# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May 27 14:04:00 2020
#   Inital geometry file: a 68 line input string
#   Ligand name: (3S,4S)-4-amino-3-hydroxy-6-methylheptanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@H](N)[C@@H](O)CC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 STA  STA  '(3S,4S)-4-amino-3-hydroxy-6-methylheptanoic acid'  peptide  29  12  .  2022-03-23  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_STA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 STA  N     N  NH2   0  -0.798  -0.8198   0.9699  -1.5172
 STA  CA    C  CH1   0  -0.117  -0.6784   0.4101  -0.1833
 STA  CB    C  CH2   0  -0.403  -1.8478  -0.5286   0.1038
 STA  CG    C  CH1   0  -0.220  -3.2392   0.0920  -0.0325
 STA  CD1   C  CH3   0  -0.652  -4.3060  -0.9701   0.2177
 STA  CD2   C  CH3   0  -0.663  -3.4331   1.2775   0.9070
 STA  CH    C  CH1   0   0.041   0.6631  -0.3012   0.0827
 STA  OH    O  OH1   0  -0.663   0.8944  -1.3774  -0.8003
 STA  CM    C  CH2   0  -0.615   1.8285   0.6830   0.0598
 STA  C     C  C     0   0.556   3.1330   0.0379   0.4436
 STA  O     O  O     0  -0.446   3.2504  -0.8322   1.2705
 STA  OXT   O  OH1   0  -0.592   4.1660   0.5626  -0.2058
 STA  HN1   H  HNH2  0   0.352  -0.0564   1.5884  -1.7579
 STA  HN2   H  HNH2  0   0.337  -0.8556   0.2416  -2.2198
 STA  HA    H  HCH1  0   0.227  -0.7199   1.2441   0.5263
 STA  HB1   H  HCH2  0   0.217  -1.7795  -1.3934  -0.5657
 STA  HB2   H  HCH2  0   0.213  -1.7371  -0.9221   1.1210
 STA  HG    H  HCH1  0   0.214  -3.3543   0.4508  -1.0595
 STA  HD11  H  HCH3  0   0.210  -4.2355  -1.3680   1.2334
 STA  HD12  H  HCH3  0   0.222  -5.3103  -0.5603   0.0946
 STA  HD13  H  HCH3  0   0.221  -4.2039  -1.8091  -0.4733
 STA  HD21  H  HCH3  0   0.227  -2.7542   2.0988   0.6746
 STA  HD22  H  HCH3  0   0.224  -4.4498   1.6692   0.8397
 STA  HD23  H  HCH3  0   0.210  -3.2588   0.9850   1.9461
 STA  HC    H  HCH1  0   0.233   0.6120  -0.7435   1.0816
 STA  HH    H  HOH1  0   0.435   0.9300  -1.0315  -1.6991
 STA  HM1   H  HCH2  0   0.259   1.9238   1.1694  -0.9141
 STA  HM2   H  HCH2  0   0.292   1.6438   1.4820   0.7861
 STA  HXT   H  HOH1  0   0.478   4.9907   0.1553   0.1002

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 STA  N    CA    single  1.458  0.019  1.458
 STA  N    HN1   single  0.890  0.020  1.040
 STA  N    HN2   single  0.890  0.020  1.040
 STA  CA   CB    single  1.521  0.033  1.521
 STA  CA   CH    single  1.542  0.020  1.542
 STA  CA   HA    single  0.970  0.020  0.970
 STA  CB   CG    single  1.530  0.020  1.530
 STA  CB   HB1   single  0.970  0.020  1.090
 STA  CB   HB2   single  0.970  0.020  1.090
 STA  CG   CD1   single  1.526  0.020  1.526
 STA  CG   CD2   single  1.525  0.020  1.525
 STA  CG   HG    single  0.970  0.020  1.090
 STA  CD1  HD11  single  0.970  0.020  1.090
 STA  CD1  HD12  single  0.970  0.020  1.090
 STA  CD1  HD13  single  0.970  0.020  1.090
 STA  CD2  HD21  single  0.970  0.020  1.090
 STA  CD2  HD22  single  0.970  0.020  1.090
 STA  CD2  HD23  single  0.970  0.020  1.090
 STA  CH   OH    single  1.411  0.020  1.411
 STA  CH   CM    single  1.526  0.020  1.526
 STA  CH   HC    single  0.970  0.020  1.090
 STA  OH   HH    single  0.850  0.020  0.980
 STA  CM   C     single  1.505  0.020  1.505
 STA  CM   HM1   single  0.970  0.020  1.090
 STA  CM   HM2   single  0.970  0.020  1.090
 STA  C    O     double  1.231  0.020  1.231
 STA  C    OXT   single  1.328  0.020  1.328
 STA  OXT  HXT   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 STA  HN2   N    HN1   107.54  3.000
 STA  HN2   N    CA    111.30  3.000
 STA  HN1   N    CA    112.36  3.000
 STA  HA    CA   CH    105.81  3.000
 STA  HA    CA   CB    109.00  3.000
 STA  CH    CA   CB    110.51  3.000
 STA  HA    CA   N     110.00  3.000
 STA  CH    CA   N     114.88  3.000
 STA  CB    CA   N     110.40  1.500
 STA  HB2   CB   HB1   106.10  3.000
 STA  HB2   CB   CG    108.67  3.000
 STA  HB1   CB   CG    108.81  3.000
 STA  HB2   CB   CA    108.53  3.000
 STA  HB1   CB   CA    108.81  3.000
 STA  CG    CB   CA    115.50  3.000
 STA  HG    CG   CD2   108.06  3.000
 STA  HG    CG   CD1   107.97  3.000
 STA  CD2   CG   CD1   110.56  3.000
 STA  HG    CG   CB    108.21  3.000
 STA  CD2   CG   CB    112.10  3.000
 STA  CD1   CG   CB    109.81  3.000
 STA  HD13  CD1  HD12  107.65  3.000
 STA  HD13  CD1  HD11  107.60  3.000
 STA  HD12  CD1  HD11  107.50  3.000
 STA  HD13  CD1  CG    111.45  3.000
 STA  HD12  CD1  CG    111.31  3.000
 STA  HD11  CD1  CG    111.13  3.000
 STA  HD23  CD2  HD22  107.64  3.000
 STA  HD23  CD2  HD21  107.74  3.000
 STA  HD22  CD2  HD21  107.25  3.000
 STA  HD23  CD2  CG    110.92  3.000
 STA  HD22  CD2  CG    111.07  3.000
 STA  HD21  CD2  CG    112.02  3.000
 STA  HC    CH   CM    108.08  3.000
 STA  HC    CH   OH    105.71  3.000
 STA  CM    CH   OH    110.94  3.000
 STA  HC    CH   CA    107.68  3.000
 STA  CM    CH   CA    111.37  3.000
 STA  OH    CH   CA    112.74  3.000
 STA  HH    OH   CH    108.42  3.000
 STA  HM2   CM   HM1   106.32  3.000
 STA  HM2   CM   C     106.84  3.000
 STA  HM1   CM   C     110.03  3.000
 STA  HM2   CM   CH    109.38  3.000
 STA  HM1   CM   CH    111.54  3.000
 STA  C     CM   CH    112.44  3.000
 STA  OXT   C    O     122.99  3.000
 STA  OXT   C    CM    112.33  3.000
 STA  O     C    CM    124.65  3.000
 STA  HXT   OXT  C     109.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 STA  CONST_01  HXT   OXT  C   CM  180.00   0.0  0
 STA  Var_01    CD1   CG   CB  CA  177.37  30.0  3
 STA  Var_02    O     C    CM  CH  -35.59  30.0  3
 STA  Var_03    HD11  CD1  CG  CB   62.05  30.0  3
 STA  Var_04    HD21  CD2  CG  CB   63.53  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 STA  chir_01  CA  N   CB  CH  negativ
 STA  chir_02  CH  OH  CA  CM  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 STA  plan-1  CM   0.020
 STA  plan-1  C    0.020
 STA  plan-1  O    0.020
 STA  plan-1  OXT  0.020
 STA  plan-1  HXT  0.020

