# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue May  5 07:39:13 2020
#   Inital geometry file: a 100 line input string
#   Ligand name: 1-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-fructose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C(=O)CO[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 TEU  TEU  1-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-fructose  D-saccharide  45  23  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_TEU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 TEU  O1   O  O2    0  -0.486   1.1273   1.1129   0.2743
 TEU  C1'  C  CH2   0  -0.239  -0.1824   0.8000   0.6459
 TEU  C2'  C  C     0   0.329  -1.1395   1.6545  -0.1397
 TEU  O2'  O  O     0  -0.383  -0.7714   2.4515  -0.9680
 TEU  C3'  C  CH1   0  -0.070  -2.6207   1.5090   0.1732
 TEU  O3'  O  OH1   0  -0.670  -3.3587   2.4493  -0.5516
 TEU  C4'  C  CH1   0  -0.047  -3.0749   0.0860  -0.1839
 TEU  O4'  O  OH1   0  -0.658  -2.6995  -0.2283  -1.5033
 TEU  C5'  C  CH1   0  -0.018  -4.5819  -0.1145   0.0508
 TEU  O5'  O  OH1   0  -0.659  -4.9473   0.2899   1.3489
 TEU  C6'  C  CH2   0  -0.158  -4.9788  -1.5552  -0.2314
 TEU  O6'  O  OH1   0  -0.670  -6.3765  -1.6714  -0.1059
 TEU  C1   C  CH1   0   0.245   2.0917   0.6659   1.1764
 TEU  C2   C  CH1   0  -0.022   3.4643   1.1333   0.6887
 TEU  O2   O  OH1   0  -0.667   3.4951   2.5107   0.4194
 TEU  C3   C  CH1   0  -0.010   3.8588   0.3868  -0.5802
 TEU  O3   O  OH1   0  -0.674   5.1884   0.6677  -0.9527
 TEU  C4   C  CH1   0   0.036   3.7612  -1.1166  -0.3506
 TEU  O4   O  OH1   0  -0.672   3.9891  -1.8368  -1.5362
 TEU  C5   C  CH1   0  -0.018   2.3653  -1.4698   0.1571
 TEU  O5   O  O2    0  -0.502   2.0782  -0.7224   1.3299
 TEU  C6   C  CH2   0  -0.161   2.2326  -2.9336   0.5178
 TEU  O6   O  OH1   0  -0.668   0.8930  -3.1840   0.8721
 TEU  H1   H  HCH2  0   0.255  -0.4157  -0.2586   0.4731
 TEU  H2   H  HCH2  0   0.260  -0.3657   0.9796   1.7156
 TEU  H3   H  HCH1  0   0.261  -2.7498   1.6653   1.2521
 TEU  H4   H  HOH1  0   0.452  -2.7415   2.9412  -1.1119
 TEU  H5   H  HCH1  0   0.249  -2.5378  -0.6195   0.4610
 TEU  H6   H  HOH1  0   0.448  -3.1524   0.3777  -2.1016
 TEU  H7   H  HCH1  0   0.240  -5.1339   0.5396  -0.6329
 TEU  H8   H  HOH1  0   0.446  -4.5589  -0.3212   1.9850
 TEU  H9   H  HCH2  0   0.209  -4.6395  -1.8307  -1.2350
 TEU  H10  H  HCH2  0   0.191  -4.4527  -2.2151   0.4760
 TEU  H11  H  HOH1  0   0.456  -6.6206  -2.5714  -0.3387
 TEU  H12  H  HCH1  0   0.243   1.8841   1.0640   2.1800
 TEU  H13  H  HCH1  0   0.235   4.1835   0.8677   1.4761
 TEU  H14  H  HOH1  0   0.460   3.6380   2.9866   1.2427
 TEU  H15  H  HCH1  0   0.221   3.1647   0.6580  -1.3892
 TEU  H16  H  HOH1  0   0.456   5.2288   1.5729  -1.2760
 TEU  H17  H  HCH1  0   0.211   4.4921  -1.3924   0.4271
 TEU  H18  H  HOH1  0   0.454   4.8666  -1.6097  -1.8610
 TEU  H19  H  HCH1  0   0.229   1.6359  -1.2449  -0.6348
 TEU  H20  H  HCH2  0   0.213   2.5421  -3.5317  -0.3454
 TEU  H21  H  HCH2  0   0.196   2.9254  -3.1690   1.3381
 TEU  H22  H  HOH1  0   0.456   0.8001  -4.1269   1.0337

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 TEU  O6'  C6'  single  1.408  0.020  1.408
 TEU  C6'  C5'  single  1.521  0.020  1.521
 TEU  O4   C4   single  1.406  0.020  1.406
 TEU  O3   C3   single  1.409  0.020  1.409
 TEU  C5'  O5'  single  1.408  0.020  1.408
 TEU  C5'  C4'  single  1.538  0.020  1.538
 TEU  O4'  C4'  single  1.407  0.020  1.407
 TEU  C4   C3   single  1.524  0.020  1.524
 TEU  C4   C5   single  1.527  0.020  1.527
 TEU  C4'  C3'  single  1.536  0.020  1.536
 TEU  C3   C2   single  1.524  0.020  1.524
 TEU  O6   C6   single  1.408  0.020  1.408
 TEU  C5   C6   single  1.513  0.020  1.513
 TEU  C5   O5   single  1.420  0.020  1.420
 TEU  C3'  O3'  single  1.398  0.020  1.398
 TEU  C3'  C2'  single  1.521  0.020  1.521
 TEU  C2   O2   single  1.404  0.020  1.404
 TEU  C2   C1   single  1.530  0.020  1.530
 TEU  O5   C1   single  1.397  0.020  1.397
 TEU  C1'  C2'  single  1.504  0.020  1.504
 TEU  C1'  O1   single  1.397  0.020  1.397
 TEU  C2'  O2'  double  1.207  0.020  1.207
 TEU  C1   O1   single  1.394  0.020  1.394
 TEU  C1'  H1   single  0.970  0.020  1.090
 TEU  C1'  H2   single  0.970  0.020  1.090
 TEU  C3'  H3   single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O3'  H4   single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C4'  H5   single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O4'  H6   single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C5'  H7   single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O5'  H8   single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C6'  H9   single  0.970  0.020  1.090
 TEU  C6'  H10  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O6'  H11  single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C1   H12  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  C2   H13  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O2   H14  single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C3   H15  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O3   H16  single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C4   H17  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O4   H18  single  0.850  0.020  0.980
 TEU  C5   H19  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  C6   H20  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  C6   H21  single  0.970  0.020  1.090
 TEU  O6   H22  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 TEU  C1   O1   C1'  113.87  3.000
 TEU  H2   C1'  H1   105.97  3.000
 TEU  H2   C1'  C2'  108.01  3.000
 TEU  H1   C1'  C2'  109.29  3.000
 TEU  H2   C1'  O1   112.23  3.000
 TEU  H1   C1'  O1   111.93  3.000
 TEU  C2'  C1'  O1   109.29  3.000
 TEU  C3'  C2'  O2'  120.09  3.000
 TEU  O2'  C2'  C1'  122.64  3.000
 TEU  C3'  C2'  C1'  117.24  3.000
 TEU  H3   C3'  C4'  109.00  3.000
 TEU  H3   C3'  O3'  110.59  3.000
 TEU  C4'  C3'  O3'  110.28  3.000
 TEU  H3   C3'  C2'  107.65  3.000
 TEU  O3'  C3'  C2'  110.07  3.000
 TEU  C4'  C3'  C2'  109.20  3.000
 TEU  H4   O3'  C3'  107.78  3.000
 TEU  H5   C4'  C5'  107.84  3.000
 TEU  H5   C4'  O4'  106.09  3.000
 TEU  C5'  C4'  O4'  112.04  3.000
 TEU  H5   C4'  C3'  108.33  3.000
 TEU  O4'  C4'  C3'  110.24  3.000
 TEU  C5'  C4'  C3'  112.03  3.000
 TEU  H6   O4'  C4'  108.42  3.000
 TEU  H7   C5'  C6'  108.56  3.000
 TEU  H7   C5'  O5'  105.85  3.000
 TEU  C6'  C5'  O5'  112.06  3.000
 TEU  H7   C5'  C4'  108.70  3.000
 TEU  O5'  C5'  C4'  110.94  3.000
 TEU  C6'  C5'  C4'  110.54  3.000
 TEU  H8   O5'  C5'  108.77  3.000
 TEU  H10  C6'  H9   106.86  3.000
 TEU  H10  C6'  O6'  111.56  3.000
 TEU  H9   C6'  O6'  111.63  3.000
 TEU  H10  C6'  C5'  108.89  3.000
 TEU  H9   C6'  C5'  109.13  3.000
 TEU  O6'  C6'  C5'  108.70  3.000
 TEU  H11  O6'  C6'  107.92  3.000
 TEU  H12  C1   O5   104.94  3.000
 TEU  H12  C1   C2   110.48  3.000
 TEU  O5   C1   C2   110.33  3.000
 TEU  H12  C1   O1   110.12  3.000
 TEU  O5   C1   O1   112.52  3.000
 TEU  C2   C1   O1   108.45  3.000
 TEU  H13  C2   C3   107.98  3.000
 TEU  H13  C2   O2   111.11  3.000
 TEU  C3   C2   O2   108.37  3.000
 TEU  H13  C2   C1   106.55  3.000
 TEU  O2   C2   C1   112.37  3.000
 TEU  C3   C2   C1   110.37  3.000
 TEU  H14  O2   C2   108.94  3.000
 TEU  H15  C3   C4   108.28  3.000
 TEU  H15  C3   O3   110.60  3.000
 TEU  C4   C3   O3   107.27  3.000
 TEU  H15  C3   C2   109.16  3.000
 TEU  C4   C3   C2   109.95  3.000
 TEU  O3   C3   C2   111.51  3.000
 TEU  H16  O3   C3   108.43  3.000
 TEU  H17  C4   C5   108.28  3.000
 TEU  H17  C4   O4   111.06  3.000
 TEU  C5   C4   O4   108.07  3.000
 TEU  H17  C4   C3   108.10  3.000
 TEU  C5   C4   C3   109.69  3.000
 TEU  O4   C4   C3   111.59  3.000
 TEU  H18  O4   C4   108.14  3.000
 TEU  H19  C5   C6   108.14  3.000
 TEU  H19  C5   O5   110.67  3.000
 TEU  C6   C5   O5   107.13  3.000
 TEU  H19  C5   C4   108.63  3.000
 TEU  O5   C5   C4   109.74  3.000
 TEU  C6   C5   C4   112.53  3.000
 TEU  C5   O5   C1   115.50  3.000
 TEU  H21  C6   H20  107.05  3.000
 TEU  H21  C6   O6   111.95  3.000
 TEU  H20  C6   O6   111.73  3.000
 TEU  H21  C6   C5   109.25  3.000
 TEU  H20  C6   C5   108.40  3.000
 TEU  O6   C6   C5   108.38  3.000
 TEU  H22  O6   C6   107.98  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 TEU  Var_01  H1   C1'  O1   C1   -75.57  30.0  1
 TEU  Var_02  C3'  C2'  C1'  O1  -177.09  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 TEU  chir_01  C3'  C4'  O3'  C2'  positiv
 TEU  chir_02  C4'  O4'  C3'  C5'  negativ
 TEU  chir_03  C5'  O5'  C4'  C6'  negativ
 TEU  chir_04  C1   C2   O5   O1   positiv
 TEU  chir_05  C2   O2   C1   C3   negativ
 TEU  chir_06  C3   O3   C2   C4   positiv
 TEU  chir_07  C4   O4   C5   C3   positiv
 TEU  chir_08  C5   O5   C4   C6   negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 TEU  plan-1  C1'  0.020
 TEU  plan-1  C2'  0.020
 TEU  plan-1  O2'  0.020
 TEU  plan-1  C3'  0.020

