# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue May  5 19:41:44 2020
#   Inital geometry file: a 111 line input string
#   Ligand name: 1-[(S)-biphenyl-4-yl(phenyl)methyl]-1H-imidazole
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: c1ccc(cc1)[C@H](n2ccnc2)c3ccc(cc3)c4ccccc4
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TMI  TMI  1-[(S)-biphenyl-4-yl(phenyl)methyl]-1H-imidazole  ligand  42  24  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TMI
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TMI  CBB  C  CR16  0  -0.281  -2.6243  -2.1065   1.1990
 TMI  CBC  C  CR16  0  -0.244  -3.2990  -3.2432   0.7803
 TMI  CBD  C  CR16  0  -0.262  -4.0147  -3.2282  -0.4108
 TMI  CBE  C  CR16  0  -0.240  -4.0478  -2.0715  -1.1762
 TMI  CBF  C  CR16  0  -0.297  -3.3700  -0.9332  -0.7560
 TMI  CBA  C  CR6   0   0.105  -2.6522  -0.9439   0.4338
 TMI  CAA  C  CH1   0  -0.202  -1.8635   0.2536   0.9180
 TMI  NAB  N  NR5   0  -0.411  -2.3955   1.5036   0.3919
 TMI  CAF  C  CR15  0  -0.104  -3.5627   2.0876   0.8024
 TMI  CAE  C  CR15  0  -0.215  -3.7316   3.1751  -0.0035
 TMI  NAD  N  N     0  -0.453  -2.7019   3.2653  -0.8966
 TMI  CAC  C  CR15  0   0.103  -1.9235   2.2466  -0.6354
 TMI  CCA  C  CR6   0   0.076  -0.3819   0.1460   0.6228
 TMI  CCB  C  CR16  0  -0.266   0.5243   0.7881   1.4615
 TMI  CCC  C  CR16  0  -0.302   1.8842   0.7410   1.2065
 TMI  CCF  C  CR16  0  -0.258   0.1073  -0.5507  -0.4755
 TMI  CCE  C  CR16  0  -0.299   1.4689  -0.5955  -0.7337
 TMI  CCD  C  CR6   0   0.084   2.3818   0.0489   0.1008
 TMI  CDA  C  CR6   0   0.091   3.8318  -0.0041  -0.1729
 TMI  CDB  C  CR16  0  -0.311   4.3118   0.0290  -1.4834
 TMI  CDC  C  CR16  0  -0.239   5.6735  -0.0206  -1.7431
 TMI  CDD  C  CR16  0  -0.265   6.5817  -0.1041  -0.6957
 TMI  CDE  C  CR16  0  -0.240   6.1165  -0.1366   0.6124
 TMI  CDF  C  CR16  0  -0.311   4.7547  -0.0865   0.8717
 TMI  HBB  H  HCR6  0   0.255  -2.0686  -2.1230   2.1295
 TMI  HBC  H  HCR6  0   0.259  -3.2689  -4.1393   1.3865
 TMI  HBD  H  HCR6  0   0.258  -4.5468  -4.1122  -0.7375
 TMI  HBE  H  HCR6  0   0.259  -4.6050  -2.0499  -2.1039
 TMI  HBF  H  HCR6  0   0.259  -3.4069  -0.0392  -1.3664
 TMI  HAA  H  HCH1  0   0.298  -1.9767   0.3093   2.0041
 TMI  HAF  H  HCR5  0   0.293  -4.1507   1.6864   1.6113
 TMI  HAE  H  HCR5  0   0.252  -4.5343   3.8958   0.0189
 TMI  HAC  H  HCR5  0   0.284  -1.0049   2.0106  -1.1496
 TMI  HCB  H  HCR6  0   0.261   0.1656   1.3362   2.3249
 TMI  HCC  H  HCR6  0   0.258   2.5629   1.2633   1.8688
 TMI  HCF  H  HCR6  0   0.263  -0.5695  -1.0776  -1.1363
 TMI  HCE  H  HCR6  0   0.258   1.8210  -1.1613  -1.5870
 TMI  HDB  H  HCR6  0   0.256   3.6178   0.1157  -2.3099
 TMI  HDC  H  HCR6  0   0.258   6.0250   0.0136  -2.7664
 TMI  HDD  H  HCR6  0   0.258   7.6443  -0.1423  -0.8963
 TMI  HDE  H  HCR6  0   0.259   6.8160  -0.2079   1.4350
 TMI  HDF  H  HCR6  0   0.255   4.4075  -0.1308   1.8969

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TMI  CBB  CBC  aromatic  1.387  0.020  1.387
 TMI  CBB  CBA  aromatic  1.392  0.020  1.392
 TMI  CBB  HBB  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CBC  CBD  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TMI  CBC  HBC  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CBD  CBE  aromatic  1.387  0.020  1.387
 TMI  CBD  HBD  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CBE  CBF  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TMI  CBE  HBE  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CBF  CBA  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TMI  CBF  HBF  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CBA  CAA  single    1.513  0.020  1.513
 TMI  CAA  NAB  single    1.457  0.020  1.457
 TMI  CAA  CCA  single    1.515  0.020  1.515
 TMI  CAA  HAA  single    0.970  0.020  1.090
 TMI  NAB  CAF  aromatic  1.368  0.020  1.368
 TMI  NAB  CAC  aromatic  1.353  0.020  1.353
 TMI  CAF  CAE  aromatic  1.364  0.020  1.364
 TMI  CAF  HAF  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CAE  NAD  aromatic  1.366  0.020  1.366
 TMI  CAE  HAE  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  NAD  CAC  aromatic  1.308  0.020  1.308
 TMI  CAC  HAC  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CCA  CCB  aromatic  1.392  0.020  1.392
 TMI  CCA  CCF  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TMI  CCB  CCC  aromatic  1.384  0.020  1.384
 TMI  CCB  HCB  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CCC  CCD  aromatic  1.396  0.020  1.396
 TMI  CCC  HCC  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CCF  CCE  aromatic  1.387  0.020  1.387
 TMI  CCF  HCF  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CCE  CCD  aromatic  1.395  0.020  1.395
 TMI  CCE  HCE  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CCD  CDA  single    1.477  0.020  1.477
 TMI  CDA  CDB  aromatic  1.396  0.020  1.396
 TMI  CDA  CDF  aromatic  1.396  0.020  1.396
 TMI  CDB  CDC  aromatic  1.387  0.020  1.387
 TMI  CDB  HDB  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CDC  CDD  aromatic  1.389  0.020  1.389
 TMI  CDC  HDC  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CDD  CDE  aromatic  1.389  0.020  1.389
 TMI  CDD  HDD  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CDE  CDF  aromatic  1.387  0.020  1.387
 TMI  CDE  HDE  single    0.930  0.020  1.080
 TMI  CDF  HDF  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TMI  HBB  CBB  CBA  119.65  3.000
 TMI  HBB  CBB  CBC  119.75  3.000
 TMI  CBA  CBB  CBC  120.59  3.000
 TMI  HBC  CBC  CBD  120.22  3.000
 TMI  HBC  CBC  CBB  119.74  3.000
 TMI  CBD  CBC  CBB  120.04  3.000
 TMI  HBD  CBD  CBE  120.18  3.000
 TMI  HBD  CBD  CBC  120.21  3.000
 TMI  CBE  CBD  CBC  119.61  3.000
 TMI  HBE  CBE  CBF  119.60  3.000
 TMI  HBE  CBE  CBD  120.11  3.000
 TMI  CBF  CBE  CBD  120.29  3.000
 TMI  HBF  CBF  CBA  120.43  3.000
 TMI  HBF  CBF  CBE  119.27  3.000
 TMI  CBA  CBF  CBE  120.30  3.000
 TMI  CAA  CBA  CBF  122.49  3.000
 TMI  CAA  CBA  CBB  118.33  3.000
 TMI  CBF  CBA  CBB  119.17  3.000
 TMI  HAA  CAA  CCA  107.37  3.000
 TMI  HAA  CAA  NAB  106.10  3.000
 TMI  CCA  CAA  NAB  110.36  3.000
 TMI  HAA  CAA  CBA  107.70  3.000
 TMI  CCA  CAA  CBA  113.03  3.000
 TMI  NAB  CAA  CBA  111.90  3.000
 TMI  CAC  NAB  CAF  106.92  3.000
 TMI  CAC  NAB  CAA  128.17  3.000
 TMI  CAF  NAB  CAA  124.71  3.000
 TMI  HAF  CAF  CAE  132.29  3.000
 TMI  HAF  CAF  NAB  122.13  3.000
 TMI  CAE  CAF  NAB  105.58  3.000
 TMI  HAE  CAE  NAD  122.02  3.000
 TMI  HAE  CAE  CAF  127.76  3.000
 TMI  NAD  CAE  CAF  110.22  3.000
 TMI  CAC  NAD  CAE  105.46  3.000
 TMI  HAC  CAC  NAD  125.57  3.000
 TMI  HAC  CAC  NAB  122.61  3.000
 TMI  NAD  CAC  NAB  111.81  3.000
 TMI  CCF  CCA  CCB  118.58  3.000
 TMI  CCF  CCA  CAA  122.28  3.000
 TMI  CCB  CCA  CAA  119.13  3.000
 TMI  HCB  CCB  CCC  119.28  3.000
 TMI  HCB  CCB  CCA  119.86  3.000
 TMI  CCC  CCB  CCA  120.86  3.000
 TMI  HCC  CCC  CCD  120.01  3.000
 TMI  HCC  CCC  CCB  119.12  3.000
 TMI  CCD  CCC  CCB  120.86  3.000
 TMI  HCF  CCF  CCE  118.98  3.000
 TMI  HCF  CCF  CCA  120.42  3.000
 TMI  CCE  CCF  CCA  120.60  3.000
 TMI  HCE  CCE  CCD  120.01  3.000
 TMI  HCE  CCE  CCF  118.88  3.000
 TMI  CCD  CCE  CCF  121.09  3.000
 TMI  CDA  CCD  CCE  121.02  3.000
 TMI  CDA  CCD  CCC  120.97  3.000
 TMI  CCE  CCD  CCC  118.01  3.000
 TMI  CDF  CDA  CDB  118.45  3.000
 TMI  CDF  CDA  CCD  120.83  3.000
 TMI  CDB  CDA  CCD  120.72  3.000
 TMI  HDB  CDB  CDC  119.29  3.000
 TMI  HDB  CDB  CDA  119.87  3.000
 TMI  CDC  CDB  CDA  120.83  3.000
 TMI  HDC  CDC  CDD  120.17  3.000
 TMI  HDC  CDC  CDB  119.64  3.000
 TMI  CDD  CDC  CDB  120.19  3.000
 TMI  HDD  CDD  CDE  120.18  3.000
 TMI  HDD  CDD  CDC  120.30  3.000
 TMI  CDE  CDD  CDC  119.52  3.000
 TMI  HDE  CDE  CDF  119.66  3.000
 TMI  HDE  CDE  CDD  120.07  3.000
 TMI  CDF  CDE  CDD  120.27  3.000
 TMI  HDF  CDF  CDE  119.34  3.000
 TMI  HDF  CDF  CDA  119.91  3.000
 TMI  CDE  CDF  CDA  120.74  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TMI  CONST_01  CBE  CBD  CBC  CBB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_02  CBE  CBF  CBA  CBB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_03  CBF  CBA  CBB  CBC    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_04  CBF  CBE  CBD  CBC    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_05  CBA  CBB  CBC  CBD    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_06  CBA  CBF  CBE  CBD    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_07  NAD  CAE  CAF  NAB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_08  CAE  NAD  CAC  NAB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_09  NAD  CAC  NAB  CAF    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_10  CAC  NAD  CAE  CAF    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_11  CAC  NAB  CAF  CAE    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_12  CCD  CCC  CCB  CCA    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_13  CCD  CCE  CCF  CCA    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_14  CCE  CCF  CCA  CCB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_15  CCE  CCD  CCC  CCB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_16  CDA  CCD  CCC  CCB  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_17  CCF  CCA  CCB  CCC    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_18  CCF  CCE  CCD  CCC    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_21  CDA  CCD  CCE  CCF  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_24  CDC  CDB  CDA  CCD  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_25  CDE  CDF  CDA  CCD  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_26  CDD  CDC  CDB  CDA    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_27  CDD  CDE  CDF  CDA    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_28  CDE  CDF  CDA  CDB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_29  CDE  CDD  CDC  CDB    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_30  CDF  CDA  CDB  CDC    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_31  CDF  CDE  CDD  CDC    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_32  CAA  CBA  CBB  CBC  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_33  CAA  CBA  CBF  CBE  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_34  CAE  CAF  NAB  CAA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_35  NAD  CAC  NAB  CAA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_36  CCC  CCB  CCA  CAA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_37  CCE  CCF  CCA  CAA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_38  HBD  CBD  CBC  CBB  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_39  HBF  CBF  CBA  CBB  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_40  HBE  CBE  CBD  CBC  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_41  HBB  CBB  CBC  CBD  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_42  HBC  CBC  CBD  CBE  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_43  HAE  CAE  CAF  NAB  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_44  HAC  CAC  NAB  CAF  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_45  HAF  CAF  CAE  NAD  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_46  HCC  CCC  CCB  CCA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_47  HCE  CCE  CCF  CCA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_48  HCF  CCF  CCA  CCB  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_49  HCB  CCB  CCA  CCF  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_50  HDB  CDB  CDA  CCD    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_51  HDF  CDF  CDA  CCD    0.00  0.0  0
 TMI  CONST_52  HDC  CDC  CDB  CDA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_53  HDE  CDE  CDF  CDA  180.00  0.0  0
 TMI  CONST_54  HDD  CDD  CDC  CDB  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TMI  chir_01  CAA  CBA  NAB  CCA  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TMI  plan-1  CAA  0.020
 TMI  plan-1  NAB  0.020
 TMI  plan-1  CAF  0.020
 TMI  plan-1  CAE  0.020
 TMI  plan-1  NAD  0.020
 TMI  plan-1  CAC  0.020
 TMI  plan-1  HAF  0.020
 TMI  plan-1  HAE  0.020
 TMI  plan-1  HAC  0.020
 TMI  plan-2  CBB  0.020
 TMI  plan-2  CBC  0.020
 TMI  plan-2  CBD  0.020
 TMI  plan-2  CBE  0.020
 TMI  plan-2  CBF  0.020
 TMI  plan-2  CBA  0.020
 TMI  plan-2  CAA  0.020
 TMI  plan-2  HBB  0.020
 TMI  plan-2  HBC  0.020
 TMI  plan-2  HBD  0.020
 TMI  plan-2  HBE  0.020
 TMI  plan-2  HBF  0.020
 TMI  plan-3  CAA  0.020
 TMI  plan-3  CCA  0.020
 TMI  plan-3  CCB  0.020
 TMI  plan-3  CCC  0.020
 TMI  plan-3  CCF  0.020
 TMI  plan-3  CCE  0.020
 TMI  plan-3  CCD  0.020
 TMI  plan-3  CDA  0.020
 TMI  plan-3  HCB  0.020
 TMI  plan-3  HCC  0.020
 TMI  plan-3  HCF  0.020
 TMI  plan-3  HCE  0.020
 TMI  plan-4  CCD  0.020
 TMI  plan-4  CDA  0.020
 TMI  plan-4  CDB  0.020
 TMI  plan-4  CDC  0.020
 TMI  plan-4  CDD  0.020
 TMI  plan-4  CDE  0.020
 TMI  plan-4  CDF  0.020
 TMI  plan-4  HDB  0.020
 TMI  plan-4  HDC  0.020
 TMI  plan-4  HDD  0.020
 TMI  plan-4  HDE  0.020
 TMI  plan-4  HDF  0.020

