# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 19:40:25 2022
#   Inital geometry file: a 88 line input string
#   Ligand name: 2-bromanyl-4-[2-(5-bromanyl-2-fluoranyl-phenyl)imidazol-1-yl]benzaldehyde
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Fc1ccc(Br)cc1c2nccn2c3ccc(C=O)c(Br)c3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TJK  TJK  2-bromanyl-4-[2-(5-bromanyl-2-fluoranyl-phenyl)imidazol-1-yl]benzaldehyde  ligand  31  22  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TJK
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TJK  C02  C   C1    0   0.124  -20.9042  -21.3667  -3.9410
 TJK  C03  C   CR6   0   0.028  -21.9824  -21.4355  -2.9282
 TJK  C04  C   CR16  0  -0.263  -23.1824  -22.0554  -3.2817
 TJK  C05  C   CR16  0  -0.260  -24.2256  -22.1805  -2.3883
 TJK  C06  C   CR6   0  -0.145  -21.8713  -20.9174  -1.6357
 TJK  C08  C   CR16  0  -0.224  -22.9174  -21.0075  -0.7332
 TJK  C09  C   CR6   0   0.318  -24.0854  -21.6571  -1.1088
 TJK  C11  C   CR5   0   0.445  -25.0600  -22.1707   1.1282
 TJK  C12  C   CR6   0  -0.218  -23.8280  -22.6745   1.7433
 TJK  C13  C   CR6   0   0.552  -23.3652  -22.1672   2.9499
 TJK  C15  C   CR16  0  -0.401  -22.2080  -22.6278   3.5456
 TJK  C16  C   CR16  0  -0.212  -21.4727  -23.6232   2.9229
 TJK  C17  C   CR6   0  -0.113  -21.9178  -24.1403   1.7143
 TJK  C19  C   CR16  0  -0.218  -23.0855  -23.6828   1.1288
 TJK  C21  C   CR15  0  -0.216  -27.1009  -21.6684   0.7528
 TJK  C22  C   CR15  0  -0.102  -26.4516  -21.4656  -0.4259
 TJK  F14  F   F     0  -0.290  -24.0411  -21.1814   3.5442
 TJK  N10  N   NR5   0  -0.555  -25.1383  -21.7810  -0.1815
 TJK  N20  N   N     0  -0.428  -26.2288  -22.1080   1.7057
 TJK  BR1  BR  BR    0  -0.002  -20.3044  -20.0548  -1.0322
 TJK  BR2  BR  BR    0  -0.029  -20.9164  -25.4867   0.8544
 TJK  H1   H   H     0   0.210  -19.9665  -20.8853  -3.6296
 TJK  H4   H   HCR6  0   0.286  -23.2854  -22.4636  -4.2784
 TJK  H5   H   HCR6  0   0.295  -25.1330  -22.6943  -2.6763
 TJK  H6   H   HCR6  0   0.314  -22.8336  -20.5697   0.2521
 TJK  H7   H   HCR6  0   0.296  -21.8751  -22.2047   4.4840
 TJK  H8   H   HCR6  0   0.295  -20.5622  -23.9801   3.3846
 TJK  H9   H   HCR6  0   0.300  -23.4338  -24.1080   0.1962
 TJK  H10  H   HCR5  0   0.263  -28.1481  -21.5191   0.9633
 TJK  H11  H   HCR5  0   0.308  -26.7848  -21.1066  -1.3853
 TJK  O1   O   O     0  -0.359  -21.0242  -21.8107  -5.0570

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TJK  C02  C03  single    1.481  0.020  1.481
 TJK  C04  C03  aromatic  1.396  0.020  1.396
 TJK  C04  C05  aromatic  1.379  0.020  1.379
 TJK  C03  C06  aromatic  1.397  0.020  1.397
 TJK  C05  C09  aromatic  1.390  0.020  1.390
 TJK  C06  BR1  single    1.888  0.020  1.888
 TJK  C06  C08  aromatic  1.384  0.020  1.384
 TJK  C09  C08  aromatic  1.388  0.020  1.388
 TJK  C09  N10  single    1.409  0.020  1.409
 TJK  C22  N10  aromatic  1.373  0.020  1.373
 TJK  C22  C21  aromatic  1.361  0.020  1.361
 TJK  N10  C11  aromatic  1.369  0.020  1.369
 TJK  C21  N20  aromatic  1.365  0.020  1.365
 TJK  C11  N20  aromatic  1.305  0.020  1.305
 TJK  C11  C12  single    1.466  0.020  1.466
 TJK  BR2  C17  single    1.885  0.020  1.885
 TJK  C19  C12  aromatic  1.395  0.020  1.395
 TJK  C19  C17  aromatic  1.384  0.020  1.384
 TJK  C12  C13  aromatic  1.388  0.020  1.388
 TJK  C17  C16  aromatic  1.388  0.020  1.388
 TJK  C13  F14  single    1.335  0.020  1.335
 TJK  C13  C15  aromatic  1.381  0.020  1.381
 TJK  C16  C15  aromatic  1.385  0.020  1.385
 TJK  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C04  H4   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C05  H5   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C08  H6   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C15  H7   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C16  H8   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C19  H9   single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C21  H10  single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C22  H11  single    0.930  0.020  1.080
 TJK  C02  O1   double    1.207  0.020  1.207

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TJK  O1   C02  H1   120.53  3.000
 TJK  O1   C02  C03  122.88  3.000
 TJK  H1   C02  C03  116.59  3.000
 TJK  C06  C03  C04  117.86  3.000
 TJK  C06  C03  C02  123.90  3.000
 TJK  C04  C03  C02  118.24  3.000
 TJK  H4   C04  C05  119.38  3.000
 TJK  H4   C04  C03  118.85  3.000
 TJK  C05  C04  C03  121.76  3.000
 TJK  H5   C05  C09  120.58  3.000
 TJK  H5   C05  C04  120.34  3.000
 TJK  C09  C05  C04  119.08  3.000
 TJK  BR1  C06  C08  116.65  3.000
 TJK  C08  C06  C03  121.26  3.000
 TJK  BR1  C06  C03  122.09  3.000
 TJK  H6   C08  C09  120.07  3.000
 TJK  H6   C08  C06  120.60  3.000
 TJK  C09  C08  C06  119.33  3.000
 TJK  N10  C09  C08  119.47  3.000
 TJK  N10  C09  C05  119.85  3.000
 TJK  C08  C09  C05  120.68  3.000
 TJK  N20  C11  N10  111.01  3.000
 TJK  N20  C11  C12  125.68  3.000
 TJK  N10  C11  C12  123.18  3.000
 TJK  C19  C12  C13  118.00  3.000
 TJK  C13  C12  C11  121.28  3.000
 TJK  C19  C12  C11  120.72  3.000
 TJK  F14  C13  C15  118.60  3.000
 TJK  C15  C13  C12  122.17  3.000
 TJK  F14  C13  C12  119.21  3.000
 TJK  H7   C15  C16  120.50  3.000
 TJK  H7   C15  C13  120.11  3.000
 TJK  C16  C15  C13  119.39  3.000
 TJK  H8   C16  C17  121.26  3.000
 TJK  H8   C16  C15  119.48  3.000
 TJK  C17  C16  C15  119.27  3.000
 TJK  BR2  C17  C19  119.42  3.000
 TJK  C19  C17  C16  121.05  3.000
 TJK  BR2  C17  C16  119.53  3.000
 TJK  H9   C19  C17  120.40  3.000
 TJK  H9   C19  C12  119.48  3.000
 TJK  C17  C19  C12  120.11  3.000
 TJK  H10  C21  N20  121.93  3.000
 TJK  H10  C21  C22  127.71  3.000
 TJK  N20  C21  C22  110.36  3.000
 TJK  H11  C22  N10  122.08  3.000
 TJK  H11  C22  C21  132.33  3.000
 TJK  N10  C22  C21  105.55  3.000
 TJK  C22  N10  C11  106.89  3.000
 TJK  C11  N10  C09  127.75  3.000
 TJK  C22  N10  C09  125.30  3.000
 TJK  C21  N20  C11  106.19  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TJK  CONST_01  C09  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_02  C09  C08  C06  C03    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_03  C08  C06  C03  C04    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_04  C08  C09  C05  C04    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_05  N10  C09  C05  C04  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_06  C06  C03  C04  C05    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_07  C06  C08  C09  C05    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_10  N10  C09  C08  C06  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_13  C21  C22  N10  C09  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_14  N20  C11  N10  C09  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_15  C12  C11  N10  C09    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_16  C21  C22  N10  C11    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_17  C22  C21  N20  C11    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_18  C17  C19  C12  C11  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_19  C15  C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_20  C22  N10  C11  C12  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_21  C21  N20  C11  C12  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_22  C16  C17  C19  C12    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_23  C16  C15  C13  C12    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_26  C17  C19  C12  C13    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_27  C17  C16  C15  C13    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_28  C19  C12  C13  C15    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_29  C19  C17  C16  C15    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_32  N10  C11  N20  C21    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_33  N20  C11  N10  C22    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_34  N20  C21  C22  N10    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_35  C05  C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_36  C08  C06  C03  C02  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_37  BR1  C06  C03  C04  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_38  BR1  C06  C08  C09  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_39  F14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_40  BR2  C17  C19  C12  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_41  BR2  C17  C16  C15  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_42  F14  C13  C15  C16  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_43  F14  C13  C12  C19  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_44  H5   C05  C04  C03  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_45  H6   C08  C06  C03  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_46  H4   C04  C03  C06  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_47  H11  C22  N10  C09    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_48  H10  C21  N20  C11  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_49  H9   C19  C12  C11    0.00   0.0  0
 TJK  CONST_50  H7   C15  C13  C12  180.00   0.0  0
 TJK  CONST_51  H8   C16  C15  C13  180.00   0.0  0
 TJK  Var_01    O1   C02  C03  C04    0.72  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TJK  plan-1  C09  0.020
 TJK  plan-1  C11  0.020
 TJK  plan-1  C12  0.020
 TJK  plan-1  C21  0.020
 TJK  plan-1  C22  0.020
 TJK  plan-1  N10  0.020
 TJK  plan-1  N20  0.020
 TJK  plan-1  H10  0.020
 TJK  plan-1  H11  0.020
 TJK  plan-2  C02  0.020
 TJK  plan-2  C03  0.020
 TJK  plan-2  C04  0.020
 TJK  plan-2  C05  0.020
 TJK  plan-2  C06  0.020
 TJK  plan-2  C08  0.020
 TJK  plan-2  C09  0.020
 TJK  plan-2  N10  0.020
 TJK  plan-2  BR1  0.020
 TJK  plan-2  H4   0.020
 TJK  plan-2  H5   0.020
 TJK  plan-2  H6   0.020
 TJK  plan-3  C11  0.020
 TJK  plan-3  C12  0.020
 TJK  plan-3  C13  0.020
 TJK  plan-3  C15  0.020
 TJK  plan-3  C16  0.020
 TJK  plan-3  C17  0.020
 TJK  plan-3  C19  0.020
 TJK  plan-3  F14  0.020
 TJK  plan-3  BR2  0.020
 TJK  plan-3  H7   0.020
 TJK  plan-3  H8   0.020
 TJK  plan-3  H9   0.020
 TJK  plan-4  C02  0.020
 TJK  plan-4  C03  0.020
 TJK  plan-4  H1   0.020
 TJK  plan-4  O1   0.020

