# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 21:24:40 2022
#   Inital geometry file: a 139 line input string
#   Ligand name: ~{N}'-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]-~{N}-[4-[4,5,6,7-tetrakis(bromanyl)benzimidazol-1-yl]butyl]butanediamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Clc1ccc(CCNC(=O)CCC(=O)NCCCCn2cnc3c(Br)c(Br)c(Br)c(Br)c23)cc1Cl
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 RXE  RXE  ~{N}'-[2-(3,4-dichlorophenyl)ethyl]-~{N}-[4-[4,5,6,7-tetrakis(bromanyl)benzimidazol-1-yl]butyl]butanediamide  ligand  57  35  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_RXE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 RXE  C02  C   CR6   0  -0.020  -6.4661  -33.2268  31.4071
 RXE  C03  C   CR16  0  -0.198  -5.9711  -33.8730  30.2844
 RXE  C04  C   CR16  0  -0.304  -5.4221  -35.1393  30.3991
 RXE  C05  C   CR6   0   0.126  -5.3573  -35.7828  31.6314
 RXE  C06  C   CR16  0  -0.267  -5.8540  -35.1253  32.7515
 RXE  C07  C   CR6   0   0.023  -6.4069  -33.8586  32.6439
 RXE  C09  C   CH2   0  -0.521  -4.7203  -37.1341  31.7714
 RXE  C10  C   CH2   0  -0.282  -3.2203  -37.0061  32.0641
 RXE  C12  C   C     0   0.548  -2.6277  -38.9014  33.4834
 RXE  C14  C   CH2   0  -0.545  -1.9498  -40.2513  33.6089
 RXE  C15  C   CH2   0  -0.624  -1.2985  -40.8472  32.3687
 RXE  C16  C   C     0   0.572  -0.6078  -42.1605  32.6915
 RXE  C19  C   CH2   0  -0.276  -0.1674  -44.4409  31.8952
 RXE  C20  C   CH2   0  -0.438   1.2656  -44.5107  31.3777
 RXE  C21  C   CH2   0  -0.441   1.8219  -45.9212  31.5192
 RXE  C22  C   CH2   0  -0.348   3.2302  -46.1152  30.9754
 RXE  C24  C   CR15  0   0.133   2.8164  -46.7561  28.6484
 RXE  C26  C   CR56  0   0.204   3.4430  -45.1387  27.4645
 RXE  C27  C   CR56  0   0.436   3.7373  -44.7822  28.7964
 RXE  C28  C   CR6   0  -0.143   4.3540  -43.5606  29.0775
 RXE  C30  C   CR6   0  -0.120   4.6513  -42.7158  28.0105
 RXE  C32  C   CR6   0  -0.104   4.3451  -43.0702  26.6793
 RXE  C34  C   CR6   0  -0.206   3.7392  -44.2840  26.4073
 RXE  N11  N   NH1   0  -0.641  -2.5832  -38.2819  32.2922
 RXE  N18  N   NH1   0  -0.637  -0.7665  -43.1303  31.7775
 RXE  N23  N   NR5   0  -0.512   3.3148  -45.8615  29.5380
 RXE  N25  N   N     0  -0.431   2.8719  -46.3733  27.4089
 RXE  O13  O   O     0  -0.505  -3.1800  -38.4039  34.4563
 RXE  O17  O   O     0  -0.494   0.0484  -42.3103  33.7130
 RXE  BR2  BR  BR    0   0.041   5.4886  -41.0721  28.3423
 RXE  BR3  BR  BR    0   0.037   4.7632  -41.9110  25.2692
 RXE  BR4  BR  BR    0   0.030   3.2959  -44.8384  24.6816
 RXE  CL1  CL  CL    0  -0.101  -7.1501  -31.6526  31.2536
 RXE  CL2  CL  CL    0  -0.101  -7.0240  -33.0848  34.0552
 RXE  H1   H   HCR6  0   0.285  -6.0194  -33.3835  29.3211
 RXE  H2   H   HCR6  0   0.265  -5.0430  -35.6328  29.5127
 RXE  H3   H   HCR6  0   0.280  -5.8155  -35.6054  33.7215
 RXE  H4   H   HCH2  0   0.259  -5.1966  -37.6873  32.5826
 RXE  H5   H   HCH2  0   0.255  -4.8601  -37.7140  30.8569
 RXE  H6   H   HCH2  0   0.259  -2.7188  -36.5253  31.2239
 RXE  H7   H   HCH2  0   0.249  -3.0675  -36.3688  32.9356
 RXE  H8   H   HCH2  0   0.271  -2.7071  -40.9380  33.9959
 RXE  H9   H   HCH2  0   0.273  -1.2082  -40.1484  34.4031
 RXE  H10  H   HCH2  0   0.278  -0.5300  -40.1721  31.9780
 RXE  H11  H   HCH2  0   0.265  -2.0323  -40.9887  31.5720
 RXE  H12  H   HCH2  0   0.249  -0.7946  -45.1375  31.3370
 RXE  H13  H   HCH2  0   0.240  -0.2024  -44.7538  32.9402
 RXE  H14  H   HCH2  0   0.234   1.8885  -43.8048  31.9316
 RXE  H15  H   HCH2  0   0.230   1.2802  -44.1967  30.3302
 RXE  H16  H   HCH2  0   0.238   1.1499  -46.6340  31.0307
 RXE  H17  H   HCH2  0   0.250   1.8472  -46.2042  32.5751
 RXE  H18  H   HCH2  0   0.289   3.5446  -47.1477  31.1291
 RXE  H19  H   HCH2  0   0.280   3.9483  -45.4957  31.4989
 RXE  H20  H   HCR5  0   0.308   2.4197  -47.7034  28.9868
 RXE  H21  H   HNH1  0   0.413  -2.1657  -38.7418  31.5006
 RXE  H22  H   HNH1  0   0.400  -1.3043  -42.9316  30.9502
 RXE  BR1  BR  BR    0   0.043   4.8010  -43.0561  30.8244

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 RXE  BR4  C34  single    1.866  0.020  1.866
 RXE  BR3  C32  single    1.873  0.020  1.873
 RXE  C34  C32  aromatic  1.384  0.020  1.384
 RXE  C34  C26  aromatic  1.391  0.020  1.391
 RXE  C32  C30  aromatic  1.411  0.020  1.411
 RXE  N25  C26  aromatic  1.361  0.020  1.361
 RXE  N25  C24  aromatic  1.299  0.020  1.299
 RXE  C26  C27  aromatic  1.410  0.020  1.410
 RXE  C30  BR2  single    1.874  0.020  1.874
 RXE  C30  C28  aromatic  1.393  0.020  1.393
 RXE  C24  N23  aromatic  1.356  0.020  1.356
 RXE  C27  C28  aromatic  1.397  0.020  1.397
 RXE  C27  N23  aromatic  1.376  0.020  1.376
 RXE  C28  BR1  single    1.872  0.020  1.872
 RXE  N23  C22  single    1.462  0.020  1.462
 RXE  C03  C04  aromatic  1.385  0.020  1.385
 RXE  C03  C02  aromatic  1.387  0.020  1.387
 RXE  C04  C05  aromatic  1.392  0.020  1.392
 RXE  C22  C21  single    1.522  0.020  1.522
 RXE  CL1  C02  single    1.723  0.020  1.723
 RXE  C20  C21  single    1.523  0.020  1.523
 RXE  C20  C19  single    1.525  0.020  1.525
 RXE  C02  C07  aromatic  1.390  0.020  1.390
 RXE  C05  C09  single    1.501  0.020  1.501
 RXE  C05  C06  aromatic  1.391  0.020  1.391
 RXE  N18  C19  single    1.446  0.020  1.446
 RXE  N18  C16  single    1.342  0.020  1.342
 RXE  C09  C10  single    1.534  0.020  1.534
 RXE  C10  N11  single    1.444  0.020  1.444
 RXE  C07  C06  aromatic  1.386  0.020  1.386
 RXE  C07  CL2  single    1.724  0.020  1.724
 RXE  N11  C12  single    1.343  0.020  1.343
 RXE  C15  C16  single    1.519  0.020  1.519
 RXE  C15  C14  single    1.522  0.020  1.522
 RXE  C16  O17  double    1.223  0.020  1.223
 RXE  C12  C14  single    1.516  0.020  1.516
 RXE  C12  O13  double    1.224  0.020  1.224
 RXE  C03  H1   single    0.930  0.020  1.080
 RXE  C04  H2   single    0.930  0.020  1.080
 RXE  C06  H3   single    0.930  0.020  1.080
 RXE  C09  H4   single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C09  H5   single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C10  H6   single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C10  H7   single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C14  H8   single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C14  H9   single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C15  H10  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C15  H11  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C19  H12  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C19  H13  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C20  H14  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C20  H15  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C21  H16  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C21  H17  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C22  H18  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C22  H19  single    0.970  0.020  1.090
 RXE  C24  H20  single    0.930  0.020  1.080
 RXE  N11  H21  single    0.860  0.020  1.020
 RXE  N18  H22  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 RXE  CL1  C02  C07  120.76  3.000
 RXE  C07  C02  C03  119.56  3.000
 RXE  CL1  C02  C03  119.68  3.000
 RXE  H1   C03  C04  120.35  3.000
 RXE  H1   C03  C02  119.62  3.000
 RXE  C04  C03  C02  120.03  3.000
 RXE  H2   C04  C05  119.85  3.000
 RXE  H2   C04  C03  119.18  3.000
 RXE  C05  C04  C03  120.97  3.000
 RXE  C09  C05  C06  120.15  3.000
 RXE  C06  C05  C04  118.55  3.000
 RXE  C09  C05  C04  121.25  3.000
 RXE  H3   C06  C07  119.26  3.000
 RXE  H3   C06  C05  119.94  3.000
 RXE  C07  C06  C05  120.80  3.000
 RXE  CL2  C07  C06  119.30  3.000
 RXE  CL2  C07  C02  120.61  3.000
 RXE  C06  C07  C02  120.09  3.000
 RXE  H5   C09  H4   107.31  3.000
 RXE  H5   C09  C10  109.23  3.000
 RXE  H4   C09  C10  109.11  3.000
 RXE  H5   C09  C05  110.23  3.000
 RXE  H4   C09  C05  109.91  3.000
 RXE  C10  C09  C05  110.97  3.000
 RXE  H7   C10  H6   107.08  3.000
 RXE  H7   C10  N11  109.16  3.000
 RXE  H6   C10  N11  107.96  3.000
 RXE  H7   C10  C09  109.78  3.000
 RXE  H6   C10  C09  109.85  3.000
 RXE  N11  C10  C09  112.82  3.000
 RXE  O13  C12  N11  122.15  3.000
 RXE  O13  C12  C14  119.86  3.000
 RXE  N11  C12  C14  117.99  3.000
 RXE  H9   C14  H8   105.80  3.000
 RXE  H9   C14  C15  109.81  3.000
 RXE  H8   C14  C15  109.81  3.000
 RXE  H9   C14  C12  106.27  3.000
 RXE  H8   C14  C12  106.20  3.000
 RXE  C15  C14  C12  118.20  3.000
 RXE  H11  C15  H10  106.92  3.000
 RXE  H11  C15  C16  110.40  3.000
 RXE  H10  C15  C16  106.85  3.000
 RXE  H11  C15  C14  110.94  3.000
 RXE  H10  C15  C14  110.47  3.000
 RXE  C16  C15  C14  111.10  3.000
 RXE  O17  C16  N18  122.93  3.000
 RXE  O17  C16  C15  121.83  3.000
 RXE  N18  C16  C15  115.24  3.000
 RXE  H13  C19  H12  106.76  3.000
 RXE  H13  C19  N18  108.94  3.000
 RXE  H12  C19  N18  107.40  3.000
 RXE  H13  C19  C20  109.99  3.000
 RXE  H12  C19  C20  109.72  3.000
 RXE  N18  C19  C20  113.77  3.000
 RXE  H15  C20  H14  107.01  3.000
 RXE  H15  C20  C21  110.49  3.000
 RXE  H14  C20  C21  110.07  3.000
 RXE  H15  C20  C19  108.93  3.000
 RXE  H14  C20  C19  109.52  3.000
 RXE  C21  C20  C19  110.74  3.000
 RXE  H17  C21  H16  106.06  3.000
 RXE  H17  C21  C22  106.89  3.000
 RXE  H16  C21  C22  108.99  3.000
 RXE  H17  C21  C20  109.75  3.000
 RXE  H16  C21  C20  109.72  3.000
 RXE  C22  C21  C20  115.02  3.000
 RXE  H19  C22  H18  106.40  3.000
 RXE  H19  C22  N23  109.72  3.000
 RXE  H18  C22  N23  106.63  3.000
 RXE  H19  C22  C21  111.58  3.000
 RXE  H18  C22  C21  109.71  3.000
 RXE  N23  C22  C21  112.50  3.000
 RXE  H20  C24  N25  124.93  3.000
 RXE  H20  C24  N23  120.49  3.000
 RXE  N25  C24  N23  114.57  3.000
 RXE  N25  C26  C34  127.98  3.000
 RXE  N25  C26  C27  110.82  3.000
 RXE  C34  C26  C27  121.20  3.000
 RXE  N23  C27  C28  135.48  3.000
 RXE  N23  C27  C26  104.28  3.000
 RXE  C28  C27  C26  120.22  3.000
 RXE  BR1  C28  C30  120.02  3.000
 RXE  BR1  C28  C27  121.91  3.000
 RXE  C30  C28  C27  118.06  3.000
 RXE  BR2  C30  C32  118.96  3.000
 RXE  BR2  C30  C28  119.44  3.000
 RXE  C32  C30  C28  121.60  3.000
 RXE  BR3  C32  C34  119.53  3.000
 RXE  C34  C32  C30  120.05  3.000
 RXE  BR3  C32  C30  120.42  3.000
 RXE  BR4  C34  C32  123.12  3.000
 RXE  C32  C34  C26  118.87  3.000
 RXE  BR4  C34  C26  118.01  3.000
 RXE  H21  N11  C12  120.04  3.000
 RXE  H21  N11  C10  117.55  3.000
 RXE  C12  N11  C10  122.19  3.000
 RXE  H22  N18  C19  117.85  3.000
 RXE  H22  N18  C16  118.71  3.000
 RXE  C19  N18  C16  123.41  3.000
 RXE  C27  N23  C24  106.07  3.000
 RXE  C27  N23  C22  133.14  3.000
 RXE  C24  N23  C22  120.60  3.000
 RXE  C26  N25  C24  104.26  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 RXE  CONST_01  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_02  C05  C06  C07  C02     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_03  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_04  C06  C07  C02  C03     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_05  C07  C02  C03  C04     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_06  C07  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_07  C34  C26  N25  C24   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_08  C27  C26  N25  C24     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_09  C26  C27  N23  C24     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_10  C28  C27  N23  C24   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_11  C30  C32  C34  C26     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_12  N23  C24  N25  C26     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_13  C30  C28  C27  C26     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_14  C32  C34  C26  C27     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_15  C32  C30  C28  C27     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_16  N25  C24  N23  C27     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_17  C34  C32  C30  C28     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_18  C34  C26  C27  C28     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_19  N25  C26  C27  C28   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_20  N23  C27  C28  C30   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_21  N25  C26  C34  C32   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_22  N23  C27  C26  C34   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_23  N25  C26  C27  N23     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_24  C09  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_25  CL2  C07  C02  C03   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_26  CL1  C02  C03  C04   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_27  CL2  C07  C06  C05   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_28  CL1  C02  C07  C06   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_29  C09  C05  C06  C07   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_30  N25  C24  N23  C22   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_31  C26  C27  N23  C22   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_32  C28  C27  N23  C22     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_33  BR3  C32  C34  C26   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_34  BR1  C28  C27  C26   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_35  BR4  C34  C26  C27   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_36  BR2  C30  C28  C27   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_37  BR3  C32  C30  C28   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_38  BR4  C34  C32  C30   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_39  BR1  C28  C30  C32   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_40  BR2  C30  C32  C34   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_41  BR1  C28  C27  N23     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_42  BR4  C34  C26  N25     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_43  H2   C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_44  H3   C06  C07  C02   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_45  H1   C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_46  H20  C24  N25  C26   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_47  C14  C12  N11  C10   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_48  O13  C12  N11  C10     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_49  C19  N18  C16  C15   180.00   0.0  0
 RXE  CONST_50  O17  C16  N18  C19     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_51  H21  N11  C12  C14     0.00   0.0  0
 RXE  CONST_52  H22  N18  C16  C15     0.00   0.0  0
 RXE  Var_01    C10  C09  C05  C04    89.30  30.0  2
 RXE  Var_02    C24  N23  C22  C21   -74.22  30.0  1
 RXE  Var_03    N11  C10  C09  C05   176.24  30.0  3
 RXE  Var_04    N23  C22  C21  C20   -62.02  30.0  2
 RXE  Var_05    C12  N11  C10  C09   -82.01  30.0  3
 RXE  Var_06    C16  C15  C14  C12   177.02  30.0  1
 RXE  Var_07    N18  C16  C15  C14   138.66  30.0  3
 RXE  Var_08    N11  C12  C14  C15    -1.98  30.0  1
 RXE  Var_09    C20  C19  N18  C16   -84.82  30.0  3
 RXE  Var_10    C22  C21  C20  C19   177.48  30.0  3
 RXE  Var_11    N18  C19  C20  C21  -179.33  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 RXE  plan-1  C02  0.020
 RXE  plan-1  C03  0.020
 RXE  plan-1  C04  0.020
 RXE  plan-1  C05  0.020
 RXE  plan-1  C06  0.020
 RXE  plan-1  C07  0.020
 RXE  plan-1  C09  0.020
 RXE  plan-1  CL1  0.020
 RXE  plan-1  CL2  0.020
 RXE  plan-1  H1   0.020
 RXE  plan-1  H2   0.020
 RXE  plan-1  H3   0.020
 RXE  plan-2  C22  0.020
 RXE  plan-2  C24  0.020
 RXE  plan-2  C26  0.020
 RXE  plan-2  C27  0.020
 RXE  plan-2  C28  0.020
 RXE  plan-2  C30  0.020
 RXE  plan-2  C32  0.020
 RXE  plan-2  C34  0.020
 RXE  plan-2  N23  0.020
 RXE  plan-2  N25  0.020
 RXE  plan-2  BR2  0.020
 RXE  plan-2  BR3  0.020
 RXE  plan-2  BR4  0.020
 RXE  plan-2  H20  0.020
 RXE  plan-2  BR1  0.020
 RXE  plan-3  C10  0.020
 RXE  plan-3  C12  0.020
 RXE  plan-3  C14  0.020
 RXE  plan-3  N11  0.020
 RXE  plan-3  O13  0.020
 RXE  plan-3  H21  0.020
 RXE  plan-4  C15  0.020
 RXE  plan-4  C16  0.020
 RXE  plan-4  C19  0.020
 RXE  plan-4  N18  0.020
 RXE  plan-4  O17  0.020
 RXE  plan-4  H22  0.020

