# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 14:29:05 2022
#   Inital geometry file: a 74 line input string
#   Ligand name: methyl (~{E})-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enoate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COC(=O)\C=C\c1ccc(O)c(OC)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 SZQ  SZQ  'methyl (~{E})-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enoate'  ligand  27  15  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_SZQ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 SZQ  C01  C  CR6   0   0.148  -10.9677  -5.7792  -17.1044
 SZQ  C02  C  CR16  0  -0.319  -10.6628  -6.1313  -15.7949
 SZQ  C03  C  CR16  0  -0.364   -9.5725  -6.9433  -15.5143
 SZQ  C04  C  CR6   0   0.275   -8.7695  -7.4227  -16.5350
 SZQ  C05  C  CR6   0   0.364   -9.0741  -7.0866  -17.8733
 SZQ  C06  C  CR16  0  -0.466  -10.1578  -6.2750  -18.1405
 SZQ  C07  C  C1    0  -0.212  -12.1046  -4.9076  -17.3445
 SZQ  C08  C  C1    0  -0.440  -12.5087  -4.4033  -18.5188
 SZQ  C10  C  C     0   0.590  -13.6799  -3.5207  -18.5888
 SZQ  C14  C  CH3   0  -0.439   -8.5110  -7.3342  -20.1589
 SZQ  C15  C  CH3   0  -0.422  -14.9886  -2.2267  -20.0582
 SZQ  O09  O  OH1   0  -0.609   -7.6968  -8.2030  -16.3373
 SZQ  O11  O  O     0  -0.455  -14.3889  -3.2108  -17.6585
 SZQ  O12  O  O2    0  -0.464  -13.8761  -3.0870  -19.8319
 SZQ  O13  O  O2    0  -0.463   -8.2476  -7.6056  -18.7979
 SZQ  H1   H  HCR6  0   0.261  -11.2752  -5.7658  -14.9801
 SZQ  H2   H  HCR6  0   0.277   -9.3443  -7.2042  -14.4872
 SZQ  H3   H  HCR6  0   0.283  -10.3913  -6.0155  -19.1642
 SZQ  H4   H  H     0   0.264  -12.6701  -4.6387  -16.4570
 SZQ  H5   H  H     0   0.272  -11.9905  -4.6131  -19.4464
 SZQ  H6   H  HCH3  0   0.261   -7.7427  -7.8487  -20.7306
 SZQ  H7   H  HCH3  0   0.229   -9.4905  -7.7093  -20.4680
 SZQ  H8   H  HCH3  0   0.229   -8.4576  -6.2648  -20.3805
 SZQ  H9   H  HCH3  0   0.248  -14.9797  -1.9976  -21.1199
 SZQ  H10  H  HCH3  0   0.236  -15.9304  -2.7131  -19.8033
 SZQ  H11  H  HCH3  0   0.235  -14.9018  -1.3004  -19.4898
 SZQ  H12  H  HOH1  0   0.479   -7.5720  -8.3687  -15.3950

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 SZQ  C14  O13  single    1.413  0.020  1.413
 SZQ  C15  O12  single    1.424  0.020  1.424
 SZQ  O12  C10  single    1.331  0.020  1.331
 SZQ  O13  C05  single    1.344  0.020  1.344
 SZQ  C10  C08  single    1.468  0.020  1.468
 SZQ  C10  O11  double    1.210  0.020  1.210
 SZQ  C08  C07  double    1.340  0.020  1.340
 SZQ  C06  C05  aromatic  1.380  0.020  1.380
 SZQ  C06  C01  aromatic  1.405  0.020  1.405
 SZQ  C05  C04  aromatic  1.413  0.020  1.413
 SZQ  C07  C01  single    1.453  0.020  1.453
 SZQ  C01  C02  aromatic  1.390  0.020  1.390
 SZQ  C04  O09  single    1.341  0.020  1.341
 SZQ  C04  C03  aromatic  1.384  0.020  1.384
 SZQ  C02  C03  aromatic  1.388  0.020  1.388
 SZQ  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 SZQ  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 SZQ  C06  H3   single    0.930  0.020  1.080
 SZQ  C07  H4   single    0.930  0.020  1.080
 SZQ  C08  H5   single    0.930  0.020  1.080
 SZQ  C14  H6   single    0.970  0.020  1.090
 SZQ  C14  H7   single    0.970  0.020  1.090
 SZQ  C14  H8   single    0.970  0.020  1.090
 SZQ  C15  H9   single    0.970  0.020  1.090
 SZQ  C15  H10  single    0.970  0.020  1.090
 SZQ  C15  H11  single    0.970  0.020  1.090
 SZQ  O09  H12  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SZQ  C07  C01  C06  122.75  3.000
 SZQ  C07  C01  C02  118.65  3.000
 SZQ  C06  C01  C02  118.61  3.000
 SZQ  H1   C02  C03  119.31  3.000
 SZQ  H1   C02  C01  119.96  3.000
 SZQ  C03  C02  C01  120.73  3.000
 SZQ  H2   C03  C04  119.55  3.000
 SZQ  H2   C03  C02  119.84  3.000
 SZQ  C04  C03  C02  120.61  3.000
 SZQ  O09  C04  C05  116.77  3.000
 SZQ  O09  C04  C03  123.83  3.000
 SZQ  C05  C04  C03  119.40  3.000
 SZQ  O13  C05  C06  125.21  3.000
 SZQ  C06  C05  C04  119.51  3.000
 SZQ  O13  C05  C04  115.28  3.000
 SZQ  H3   C06  C05  119.60  3.000
 SZQ  H3   C06  C01  119.25  3.000
 SZQ  C05  C06  C01  121.15  3.000
 SZQ  H4   C07  C08  117.77  3.000
 SZQ  H4   C07  C01  114.90  3.000
 SZQ  C08  C07  C01  127.33  3.000
 SZQ  H5   C08  C10  117.21  3.000
 SZQ  H5   C08  C07  122.23  3.000
 SZQ  C10  C08  C07  120.55  3.000
 SZQ  O12  C10  O11  123.24  3.000
 SZQ  O11  C10  C08  125.78  3.000
 SZQ  O12  C10  C08  110.97  3.000
 SZQ  H8   C14  H7   108.78  3.000
 SZQ  H8   C14  H6   108.77  3.000
 SZQ  H7   C14  H6   108.79  3.000
 SZQ  H8   C14  O13  111.97  3.000
 SZQ  H7   C14  O13  111.93  3.000
 SZQ  H6   C14  O13  106.49  3.000
 SZQ  H11  C15  H10  109.03  3.000
 SZQ  H11  C15  H9   109.25  3.000
 SZQ  H10  C15  H9   109.25  3.000
 SZQ  H11  C15  O12  111.61  3.000
 SZQ  H10  C15  O12  111.60  3.000
 SZQ  H9   C15  O12  106.04  3.000
 SZQ  H12  O09  C04  110.33  3.000
 SZQ  C15  O12  C10  117.40  3.000
 SZQ  C14  O13  C05  118.28  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 SZQ  CONST_01  C04  C05  C06  C01     0.00   0.0  0
 SZQ  CONST_02  C04  C03  C02  C01     0.00   0.0  0
 SZQ  CONST_03  C05  C06  C01  C02     0.00   0.0  0
 SZQ  CONST_04  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 SZQ  CONST_05  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 SZQ  CONST_06  C06  C01  C02  C03     0.00   0.0  0
 SZQ  CONST_07  O13  C05  C06  C01   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_08  O09  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_09  O13  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_10  C07  C01  C02  C03   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_11  C07  C01  C06  C05   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_12  O09  C04  C05  C06   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_13  H2   C03  C02  C01   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_14  H3   C06  C01  C02   180.00   0.0  0
 SZQ  CONST_15  H1   C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 SZQ  Var_01    C08  C07  C01  C02   176.09  30.0  2
 SZQ  Var_02    C10  C08  C07  C01  -179.41   0.0  2
 SZQ  Var_03    H6   C14  O13  C05  -179.39  30.0  3
 SZQ  Var_04    O12  C10  C08  C07   177.36  30.0  3
 SZQ  Var_05    H9   C15  O12  C10  -179.42  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 SZQ  plan-1  C01  0.020
 SZQ  plan-1  C02  0.020
 SZQ  plan-1  C03  0.020
 SZQ  plan-1  C04  0.020
 SZQ  plan-1  C05  0.020
 SZQ  plan-1  C06  0.020
 SZQ  plan-1  C07  0.020
 SZQ  plan-1  O09  0.020
 SZQ  plan-1  O13  0.020
 SZQ  plan-1  H1   0.020
 SZQ  plan-1  H2   0.020
 SZQ  plan-1  H3   0.020
 SZQ  plan-2  C08  0.020
 SZQ  plan-2  C10  0.020
 SZQ  plan-2  O11  0.020
 SZQ  plan-2  O12  0.020
 SZQ  plan-3  C01  0.020
 SZQ  plan-3  C07  0.020
 SZQ  plan-3  C08  0.020
 SZQ  plan-3  C10  0.020
 SZQ  plan-3  H4   0.020
 SZQ  plan-3  H5   0.020

