# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May 28 07:00:56 2020
#   Inital geometry file: a 80 line input string
#   Ligand name: N~2~-(3-carboxypropanoyl)-L-ornithine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NCCC[C@H](NC(=O)CCC(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 SUO  SUO  N~2~-(3-carboxypropanoyl)-L-ornithine  ligand  32  16  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_SUO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 SUO  N     N  NH1   0  -0.619   0.3881  -0.1558   0.2525
 SUO  CA    C  CH1   0  -0.203   1.6165  -0.7445  -0.2025
 SUO  CB    C  CH2   0  -0.463   2.8231   0.0557   0.2976
 SUO  CG    C  CH2   0  -0.417   2.8219   1.5032  -0.1805
 SUO  CD    C  CH2   0  -0.335   4.1119   2.2142   0.1920
 SUO  NE    N  NH2   0  -0.801   4.0811   3.5908  -0.2696
 SUO  C     C  C     0   0.526   1.7211  -2.1872   0.2690
 SUO  O     O  OH1   0  -0.541   2.6105  -2.8637  -0.4440
 SUO  OXT   O  O     0  -0.463  -0.8925  -1.4127  -1.0963
 SUO  O2    O  O     0  -0.419   1.1053  -2.6518   1.1921
 SUO  CW    C  CH2   0  -0.546  -2.0078   0.0678   0.4398
 SUO  CX    C  CH2   0  -0.576  -3.2067   0.0918  -0.4901
 SUO  CY    C  C     0   0.589  -4.4303   0.6822   0.1521
 SUO  OD1   O  OH1   0  -0.599  -5.4497   0.7355  -0.6988
 SUO  OD2   O  O     0  -0.432  -4.5035   1.0642   1.2935
 SUO  CV    C  C     0   0.587  -0.8037  -0.5720  -0.2137
 SUO  HN    H  HNH1  0   0.369   0.4162   0.4773   1.0359
 SUO  HA    H  HCH1  0   0.286   1.6359  -0.7415  -1.2964
 SUO  HB1   H  HCH2  0   0.201   3.7290  -0.4392  -0.0588
 SUO  HB2   H  HCH2  0   0.276   2.8594   0.0197   1.3913
 SUO  HG1   H  HCH2  0   0.237   1.9787   2.0537   0.2437
 SUO  HG2   H  HCH2  0   0.190   2.6965   1.5256  -1.2687
 SUO  HD1A  H  HCH2  0   0.243   4.9631   1.6372  -0.1986
 SUO  HD2   H  HCH2  0   0.205   4.2191   2.2177   1.2803
 SUO  HNE1  H  HNH2  0   0.355   4.9171   4.0713   0.0377
 SUO  HNE2  H  HNH2  0   0.357   4.1169   3.6054  -1.2818
 SUO  HO    H  HOH1  0   0.485   2.7006  -3.7651  -0.0998
 SUO  HW1   H  HCH2  0   0.293  -2.2382  -0.5071   1.3417
 SUO  HW2   H  HCH2  0   0.250  -1.7576   1.0757   0.7750
 SUO  HX1   H  HCH2  0   0.268  -2.9829   0.6634  -1.3949
 SUO  HX2   H  HCH2  0   0.242  -3.4547  -0.9157  -0.8321
 SUO  HD1   H  HOH1  0   0.457  -6.2253   1.1207  -0.2644

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 SUO  N    CA    single  1.436  0.020  1.436
 SUO  N    CV    single  1.346  0.020  1.346
 SUO  N    HN    single  0.860  0.020  1.020
 SUO  CA   CB    single  1.532  0.020  1.532
 SUO  CA   C     single  1.521  0.020  1.521
 SUO  CA   HA    single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CB   CG    single  1.524  0.020  1.524
 SUO  CB   HB1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CB   HB2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CG   CD    single  1.519  0.020  1.519
 SUO  CG   HG1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CG   HG2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CD   NE    single  1.452  0.020  1.452
 SUO  CD   HD1A  single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CD   HD2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  NE   HNE1  single  0.890  0.020  1.040
 SUO  NE   HNE2  single  0.890  0.020  1.040
 SUO  C    O     single  1.326  0.020  1.326
 SUO  C    O2    double  1.203  0.020  1.203
 SUO  O    HO    single  0.850  0.020  0.980
 SUO  OXT  CV    double  1.222  0.020  1.222
 SUO  CW   CX    single  1.517  0.020  1.517
 SUO  CW   CV    single  1.512  0.020  1.512
 SUO  CW   HW1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CW   HW2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CX   CY    single  1.503  0.020  1.503
 SUO  CX   HX1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CX   HX2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CY   OD1   single  1.329  0.020  1.329
 SUO  CY   OD2   double  1.206  0.020  1.206
 SUO  OD1  HD1   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SUO  HN    N    CV    119.22  3.000
 SUO  HN    N    CA    118.69  3.000
 SUO  CV    N    CA    121.40  3.000
 SUO  HA    CA   C     108.14  3.000
 SUO  HA    CA   CB    108.12  3.000
 SUO  C     CA   CB    109.88  3.000
 SUO  HA    CA   N     109.32  3.000
 SUO  C     CA   N     110.45  3.000
 SUO  CB    CA   N     110.87  3.000
 SUO  HB2   CB   HB1   106.48  3.000
 SUO  HB2   CB   CG    110.15  3.000
 SUO  HB1   CB   CG    109.19  3.000
 SUO  HB2   CB   CA    109.57  3.000
 SUO  HB1   CB   CA    108.07  3.000
 SUO  CG    CB   CA    113.15  3.000
 SUO  HG2   CG   HG1   106.67  3.000
 SUO  HG2   CG   CD    109.34  3.000
 SUO  HG1   CG   CD    108.92  3.000
 SUO  HG2   CG   CB    109.33  3.000
 SUO  HG1   CG   CB    110.93  3.000
 SUO  CD    CG   CB    111.52  3.000
 SUO  HD2   CD   HD1A  106.21  3.000
 SUO  HD2   CD   NE    108.39  3.000
 SUO  HD1A  CD   NE    113.62  3.000
 SUO  HD2   CD   CG    109.19  3.000
 SUO  HD1A  CD   CG    108.93  3.000
 SUO  NE    CD   CG    110.34  3.000
 SUO  HNE2  NE   HNE1  105.52  3.000
 SUO  HNE2  NE   CD    109.30  3.000
 SUO  HNE1  NE   CD    109.63  3.000
 SUO  O2    C    O     124.00  3.000
 SUO  O2    C    CA    124.67  3.000
 SUO  O     C    CA    111.31  3.000
 SUO  HO    O    C     110.24  3.000
 SUO  HW2   CW   HW1   106.29  3.000
 SUO  HW2   CW   CV    109.93  3.000
 SUO  HW1   CW   CV    107.55  3.000
 SUO  HW2   CW   CX    110.78  3.000
 SUO  HW1   CW   CX    110.31  3.000
 SUO  CV    CW   CX    111.78  3.000
 SUO  HX2   CX   HX1   105.64  3.000
 SUO  HX2   CX   CY    108.13  3.000
 SUO  HX1   CX   CY    108.36  3.000
 SUO  HX2   CX   CW    110.89  3.000
 SUO  HX1   CX   CW    110.71  3.000
 SUO  CY    CX   CW    112.81  3.000
 SUO  OD2   CY   OD1   123.15  3.000
 SUO  OD2   CY   CX    125.34  3.000
 SUO  OD1   CY   CX    111.51  3.000
 SUO  HD1   OD1  CY    110.06  3.000
 SUO  CW    CV   OXT   123.05  3.000
 SUO  CW    CV   N     115.13  3.000
 SUO  OXT   CV   N     121.82  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 SUO  CONST_01  OXT   CV   N   CA      0.00   0.0  0
 SUO  CONST_02  CW    CV   N   CA    180.00   0.0  0
 SUO  CONST_03  HN    N    CV  OXT   180.00   0.0  0
 SUO  CONST_04  HO    O    C   CA    180.00   0.0  0
 SUO  CONST_05  HD1   OD1  CY  CX    180.00   0.0  0
 SUO  Var_01    CX    CW   CV  N     153.07  30.0  1
 SUO  Var_02    CD    CG   CB  CA   -173.06  30.0  3
 SUO  Var_03    NE    CD   CG  CB   -179.75  30.0  3
 SUO  Var_04    OD1   CY   CX  CW    177.72  30.0  3
 SUO  Var_05    CV    CW   CX  CY    178.11  30.0  1
 SUO  Var_06    HNE1  NE   CD  CG    176.22  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 SUO  chir_01  CA  N  CB  C  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 SUO  plan-1  N    0.020
 SUO  plan-1  CA   0.020
 SUO  plan-1  OXT  0.020
 SUO  plan-1  CW   0.020
 SUO  plan-1  CV   0.020
 SUO  plan-1  HN   0.020
 SUO  plan-2  CA   0.020
 SUO  plan-2  C    0.020
 SUO  plan-2  O    0.020
 SUO  plan-2  O2   0.020
 SUO  plan-2  HO   0.020
 SUO  plan-3  CX   0.020
 SUO  plan-3  CY   0.020
 SUO  plan-3  OD1  0.020
 SUO  plan-3  OD2  0.020
 SUO  plan-3  HD1  0.020

