# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May  3 11:44:23 2020
#   Inital geometry file: a 72 line input string
#   Ligand name: 4-butyl-5-propyl-1,3-selenazol-2-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCc1nc(N)[se]c1CCC
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 SES  SES  4-butyl-5-propyl-1,3-selenazol-2-amine  ligand  31  13  .  2021-08-23  2021-08-23  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_SES
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 SES  C1    C   CH3   0  -0.662   5.1088   2.0880  -0.7609
 SES  C2    C   CH2   0  -0.424   4.2932   1.1333   0.1000
 SES  C3    C   CH2   0  -0.405   2.8012   1.1945  -0.2014
 SES  C4    C   CH2   0  -0.502   1.9848   0.2580   0.6891
 SES  C11   C   CH3   0  -0.668   0.4132  -4.5485   0.4952
 SES  C12   C   CH2   0  -0.410  -0.0177  -3.1239   0.8114
 SES  N21   N   N     0  -0.445  -0.1382   1.4856   0.5831
 SES  C22   C   CR5   0   0.230  -1.3945   1.4434   0.2963
 SES  N22   N   NH2   0  -0.816  -2.2507   2.4792   0.4692
 SES  SE1   SE  SE    0   0.190  -1.9876  -0.2402  -0.3122
 SES  C24   C   CR5   0  -0.266  -0.1945  -0.7642  -0.0858
 SES  C25   C   CR5   0   0.303   0.5186   0.2890   0.3840
 SES  H11   H   HCH3  0   0.216   4.9685   1.8814  -1.8236
 SES  H12   H   HCH3  0   0.217   4.8156   3.1247  -0.5860
 SES  H13   H   HCH3  0   0.227   6.1752   2.0073  -0.5475
 SES  H21   H   HCH2  0   0.213   4.6504   0.1097  -0.0491
 SES  H22   H   HCH2  0   0.213   4.4599   1.3617   1.1571
 SES  H31   H   HCH2  0   0.217   2.4418   2.2198  -0.0756
 SES  H32   H   HCH2  0   0.215   2.6307   0.9339  -1.2510
 SES  H41   H   HCH2  0   0.232   2.3642  -0.7607   0.5909
 SES  H42   H   HCH2  0   0.235   2.1336   0.5390   1.7371
 SES  H111  H   HCH3  0   0.220  -0.1300  -4.9409  -0.3665
 SES  H112  H   HCH3  0   0.219   1.4790  -4.5978   0.2634
 SES  H113  H   HCH3  0   0.231   0.2260  -5.2163   1.3363
 SES  H121  H   HCH2  0   0.220  -1.0812  -3.1076   1.0657
 SES  H122  H   HCH2  0   0.223   0.5135  -2.7589   1.6949
 SES  H131  H   HCH2  0   0.243   1.3089  -2.1713  -0.5910
 SES  H132  H   HCH2  0   0.245  -0.2542  -2.5543  -1.2519
 SES  HN21  H   HNH2  0   0.395  -1.8199   3.3848   0.5769
 SES  HN22  H   HNH2  0   0.403  -3.1055   2.4953  -0.0618
 SES  C13   C   CH2   0  -0.508   0.2414  -2.1680  -0.3556

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 SES  C1   C2    single    1.522  0.020  1.522
 SES  C1   H11   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C1   H12   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C1   H13   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C2   C3    single    1.523  0.020  1.523
 SES  C2   H21   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C2   H22   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C3   C4    single    1.529  0.020  1.529
 SES  C3   H31   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C3   H32   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C4   C25   single    1.498  0.020  1.498
 SES  C4   H41   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C4   H42   single    0.970  0.020  1.090
 SES  C11  C12   single    1.522  0.020  1.522
 SES  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 SES  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 SES  C11  H113  single    0.970  0.020  1.090
 SES  C12  C13   single    1.531  0.020  1.531
 SES  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 SES  C12  H122  single    0.970  0.020  1.090
 SES  C13  C24   single    1.495  0.020  1.495
 SES  C13  H131  single    0.970  0.020  1.090
 SES  C13  H132  single    0.970  0.020  1.090
 SES  N21  C22   aromatic  1.289  0.020  1.289
 SES  N21  C25   aromatic  1.379  0.020  1.379
 SES  C22  N22   single    1.355  0.020  1.355
 SES  C22  SE1   aromatic  1.886  0.020  1.886
 SES  N22  HN21  single    0.890  0.020  1.040
 SES  N22  HN22  single    0.890  0.020  1.040
 SES  SE1  C24   aromatic  1.882  0.020  1.882
 SES  C24  C25   aromatic  1.356  0.020  1.356

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 SES  H13   C1   H12   107.55  3.000
 SES  H13   C1   H11   107.59  3.000
 SES  H12   C1   H11   107.53  3.000
 SES  H13   C1   C2    111.52  3.000
 SES  H12   C1   C2    111.17  3.000
 SES  H11   C1   C2    111.28  3.000
 SES  H22   C2   H21   106.08  3.000
 SES  H22   C2   C3    109.39  3.000
 SES  H21   C2   C3    109.29  3.000
 SES  H22   C2   C1    109.50  3.000
 SES  H21   C2   C1    109.55  3.000
 SES  C3    C2   C1    112.81  3.000
 SES  H32   C3   H31   106.39  3.000
 SES  H32   C3   C4    109.24  3.000
 SES  H31   C3   C4    109.38  3.000
 SES  H32   C3   C2    109.43  3.000
 SES  H31   C3   C2    109.68  3.000
 SES  C4    C3   C2    112.54  3.000
 SES  H42   C4   H41   106.16  3.000
 SES  H42   C4   C25   108.82  3.000
 SES  H41   C4   C25   109.95  3.000
 SES  H42   C4   C3    109.13  3.000
 SES  H41   C4   C3    109.50  3.000
 SES  C25   C4   C3    113.04  3.000
 SES  H113  C11  H112  107.69  3.000
 SES  H113  C11  H111  107.66  3.000
 SES  H112  C11  H111  107.58  3.000
 SES  H113  C11  C12   111.38  3.000
 SES  H112  C11  C12   111.27  3.000
 SES  H111  C11  C12   111.08  3.000
 SES  H122  C12  H121  106.23  3.000
 SES  H122  C12  C13   108.98  3.000
 SES  H121  C12  C13   109.42  3.000
 SES  H122  C12  C11   110.05  3.000
 SES  H121  C12  C11   109.74  3.000
 SES  C13   C12  C11   112.23  3.000
 SES  C25   N21  C22   113.79  3.000
 SES  SE1   C22  N22   121.66  3.000
 SES  SE1   C22  N21   114.05  3.000
 SES  N22   C22  N21   124.21  3.000
 SES  HN22  N22  HN21  113.88  3.000
 SES  HN22  N22  C22   118.79  3.000
 SES  HN21  N22  C22   115.48  3.000
 SES  C24   SE1  C22    84.84  3.000
 SES  C25   C24  SE1   109.06  3.000
 SES  C25   C24  C13   129.70  3.000
 SES  SE1   C24  C13   121.18  3.000
 SES  C24   C25  N21   118.26  3.000
 SES  C24   C25  C4    124.70  3.000
 SES  N21   C25  C4    117.04  3.000
 SES  H132  C13  H131  105.35  3.000
 SES  H132  C13  C24   110.32  3.000
 SES  H131  C13  C24   109.06  3.000
 SES  H132  C13  C12   109.10  3.000
 SES  H131  C13  C12   109.12  3.000
 SES  C24   C13  C12   113.56  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 SES  CONST_01  C24   SE1  C22  N21     0.00   0.0  0
 SES  CONST_02  SE1   C24  C25  N21     0.00   0.0  0
 SES  CONST_03  C24   C25  N21  C22     0.00   0.0  0
 SES  CONST_04  C25   C24  SE1  C22     0.00   0.0  0
 SES  CONST_05  C25   N21  C22  SE1     0.00   0.0  0
 SES  CONST_06  C22   N21  C25  C4    180.00   0.0  0
 SES  CONST_07  SE1   C24  C25  C4    180.00   0.0  0
 SES  CONST_08  C22   SE1  C24  C13   180.00   0.0  0
 SES  CONST_09  N21   C25  C24  C13   180.00   0.0  0
 SES  CONST_10  C25   N21  C22  N22   180.00   0.0  0
 SES  CONST_11  C24   SE1  C22  N22   180.00   0.0  0
 SES  Var_01    N21   C25  C4   C3    -63.09  30.0  2
 SES  Var_02    SE1   C24  C13  C12   -82.48  30.0  2
 SES  Var_03    C25   C4   C3   C2   -178.86  30.0  3
 SES  Var_04    C24   C13  C12  C11   178.94  30.0  3
 SES  Var_05    C4    C3   C2   C1   -178.64  30.0  3
 SES  Var_06    H11   C1   C2   C3    -58.29  30.0  3
 SES  Var_07    H111  C11  C12  C13   -60.20  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 SES  plan-1  C4    0.020
 SES  plan-1  N21   0.020
 SES  plan-1  C22   0.020
 SES  plan-1  N22   0.020
 SES  plan-1  SE1   0.020
 SES  plan-1  C24   0.020
 SES  plan-1  C25   0.020
 SES  plan-1  C13   0.020
 SES  plan-2  C22   0.020
 SES  plan-2  N22   0.020
 SES  plan-2  HN21  0.020
 SES  plan-2  HN22  0.020

