# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 12:19:14 2022
#   Inital geometry file: a 94 line input string
#   Ligand name: O-[2-(thiophen-3-yl)ethyl] (4-sulfamoylphenyl)carbamothioate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[S](=O)(=O)c1ccc(NC(=S)OCCc2cscc2)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 SUA  SUA  'O-[2-(thiophen-3-yl)ethyl] (4-sulfamoylphenyl)carbamothioate'  ligand  35  21  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_SUA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 SUA  S1    S  S     0   1.361  -6.1066   0.1463   0.2128
 SUA  O1    O  OS    0  -0.656  -6.3447   1.5618   0.4443
 SUA  O2    O  OS    0  -0.642  -6.6094  -0.8223   1.1751
 SUA  N1    N  NC2   0  -0.858  -6.6545  -0.1472  -1.3239
 SUA  C1    C  CR16  0  -0.241  -2.2140   0.6580  -0.6482
 SUA  C2    C  CR16  0  -0.201  -3.5743   0.8608  -0.5144
 SUA  C3    C  CR6   0  -0.212  -4.3743  -0.1381   0.0240
 SUA  C4    C  CR16  0  -0.207  -3.8267  -1.3467   0.4235
 SUA  C5    C  CR16  0  -0.279  -2.4652  -1.5475   0.2889
 SUA  C6    C  CR6   0   0.389  -1.6504  -0.5485  -0.2361
 SUA  N2    N  NH1   0  -0.701  -0.2894  -0.8372  -0.3760
 SUA  C7    C  C     0   0.405   0.7764  -0.0432  -0.1446
 SUA  S2    S  S1    0  -0.316   0.7382   1.5301   0.3504
 SUA  O3    O  O2    0  -0.424   1.8783  -0.7395  -0.3565
 SUA  C8    C  CH2   0  -0.121   3.1565  -0.1518  -0.1092
 SUA  C9    C  CH2   0  -0.536   4.2037  -1.2053  -0.4267
 SUA  C10   C  CR5   0   0.181   5.5715  -0.6921  -0.0943
 SUA  C11   C  CR15  0  -0.187   6.0952  -0.6279   1.2303
 SUA  C12   C  CR15  0  -0.436   7.3428  -0.0912   1.2823
 SUA  S3    S  S2    0   0.236   7.9034   0.3485  -0.2733
 SUA  C13   C  CR15  0  -0.514   6.4535  -0.1908  -1.0045
 SUA  HN11  H  HNC2  0   0.390  -6.7095  -1.1361  -1.5387
 SUA  HN12  H  HNC2  0   0.396  -7.5581   0.2865  -1.4789
 SUA  H21   H  HCR6  0   0.268  -4.0001   1.7987  -0.8429
 SUA  H41   H  HCR6  0   0.268  -4.4374  -2.1288   0.8509
 SUA  H51   H  HCR6  0   0.254  -2.0359  -2.4848   0.6173
 SUA  HN21  H  HNH1  0   0.391  -0.0679  -1.8091  -0.5392
 SUA  H81   H  HCH2  0   0.239   3.2861   0.7318  -0.7367
 SUA  H82   H  HCH2  0   0.236   3.2170   0.1671   0.9334
 SUA  H91   H  HCH2  0   0.249   3.9945  -2.1116   0.1468
 SUA  H92   H  HCH2  0   0.245   4.1467  -1.4736  -1.4831
 SUA  H111  H  HCR5  0   0.233   5.5629  -0.9757   2.1047
 SUA  H121  H  HCR5  0   0.263   7.9608   0.0638   2.1521
 SUA  H131  H  HCR5  0   0.255   6.3205  -0.1161  -2.0731
 SUA  H11   H  HCR6  0   0.274  -1.6021   1.4347  -1.0786

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 SUA  S1   O1    double    1.454  0.020  1.454
 SUA  S1   O2    double    1.455  0.020  1.455
 SUA  S1   N1    single    1.658  0.020  1.658
 SUA  S1   C3    single    1.766  0.020  1.766
 SUA  N1   HN11  single    0.890  0.020  1.040
 SUA  N1   HN12  single    0.890  0.020  1.040
 SUA  C1   C2    aromatic  1.382  0.020  1.382
 SUA  C1   C6    aromatic  1.394  0.020  1.394
 SUA  C1   H11   single    0.930  0.020  1.080
 SUA  C2   C3    aromatic  1.388  0.020  1.388
 SUA  C2   H21   single    0.930  0.020  1.080
 SUA  C3   C4    aromatic  1.386  0.020  1.386
 SUA  C4   C5    aromatic  1.383  0.020  1.383
 SUA  C4   H41   single    0.930  0.020  1.080
 SUA  C5   C6    aromatic  1.392  0.020  1.392
 SUA  C5   H51   single    0.930  0.020  1.080
 SUA  C6   N2    single    1.398  0.020  1.398
 SUA  N2   C7    single    1.349  0.020  1.349
 SUA  N2   HN21  single    0.860  0.020  1.020
 SUA  C7   S2    double    1.650  0.020  1.650
 SUA  C7   O3    single    1.321  0.020  1.321
 SUA  O3   C8    single    1.428  0.020  1.428
 SUA  C8   C9    single    1.519  0.020  1.519
 SUA  C8   H81   single    0.970  0.020  1.090
 SUA  C8   H82   single    0.970  0.020  1.090
 SUA  C9   C10   single    1.498  0.020  1.498
 SUA  C9   H91   single    0.970  0.020  1.090
 SUA  C9   H92   single    0.970  0.020  1.090
 SUA  C10  C11   aromatic  1.426  0.020  1.426
 SUA  C10  C13   aromatic  1.363  0.020  1.363
 SUA  C11  C12   aromatic  1.359  0.020  1.359
 SUA  C11  H111  single    0.930  0.020  1.080
 SUA  C12  S3    aromatic  1.711  0.020  1.711
 SUA  C12  H121  single    0.930  0.020  1.080
 SUA  S3   C13   aromatic  1.711  0.020  1.711
 SUA  C13  H131  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SUA  C3    S1   N1    101.34  3.000
 SUA  C3    S1   O2    107.61  3.000
 SUA  N1    S1   O2    112.40  3.000
 SUA  C3    S1   O1    109.54  3.000
 SUA  N1    S1   O1    105.42  3.000
 SUA  O2    S1   O1    119.09  3.000
 SUA  HN12  N1   HN11  109.66  3.000
 SUA  HN12  N1   S1    111.13  3.000
 SUA  HN11  N1   S1    112.79  3.000
 SUA  H11   C1   C6    120.80  3.000
 SUA  H11   C1   C2    119.44  3.000
 SUA  C6    C1   C2    119.76  3.000
 SUA  H21   C2   C3    121.00  3.000
 SUA  H21   C2   C1    119.05  3.000
 SUA  C3    C2   C1    119.94  3.000
 SUA  C4    C3   C2    120.77  3.000
 SUA  C4    C3   S1    119.83  3.000
 SUA  C2    C3   S1    119.39  3.000
 SUA  H41   C4   C5    119.33  3.000
 SUA  H41   C4   C3    121.47  3.000
 SUA  C5    C4   C3    119.19  3.000
 SUA  H51   C5   C6    120.26  3.000
 SUA  H51   C5   C4    119.14  3.000
 SUA  C6    C5   C4    120.59  3.000
 SUA  N2    C6   C5    117.34  3.000
 SUA  N2    C6   C1    122.87  3.000
 SUA  C5    C6   C1    119.74  3.000
 SUA  HN21  N2   C7    114.88  3.000
 SUA  HN21  N2   C6    115.36  3.000
 SUA  C7    N2   C6    129.07  3.000
 SUA  O3    C7   S2    124.77  3.000
 SUA  O3    C7   N2    108.74  3.000
 SUA  S2    C7   N2    126.47  3.000
 SUA  C8    O3   C7    120.13  3.000
 SUA  H82   C8   H81   107.81  3.000
 SUA  H82   C8   C9    111.34  3.000
 SUA  H81   C8   C9    111.07  3.000
 SUA  H82   C8   O3    109.58  3.000
 SUA  H81   C8   O3    109.86  3.000
 SUA  C9    C8   O3    107.18  3.000
 SUA  H92   C9   H91   107.10  3.000
 SUA  H92   C9   C10   110.28  3.000
 SUA  H91   C9   C10   110.02  3.000
 SUA  H92   C9   C8    109.68  3.000
 SUA  H91   C9   C8    109.49  3.000
 SUA  C10   C9   C8    110.21  3.000
 SUA  C13   C10  C11   111.47  3.000
 SUA  C13   C10  C9    124.65  3.000
 SUA  C11   C10  C9    123.84  3.000
 SUA  H111  C11  C12   123.23  3.000
 SUA  H111  C11  C10   123.78  3.000
 SUA  C12   C11  C10   112.99  3.000
 SUA  H121  C12  S3    120.58  3.000
 SUA  H121  C12  C11   127.86  3.000
 SUA  S3    C12  C11   111.56  3.000
 SUA  C13   S3   C12    91.71  3.000
 SUA  H131  C13  S3    120.38  3.000
 SUA  H131  C13  C10   127.36  3.000
 SUA  S3    C13  C10   112.27  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 SUA  CONST_01  C4    C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_02  C4    C5   C6   C1      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_03  C5    C6   C1   C2      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_04  C5    C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_05  C6    C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_06  C6    C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_07  S3    C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 SUA  CONST_08  C12   S3   C13  C10     0.00   0.0  0
 SUA  CONST_09  S3    C13  C10  C11     0.00   0.0  0
 SUA  CONST_10  C13   S3   C12  C11     0.00   0.0  0
 SUA  CONST_11  C13   C10  C11  C12     0.00   0.0  0
 SUA  CONST_12  C1    C2   C3   S1    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_13  C5    C4   C3   S1    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_14  N2    C6   C1   C2    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_15  N2    C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_16  C12   C11  C10  C9    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_17  S3    C13  C10  C9    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_18  H51   C5   C6   C1    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_19  H41   C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_20  H11   C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_21  H21   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_22  H121  C12  C11  C10   180.00   0.0  0
 SUA  CONST_23  H131  C13  C10  C11   180.00   0.0  0
 SUA  CONST_24  H111  C11  C12  S3    180.00   0.0  0
 SUA  CONST_28  S2    C7   N2   C6      0.00   0.0  0
 SUA  CONST_29  O3    C7   N2   C6    180.00   0.0  0
 SUA  Var_01    C2    C3   S1   O1    -30.35  30.0  2
 SUA  Var_02    C11   C10  C9   C8     77.81  30.0  2
 SUA  Var_03    C10   C9   C8   O3   -175.87  30.0  3
 SUA  Var_04    HN11  N1   S1   C3     77.04  30.0  3
 SUA  Var_05    C9    C8   O3   C7    179.16  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 SUA  plan-1  C9    0.020
 SUA  plan-1  C10   0.020
 SUA  plan-1  C11   0.020
 SUA  plan-1  C12   0.020
 SUA  plan-1  S3    0.020
 SUA  plan-1  C13   0.020
 SUA  plan-1  H111  0.020
 SUA  plan-1  H121  0.020
 SUA  plan-1  H131  0.020
 SUA  plan-2  S1    0.020
 SUA  plan-2  C1    0.020
 SUA  plan-2  C2    0.020
 SUA  plan-2  C3    0.020
 SUA  plan-2  C4    0.020
 SUA  plan-2  C5    0.020
 SUA  plan-2  C6    0.020
 SUA  plan-2  N2    0.020
 SUA  plan-2  H21   0.020
 SUA  plan-2  H41   0.020
 SUA  plan-2  H51   0.020
 SUA  plan-2  H11   0.020
 SUA  plan-3  C6    0.020
 SUA  plan-3  N2    0.020
 SUA  plan-3  C7    0.020
 SUA  plan-3  HN21  0.020
 SUA  plan-4  N2    0.020
 SUA  plan-4  C7    0.020
 SUA  plan-4  S2    0.020
 SUA  plan-4  O3    0.020

