# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 22 23:11:14 2021
#   Inital geometry file: a 48 line input string
#   Ligand name: tricarbonodiimidic diamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC(=O)NC(=O)NC(N)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TIU  TIU  'tricarbonodiimidic diamide'  ligand  16  10  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TIU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TIU  NAA  N  NH2   0  -0.822  -5.7085  -2.8133  18.3434
 TIU  CAB  C  C     0   0.721  -5.6509  -2.3296  19.5883
 TIU  OAC  O  O     0  -0.517  -6.6398  -2.1197  20.2803
 TIU  NAD  N  NH1   0  -0.738  -4.3579  -2.0812  20.0323
 TIU  CAE  C  C     0   0.740  -3.9365  -1.5758  21.2469
 TIU  OAH  O  O     0  -0.494  -2.7452  -1.4151  21.4432
 TIU  NAF  N  NH1   0  -0.739  -4.9199  -1.2959  22.1448
 TIU  CAG  C  C     0   0.656  -4.7996  -0.7530  23.4279
 TIU  OAI  O  O     0  -0.513  -5.8196  -0.5616  24.0702
 TIU  NAJ  N  NH2   0  -0.823  -3.5676  -0.4817  23.8679
 TIU  H1   H  HNH2  0   0.419  -6.6057  -3.0286  17.9434
 TIU  H2   H  HNH2  0   0.419  -4.8940  -2.9860  17.7790
 TIU  H3   H  HNH1  0   0.428  -3.5937  -2.2841  19.4030
 TIU  H4   H  HNH1  0   0.435  -5.8732  -1.4803  21.8384
 TIU  H5   H  HNH2  0   0.408  -3.4634  -0.0673  24.7779
 TIU  H6   H  HNH2  0   0.421  -2.7519  -0.6419  23.3000

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TIU  NAA  CAB  single  1.337  0.020  1.337
 TIU  CAB  NAD  single  1.390  0.020  1.390
 TIU  CAB  OAC  double  1.225  0.020  1.225
 TIU  NAD  CAE  single  1.381  0.020  1.381
 TIU  CAE  OAH  double  1.218  0.020  1.218
 TIU  CAE  NAF  single  1.361  0.020  1.361
 TIU  NAF  CAG  single  1.398  0.020  1.398
 TIU  CAG  NAJ  single  1.336  0.020  1.336
 TIU  CAG  OAI  double  1.220  0.020  1.220
 TIU  NAA  H1   single  0.860  0.020  1.020
 TIU  NAA  H2   single  0.860  0.020  1.020
 TIU  NAD  H3   single  0.860  0.020  1.020
 TIU  NAF  H4   single  0.860  0.020  1.020
 TIU  NAJ  H5   single  0.860  0.020  1.020
 TIU  NAJ  H6   single  0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TIU  H2   NAA  H1   117.54  3.000
 TIU  H2   NAA  CAB  123.36  3.000
 TIU  H1   NAA  CAB  119.10  3.000
 TIU  NAD  CAB  OAC  122.69  3.000
 TIU  OAC  CAB  NAA  123.59  3.000
 TIU  NAD  CAB  NAA  113.72  3.000
 TIU  H3   NAD  CAE  112.97  3.000
 TIU  H3   NAD  CAB  117.96  3.000
 TIU  CAE  NAD  CAB  129.07  3.000
 TIU  NAF  CAE  OAH  124.99  3.000
 TIU  NAF  CAE  NAD  115.78  3.000
 TIU  OAH  CAE  NAD  119.23  3.000
 TIU  H4   NAF  CAG  115.28  3.000
 TIU  H4   NAF  CAE  116.15  3.000
 TIU  CAG  NAF  CAE  128.54  3.000
 TIU  NAJ  CAG  OAI  124.44  3.000
 TIU  OAI  CAG  NAF  118.15  3.000
 TIU  NAJ  CAG  NAF  117.41  3.000
 TIU  H6   NAJ  H5   119.50  3.000
 TIU  H6   NAJ  CAG  121.94  3.000
 TIU  H5   NAJ  CAG  118.51  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TIU  CONST_01  OAH  CAE  NAD  CAB  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_02  CAE  NAD  CAB  OAC    0.00  0.0  0
 TIU  CONST_03  OAI  CAG  NAF  CAE  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_04  CAG  NAF  CAE  OAH    0.00  0.0  0
 TIU  CONST_05  CAE  NAD  CAB  NAA  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_06  NAF  CAE  NAD  CAB    0.00  0.0  0
 TIU  CONST_07  CAG  NAF  CAE  NAD  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_08  NAJ  CAG  NAF  CAE    0.00  0.0  0
 TIU  CONST_09  H1   NAA  CAB  OAC    0.00  0.0  0
 TIU  CONST_10  H2   NAA  CAB  OAC  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_11  H3   NAD  CAB  OAC  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_12  H4   NAF  CAE  OAH  180.00  0.0  0
 TIU  CONST_13  H5   NAJ  CAG  OAI    0.00  0.0  0
 TIU  CONST_14  H6   NAJ  CAG  OAI  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TIU  plan-1  NAA  0.020
 TIU  plan-1  CAB  0.020
 TIU  plan-1  OAC  0.020
 TIU  plan-1  NAD  0.020
 TIU  plan-1  CAE  0.020
 TIU  plan-1  OAH  0.020
 TIU  plan-1  NAF  0.020
 TIU  plan-1  CAG  0.020
 TIU  plan-1  OAI  0.020
 TIU  plan-1  NAJ  0.020
 TIU  plan-1  H1   0.020
 TIU  plan-1  H2   0.020
 TIU  plan-1  H3   0.020
 TIU  plan-1  H4   0.020
 TIU  plan-1  H5   0.020
 TIU  plan-1  H6   0.020

