.020  1.526
 TUJ  O5   C1   single  1.399  0.020  1.399
 TUJ  O11  S1   deloc   1.463  0.020  1.463
 TUJ  C1   C2   single  1.526  0.020  1.526
 TUJ  C1   O1   single  1.390  0.020  1.390
 TUJ  C2   O2   single  1.409  0.020  1.409
 TUJ  S1   O1   single  1.662  0.020  1.662
 TUJ  S1   O12  deloc   1.458  0.020  1.458
 TUJ  S1   O13  deloc   1.464  0.020  1.464
 TUJ  O2   S2   single  1.654  0.020  1.654
 TUJ  O21  S2   deloc   1.465  0.020  1.465
 TUJ  O22  S2   deloc   1.464  0.020  1.464
 TUJ  S2   O23  deloc   1.462  0.020  1.462
 TUJ  C6   H61  single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C6   H62  single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C5   H5   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C1   H1   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C4   H4   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C3   H3   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  C2   H2   single  0.970  0.020  1.090
 TUJ  O6   HO6  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TUJ  HO6  O6  C6   108.07  3.000
 TUJ  H62  C6  H61  106.20  3.000
 TUJ  H62  C6  C5   107.07  3.000
 TUJ  H61  C6  C5   111.84  3.000
 TUJ  H62  C6  O6   112.16  3.000
 TUJ  H61  C6  O6   111.20  3.000
 TUJ  C5   C6  O6   108.34  3.000
 TUJ  H5   C5  C4   108.01  3.000
 TUJ  H5   C5  O5   105.01  3.000
 TUJ  C4   C5  O5   111.68  3.000
 TUJ  H5   C5  C6   107.32  3.000
 TUJ  O5   C5  C6   113.11  3.000
 TUJ  C4   C5  C6   111.29  3.000
 TUJ  C1   O5  C5   114.73  3.000
 TUJ  H1   C1  C2   107.70  3.000
 TUJ  H1   C1  O1   111.28  3.000
 TUJ  C2   C1  O1   109.15  3.000
 TUJ  H1   C1  O5   111.00  3.000
 TUJ  O1   C1  O5   106.84  3.000
 TUJ  C2   C1  O5   110.89  3.000
 TUJ  S1   O1  C1   119.00  3.000
 TUJ  H4   C4  C3   107.55  3.000
 TUJ  H4   C4  O4   110.41  3.000
 TUJ  C3   C4  O4   108.69  3.000
 TUJ  H4   C4  C5   108.84  3.000
 TUJ  C3   C4  C5   110.17  3.000
 TUJ  O4   C4  C5   111.12  3.000
 TUJ  S4   O4  C4   118.62  3.000
 TUJ  H3   C3  C2   106.21  3.000
 TUJ  H3   C3  O3   110.73  3.000
 TUJ  C2   C3  O3   111.48  3.000
 TUJ  H3   C3  C4   105.93  3.000
 TUJ  C2   C3  C4   113.25  3.000
 TUJ  O3   C3  C4   109.07  3.000
 TUJ  S3   O3  C3   117.29  3.000
 TUJ  H2   C2  O2   111.38  3.000
 TUJ  H2   C2  C3   108.60  3.000
 TUJ  O2   C2  C3   110.77  3.000
 TUJ  H2   C2  C1   108.09  3.000
 TUJ  O2   C2  C1   109.84  3.000
 TUJ  C3   C2  C1   108.07  3.000
 TUJ  S2   O2  C2   121.69  3.000
 TUJ  O33  S3  O31  114.91  3.000
 TUJ  O33  S3  O32  114.83  3.000
 TUJ  O31  S3  O32  113.79  3.000
 TUJ  O33  S3  O3   100.69  3.000
 TUJ  O31  S3  O3   105.40  3.000
 TUJ  O32  S3  O3   105.26  3.000
 TUJ  O22  S2  O21  114.01  3.000
 TUJ  O22  S2  O23  113.91  3.000
 TUJ  O21  S2  O23  114.55  3.000
 TUJ  O23  S2  O2   102.37  3.000
 TUJ  O22  S2  O2   103.46  3.000
 TUJ  O21  S2  O2   106.85  3.000
 TUJ  O12  S1  O11  115.17  3.000
 TUJ  O12  S1  O13  115.04  3.000
 TUJ  O11  S1  O13  113.86  3.000
 TUJ  O13  S1  O1   104.97  3.000
 TUJ  O12  S1  O1    99.94  3.000
 TUJ  O11  S1  O1   105.72  3.000
 TUJ  O42  S4  O41  113.64  3.000
 TUJ  O41  S4  O43  114.70  3.000
 TUJ  O42  S4  O43  114.66  3.000
 TUJ  O43  S4  O4   100.41  3.000
 TUJ  O41  S4  O4   105.67  3.000
 TUJ  O42  S4  O4   105.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TUJ  Var_01  O11  S1  O1  C1  -65.39  30.0  3
 TUJ  Var_02  O42  S4  O4  C4  -51.81  30.0  2
 TUJ  Var_03  O32  S3  O3  C3   60.48  30.0  2
 TUJ  Var_04  O21  S2  O2  C2   -9.54  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TUJ  chir_01  C5  C6  C4  O5  positiv
 TUJ  chir_02  C1  O1  O5  C2  negativ
 TUJ  chir_03  C4  O4  C5  C3  positiv
 TUJ  chir_04  C3  O3  C2  C4  negativ
 TUJ  chir_05  C2  O2  C3  C1  positiv

