# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 10:58:04 2020
#   Inital geometry file: a 159 line input string
#   Ligand name: N-[4-(2-chloro-5-methylpyrimidin-4-yl)phenyl]-N-(4-{[(difluoroacetyl)amino]methyl}benzyl)-2,4-dihydroxybenzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1cnc(Cl)nc1c2ccc(cc2)N(Cc3ccc(CNC(=O)C(F)F)cc3)C(=O)c4ccc(O)cc4O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 SZ6  SZ6  N-[4-(2-chloro-5-methylpyrimidin-4-yl)phenyl]-N-(4-{[(difluoroacetyl)amino]methyl}benzyl)-2,4-dihydroxybenzamide  ligand  62  39  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_SZ6
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 SZ6  C8    C   CH3   0  -0.753  -2.7765   3.7656   0.9046
 SZ6  C2    C   CR6   0   0.004  -4.1316   3.1669   0.6926
 SZ6  C1    C   CR16  0  -0.041  -5.2576   3.9803   0.7278
 SZ6  N6    N   N     0  -0.370  -6.4933   3.5448   0.5186
 SZ6  C5    C   CR6   0   0.284  -6.5886   2.2644   0.2481
 SZ6  CL7   CL  CL    0  -0.101  -8.1853   1.6668  -0.0538
 SZ6  N4    N   N     0  -0.391  -5.6236   1.3855   0.1777
 SZ6  C3    C   CR6   0   0.252  -4.3821   1.8175   0.4135
 SZ6  C9    C   CR6   0   0.036  -3.3263   0.7906   0.3139
 SZ6  C14   C   CR16  0  -0.291  -2.2849   0.7175   1.2365
 SZ6  C13   C   CR16  0  -0.231  -1.3173  -0.2682   1.1301
 SZ6  C10   C   CR16  0  -0.285  -3.3896  -0.1528  -0.7115
 SZ6  C11   C   CR16  0  -0.254  -2.4142  -1.1279  -0.8277
 SZ6  C12   C   CR6   0   0.312  -1.3765  -1.1877   0.0929
 SZ6  N15   N   NT    0  -0.542  -0.3680  -2.1764  -0.0671
 SZ6  C16   C   C     0   0.521  -0.4948  -3.3376   0.6202
 SZ6  O19   O   O     0  -0.469  -1.3764  -3.4953   1.4501
 SZ6  C18   C   CR6   0  -0.224   0.4870  -4.4246   0.3375
 SZ6  C28   C   CR16  0  -0.246   1.3247  -4.8785   1.3512
 SZ6  C29   C   CR16  0  -0.363   2.2015  -5.9289   1.1558
 SZ6  C30   C   CR6   0   0.381   2.2217  -6.5731  -0.0809
 SZ6  O33   O   OH1   0  -0.627   3.0780  -7.5956  -0.2390
 SZ6  C31   C   CR16  0  -0.511   1.3697  -6.1583  -1.0996
 SZ6  C32   C   CR6   0   0.395   0.5028  -5.0917  -0.8891
 SZ6  O34   O   OH1   0  -0.621  -0.3497  -4.6644  -1.8359
 SZ6  C17   C   CH2   0  -0.415   0.7414  -1.8155  -0.9423
 SZ6  C20   C   CR6   0   0.122   1.5365  -0.6681  -0.3764
 SZ6  C25   C   CR16  0  -0.274   2.3695  -0.8714   0.7194
 SZ6  C24   C   CR16  0  -0.287   3.0856   0.1826   1.2639
 SZ6  C21   C   CR16  0  -0.270   1.4286   0.6112  -0.9077
 SZ6  C22   C   CR16  0  -0.279   2.1454   1.6680  -0.3638
 SZ6  C23   C   CR6   0   0.119   2.9836   1.4636   0.7274
 SZ6  C26   C   CH2   0  -0.406   3.8010   2.5937   1.2990
 SZ6  N27   N   NH1   0  -0.612   5.0282   2.8101   0.5545
 SZ6  C35   C   C     0   0.421   5.1342   3.6972  -0.4335
 SZ6  O37   O   O     0  -0.479   4.2565   4.4535  -0.8109
 SZ6  C36   C   CH1   0   0.480   6.5129   3.7964  -1.0894
 SZ6  F39   F   F     0  -0.337   7.2688   2.6944  -0.8417
 SZ6  F38   F   F     0  -0.334   6.3446   3.8784  -2.4298
 SZ6  H81C  H   HCH3  0   0.265  -2.4491   3.6660   1.9403
 SZ6  H82C  H   HCH3  0   0.258  -2.0216   3.2994   0.2729
 SZ6  H83C  H   HCH3  0   0.267  -2.7963   4.8305   0.6768
 SZ6  H1    H   HCR6  0   0.286  -5.1504   5.0415   0.9251
 SZ6  H14   H   HCR6  0   0.265  -2.2326   1.4111   2.0641
 SZ6  H10   H   HCR6  0   0.263  -4.1991  -0.1156  -1.4280
 SZ6  H13   H   HCR6  0   0.264  -0.5144  -0.3187   1.8529
 SZ6  H11   H   HCR6  0   0.267  -2.4581  -1.8495  -1.6336
 SZ6  H171  H   HCH2  0   0.287   1.3904  -2.6793  -1.0667
 SZ6  H172  H   HCH2  0   0.273   0.3525  -1.5582  -1.9296
 SZ6  H28   H   HCR6  0   0.267   1.3031  -4.3860   2.3154
 SZ6  H29   H   HCR6  0   0.266   2.8584  -6.2555   1.9508
 SZ6  H33   H   HOH1  0   0.478   3.0117  -7.9627  -1.1278
 SZ6  H31   H   HCR6  0   0.287   1.3731  -6.6699  -2.0571
 SZ6  H34   H   HOH1  0   0.481  -0.2416  -5.1705  -2.6495
 SZ6  H25   H   HCR6  0   0.248   2.4638  -1.8612   1.1526
 SZ6  H21   H   HCR6  0   0.251   0.7711   0.7851  -1.7512
 SZ6  H24   H   HCR6  0   0.254   3.7327   0.0085   2.1157
 SZ6  H22   H   HCR6  0   0.252   2.0488   2.6584  -0.7916
 SZ6  H261  H   HCH2  0   0.274   3.2312   3.5216   1.3056
 SZ6  H262  H   HCH2  0   0.281   4.0776   2.3752   2.3301
 SZ6  H27   H   HNH1  0   0.415   5.7985   2.1902   0.7489
 SZ6  H36   H   HCH1  0   0.233   7.0548   4.6781  -0.7438

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 SZ6  C8   C2    single    1.497  0.020  1.497
 SZ6  C2   C1    aromatic  1.390  0.020  1.390
 SZ6  C2   C3    aromatic  1.401  0.020  1.401
 SZ6  C1   N6    aromatic  1.327  0.020  1.327
 SZ6  N6   C5    aromatic  1.312  0.020  1.312
 SZ6  C5   CL7   single    1.731  0.020  1.731
 SZ6  C5   N4    aromatic  1.307  0.020  1.307
 SZ6  N4   C3    aromatic  1.335  0.020  1.335
 SZ6  C3   C9    single    1.476  0.020  1.476
 SZ6  C9   C14   aromatic  1.393  0.020  1.393
 SZ6  C9   C10   aromatic  1.395  0.020  1.395
 SZ6  C14  C13   aromatic  1.385  0.020  1.385
 SZ6  C13  C12   aromatic  1.387  0.020  1.387
 SZ6  C10  C11   aromatic  1.384  0.020  1.384
 SZ6  C11  C12   aromatic  1.388  0.020  1.388
 SZ6  C12  N15   single    1.421  0.020  1.421
 SZ6  N15  C16   single    1.355  0.020  1.355
 SZ6  N15  C17   single    1.458  0.020  1.458
 SZ6  C16  O19   double    1.221  0.020  1.221
 SZ6  C16  C18   single    1.492  0.020  1.492
 SZ6  C18  C28   aromatic  1.391  0.020  1.391
 SZ6  C18  C32   aromatic  1.396  0.020  1.396
 SZ6  C28  C29   aromatic  1.382  0.020  1.382
 SZ6  C29  C30   aromatic  1.395  0.020  1.395
 SZ6  C30  O33   single    1.343  0.020  1.343
 SZ6  C30  C31   aromatic  1.391  0.020  1.391
 SZ6  C31  C32   aromatic  1.390  0.020  1.390
 SZ6  C32  O34   single    1.344  0.020  1.344
 SZ6  C17  C20   single    1.506  0.020  1.506
 SZ6  C20  C25   aromatic  1.391  0.020  1.391
 SZ6  C20  C21   aromatic  1.389  0.020  1.389
 SZ6  C25  C24   aromatic  1.386  0.020  1.386
 SZ6  C24  C23   aromatic  1.392  0.020  1.392
 SZ6  C21  C22   aromatic  1.388  0.020  1.388
 SZ6  C22  C23   aromatic  1.391  0.020  1.391
 SZ6  C23  C26   single    1.507  0.020  1.507
 SZ6  C26  N27   single    1.452  0.020  1.452
 SZ6  N27  C35   single    1.332  0.020  1.332
 SZ6  C35  O37   double    1.218  0.020  1.218
 SZ6  C35  C36   single    1.530  0.020  1.530
 SZ6  C36  F39   single    1.359  0.020  1.359
 SZ6  C36  F38   single    1.353  0.020  1.353
 SZ6  C8   H81C  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  C8   H82C  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  C8   H83C  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C14  H14   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C13  H13   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C17  H171  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  C17  H172  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  C28  H28   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C29  H29   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  O33  H33   single    0.850  0.020  0.980
 SZ6  C31  H31   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  O34  H34   single    0.850  0.020  0.980
 SZ6  C25  H25   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C21  H21   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C24  H24   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C22  H22   single    0.930  0.020  1.080
 SZ6  C26  H261  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  C26  H262  single    0.970  0.020  1.090
 SZ6  N27  H27   single    0.860  0.020  1.020
 SZ6  C36  H36   single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SZ6  H83C  C8   H82C  108.04  3.000
 SZ6  H83C  C8   H81C  107.06  3.000
 SZ6  H82C  C8   H81C  107.67  3.000
 SZ6  H83C  C8   C2    110.19  3.000
 SZ6  H82C  C8   C2    111.97  3.000
 SZ6  H81C  C8   C2    111.70  3.000
 SZ6  C3    C2   C1    115.09  3.000
 SZ6  C3    C2   C8    125.15  3.000
 SZ6  C1    C2   C8    119.73  3.000
 SZ6  H1    C1   N6    116.23  3.000
 SZ6  H1    C1   C2    119.81  3.000
 SZ6  N6    C1   C2    123.96  3.000
 SZ6  C5    N6   C1    114.87  3.000
 SZ6  N4    C5   CL7   116.06  3.000
 SZ6  N4    C5   N6    127.84  3.000
 SZ6  CL7   C5   N6    116.09  3.000
 SZ6  C3    N4   C5    117.34  3.000
 SZ6  C9    C3   N4    115.34  3.000
 SZ6  C9    C3   C2    123.76  3.000
 SZ6  N4    C3   C2    120.87  3.000
 SZ6  C10   C9   C14   119.03  3.000
 SZ6  C10   C9   C3    119.18  3.000
 SZ6  C14   C9   C3    121.77  3.000
 SZ6  H14   C14  C13   118.78  3.000
 SZ6  H14   C14  C9    120.63  3.000
 SZ6  C13   C14  C9    120.57  3.000
 SZ6  H13   C13  C12   120.03  3.000
 SZ6  H13   C13  C14   120.03  3.000
 SZ6  C12   C13  C14   119.95  3.000
 SZ6  H10   C10  C11   119.74  3.000
 SZ6  H10   C10  C9    119.85  3.000
 SZ6  C11   C10  C9    120.41  3.000
 SZ6  H11   C11  C12   119.68  3.000
 SZ6  H11   C11  C10   120.23  3.000
 SZ6  C12   C11  C10   120.09  3.000
 SZ6  N15   C12  C11   119.05  3.000
 SZ6  N15   C12  C13   121.00  3.000
 SZ6  C11   C12  C13   119.94  3.000
 SZ6  C17   N15  C16   125.98  3.000
 SZ6  C17   N15  C12   115.80  3.000
 SZ6  C16   N15  C12   118.20  3.000
 SZ6  C18   C16  O19   120.66  3.000
 SZ6  C18   C16  N15   117.82  3.000
 SZ6  O19   C16  N15   121.52  3.000
 SZ6  C32   C18  C28   118.52  3.000
 SZ6  C32   C18  C16   121.47  3.000
 SZ6  C28   C18  C16   119.73  3.000
 SZ6  H28   C28  C29   118.95  3.000
 SZ6  H28   C28  C18   119.24  3.000
 SZ6  C29   C28  C18   121.80  3.000
 SZ6  H29   C29  C30   120.22  3.000
 SZ6  H29   C29  C28   120.72  3.000
 SZ6  C30   C29  C28   119.06  3.000
 SZ6  C31   C30  O33   122.09  3.000
 SZ6  C31   C30  C29   120.17  3.000
 SZ6  O33   C30  C29   117.74  3.000
 SZ6  H33   O33  C30   110.78  3.000
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 SZ6  F39   C36  C35   111.74  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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_chem_comp_tor.atom_id_4
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 SZ6  Var_07    F39   C36  C35  N27   19.09  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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