# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 02:27:08 2020
#   Inital geometry file: a 108 line input string
#   Ligand name: 4-benzyl-3-[(2-chlorobenzyl)sulfanyl]-5-thiophen-2-yl-4H-1,2,4-triazole
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Clc1ccccc1CSc2nnc(n2Cc3ccccc3)c4sccc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TT1  TT1  4-benzyl-3-[(2-chlorobenzyl)sulfanyl]-5-thiophen-2-yl-4H-1,2,4-triazole  ligand  42  26  .  2022-07-22  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_TT1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TT1  C26   C   CR16  0  -0.285  -4.5936  -0.8362   1.4677
 TT1  C25   C   CR16  0  -0.214  -5.8279  -1.3034   1.0433
 TT1  C24   C   CR16  0  -0.254  -6.3687  -0.8361  -0.1456
 TT1  C23   C   CR16  0  -0.181  -5.6754   0.0927  -0.9073
 TT1  C21   C   CR6   0  -0.098  -4.4407   0.5463  -0.4703
 TT1  CL22  CL  CL    0  -0.104  -3.5915   1.6998  -1.4451
 TT1  C20   C   CR6   0   0.186  -3.8787   0.1001   0.7252
 TT1  C8    C   CH2   0  -0.611  -2.5450   0.5782   1.2048
 TT1  S9    S   S2    0   0.092  -1.2699  -0.3687   0.2983
 TT1  C10   C   CR5   0   0.281   0.1302   0.5908   0.6708
 TT1  N19   N   N     0  -0.295   0.2507   1.4718   1.6241
 TT1  N18   N   N     0  -0.259   1.4995   1.9886   1.5425
 TT1  C12   C   CR5   0   0.403   2.1164   1.4038   0.5540
 TT1  C13   C   CR5   0  -0.269   3.4984   1.6483   0.1818
 TT1  C17   C   CR15  0  -0.161   4.5750   1.6243   1.0223
 TT1  C16   C   CR15  0  -0.148   5.7868   1.9681   0.3712
 TT1  C15   C   CR15  0  -0.438   5.6080   2.2522  -0.9484
 TT1  S14   S   S2    0   0.242   3.9683   2.1192  -1.4114
 TT1  N11   N   NR5   0  -0.480   1.2785   0.5073  -0.0456
 TT1  C1    C   CH2   0  -0.421   1.5547  -0.4456  -1.1075
 TT1  C2    C   CR6   0   0.137   1.7147  -1.8453  -0.5762
 TT1  C7    C   CR16  0  -0.273   0.8688  -2.8628  -0.9984
 TT1  C6    C   CR16  0  -0.209   1.0227  -4.1542  -0.5086
 TT1  C5    C   CR16  0  -0.233   2.0223  -4.4334   0.4111
 TT1  C4    C   CR16  0  -0.211   2.8729  -3.4189   0.8361
 TT1  C3    C   CR16  0  -0.261   2.7207  -2.1327   0.3433
 TT1  H26   H   HCR6  0   0.245  -4.1710  -1.1984   2.3966
 TT1  H25   H   HCR6  0   0.246  -6.3650  -2.0278   1.6401
 TT1  H24   H   HCR6  0   0.249  -7.3322  -1.1909  -0.4854
 TT1  H23   H   HCR6  0   0.261  -6.0915   0.4615  -1.8348
 TT1  H8    H   HCH2  0   0.303  -2.3917   1.6389   1.0143
 TT1  H8A   H   HCH2  0   0.295  -2.4289   0.3975   2.2712
 TT1  H17   H   HCR5  0   0.249   4.4982   1.3602   2.0672
 TT1  H16   H   HCR5  0   0.242   6.7490   1.9949   0.8611
 TT1  H15   H   HCR5  0   0.266   6.3539   2.5328  -1.6758
 TT1  H1    H   HCH2  0   0.276   0.7474  -0.3926  -1.8396
 TT1  H1A   H   HCH2  0   0.278   2.4616  -0.1243  -1.6168
 TT1  H7    H   HCR6  0   0.228   0.0826  -2.6495  -1.7127
 TT1  H6    H   HCR6  0   0.229   0.3560  -4.9383  -0.8428
 TT1  H5    H   HCR6  0   0.229   2.1408  -5.4375   0.7967
 TT1  H4    H   HCR6  0   0.230   3.6587  -3.6316   1.5491
 TT1  H3    H   HCR6  0   0.238   3.3930  -1.3489   0.6740

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TT1  C26  C25   aromatic  1.386  0.020  1.386
 TT1  C26  C20   aromatic  1.393  0.020  1.393
 TT1  C25  C24   aromatic  1.387  0.020  1.387
 TT1  C24  C23   aromatic  1.387  0.020  1.387
 TT1  C23  C21   aromatic  1.386  0.020  1.386
 TT1  C21  CL22  single    1.733  0.020  1.733
 TT1  C21  C20   aromatic  1.394  0.020  1.394
 TT1  C20  C8    single    1.496  0.020  1.496
 TT1  C8   S9    single    1.829  0.020  1.829
 TT1  S9   C10   single    1.738  0.020  1.738
 TT1  C10  N19   aromatic  1.304  0.020  1.304
 TT1  C10  N11   aromatic  1.356  0.020  1.356
 TT1  N19  N18   aromatic  1.354  0.020  1.354
 TT1  N18  C12   aromatic  1.304  0.020  1.304
 TT1  C12  C13   single    1.452  0.020  1.452
 TT1  C12  N11   aromatic  1.366  0.020  1.366
 TT1  C13  C17   aromatic  1.366  0.020  1.366
 TT1  C13  S14   aromatic  1.727  0.020  1.727
 TT1  C17  C16   aromatic  1.418  0.020  1.418
 TT1  C16  C15   aromatic  1.362  0.020  1.362
 TT1  C15  S14   aromatic  1.709  0.020  1.709
 TT1  N11  C1    single    1.453  0.020  1.453
 TT1  C1   C2    single    1.506  0.020  1.506
 TT1  C2   C7    aromatic  1.389  0.020  1.389
 TT1  C2   C3    aromatic  1.393  0.020  1.393
 TT1  C7   C6    aromatic  1.390  0.020  1.390
 TT1  C6   C5    aromatic  1.387  0.020  1.387
 TT1  C5   C4    aromatic  1.390  0.020  1.390
 TT1  C4   C3    aromatic  1.386  0.020  1.386
 TT1  C26  H26   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C25  H25   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C24  H24   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C23  H23   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 TT1  C8   H8A   single    0.970  0.020  1.090
 TT1  C17  H17   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C16  H16   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C15  H15   single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 TT1  C1   H1A   single    0.970  0.020  1.090
 TT1  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 TT1  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TT1  H26   C26  C20   118.81  3.000
 TT1  H26   C26  C25   119.82  3.000
 TT1  C20   C26  C25   121.36  3.000
 TT1  H25   C25  C24   120.33  3.000
 TT1  H25   C25  C26   119.94  3.000
 TT1  C24   C25  C26   119.73  3.000
 TT1  H24   C24  C23   119.51  3.000
 TT1  H24   C24  C25   120.40  3.000
 TT1  C23   C24  C25   120.09  3.000
 TT1  H23   C23  C21   120.11  3.000
 TT1  H23   C23  C24   120.47  3.000
 TT1  C21   C23  C24   119.42  3.000
 TT1  C20   C21  CL22  119.86  3.000
 TT1  C20   C21  C23   121.65  3.000
 TT1  CL22  C21  C23   118.49  3.000
 TT1  C8    C20  C21   122.14  3.000
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 TT1  C21   C20  C26   117.74  3.000
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 TT1  H8A   C8   S9    109.00  3.000
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 TT1  H8A   C8   C20   110.88  3.000
 TT1  H8    C8   C20   112.39  3.000
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 TT1  N11   C10  S9    122.35  3.000
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 TT1  N18   N19  C10   107.40  3.000
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 TT1  H15   C15  S14   120.06  3.000
 TT1  H15   C15  C16   128.08  3.000
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 TT1  C15   S14  C13    91.85  3.000
 TT1  C1    N11  C12   129.39  3.000
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 TT1  C12   N11  C10   104.31  3.000
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 TT1  H1    C1   C2    111.13  3.000
 TT1  H1A   C1   N11   107.86  3.000
 TT1  H1    C1   N11   108.54  3.000
 TT1  C2    C1   N11   111.83  3.000
 TT1  C3    C2   C7    119.30  3.000
 TT1  C3    C2   C1    120.10  3.000
 TT1  C7    C2   C1    120.60  3.000
 TT1  H7    C7   C6    119.72  3.000
 TT1  H7    C7   C2    119.87  3.000
 TT1  C6    C7   C2    120.41  3.000
 TT1  H6    C6   C5    120.20  3.000
 TT1  H6    C6   C7    119.75  3.000
 TT1  C5    C6   C7    120.05  3.000
 TT1  H5    C5   C4    120.07  3.000
 TT1  H5    C5   C6    120.14  3.000
 TT1  C4    C5   C6    119.79  3.000
 TT1  H4    C4   C3    119.77  3.000
 TT1  H4    C4   C5    120.15  3.000
 TT1  C3    C4   C5    120.09  3.000
 TT1  H3    C3   C4    119.63  3.000
 TT1  H3    C3   C2    120.00  3.000
 TT1  C4    C3   C2    120.37  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TT1  CONST_01  C23   C24  C25  C26    0.00   0.0  0
 TT1  CONST_02  C23   C21  C20  C26    0.00   0.0  0
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 TT1  CONST_05  C20   C26  C25  C24    0.00   0.0  0
 TT1  CONST_06  C20   C21  C23  C24    0.00   0.0  0
 TT1  CONST_07  C12   N18  N19  C10    0.00   0.0  0
 TT1  CONST_08  N18   C12  N11  C10    0.00   0.0  0
 TT1  CONST_09  C13   C12  N11  C10  180.00   0.0  0
 TT1  CONST_10  C12   N11  C10  N19    0.00   0.0  0
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 TT1  CONST_12  N11   C12  N18  N19    0.00   0.0  0
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 TT1  CONST_17  C15   S14  C13  C12  180.00   0.0  0
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 TT1  CONST_26  C5    C4   C3   C2     0.00   0.0  0
 TT1  CONST_27  C4    C3   C2   C7     0.00   0.0  0
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 TT1  CONST_29  C3    C2   C7   C6     0.00   0.0  0
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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 TT1  plan-4  H5    0.020
 TT1  plan-4  H4    0.020
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