# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon May  4 08:32:31 2020
#   Inital geometry file: a 80 line input string
#   Ligand name: N~2~-(3-carboxypropanoyl)-L-ornithine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NCCC[C@H](NC(=O)CCC(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 SUO  SUO  N~2~-(3-carboxypropanoyl)-L-ornithine  ligand  30  16  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_SUO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 SUO  N     N  NH1    0  -0.636   0.3923  -0.1735   0.1821
 SUO  CA    C  CH1    0  -0.164   1.6260  -0.8070  -0.2186
 SUO  CB    C  CH2    0  -0.470   2.8152   0.0192   0.2710
 SUO  CG    C  CH2    0  -0.422   2.8191   1.4631  -0.2172
 SUO  CD    C  CH2    0  -0.271   4.0743   2.2099   0.2072
 SUO  NE    N  NH2    0  -0.801   4.0267   3.5996  -0.2254
 SUO  C     C  C      0   0.408   1.7546  -2.2626   0.2979
 SUO  O     O  OC    -1  -0.621   2.5959  -2.9622  -0.3021
 SUO  OXT   O  O      0  -0.521  -0.9166  -1.4420  -1.1348
 SUO  O2    O  O      0  -0.602   1.0575  -2.5930   1.2717
 SUO  CW    C  CH2    0  -0.577  -2.0009   0.0549   0.4058
 SUO  CX    C  CH2    0  -0.578  -3.1618   0.2677  -0.5504
 SUO  CY    C  C      0   0.415  -4.4218   0.8795   0.0857
 SUO  OD1   O  OC    -1  -0.630  -5.2749   1.3212  -0.7121
 SUO  OD2   O  O      0  -0.610  -4.5096   0.8679   1.3296
 SUO  CV    C  C      0   0.568  -0.8040  -0.5957  -0.2543
 SUO  HN    H  HNH1   0   0.386   0.4114   0.4464   0.9757
 SUO  HA    H  HCH1   0   0.221   1.6617  -0.8293  -1.3123
 SUO  HB1   H  HCH2   0   0.234   3.7255  -0.4814  -0.0669
 SUO  HB2   H  HCH2   0   0.220   2.8442   0.0009   1.3672
 SUO  HG1   H  HCH2   0   0.215   1.9473   2.0020   0.1638
 SUO  HG2   H  HCH2   0   0.213   2.7393   1.4778  -1.3102
 SUO  HD1A  H  HCH2   0   0.187   4.9552   1.6650  -0.1635
 SUO  HD2   H  HCH2   0   0.211   4.1451   2.1953   1.2987
 SUO  HNE1  H  HNH2   0   0.345   4.8503   4.0849   0.1068
 SUO  HNE2  H  HNH2   0   0.336   4.0815   3.6363  -1.2362
 SUO  HW1   H  HCH2   0   0.255  -2.3157  -0.5900   1.2316
 SUO  HW2   H  HCH2   0   0.235  -1.7055   1.0013   0.8653
 SUO  HX1   H  HCH2   0   0.221  -2.8484   0.8948  -1.3902
 SUO  HX2   H  HCH2   0   0.232  -3.4458  -0.6902  -0.9976

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 SUO  N    CA    single  1.444  0.020  1.444
 SUO  N    CV    single  1.342  0.020  1.342
 SUO  N    HN    single  0.860  0.020  1.020
 SUO  CA   CB    single  1.529  0.020  1.529
 SUO  CA   C     single  1.550  0.020  1.550
 SUO  CA   HA    single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CB   CG    single  1.524  0.020  1.524
 SUO  CB   HB1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CB   HB2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CG   CD    single  1.521  0.020  1.521
 SUO  CG   HG1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CG   HG2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CD   NE    single  1.456  0.020  1.456
 SUO  CD   HD1A  single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CD   HD2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  NE   HNE1  single  0.890  0.020  1.040
 SUO  NE   HNE2  single  0.890  0.020  1.040
 SUO  C    O     deloc   1.248  0.020  1.248
 SUO  C    O2    deloc   1.242  0.020  1.242
 SUO  OXT  CV    double  1.226  0.020  1.226
 SUO  CW   CX    single  1.519  0.020  1.519
 SUO  CW   CV    single  1.514  0.020  1.514
 SUO  CW   HW1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CW   HW2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CX   CY    single  1.538  0.020  1.538
 SUO  CX   HX1   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CX   HX2   single  0.970  0.020  1.090
 SUO  CY   OD1   deloc   1.249  0.020  1.249
 SUO  CY   OD2   deloc   1.247  0.020  1.247

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SUO  HN    N   CV    117.83  3.000
 SUO  HN    N   CA    118.21  3.000
 SUO  CV    N   CA    122.25  3.000
 SUO  HA    CA  C     108.13  3.000
 SUO  HA    CA  CB    107.80  3.000
 SUO  C     CA  CB    109.66  3.000
 SUO  HA    CA  N     108.31  3.000
 SUO  C     CA  N     112.99  3.000
 SUO  CB    CA  N     109.80  3.000
 SUO  HB2   CB  HB1   106.23  3.000
 SUO  HB2   CB  CG    109.63  3.000
 SUO  HB1   CB  CG    109.45  3.000
 SUO  HB2   CB  CA    109.37  3.000
 SUO  HB1   CB  CA    107.54  3.000
 SUO  CG    CB  CA    114.30  3.000
 SUO  HG2   CG  HG1   106.43  3.000
 SUO  HG2   CG  CD    109.37  3.000
 SUO  HG1   CG  CD    108.59  3.000
 SUO  HG2   CG  CB    109.39  3.000
 SUO  HG1   CG  CB    110.69  3.000
 SUO  CD    CG  CB    112.20  3.000
 SUO  HD2   CD  HD1A  106.12  3.000
 SUO  HD2   CD  NE    108.14  3.000
 SUO  HD1A  CD  NE    113.50  3.000
 SUO  HD2   CD  CG    108.98  3.000
 SUO  HD1A  CD  CG    108.88  3.000
 SUO  NE    CD  CG    111.02  3.000
 SUO  HNE2  NE  HNE1  105.43  3.000
 SUO  HNE2  NE  CD    109.22  3.000
 SUO  HNE1  NE  CD    109.48  3.000
 SUO  O2    C   O     127.30  3.000
 SUO  O2    C   CA    117.67  3.000
 SUO  O     C   CA    114.98  3.000
 SUO  HW2   CW  HW1   105.72  3.000
 SUO  HW2   CW  CV    109.99  3.000
 SUO  HW1   CW  CV    107.66  3.000
 SUO  HW2   CW  CX    110.49  3.000
 SUO  HW1   CW  CX    109.74  3.000
 SUO  CV    CW  CX    112.95  3.000
 SUO  HX2   CX  HX1   105.21  3.000
 SUO  HX2   CX  CY    107.73  3.000
 SUO  HX1   CX  CY    108.91  3.000
 SUO  HX2   CX  CW    109.44  3.000
 SUO  HX1   CX  CW    110.15  3.000
 SUO  CY    CX  CW    114.92  3.000
 SUO  OD2   CY  OD1   126.33  3.000
 SUO  OD2   CY  CX    117.81  3.000
 SUO  OD1   CY  CX    115.85  3.000
 SUO  CW    CV  OXT   122.48  3.000
 SUO  CW    CV  N     115.34  3.000
 SUO  OXT   CV  N     122.18  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 SUO  CONST_01  OXT   CV  N   CA      0.00   0.0  0
 SUO  CONST_02  CW    CV  N   CA    180.00   0.0  0
 SUO  CONST_03  HN    N   CV  OXT   180.00   0.0  0
 SUO  Var_01    CX    CW  CV  N     144.24  30.0  1
 SUO  Var_02    CD    CG  CB  CA   -175.56  30.0  3
 SUO  Var_03    NE    CD  CG  CB   -177.69  30.0  3
 SUO  Var_04    OD1   CY  CX  CW    165.49  30.0  3
 SUO  Var_05    CV    CW  CX  CY    177.86  30.0  1
 SUO  Var_06    HNE1  NE  CD  CG    177.29  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 SUO  chir_01  CA  N  CB  C  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 SUO  plan-1  N    0.020
 SUO  plan-1  CA   0.020
 SUO  plan-1  OXT  0.020
 SUO  plan-1  CW   0.020
 SUO  plan-1  CV   0.020
 SUO  plan-1  HN   0.020
 SUO  plan-2  CA   0.020
 SUO  plan-2  C    0.020
 SUO  plan-2  O    0.020
 SUO  plan-2  O2   0.020
 SUO  plan-3  CX   0.020
 SUO  plan-3  CY   0.020
 SUO  plan-3  OD1  0.020
 SUO  plan-3  OD2  0.020

