# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 23:46:50 2022
#   Inital geometry file: a 77 line input string
#   Ligand name: 6-amino-7-hydroxy-L-tryptophan
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](Cc1c[nH]c2c(O)c(N)ccc12)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TTQ  TTQ  6-amino-7-hydroxy-L-tryptophan  L-peptide  29  17  .  2012-08-28  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_TTQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TTQ  N     N  NH2    0  -0.785  2.8468  -6.1977  46.7834
 TTQ  CA    C  CH1    0  -0.219  3.7298  -5.6480  47.8007
 TTQ  C     C  C      0   0.389  3.0480  -4.8203  48.9231
 TTQ  O     O  O      0  -0.601  1.8135  -4.6628  48.8605
 TTQ  CB    C  CH2    0  -0.502  4.8413  -4.8204  47.1366
 TTQ  CG    C  CR5    0  -0.001  4.3347  -3.6224  46.3977
 TTQ  CD1   C  CR15   0  -0.089  4.0466  -2.3937  46.9182
 TTQ  CD2   C  CR56   0  -0.019  4.0145  -3.5436  44.9993
 TTQ  NE1   N  NR15   0  -0.692  3.5641  -1.5636  45.9363
 TTQ  CE2   C  CR56   0   0.302  3.5386  -2.2395  44.7519
 TTQ  CE3   C  CR16   0  -0.380  4.1027  -4.4387  43.9279
 TTQ  CZ2   C  CR6    0   0.223  3.1347  -1.8178  43.4826
 TTQ  CZ3   C  CR16   0  -0.342  3.7272  -4.0196  42.6703
 TTQ  CH2   C  CR6    0   0.184  3.2340  -2.7178  42.4274
 TTQ  O2    O  OH1    0  -0.654  2.6871  -0.5484  43.2362
 TTQ  N2    N  NH2    0  -0.853  2.9118  -2.3233  41.1309
 TTQ  OXT   O  OC    -1  -0.619  3.8125  -4.3856  49.8121
 TTQ  H     H  HNH2   0   0.329  2.1167  -6.7278  47.2439
 TTQ  H2    H  HNH2   0   0.329  2.3542  -5.4289  46.3422
 TTQ  HA    H  HCH1   0   0.212  4.2247  -6.4957  48.2919
 TTQ  HB2   H  HCH2   0   0.221  5.3944  -5.4645  46.4476
 TTQ  HB3   H  HCH2   0   0.230  5.5456  -4.5130  47.9095
 TTQ  HD1   H  HCR5   0   0.264  4.1472  -2.0381  47.9315
 TTQ  HE1   H  HNR5   0   0.400  3.3234  -0.5966  46.0736
 TTQ  HE3   H  HCR6   0   0.232  4.4605  -5.4497  44.0780
 TTQ  HZ3   H  HCR6   0   0.243  3.7942  -4.7054  41.8334
 TTQ  HO2   H  HOH1   0   0.467  1.9999  -0.3073  43.8682
 TTQ  HN21  H  HNH2   0   0.368  2.6337  -3.0889  40.5364
 TTQ  HN22  H  HNH2   0   0.364  2.2288  -1.5827  41.0835

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TTQ  N    CA    single    1.458  0.019  1.458
 TTQ  N    H     single    0.860  0.020  0.860
 TTQ  N    H2    single    0.890  0.020  1.040
 TTQ  CA   CB    single    1.530  0.020  1.530
 TTQ  CA   C     single    1.525  0.021  1.525
 TTQ  CA   HA    single    0.970  0.020  0.970
 TTQ  C    O     deloc     1.231  0.020  1.231
 TTQ  C    OXT   deloc     1.250  0.020  1.250
 TTQ  CB   CG    single    1.496  0.020  1.496
 TTQ  CB   HB2   single    0.970  0.020  1.090
 TTQ  CB   HB3   single    0.970  0.020  1.090
 TTQ  CG   CD2   aromatic  1.437  0.020  1.437
 TTQ  CG   CD1   aromatic  1.365  0.020  1.365
 TTQ  CD1  NE1   aromatic  1.373  0.020  1.373
 TTQ  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 TTQ  CD2  CE3   aromatic  1.399  0.020  1.399
 TTQ  CD2  CE2   aromatic  1.410  0.020  1.410
 TTQ  NE1  CE2   aromatic  1.364  0.020  1.364
 TTQ  NE1  HE1   single    0.860  0.020  1.020
 TTQ  CE2  CZ2   aromatic  1.397  0.020  1.397
 TTQ  CE3  CZ3   aromatic  1.378  0.020  1.378
 TTQ  CE3  HE3   single    0.930  0.020  1.080
 TTQ  CZ2  CH2   aromatic  1.390  0.020  1.390
 TTQ  CZ2  O2    single    1.368  0.020  1.368
 TTQ  CZ3  CH2   aromatic  1.413  0.020  1.413
 TTQ  CZ3  HZ3   single    0.930  0.020  1.080
 TTQ  CH2  N2    single    1.393  0.020  1.393
 TTQ  O2   HO2   single    0.850  0.020  0.980
 TTQ  N2   HN21  single    0.890  0.020  1.040
 TTQ  N2   HN22  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TTQ  H2    N    H     104.15  3.000
 TTQ  H2    N    CA    108.21  3.000
 TTQ  H     N    CA    114.00  3.000
 TTQ  HA    CA   CB    109.00  3.000
 TTQ  HA    CA   C     109.00  3.000
 TTQ  CB    CA   C     110.10  1.900
 TTQ  HA    CA   N     110.00  3.000
 TTQ  C     CA   N     111.00  2.800
 TTQ  CB    CA   N     110.50  1.700
 TTQ  OXT   C    O     126.68  3.000
 TTQ  OXT   C    CA    115.52  3.000
 TTQ  O     C    CA    120.80  1.700
 TTQ  HB3   CB   HB2   106.63  3.000
 TTQ  HB3   CB   CG    110.07  3.000
 TTQ  HB2   CB   CG    109.38  3.000
 TTQ  HB3   CB   CA    108.23  3.000
 TTQ  HB2   CB   CA    108.72  3.000
 TTQ  CG    CB   CA    113.57  3.000
 TTQ  CD2   CG   CD1   105.94  3.000
 TTQ  CD1   CG   CB    127.16  3.000
 TTQ  CD2   CG   CB    126.88  3.000
 TTQ  HD1   CD1  NE1   120.34  3.000
 TTQ  HD1   CD1  CG    129.44  3.000
 TTQ  NE1   CD1  CG    110.22  3.000
 TTQ  CE3   CD2  CE2   118.60  3.000
 TTQ  CE2   CD2  CG    107.26  3.000
 TTQ  CE3   CD2  CG    134.13  3.000
 TTQ  HE1   NE1  CE2   126.19  3.000
 TTQ  HE1   NE1  CD1   124.58  3.000
 TTQ  CE2   NE1  CD1   109.14  3.000
 TTQ  CZ2   CE2  NE1   130.14  3.000
 TTQ  CZ2   CE2  CD2   122.42  3.000
 TTQ  NE1   CE2  CD2   107.44  3.000
 TTQ  HE3   CE3  CZ3   120.03  3.000
 TTQ  HE3   CE3  CD2   120.81  3.000
 TTQ  CZ3   CE3  CD2   119.16  3.000
 TTQ  O2    CZ2  CH2   119.16  3.000
 TTQ  O2    CZ2  CE2   122.56  3.000
 TTQ  CH2   CZ2  CE2   118.25  3.000
 TTQ  HZ3   CZ3  CH2   118.14  3.000
 TTQ  HZ3   CZ3  CE3   119.70  3.000
 TTQ  CH2   CZ3  CE3   122.15  3.000
 TTQ  N2    CH2  CZ3   120.11  3.000
 TTQ  N2    CH2  CZ2   120.43  3.000
 TTQ  CZ3   CH2  CZ2   119.39  3.000
 TTQ  HO2   O2   CZ2   110.31  3.000
 TTQ  HN22  N2   HN21  110.06  3.000
 TTQ  HN22  N2   CH2   114.10  3.000
 TTQ  HN21  N2   CH2   113.42  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TTQ  CONST_01  CZ3  CE3  CD2  CG   180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_02  NE1  CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_03  CZ2  CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_04  CE2  NE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_05  CE3  CD2  CG   CD1  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_06  CE2  CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_07  CD2  CE2  NE1  CD1    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_08  CZ2  CE2  NE1  CD1  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_09  NE1  CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_10  CH2  CZ3  CE3  CD2    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_11  CH2  CZ2  CE2  CD2    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_12  CE3  CD2  CE2  NE1  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_13  CH2  CZ2  CE2  NE1  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_14  CZ3  CE3  CD2  CE2    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_15  CZ3  CH2  CZ2  CE2    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_16  CZ2  CE2  CD2  CE3    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_17  CZ2  CH2  CZ3  CE3    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_18  CE3  CD2  CG   CB     0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_19  CE2  CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_20  NE1  CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_21  O2   CZ2  CE2  CD2  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_22  O2   CZ2  CE2  NE1    0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_23  N2   CH2  CZ2  CE2  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_24  N2   CH2  CZ3  CE3  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_25  O2   CZ2  CH2  CZ3  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_26  HE3  CE3  CD2  CG     0.00   0.0  0
 TTQ  CONST_27  HE1  NE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_28  HD1  CD1  CG   CD2  180.00   0.0  0
 TTQ  CONST_29  HZ3  CZ3  CE3  CD2  180.00   0.0  0
 TTQ  Var_01    CD2  CG   CB   CA   -93.83  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TTQ  chir_01  CA  N  CB  C  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TTQ  plan-1  CB    0.020
 TTQ  plan-1  CG    0.020
 TTQ  plan-1  CD1   0.020
 TTQ  plan-1  CD2   0.020
 TTQ  plan-1  NE1   0.020
 TTQ  plan-1  CE2   0.020
 TTQ  plan-1  CE3   0.020
 TTQ  plan-1  CZ2   0.020
 TTQ  plan-1  CZ3   0.020
 TTQ  plan-1  CH2   0.020
 TTQ  plan-1  O2    0.020
 TTQ  plan-1  N2    0.020
 TTQ  plan-1  HD1   0.020
 TTQ  plan-1  HE1   0.020
 TTQ  plan-1  HE3   0.020
 TTQ  plan-1  HZ3   0.020
 TTQ  plan-2  CH2   0.020
 TTQ  plan-2  N2    0.020
 TTQ  plan-2  HN21  0.020
 TTQ  plan-2  HN22  0.020
 TTQ  plan-3  CA    0.020
 TTQ  plan-3  C     0.020
 TTQ  plan-3  O     0.020
 TTQ  plan-3  OXT   0.020

