# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Nov 20 22:12:33 2022
#   Inital geometry file: a 118 line input string
#   Ligand name: a 2 line input string
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC1=CN([C@H]2C[C@H](O)[C@@H](CO[P@@](O)(=O)O[P@](O)(=O)O[P](O)(O)=O)O2)C(=O)NC1=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TTP  TTP  "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE"  ligand  46  29  .  2023-02-16  2023-02-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_TTP
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TTP  PA    P  P     0   1.510   -9.9405  29.7214  42.9397
 TTP  O1A   O  O     0  -0.660   -8.7514  30.4983  43.3056
 TTP  O2A   O  OH1   0  -0.760  -10.5987  30.1031  41.5681
 TTP  O3A   O  O2    0  -0.708   -9.6771  28.0995  42.8516
 TTP  PB    P  P     0   1.477   -8.8856  27.2429  41.7547
 TTP  O1B   O  O     0  -0.657   -8.2097  27.9955  40.6936
 TTP  O2B   O  OH1   0  -0.692   -8.0561  26.2929  42.6978
 TTP  O3B   O  O2    0  -0.674  -10.0517  26.2473  41.2185
 TTP  PG    P  P     0   1.513  -11.3461  26.6491  40.3404
 TTP  O1G   O  O     0  -0.710  -11.6929  28.0898  40.4354
 TTP  O2G   O  OH1   0  -0.703  -11.0647  26.1188  38.8802
 TTP  O3G   O  OH1   0  -0.700  -12.3572  25.6026  40.9407
 TTP  O5'   O  O2    0  -0.582  -11.0489  29.7538  44.0771
 TTP  C5'   C  CH2   0  -0.218  -12.3491  29.1653  43.9479
 TTP  C4'   C  CH1   0   0.002  -13.0469  29.1592  45.2883
 TTP  O4'   O  O2    0  -0.493  -12.4008  28.2706  46.1894
 TTP  C3'   C  CH1   0  -0.019  -13.1282  30.5190  45.9985
 TTP  O3'   O  OH1   0  -0.666  -14.4003  30.5885  46.6019
 TTP  C2'   C  CH2   0  -0.534  -12.0103  30.4171  47.0263
 TTP  C1'   C  CH1   0   0.205  -12.0468  28.9365  47.3792
 TTP  N1    N  NR6   0  -0.567  -10.7833  28.3928  47.8504
 TTP  C2    C  CR6   0   0.727  -10.6950  27.8630  49.1189
 TTP  O2    O  O     0  -0.474  -11.6139  27.8437  49.9110
 TTP  N3    N  NR16  0  -0.737   -9.4590  27.3568  49.4295
 TTP  C4    C  CR6   0   0.558   -8.3237  27.3146  48.6374
 TTP  O4    O  O     0  -0.444   -7.2926  26.8272  49.0598
 TTP  C5    C  CR6   0  -0.188   -8.4979  27.8892  47.3173
 TTP  C5M   C  CH3   0  -0.714   -7.3480  27.9022  46.3646
 TTP  C6    C  CR16  0   0.062   -9.7056  28.3838  47.0029
 TTP  HOA2  H  HOH1  0   0.499  -11.0979  29.3805  41.0831
 TTP  HOB2  H  HOH1  0   0.519   -7.3168  25.8345  42.2705
 TTP  HOG2  H  HOH1  0   0.514  -10.6777  26.7642  38.2697
 TTP  HOG3  H  HOH1  0   0.518  -13.2633  25.6526  40.5998
 TTP  H5'1  H  HCH2  0   0.260  -12.9482  29.7453  43.2423
 TTP  H5'2  H  HCH2  0   0.266  -12.2730  28.1414  43.5728
 TTP  H4'   H  HCH1  0   0.267  -14.0630  28.7987  45.0900
 TTP  H3'   H  HCH1  0   0.254  -12.9713  31.3515  45.3034
 TTP  HO3'  H  HOH1  0   0.454  -14.4467  31.3989  47.1199
 TTP  H2'1  H  HCH2  0   0.268  -11.0552  30.7010  46.5811
 TTP  H2'2  H  HCH2  0   0.280  -12.1699  31.0517  47.8984
 TTP  H1'   H  HCH1  0   0.270  -12.7805  28.7431  48.1622
 TTP  HN3   H  HNR6  0   0.423   -9.3770  26.9682  50.3613
 TTP  HM51  H  HCH3  0   0.246   -7.6283  28.3834  45.4287
 TTP  HM52  H  HCH3  0   0.246   -6.4961  28.4442  46.7769
 TTP  HM53  H  HCH3  0   0.246   -7.0082  26.8916  46.1341
 TTP  H6    H  HCR6  0   0.316   -9.8821  28.8074  46.0259

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TTP  PA   O1A   double  1.467  0.020  1.467
 TTP  PA   O2A   single  1.569  0.020  1.569
 TTP  PA   O3A   single  1.646  0.020  1.646
 TTP  PA   O5'   single  1.588  0.020  1.588
 TTP  O2A  HOA2  single  0.850  0.020  0.980
 TTP  O3A  PB    single  1.601  0.020  1.601
 TTP  PB   O1B   double  1.466  0.020  1.466
 TTP  PB   O2B   single  1.575  0.020  1.575
 TTP  PB   O3B   single  1.624  0.020  1.624
 TTP  O2B  HOB2  single  0.850  0.020  0.980
 TTP  O3B  PG    single  1.615  0.020  1.615
 TTP  PG   O1G   double  1.485  0.020  1.485
 TTP  PG   O2G   single  1.579  0.020  1.579
 TTP  PG   O3G   single  1.574  0.020  1.574
 TTP  O2G  HOG2  single  0.850  0.020  0.980
 TTP  O3G  HOG3  single  0.850  0.020  0.980
 TTP  O5'  C5'   single  1.433  0.020  1.433
 TTP  C5'  C4'   single  1.511  0.020  1.511
 TTP  C5'  H5'1  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C5'  H5'2  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C4'  O4'   single  1.421  0.020  1.421
 TTP  C4'  C3'   single  1.536  0.020  1.536
 TTP  C4'  H4'   single  0.970  0.020  1.090
 TTP  O4'  C1'   single  1.409  0.020  1.409
 TTP  C3'  O3'   single  1.410  0.020  1.410
 TTP  C3'  C2'   single  1.522  0.020  1.522
 TTP  C3'  H3'   single  0.970  0.020  1.090
 TTP  O3'  HO3'  single  0.850  0.020  0.980
 TTP  C2'  C1'   single  1.523  0.020  1.523
 TTP  C2'  H2'1  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C2'  H2'2  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C1'  N1    single  1.454  0.020  1.454
 TTP  C1'  H1'   single  0.970  0.020  1.090
 TTP  N1   C2    single  1.377  0.020  1.377
 TTP  N1   C6    single  1.371  0.020  1.371
 TTP  C2   O2    double  1.213  0.020  1.213
 TTP  C2   N3    single  1.371  0.020  1.371
 TTP  N3   C4    single  1.385  0.020  1.385
 TTP  N3   HN3   single  0.860  0.020  1.020
 TTP  C4   O4    double  1.216  0.020  1.216
 TTP  C4   C5    single  1.450  0.020  1.450
 TTP  C5   C5M   single  1.493  0.020  1.493
 TTP  C5   C6    double  1.342  0.020  1.342
 TTP  C5M  HM51  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C5M  HM52  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C5M  HM53  single  0.970  0.020  1.090
 TTP  C6   H6    single  0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TTP  O5'   PA   O3A    99.80  3.000
 TTP  O5'   PA   O2A   109.17  3.000
 TTP  O3A   PA   O2A   105.08  3.000
 TTP  O5'   PA   O1A   112.10  3.000
 TTP  O3A   PA   O1A   113.93  3.000
 TTP  O2A   PA   O1A   115.43  3.000
 TTP  HOA2  O2A  PA    117.14  3.000
 TTP  PB    O3A  PA    130.03  3.000
 TTP  O3B   PB   O2B   101.89  3.000
 TTP  O3B   PB   O1B   114.00  3.000
 TTP  O2B   PB   O1B   120.02  3.000
 TTP  O3B   PB   O3A   101.49  3.000
 TTP  O2B   PB   O3A    99.96  3.000
 TTP  O1B   PB   O3A   116.69  3.000
 TTP  HOB2  O2B  PB    115.03  3.000
 TTP  PG    O3B  PB    127.04  3.000
 TTP  O3G   PG   O2G   104.12  3.000
 TTP  O3G   PG   O1G   118.07  3.000
 TTP  O2G   PG   O1G   115.26  3.000
 TTP  O3G   PG   O3B    98.17  3.000
 TTP  O2G   PG   O3B   106.05  3.000
 TTP  O1G   PG   O3B   113.19  3.000
 TTP  HOG2  O2G  PG    115.47  3.000
 TTP  HOG3  O3G  PG    115.59  3.000
 TTP  C5'   O5'  PA    124.07  3.000
 TTP  H5'2  C5'  H5'1  108.30  3.000
 TTP  H5'2  C5'  C4'   109.44  3.000
 TTP  H5'1  C5'  C4'   108.77  3.000
 TTP  H5'2  C5'  O5'   110.64  3.000
 TTP  H5'1  C5'  O5'   109.74  3.000
 TTP  C4'   C5'  O5'   109.92  3.000
 TTP  H4'   C4'  C3'   109.01  3.000
 TTP  H4'   C4'  O4'   109.30  3.000
 TTP  C3'   C4'  O4'   106.52  3.000
 TTP  H4'   C4'  C5'   105.60  3.000
 TTP  C3'   C4'  C5'   115.53  3.000
 TTP  O4'   C4'  C5'   110.79  3.000
 TTP  C1'   O4'  C4'   110.75  3.000
 TTP  H3'   C3'  C2'   111.96  3.000
 TTP  H3'   C3'  O3'   111.30  3.000
 TTP  C2'   C3'  O3'   112.16  3.000
 TTP  H3'   C3'  C4'   111.82  3.000
 TTP  C2'   C3'  C4'   102.36  3.000
 TTP  O3'   C3'  C4'   106.81  3.000
 TTP  HO3'  O3'  C3'   108.38  3.000
 TTP  H2'2  C2'  H2'1  107.64  3.000
 TTP  H2'2  C2'  C1'   112.15  3.000
 TTP  H2'1  C2'  C1'   111.62  3.000
 TTP  H2'2  C2'  C3'   113.18  3.000
 TTP  H2'1  C2'  C3'   110.48  3.000
 TTP  C1'   C2'  C3'   101.77  3.000
 TTP  H1'   C1'  N1    106.60  3.000
 TTP  H1'   C1'  C2'   110.80  3.000
 TTP  N1    C1'  C2'   114.70  3.000
 TTP  H1'   C1'  O4'   110.71  3.000
 TTP  N1    C1'  O4'   108.38  3.000
 TTP  C2'   C1'  O4'   105.66  3.000
 TTP  C6    N1   C2    121.09  3.000
 TTP  C6    N1   C1'   119.02  3.000
 TTP  C2    N1   C1'   119.86  3.000
 TTP  N3    C2   O2    121.93  3.000
 TTP  N3    C2   N1    114.10  3.000
 TTP  O2    C2   N1    123.97  3.000
 TTP  HN3   N3   C4    116.63  3.000
 TTP  HN3   N3   C2    115.02  3.000
 TTP  C4    N3   C2    128.36  3.000
 TTP  C5    C4   O4    125.23  3.000
 TTP  C5    C4   N3    114.21  3.000
 TTP  O4    C4   N3    120.56  3.000
 TTP  C6    C5   C5M   122.69  3.000
 TTP  C6    C5   C4    117.86  3.000
 TTP  C5M   C5   C4    119.45  3.000
 TTP  HM53  C5M  HM52  107.28  3.000
 TTP  HM53  C5M  HM51  107.94  3.000
 TTP  HM52  C5M  HM51  107.84  3.000
 TTP  HM53  C5M  C5    111.51  3.000
 TTP  HM52  C5M  C5    111.38  3.000
 TTP  HM51  C5M  C5    110.72  3.000
 TTP  H6    C6   C5    120.25  3.000
 TTP  H6    C6   N1    115.37  3.000
 TTP  C5    C6   N1    124.39  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TTP  CONST_01  N3    C2   N1   C1'   180.00   0.0  0
 TTP  CONST_02  C4    N3   C2   N1      0.00   0.0  0
 TTP  CONST_03  C5    C4   N3   C2      0.00   0.0  0
 TTP  CONST_04  C6    N1   C2   N3      0.00   0.0  0
 TTP  CONST_05  O2    C2   N1   C1'     0.00   0.0  0
 TTP  CONST_06  O4    C4   N3   C2    180.00   0.0  0
 TTP  CONST_07  C6    N1   C2   O2    180.00   0.0  0
 TTP  CONST_08  C4    N3   C2   O2    180.00   0.0  0
 TTP  CONST_09  HN3   N3   C2   N1    180.00   0.0  0
 TTP  CONST_10  HN3   N3   C4   C5    180.00   0.0  0
 TTP  CONST_11  HN3   N3   C2   O2      0.00   0.0  0
 TTP  CONST_12  HN3   N3   C4   O4      0.00   0.0  0
 TTP  Var_01    C5M   C5   C6   N1   -179.83  30.0  1
 TTP  Var_02    C5M   C5   C4   N3   -179.86  30.0  1
 TTP  Var_03    H6    C6   N1   C1'     0.85  30.0  1
 TTP  Var_04    H6    C6   N1   C2    179.00  30.0  1
 TTP  Var_05    H6    C6   C5   C4   -179.11  30.0  1
 TTP  Var_06    C5M   C5   C4   O4      0.19  30.0  1
 TTP  Var_07    HM51  C5M  C5   C4   -178.77  30.0  3
 TTP  Var_08    HM52  C5M  C5   C4    -58.78  30.0  3
 TTP  Var_09    HM53  C5M  C5   C4     61.03  30.0  3
 TTP  Var_10    H6    C6   C5   C5M     0.47  30.0  1
 TTP  Var_11    HM51  C5M  C5   C6      1.66  30.0  3
 TTP  Var_12    HM52  C5M  C5   C6    121.65  30.0  3
 TTP  Var_13    HM53  C5M  C5   C6   -118.54  30.0  3
 TTP  Var_14    C4'   C5'  O5'  PA    169.75  30.0  3
 TTP  Var_15    O1B   PB   O3A  PA      4.20  30.0  3
 TTP  Var_16    O2B   PB   O3A  PA    135.25  30.0  3
 TTP  Var_17    O3B   PB   O3A  PA   -120.32  30.0  3
 TTP  Var_18    PB    O3A  PA   O1A   -72.76  30.0  3
 TTP  Var_19    C5'   O5'  PA   O1A   175.19  30.0  3
 TTP  Var_20    PB    O3A  PA   O2A    54.56  30.0  3
 TTP  Var_21    C5'   O5'  PA   O2A    46.00  30.0  3
 TTP  Var_22    C5'   O5'  PA   O3A   -63.85  30.0  3
 TTP  Var_23    PG    O3B  PB   O3A    69.27  30.0  3
 TTP  Var_24    O5'   PA   O3A  PB    167.61  30.0  1
 TTP  Var_25    O1G   PG   O3B  PB    -20.91  30.0  3
 TTP  Var_26    O2G   PG   O3B  PB    106.41  30.0  3
 TTP  Var_27    O3G   PG   O3B  PB   -146.27  30.0  3
 TTP  Var_28    PG    O3B  PB   O1B   -57.04  30.0  3
 TTP  Var_29    PG    O3B  PB   O2B   172.16  30.0  3
 TTP  Var_30    H5'1  C5'  O5'  PA    -70.67  30.0  3
 TTP  Var_31    H5'2  C5'  O5'  PA     48.78  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TTP  chir_03  C4'  C5'  O4'  C3'  negativ
 TTP  chir_04  C3'  O3'  C4'  C2'  positiv
 TTP  chir_05  C1'  O4'  N1   C2'  negativ
 TTP  chir_06  PA   O2A  O3A  O5'  both
 TTP  chir_07  PB   O2B  O1B  O3A  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TTP  plan-1  C1'  0.020
 TTP  plan-1  N1   0.020
 TTP  plan-1  C2   0.020
 TTP  plan-1  O2   0.020
 TTP  plan-1  N3   0.020
 TTP  plan-1  C4   0.020
 TTP  plan-1  O4   0.020
 TTP  plan-1  C5   0.020
 TTP  plan-1  C6   0.020
 TTP  plan-1  HN3  0.020

