# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 04:12:49 2020
#   Inital geometry file: a 80 line input string
#   Ligand name: 9-acetyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazol-1-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)n1c2ccccc2c3CCCC(=O)c13
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TTR  TTR  9-acetyl-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazol-1-one  ligand  30  17  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TTR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TTR  CM   C  CH2   0  -0.569  -3.1346  -1.0976   0.2786
 TTR  CA   C  CH2   0  -0.465  -2.5237  -2.2742  -0.4707
 TTR  CB   C  CH2   0  -0.514  -1.1215  -2.5805   0.0420
 TTR  CG   C  CR5   0   0.043  -0.3149  -1.3318   0.0140
 TTR  CD1  C  CR5   0   0.184  -0.8624  -0.0823  -0.0025
 TTR  CD2  C  CR56  0   0.041   1.1040  -1.1715   0.0316
 TTR  NE1  N  NR5   0  -0.665   0.1531   0.8830  -0.0086
 TTR  CJ1  C  C     0   0.517  -0.0602   2.2132  -0.4072
 TTR  OJ1  O  O     0  -0.397  -1.0228   2.4933  -1.0737
 TTR  CN1  C  CH3   0  -0.813   0.9424   3.2333   0.0426
 TTR  CE2  C  CR56  0   0.355   1.3737   0.2110   0.0173
 TTR  CE3  C  CR16  0  -0.348   2.1422  -2.1036   0.0506
 TTR  CZ2  C  CR16  0  -0.289   2.6896   0.6720  -0.0164
 TTR  CZ3  C  CR16  0  -0.261   3.4425  -1.6444   0.0424
 TTR  CH2  C  CR16  0  -0.256   3.7038  -0.2694   0.0049
 TTR  CL   C  C     0   0.364  -2.2662   0.1422   0.3381
 TTR  OL   O  O     0  -0.412  -2.6986   1.2012   0.7461
 TTR  HM1  H  HCH2  0   0.278  -4.0984  -0.8153  -0.1499
 TTR  HM2  H  HCH2  0   0.272  -3.3361  -1.3858   1.3169
 TTR  HA1  H  HCH2  0   0.240  -2.4705  -2.0447  -1.5378
 TTR  HA2  H  HCH2  0   0.253  -3.1685  -3.1471  -0.3657
 TTR  HB1  H  HCH2  0   0.264  -0.6430  -3.3503  -0.5675
 TTR  HB2  H  HCH2  0   0.261  -1.1612  -2.9776   1.0623
 TTR  HN1  H  HCH3  0   0.297   0.4367   4.1916   0.1413
 TTR  HN2  H  HCH3  0   0.270   1.4140   2.9796   0.9887
 TTR  HN3  H  HCH3  0   0.286   1.7185   3.3563  -0.7149
 TTR  HE3  H  HCR6  0   0.258   1.9279  -3.1648   0.0677
 TTR  HZ2  H  HCR6  0   0.277   2.9449   1.7190  -0.0516
 TTR  HZ3  H  HCR6  0   0.262   4.2661  -2.3451   0.0596
 TTR  HH2  H  HCR6  0   0.266   4.7298   0.0738  -0.0087

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TTR  CM   CA   single    1.523  0.020  1.523
 TTR  CM   CL   single    1.515  0.020  1.515
 TTR  CM   HM1  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CM   HM2  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CA   CB   single    1.524  0.020  1.524
 TTR  CA   HA1  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CA   HA2  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CB   CG   single    1.487  0.020  1.487
 TTR  CB   HB1  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CB   HB2  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CG   CD1  aromatic  1.364  0.020  1.364
 TTR  CG   CD2  aromatic  1.428  0.020  1.428
 TTR  CD1  NE1  aromatic  1.401  0.020  1.401
 TTR  CD1  CL   single    1.462  0.020  1.462
 TTR  CD2  CE2  aromatic  1.409  0.020  1.409
 TTR  CD2  CE3  aromatic  1.395  0.020  1.395
 TTR  NE1  CJ1  single    1.405  0.020  1.405
 TTR  NE1  CE2  aromatic  1.394  0.020  1.394
 TTR  CJ1  OJ1  double    1.204  0.020  1.204
 TTR  CJ1  CN1  single    1.499  0.020  1.499
 TTR  CN1  HN1  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CN1  HN2  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CN1  HN3  single    0.970  0.020  1.090
 TTR  CE2  CZ2  aromatic  1.395  0.020  1.395
 TTR  CE3  CZ3  aromatic  1.379  0.020  1.379
 TTR  CE3  HE3  single    0.930  0.020  1.080
 TTR  CZ2  CH2  aromatic  1.384  0.020  1.384
 TTR  CZ2  HZ2  single    0.930  0.020  1.080
 TTR  CZ3  CH2  aromatic  1.400  0.020  1.400
 TTR  CZ3  HZ3  single    0.930  0.020  1.080
 TTR  CH2  HH2  single    0.930  0.020  1.080
 TTR  CL   OL   double    1.214  0.020  1.214

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TTR  HM2  CM   HM1  106.11  3.000
 TTR  HM2  CM   CL   106.46  3.000
 TTR  HM1  CM   CL   108.05  3.000
 TTR  HM2  CM   CA   109.67  3.000
 TTR  HM1  CM   CA   111.14  3.000
 TTR  CL   CM   CA   114.94  3.000
 TTR  HA2  CA   HA1  106.92  3.000
 TTR  HA2  CA   CB   110.54  3.000
 TTR  HA1  CA   CB   109.02  3.000
 TTR  HA2  CA   CM   109.50  3.000
 TTR  HA1  CA   CM   109.74  3.000
 TTR  CB   CA   CM   111.03  3.000
 TTR  HB2  CB   HB1  106.26  3.000
 TTR  HB2  CB   CG   109.98  3.000
 TTR  HB1  CB   CG   110.11  3.000
 TTR  HB2  CB   CA   110.66  3.000
 TTR  HB1  CB   CA   110.91  3.000
 TTR  CG   CB   CA   108.90  3.000
 TTR  CD2  CG   CD1  107.23  3.000
 TTR  CD2  CG   CB   129.27  3.000
 TTR  CD1  CG   CB   123.49  3.000
 TTR  CL   CD1  NE1  126.25  3.000
 TTR  CL   CD1  CG   121.55  3.000
 TTR  NE1  CD1  CG   109.88  3.000
 TTR  CE3  CD2  CE2  120.89  3.000
 TTR  CE3  CD2  CG   131.64  3.000
 TTR  CE2  CD2  CG   107.47  3.000
 TTR  CE2  NE1  CJ1  126.50  3.000
 TTR  CE2  NE1  CD1  107.61  3.000
 TTR  CJ1  NE1  CD1  122.92  3.000
 TTR  CN1  CJ1  OJ1  122.85  3.000
 TTR  CN1  CJ1  NE1  117.23  3.000
 TTR  OJ1  CJ1  NE1  119.92  3.000
 TTR  HN3  CN1  HN2  108.77  3.000
 TTR  HN3  CN1  HN1  107.11  3.000
 TTR  HN2  CN1  HN1  109.16  3.000
 TTR  HN3  CN1  CJ1  110.12  3.000
 TTR  HN2  CN1  CJ1  113.10  3.000
 TTR  HN1  CN1  CJ1  108.40  3.000
 TTR  CZ2  CE2  NE1  131.80  3.000
 TTR  CZ2  CE2  CD2  120.35  3.000
 TTR  NE1  CE2  CD2  107.80  3.000
 TTR  HE3  CE3  CZ3  120.86  3.000
 TTR  HE3  CE3  CD2  120.51  3.000
 TTR  CZ3  CE3  CD2  118.62  3.000
 TTR  HZ2  CZ2  CH2  119.18  3.000
 TTR  HZ2  CZ2  CE2  123.04  3.000
 TTR  CH2  CZ2  CE2  117.78  3.000
 TTR  HZ3  CZ3  CH2  119.64  3.000
 TTR  HZ3  CZ3  CE3  120.15  3.000
 TTR  CH2  CZ3  CE3  120.20  3.000
 TTR  HH2  CH2  CZ3  119.26  3.000
 TTR  HH2  CH2  CZ2  118.62  3.000
 TTR  CZ3  CH2  CZ2  122.12  3.000
 TTR  OL   CL   CD1  123.65  3.000
 TTR  OL   CL   CM   121.52  3.000
 TTR  CD1  CL   CM   114.56  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TTR  CONST_01  CE2  NE1  CD1  CG      0.00   0.0  0
 TTR  CONST_02  NE1  CE2  CD2  CG      0.00   0.0  0
 TTR  CONST_03  CZ2  CE2  CD2  CG    180.00   0.0  0
 TTR  CONST_04  CZ3  CE3  CD2  CG    180.00   0.0  0
 TTR  CONST_05  CE2  CD2  CG   CD1     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_06  CE3  CD2  CG   CD1   180.00   0.0  0
 TTR  CONST_07  CD2  CE2  NE1  CD1     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_08  CZ2  CE2  NE1  CD1   180.00   0.0  0
 TTR  CONST_09  NE1  CD1  CG   CD2     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_10  CH2  CZ2  CE2  CD2     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_11  CH2  CZ3  CE3  CD2     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_12  CE3  CD2  CE2  NE1   180.00   0.0  0
 TTR  CONST_13  CH2  CZ2  CE2  NE1   180.00   0.0  0
 TTR  CONST_14  CZ3  CE3  CD2  CE2     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_15  CZ3  CH2  CZ2  CE2     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_16  CZ2  CE2  CD2  CE3     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_17  CZ2  CH2  CZ3  CE3     0.00   0.0  0
 TTR  CONST_22  HE3  CE3  CD2  CG      0.00   0.0  0
 TTR  CONST_23  HZ2  CZ2  CE2  CD2   180.00   0.0  0
 TTR  CONST_24  HZ3  CZ3  CE3  CD2   180.00   0.0  0
 TTR  CONST_25  HH2  CH2  CZ2  CE2   180.00   0.0  0
 TTR  Var_01    CG   CB   CA   CM    -52.44  30.0  1
 TTR  Var_02    CG   CD1  CL   CM    -18.16  30.0  1
 TTR  Var_03    CD1  CL   CM   CA    -15.73  30.0  1
 TTR  Var_04    CD1  CG   CB   CA     21.11  30.0  1
 TTR  Var_05    CL   CM   CA   CB     51.45  30.0  1
 TTR  Var_06    HN1  CN1  CJ1  NE1  -150.50  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TTR  plan-1  CB   0.020
 TTR  plan-1  CG   0.020
 TTR  plan-1  CD1  0.020
 TTR  plan-1  CD2  0.020
 TTR  plan-1  NE1  0.020
 TTR  plan-1  CJ1  0.020
 TTR  plan-1  OJ1  0.020
 TTR  plan-1  CN1  0.020
 TTR  plan-1  CE2  0.020
 TTR  plan-1  CE3  0.020
 TTR  plan-1  CZ2  0.020
 TTR  plan-1  CZ3  0.020
 TTR  plan-1  CH2  0.020
 TTR  plan-1  CL   0.020
 TTR  plan-1  HE3  0.020
 TTR  plan-1  HZ2  0.020
 TTR  plan-1  HZ3  0.020
 TTR  plan-1  HH2  0.020
 TTR  plan-2  CM   0.020
 TTR  plan-2  CD1  0.020
 TTR  plan-2  CL   0.020
 TTR  plan-2  OL   0.020

