# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 01:52:19 2020
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 1-phenyl-1H-1,2,4-triazole-3,5-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1nn(c2ccccc2)c(N)n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TT4  TT4  1-phenyl-1H-1,2,4-triazole-3,5-diamine  ligand  22  13  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TT4
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TT4  CAF  C  CR16  0  -0.293  -1.4952  -1.2463  -0.4337
 TT4  CAD  C  CR16  0  -0.249  -2.8731  -1.3930  -0.4227
 TT4  CAC  C  CR16  0  -0.262  -3.6879  -0.3900   0.0880
 TT4  CAE  C  CR16  0  -0.246  -3.1090   0.7598   0.6050
 TT4  CAG  C  CR16  0  -0.322  -1.7293   0.9116   0.6171
 TT4  CAK  C  CR6   0   0.346  -0.9195  -0.0858   0.0792
 TT4  NAM  N  NR5   0  -0.451   0.4755   0.0483   0.0731
 TT4  NAI  N  N     0  -0.364   1.2828  -1.0546   0.2354
 TT4  CAJ  C  CR5   0   0.533   2.4830  -0.5384   0.1224
 TT4  NAA  N  NH2   0  -0.866   3.6174  -1.2595   0.2306
 TT4  NAH  N  N     0  -0.547   2.5198   0.7987  -0.1177
 TT4  CAL  C  CR5   0   0.640   1.2473   1.1301  -0.1556
 TT4  NAB  N  NH2   0  -0.846   0.7799   2.3885  -0.3538
 TT4  H1   H  HCR6  0   0.270  -0.8671  -2.0278  -0.8383
 TT4  H2   H  HCR6  0   0.263  -3.3120  -2.2964  -0.8252
 TT4  H3   H  HCR6  0   0.260  -4.7634  -0.5077   0.0889
 TT4  H4   H  HCR6  0   0.264  -3.7293   1.5423   1.0220
 TT4  H5   H  HCR6  0   0.281  -1.2953   1.7953   1.0653
 TT4  H6   H  HNH2  0   0.394   3.5874  -2.2461   0.4064
 TT4  H7   H  HNH2  0   0.395   4.5102  -0.8113   0.1513
 TT4  H8   H  HNH2  0   0.402  -0.1176   2.4792  -0.8047
 TT4  H9   H  HNH2  0   0.403   1.4674   3.0167  -0.7398

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TT4  NAA  CAJ  single    1.349  0.020  1.349
 TT4  CAJ  NAI  aromatic  1.311  0.020  1.311
 TT4  CAJ  NAH  aromatic  1.359  0.020  1.359
 TT4  NAI  NAM  aromatic  1.376  0.020  1.376
 TT4  CAF  CAD  aromatic  1.386  0.020  1.386
 TT4  CAF  CAK  aromatic  1.393  0.020  1.393
 TT4  NAM  CAK  single    1.401  0.020  1.401
 TT4  NAM  CAL  aromatic  1.348  0.020  1.348
 TT4  NAH  CAL  aromatic  1.315  0.020  1.315
 TT4  CAD  CAC  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TT4  CAK  CAG  aromatic  1.393  0.020  1.393
 TT4  CAL  NAB  single    1.357  0.020  1.357
 TT4  CAC  CAE  aromatic  1.387  0.020  1.387
 TT4  CAG  CAE  aromatic  1.388  0.020  1.388
 TT4  CAF  H1   single    0.930  0.020  1.080
 TT4  CAD  H2   single    0.930  0.020  1.080
 TT4  CAC  H3   single    0.930  0.020  1.080
 TT4  CAE  H4   single    0.930  0.020  1.080
 TT4  CAG  H5   single    0.930  0.020  1.080
 TT4  NAA  H6   single    0.860  0.020  1.020
 TT4  NAA  H7   single    0.860  0.020  1.020
 TT4  NAB  H8   single    0.890  0.020  1.040
 TT4  NAB  H9   single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TT4  H1   CAF  CAK  119.98  3.000
 TT4  H1   CAF  CAD  120.28  3.000
 TT4  CAK  CAF  CAD  119.74  3.000
 TT4  H2   CAD  CAC  120.10  3.000
 TT4  H2   CAD  CAF  119.26  3.000
 TT4  CAC  CAD  CAF  120.64  3.000
 TT4  H3   CAC  CAE  120.31  3.000
 TT4  H3   CAC  CAD  120.32  3.000
 TT4  CAE  CAC  CAD  119.38  3.000
 TT4  H4   CAE  CAG  119.17  3.000
 TT4  H4   CAE  CAC  120.25  3.000
 TT4  CAG  CAE  CAC  120.57  3.000
 TT4  H5   CAG  CAK  120.78  3.000
 TT4  H5   CAG  CAE  119.46  3.000
 TT4  CAK  CAG  CAE  119.75  3.000
 TT4  NAM  CAK  CAG  120.79  3.000
 TT4  CAG  CAK  CAF  119.89  3.000
 TT4  NAM  CAK  CAF  119.30  3.000
 TT4  CAL  NAM  NAI  109.10  3.000
 TT4  CAL  NAM  CAK  130.33  3.000
 TT4  NAI  NAM  CAK  120.44  3.000
 TT4  CAJ  NAI  NAM  102.20  3.000
 TT4  NAH  CAJ  NAA  121.17  3.000
 TT4  NAH  CAJ  NAI  115.29  3.000
 TT4  NAA  CAJ  NAI  123.54  3.000
 TT4  H7   NAA  H6   118.73  3.000
 TT4  H7   NAA  CAJ  120.26  3.000
 TT4  H6   NAA  CAJ  121.01  3.000
 TT4  CAL  NAH  CAJ  103.11  3.000
 TT4  NAB  CAL  NAH  124.82  3.000
 TT4  NAB  CAL  NAM  124.87  3.000
 TT4  NAH  CAL  NAM  110.28  3.000
 TT4  H9   NAB  H8   112.32  3.000
 TT4  H9   NAB  CAL  113.51  3.000
 TT4  H8   NAB  CAL  117.08  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TT4  CONST_01  CAE  CAC  CAD  CAF    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_04  CAE  CAG  CAK  CAF    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_05  NAM  CAK  CAF  CAD  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_06  CAG  CAK  CAF  CAD    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_07  CAG  CAE  CAC  CAD    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_08  CAK  CAF  CAD  CAC    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_09  CAK  CAG  CAE  CAC    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_10  NAM  CAK  CAG  CAE  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_13  CAJ  NAI  NAM  CAK  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_14  NAH  CAL  NAM  CAK  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_15  NAH  CAJ  NAI  NAM    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_16  CAJ  NAH  CAL  NAM    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_17  CAL  NAH  CAJ  NAI    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_18  NAH  CAL  NAM  NAI    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_19  CAL  NAM  NAI  CAJ    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_20  NAB  CAL  NAM  CAK    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_21  NAA  CAJ  NAI  NAM  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_22  NAB  CAL  NAM  NAI  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_23  NAB  CAL  NAH  CAJ  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_24  CAL  NAH  CAJ  NAA  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_25  H3   CAC  CAD  CAF  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_26  H5   CAG  CAK  CAF  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_27  H4   CAE  CAC  CAD  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_28  H1   CAF  CAD  CAC  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_29  H2   CAD  CAC  CAE  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_31  H9   NAB  CAL  NAM  180.00  0.0  0
 TT4  CONST_32  H6   NAA  CAJ  NAI    0.00  0.0  0
 TT4  CONST_33  H7   NAA  CAJ  NAI  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TT4  plan-1  CAK  0.020
 TT4  plan-1  NAM  0.020
 TT4  plan-1  NAI  0.020
 TT4  plan-1  CAJ  0.020
 TT4  plan-1  NAA  0.020
 TT4  plan-1  NAH  0.020
 TT4  plan-1  CAL  0.020
 TT4  plan-1  NAB  0.020
 TT4  plan-2  CAF  0.020
 TT4  plan-2  CAD  0.020
 TT4  plan-2  CAC  0.020
 TT4  plan-2  CAE  0.020
 TT4  plan-2  CAG  0.020
 TT4  plan-2  CAK  0.020
 TT4  plan-2  NAM  0.020
 TT4  plan-2  H1   0.020
 TT4  plan-2  H2   0.020
 TT4  plan-2  H3   0.020
 TT4  plan-2  H4   0.020
 TT4  plan-2  H5   0.020
 TT4  plan-3  CAJ  0.020
 TT4  plan-3  NAA  0.020
 TT4  plan-3  H6   0.020
 TT4  plan-3  H7   0.020
 TT4  plan-4  CAL  0.020
 TT4  plan-4  NAB  0.020
 TT4  plan-4  H8   0.020
 TT4  plan-4  H9   0.020

