# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-1137 (Mon Aug 22 05:16:00 2012)
#   - file written: Tue Aug 28 15:26:09 2012
#
#   Inital geometry file: a 70 line input string
#   Ligand name: O-benzyl-L-serine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: AM1
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](COCc1ccccc1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
SEM        SEM 'O-benzyl-L-serine        ' L-peptide 27 14 .
2012-08-28 2012-08-28
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_SEM
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
SEM         C      C   C     .          3.7996    0.2431   -0.0157
SEM         O      O   O     .          4.5058   -0.6584    0.4387
SEM         CA     C   CH1   .          2.3859    0.1621   -0.5653
SEM         N      N   NH2   .          2.2651   -0.9424   -1.4892
SEM         CB     C   CH2   .          1.4467    0.1267    0.6634
SEM         OG     O   O2    .          0.1224    0.0900    0.1413
SEM        C'      C   CH2   .         -0.8599    0.0546    1.1814
SEM        C1'     C   CR6   .         -2.2160    0.0055    0.5602
SEM        C2'     C   CR16  .         -3.2136   -0.7568    1.1801
SEM        C3'     C   CR16  .         -4.4894   -0.8218    0.6243
SEM        C4'     C   CR16  .         -4.7779   -0.1272   -0.5506
SEM        C5'     C   CR16  .         -3.7872    0.6333   -1.1698
SEM        C6'     C   CR16  .         -2.5079    0.7015   -0.6173
SEM         OXT    O   OH1   .          4.3231    1.4980   -0.0460
SEM        HXT     H   HOH1  .          5.2248    1.4852    0.3169
SEM        HA      H   HCH1  .          2.1662    1.1095   -1.1445
SEM        H       H   HNH2  .          2.5135   -1.8075   -1.0488
SEM        H2      H   HNH2  .          1.3224   -0.9936   -1.8248
SEM        HB2     H   HCH2  .          1.6387   -0.7827    1.2919
SEM        HB3     H   HCH2  .          1.5909    1.0499    1.2827
SEM        H'1     H   HCH2  .         -0.6819   -0.8483    1.8266
SEM        H'2     H   HCH2  .         -0.7591    0.9806    1.8123
SEM        H2'     H   HCR6  .         -2.9894   -1.3060    2.1064
SEM        H3'     H   HCR6  .         -5.2700   -1.4224    1.1142
SEM        H4'     H   HCR6  .         -5.7861   -0.1801   -0.9872
SEM        H5'     H   HCR6  .         -4.0124    1.1819   -2.0963
SEM        H6'     H   HCR6  .         -1.7233    1.3014   -1.1039
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
SEM   OXT     C     single        1.360 0.020
SEM   OXT    HXT    single        0.972 0.020
SEM   C       O     double        1.232 0.020
SEM   C       CA    single        1.519 0.020
SEM   CA      N     single        1.445 0.020
SEM   CA      CB    single        1.547 0.020
SEM   CA     HA     single        1.132 0.020
SEM   N      H      single        1.002 0.020
SEM   N      H2     single        1.002 0.020
SEM   CB      OG    single        1.424 0.020
SEM   CB     HB2    single        1.122 0.020
SEM   CB     HB3    single        1.121 0.020
SEM   OG     C'     single        1.431 0.020
SEM  C'      C1'    single        1.492 0.020
SEM  C'      H'1    single        1.124 0.020
SEM  C'      H'2    single        1.125 0.020
SEM  C1'     C2'    aromatic      1.400 0.020
SEM  C1'     C6'    aromatic      1.399 0.020
SEM  C2'     C3'    aromatic      1.393 0.020
SEM  C2'     H2'    single        1.100 0.020
SEM  C3'     C4'    aromatic      1.395 0.020
SEM  C3'     H3'    single        1.100 0.020
SEM  C4'     C5'    aromatic      1.394 0.020
SEM  C4'     H4'    single        1.100 0.020
SEM  C5'     C6'    aromatic      1.395 0.020
SEM  C5'     H5'    single        1.100 0.020
SEM  C6'     H6'    single        1.101 0.020
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
SEM   OXT     C       CA          113.54 3.000
SEM   CA      C       O           128.89 3.000
SEM   OXT     C       O           117.56 3.000
SEM  HA       CA      CB          107.92 3.000
SEM  HA       CA      N           107.24 3.000
SEM   CB      CA      N           116.08 3.000
SEM  HA       CA      C           108.73 3.000
SEM   CB      CA      C           106.19 3.000
SEM   N       CA      C           110.48 3.000
SEM  H2       N      H            109.65 3.000
SEM  H2       N       CA          109.38 3.000
SEM  H        N       CA          110.99 3.000
SEM  HB3      CB     HB2          109.64 3.000
SEM  HB3      CB      OG          110.09 3.000
SEM  HB2      CB      OG          110.10 3.000
SEM  HB3      CB      CA          109.99 3.000
SEM  HB2      CB      CA          111.07 3.000
SEM   OG      CB      CA          105.90 3.000
SEM  C'       OG      CB          111.87 3.000
SEM  H'2     C'      H'1          108.97 3.000
SEM  H'2     C'      C1'          110.00 3.000
SEM  H'1     C'      C1'          110.88 3.000
SEM  H'2     C'       OG          109.01 3.000
SEM  H'1     C'       OG          109.17 3.000
SEM  C1'     C'       OG          108.78 3.000
SEM  C6'     C1'     C2'          119.67 3.000
SEM  C6'     C1'     C'           121.58 3.000
SEM  C2'     C1'     C'           118.75 3.000
SEM  H2'     C2'     C3'          119.95 3.000
SEM  H2'     C2'     C1'          119.96 3.000
SEM  C3'     C2'     C1'          120.08 3.000
SEM  H3'     C3'     C4'          120.01 3.000
SEM  H3'     C3'     C2'          119.85 3.000
SEM  C4'     C3'     C2'          120.14 3.000
SEM  H4'     C4'     C5'          120.09 3.000
SEM  H4'     C4'     C3'          120.00 3.000
SEM  C5'     C4'     C3'          119.92 3.000
SEM  H5'     C5'     C6'          119.79 3.000
SEM  H5'     C5'     C4'          120.04 3.000
SEM  C6'     C5'     C4'          120.16 3.000
SEM  H6'     C6'     C5'          120.34 3.000
SEM  H6'     C6'     C1'          119.64 3.000
SEM  C5'     C6'     C1'          120.03 3.000
SEM  HXT      OXT     C           109.67 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
SEM CONST_01      C4'     C3'     C2'     C1'           -0.05   0.0 0
SEM CONST_02      C4'     C5'     C6'     C1'            0.03   0.0 0
SEM CONST_03      C5'     C6'     C1'     C2'           -0.07   0.0 0
SEM CONST_04      C5'     C4'     C3'     C2'            0.01   0.0 0
SEM CONST_05      C6'     C1'     C2'     C3'            0.08   0.0 0
SEM CONST_06      C6'     C5'     C4'     C3'           -0.00   0.0 0
SEM CONST_07      C3'     C2'     C1'     C'           179.98   0.0 0
SEM CONST_08      C5'     C6'     C1'     C'          -179.97   0.0 0
SEM CONST_09      H3'     C3'     C2'     C1'          179.96   0.0 0
SEM CONST_10      H5'     C5'     C6'     C1'         -179.97   0.0 0
SEM CONST_11      H6'     C6'     C1'     C2'          179.95   0.0 0
SEM CONST_12      H4'     C4'     C3'     C2'         -179.99   0.0 0
SEM CONST_13      H2'     C2'     C3'     C4'         -179.98   0.0 0
SEM CONST_14       HXT     OXT     C       O            -0.00   0.0 0
SEM Var_01        C2'     C1'     C'       OG          143.75  30.0 2
SEM Var_02        C1'     C'       OG      CB         -179.51  30.0 3
SEM Var_03        HB2      CB      OG     C'            59.86  30.0 1
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
SEM chir_01   CA      C       N       CB    negativ
#
loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
SEM plan-1     C' 0.020
SEM plan-1    C1' 0.020
SEM plan-1    C2' 0.020
SEM plan-1    C3' 0.020
SEM plan-1    C4' 0.020
SEM plan-1    C5' 0.020
SEM plan-1    C6' 0.020
SEM plan-1    H2' 0.020
SEM plan-1    H3' 0.020
SEM plan-1    H4' 0.020
SEM plan-1    H5' 0.020
SEM plan-1    H6' 0.020
SEM plan-2      C 0.020
SEM plan-2      O 0.020
SEM plan-2     CA 0.020
SEM plan-2    OXT 0.020
SEM plan-2    HXT 0.020
