# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 22 23:45:51 2021
#   Inital geometry file: a 72 line input string
#   Ligand name: ~{N}-[(3~{R})-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-3-yl]ethanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)N[C@H]1CNc2ccccc2C1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 S7G  S7G  ~{N}-[(3~{R})-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-3-yl]ethanamide  ligand  28  14  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_S7G
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 S7G  N1   N  NH1   0  -0.700  50.6037  6.6036  62.2452
 S7G  C4   C  CR6   0   0.327  49.2361  6.7889  62.2724
 S7G  C5   C  CR16  0  -0.345  48.5619  7.2451  61.1333
 S7G  C6   C  CR16  0  -0.263  47.1825  7.3590  61.1253
 S7G  C7   C  CR16  0  -0.281  46.4435  7.0197  62.2526
 S7G  C8   C  CR16  0  -0.320  47.1132  6.5740  63.3835
 S7G  C10  C  CH2   0  -0.473  49.2005  5.9972  64.6718
 S7G  N    N  NH1   0  -0.614  50.5650  4.1865  63.6777
 S7G  C    C  CH3   0  -0.780  50.1690  1.8352  63.3579
 S7G  O    O  O     0  -0.508  50.1211  2.9268  65.4949
 S7G  C1   C  C     0   0.513  50.2860  3.0208  64.2850
 S7G  C2   C  CH1   0  -0.129  50.5987  5.4596  64.3684
 S7G  C3   C  CH2   0  -0.304  51.3222  6.4723  63.4915
 S7G  C9   C  CR6   0   0.053  48.4979  6.4592  63.4212
 S7G  H1   H  HNH1  0   0.383  51.0970  7.0691  61.5009
 S7G  H2   H  HCR6  0   0.251  49.1321  7.5061  60.2490
 S7G  H3   H  HCR6  0   0.248  46.6833  7.7121  60.2318
 S7G  H4   H  HCR6  0   0.242  45.3646  7.1001  62.2503
 S7G  H5   H  HCR6  0   0.242  46.5479  6.3040  64.2688
 S7G  H6   H  HCH2  0   0.253  49.3044  6.8327  65.3714
 S7G  H7   H  HCH2  0   0.257  48.6050  5.2437  65.1901
 S7G  H8   H  HNH1  0   0.400  50.6151  4.2086  62.6699
 S7G  H9   H  HCH3  0   0.259  50.3317  0.9095  63.9042
 S7G  H10  H  HCH3  0   0.268  49.1624  1.8057  62.9360
 S7G  H11  H  HCH3  0   0.254  50.8712  1.8860  62.5265
 S7G  H12  H  HCH1  0   0.268  51.1535  5.3356  65.2995
 S7G  H13  H  HCH2  0   0.260  52.3378  6.1407  63.2734
 S7G  H14  H  HCH2  0   0.238  51.3904  7.4194  64.0409

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 S7G  C5   C6   aromatic  1.384  0.020  1.384
 S7G  C5   C4   aromatic  1.400  0.020  1.400
 S7G  C6   C7   aromatic  1.390  0.020  1.390
 S7G  C7   C8   aromatic  1.388  0.020  1.388
 S7G  N1   C4   single    1.380  0.020  1.380
 S7G  N1   C3   single    1.445  0.020  1.445
 S7G  C4   C9   aromatic  1.405  0.020  1.405
 S7G  C8   C9   aromatic  1.390  0.020  1.390
 S7G  C3   C2   single    1.522  0.020  1.522
 S7G  C9   C10  single    1.507  0.020  1.507
 S7G  N    C2   single    1.449  0.020  1.449
 S7G  N    C1   single    1.344  0.020  1.344
 S7G  C    C1   single    1.510  0.020  1.510
 S7G  C2   C10  single    1.528  0.020  1.528
 S7G  C1   O    double    1.225  0.020  1.225
 S7G  N1   H1   single    0.890  0.020  1.040
 S7G  C5   H2   single    0.930  0.020  1.080
 S7G  C6   H3   single    0.930  0.020  1.080
 S7G  C7   H4   single    0.930  0.020  1.080
 S7G  C8   H5   single    0.930  0.020  1.080
 S7G  C10  H6   single    0.970  0.020  1.090
 S7G  C10  H7   single    0.970  0.020  1.090
 S7G  N    H8   single    0.860  0.020  1.020
 S7G  C    H9   single    0.970  0.020  1.090
 S7G  C    H10  single    0.970  0.020  1.090
 S7G  C    H11  single    0.970  0.020  1.090
 S7G  C2   H12  single    0.970  0.020  1.090
 S7G  C3   H13  single    0.970  0.020  1.090
 S7G  C3   H14  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 S7G  H1   N1   C3   115.86  3.000
 S7G  H1   N1   C4   115.97  3.000
 S7G  C3   N1   C4   119.21  3.000
 S7G  C9   C4   C5   119.26  3.000
 S7G  C9   C4   N1   120.35  3.000
 S7G  C5   C4   N1   120.32  3.000
 S7G  H2   C5   C6   119.98  3.000
 S7G  H2   C5   C4   119.26  3.000
 S7G  C6   C5   C4   120.76  3.000
 S7G  H3   C6   C7   120.25  3.000
 S7G  H3   C6   C5   119.41  3.000
 S7G  C7   C6   C5   120.34  3.000
 S7G  H4   C7   C8   120.46  3.000
 S7G  H4   C7   C6   120.68  3.000
 S7G  C8   C7   C6   118.86  3.000
 S7G  H5   C8   C9   118.45  3.000
 S7G  H5   C8   C7   119.58  3.000
 S7G  C9   C8   C7   121.97  3.000
 S7G  H7   C10  H6   105.98  3.000
 S7G  H7   C10  C9   110.57  3.000
 S7G  H6   C10  C9   109.92  3.000
 S7G  H7   C10  C2   110.52  3.000
 S7G  H6   C10  C2   107.97  3.000
 S7G  C9   C10  C2   111.69  3.000
 S7G  H8   N    C2   117.10  3.000
 S7G  H8   N    C1   118.73  3.000
 S7G  C2   N    C1   123.48  3.000
 S7G  H11  C    H10  107.49  3.000
 S7G  H11  C    H9   109.07  3.000
 S7G  H10  C    H9   108.00  3.000
 S7G  H11  C    C1   112.47  3.000
 S7G  H10  C    C1   109.27  3.000
 S7G  H9   C    C1   110.40  3.000
 S7G  O    C1   C    122.42  3.000
 S7G  O    C1   N    122.75  3.000
 S7G  C    C1   N    114.82  3.000
 S7G  H12  C2   C3   109.00  3.000
 S7G  H12  C2   N    108.60  3.000
 S7G  C3   C2   N    108.73  3.000
 S7G  H12  C2   C10  109.62  3.000
 S7G  N    C2   C10  112.48  3.000
 S7G  C3   C2   C10  108.36  3.000
 S7G  H14  C3   H13  107.75  3.000
 S7G  H14  C3   C2   108.38  3.000
 S7G  H13  C3   C2   110.83  3.000
 S7G  H14  C3   N1   112.61  3.000
 S7G  H13  C3   N1   108.56  3.000
 S7G  C2   C3   N1   108.73  3.000
 S7G  C10  C9   C8   120.82  3.000
 S7G  C10  C9   C4   120.38  3.000
 S7G  C8   C9   C4   118.81  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 S7G  CONST_01  C7  C6   C5  C4    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_02  C7  C8   C9  C4    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_03  C8  C7   C6  C5    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_04  C8  C9   C4  C5    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_05  C9  C4   C5  C6    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_06  C9  C8   C7  C6    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_07  H2  C5   C4  N1    0.00   0.0  0
 S7G  CONST_08  H3  C6   C5  C4  180.00   0.0  0
 S7G  CONST_09  H5  C8   C9  C4  180.00   0.0  0
 S7G  CONST_10  H4  C7   C6  C5  180.00   0.0  0
 S7G  CONST_11  C2  N    C1  C   180.00   0.0  0
 S7G  CONST_12  C2  N    C1  O     0.00   0.0  0
 S7G  CONST_13  H8  N    C1  C     0.00   0.0  0
 S7G  Var_01    C2  C3   N1  C4   48.33  30.0  1
 S7G  Var_02    C2  C10  C9  C4  -21.21  30.0  1
 S7G  Var_03    C3  N1   C4  C5  164.12  30.0  1
 S7G  Var_04    H9  C    C1  N   157.95  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 S7G  chir_01  C2  C3  N  C10  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 S7G  plan-1  N    0.020
 S7G  plan-1  C    0.020
 S7G  plan-1  O    0.020
 S7G  plan-1  C1   0.020
 S7G  plan-1  C2   0.020
 S7G  plan-1  H8   0.020
 S7G  plan-2  N1   0.020
 S7G  plan-2  C4   0.020
 S7G  plan-2  C5   0.020
 S7G  plan-2  C6   0.020
 S7G  plan-2  C7   0.020
 S7G  plan-2  C8   0.020
 S7G  plan-2  C10  0.020
 S7G  plan-2  C9   0.020
 S7G  plan-2  H2   0.020
 S7G  plan-2  H3   0.020
 S7G  plan-2  H4   0.020
 S7G  plan-2  H5   0.020

