# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 18:20:22 2022
#   Inital geometry file: a 116 line input string
#   Ligand name: 3-[[(3-carboxyphenyl)methyl-[2-(oxidanylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]methyl]benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: ONC(=O)CN(Cc1cccc(c1)C(O)=O)Cc2cccc(c2)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 RUE  RUE  '3-[[(3-carboxyphenyl)methyl-[2-(oxidanylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]methyl]benzoic acid'  ligand  42  26  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_RUE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 RUE  C03   C  C      0   0.507   8.6808  44.6759  14.3190
 RUE  C05   C  CH2    0  -0.438   9.6063  45.8731  14.1307
 RUE  C07   C  CH2    0  -0.340   9.6464  45.7486  11.7062
 RUE  C08   C  CR6    0   0.104  10.9970  45.0807  11.6790
 RUE  C09   C  CR16   0  -0.318  11.1026  43.7013  11.5476
 RUE  C10   C  CR16   0  -0.229  12.3524  43.0950  11.4977
 RUE  C11   C  CR16   0  -0.306  13.5020  43.8640  11.5843
 RUE  C12   C  CR6    0  -0.081  13.4206  45.2493  11.7261
 RUE  C13   C  CR16   0  -0.335  12.1619  45.8389  11.7717
 RUE  C14   C  C      0   0.393  14.6874  46.0961  11.8271
 RUE  C17   C  CH2    0  -0.326   8.2756  47.4288  12.7671
 RUE  C18   C  CR6    0   0.098   8.2229  48.4690  13.8524
 RUE  C19   C  CR16   0  -0.299   9.2225  49.4357  13.9415
 RUE  C20   C  CR16   0  -0.230   9.1723  50.4003  14.9360
 RUE  C21   C  CR16   0  -0.308   8.1297  50.4050  15.8546
 RUE  C22   C  CR6    0  -0.080   7.1246  49.4448  15.7905
 RUE  C23   C  CR16   0  -0.348   7.1910  48.4838  14.7828
 RUE  C24   C  C      0   0.393   5.9842  49.4339  16.8062
 RUE  N02   N  NH1    0  -0.369   9.3356  43.5415  14.6246
 RUE  N06   N  NT     0  -0.407   9.4547  46.5809  12.8797
 RUE  O01   O  OH1    0  -0.541   8.6523  42.4156  14.9695
 RUE  O04   O  O      0  -0.469   7.4690  44.7362  14.1946
 RUE  O15   O  OC    -1  -0.589  15.7693  45.4879  11.7172
 RUE  O16   O  O      0  -0.586  14.5282  47.3183  12.0090
 RUE  O25   O  O      0  -0.589   6.0068  50.3270  17.6742
 RUE  O26   O  OC    -1  -0.587   5.1328  48.5322  16.6810
 RUE  H052  H  HCH2   0   0.264  10.6504  45.5692  14.2387
 RUE  H051  H  HCH2   0   0.284   9.4102  46.5644  14.9540
 RUE  H071  H  HCH2   0   0.253   9.5546  46.3999  10.8316
 RUE  H072  H  HCH2   0   0.218   8.8612  44.9841  11.5921
 RUE  H091  H  HCR6   0   0.242  10.2045  43.0977  11.4852
 RUE  H101  H  HCR6   0   0.243  12.4255  42.0193  11.3952
 RUE  H111  H  HCR6   0   0.238  14.4737  43.3901  11.5448
 RUE  H131  H  HCR6   0   0.230  12.0840  46.9135  11.8854
 RUE  H172  H  HCH2   0   0.241   8.3456  47.9340  11.7987
 RUE  H171  H  HCH2   0   0.224   7.3364  46.8638  12.7510
 RUE  H191  H  HCR6   0   0.241  10.0394  49.4341  13.2289
 RUE  H201  H  HCR6   0   0.242   9.9483  51.1535  14.9964
 RUE  H211  H  HCR6   0   0.238   8.0957  51.1602  16.6289
 RUE  H231  H  HCR6   0   0.232   6.4190  47.7259  14.7253
 RUE  H021  H  HNH1   0   0.415  10.3312  43.5059  14.7887
 RUE  H011  H  HOH1   0   0.475   8.5537  41.9008  14.1574

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 RUE  O16  C14   deloc     1.246  0.020  1.246
 RUE  C14  C12   single    1.527  0.020  1.527
 RUE  C14  O15   deloc     1.246  0.020  1.246
 RUE  C12  C11   aromatic  1.395  0.020  1.395
 RUE  C12  C13   aromatic  1.391  0.020  1.391
 RUE  C11  C10   aromatic  1.386  0.020  1.386
 RUE  C13  C08   aromatic  1.393  0.020  1.393
 RUE  C10  C09   aromatic  1.390  0.020  1.390
 RUE  C08  C09   aromatic  1.390  0.020  1.390
 RUE  C08  C07   single    1.507  0.020  1.507
 RUE  C07  N06   single    1.451  0.020  1.451
 RUE  C17  N06   single    1.457  0.020  1.457
 RUE  C17  C18   single    1.504  0.020  1.504
 RUE  N06  C05   single    1.445  0.020  1.445
 RUE  C18  C23   aromatic  1.389  0.020  1.389
 RUE  C18  C19   aromatic  1.393  0.020  1.393
 RUE  O04  C03   double    1.220  0.020  1.220
 RUE  C23  C22   aromatic  1.394  0.020  1.394
 RUE  C03  C05   single    1.525  0.020  1.525
 RUE  C03  N02   single    1.345  0.020  1.345
 RUE  O01  N02   single    1.361  0.020  1.361
 RUE  C19  C20   aromatic  1.386  0.020  1.386
 RUE  C22  C24   single    1.527  0.020  1.527
 RUE  C22  C21   aromatic  1.392  0.020  1.392
 RUE  C24  O25   deloc     1.246  0.020  1.246
 RUE  C24  O26   deloc     1.246  0.020  1.246
 RUE  C20  C21   aromatic  1.390  0.020  1.390
 RUE  C05  H052  single    0.970  0.020  1.090
 RUE  C05  H051  single    0.970  0.020  1.090
 RUE  C07  H071  single    0.970  0.020  1.090
 RUE  C07  H072  single    0.970  0.020  1.090
 RUE  C09  H091  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C10  H101  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C11  H111  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C13  H131  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C17  H172  single    0.970  0.020  1.090
 RUE  C17  H171  single    0.970  0.020  1.090
 RUE  C19  H191  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C20  H201  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C21  H211  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  C23  H231  single    0.930  0.020  1.080
 RUE  N02  H021  single    0.860  0.020  1.020
 RUE  O01  H011  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 RUE  O04   C03  N02   123.27  3.000
 RUE  N02   C03  C05   113.25  3.000
 RUE  O04   C03  C05   123.47  3.000
 RUE  H051  C05  H052  105.83  3.000
 RUE  H051  C05  N06   108.87  3.000
 RUE  H052  C05  N06   108.78  3.000
 RUE  H051  C05  C03   107.14  3.000
 RUE  H052  C05  C03   110.45  3.000
 RUE  N06   C05  C03   115.32  3.000
 RUE  H072  C07  H071  105.69  3.000
 RUE  H072  C07  N06   112.80  3.000
 RUE  H071  C07  N06   107.08  3.000
 RUE  H072  C07  C08   109.23  3.000
 RUE  H071  C07  C08   108.94  3.000
 RUE  N06   C07  C08   112.77  3.000
 RUE  C13   C08  C09   118.88  3.000
 RUE  C09   C08  C07   120.65  3.000
 RUE  C13   C08  C07   120.47  3.000
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 RUE  H091  C09  C08   119.68  3.000
 RUE  C10   C09  C08   120.31  3.000
 RUE  H101  C10  C11   120.07  3.000
 RUE  H101  C10  C09   119.83  3.000
 RUE  C11   C10  C09   120.10  3.000
 RUE  H111  C11  C12   119.41  3.000
 RUE  H111  C11  C10   119.98  3.000
 RUE  C12   C11  C10   120.60  3.000
 RUE  C14   C12  C13   120.90  3.000
 RUE  C13   C12  C11   118.50  3.000
 RUE  C14   C12  C11   120.60  3.000
 RUE  H131  C13  C12   119.28  3.000
 RUE  H131  C13  C08   119.12  3.000
 RUE  C12   C13  C08   121.60  3.000
 RUE  O16   C14  O15   127.07  3.000
 RUE  O15   C14  C12   116.34  3.000
 RUE  O16   C14  C12   116.59  3.000
 RUE  H171  C17  H172  106.25  3.000
 RUE  H171  C17  N06   113.24  3.000
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 RUE  H171  C17  C18   109.70  3.000
 RUE  H172  C17  C18   108.75  3.000
 RUE  N06   C17  C18   112.03  3.000
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 RUE  H191  C19  C20   119.99  3.000
 RUE  H191  C19  C18   119.84  3.000
 RUE  C20   C19  C18   120.17  3.000
 RUE  H201  C20  C21   119.89  3.000
 RUE  H201  C20  C19   119.86  3.000
 RUE  C21   C20  C19   120.25  3.000
 RUE  H211  C21  C22   119.46  3.000
 RUE  H211  C21  C20   119.93  3.000
 RUE  C22   C21  C20   120.61  3.000
 RUE  C24   C22  C23   120.75  3.000
 RUE  C24   C22  C21   120.91  3.000
 RUE  C23   C22  C21   118.33  3.000
 RUE  H231  C23  C22   119.12  3.000
 RUE  H231  C23  C18   119.09  3.000
 RUE  C22   C23  C18   121.78  3.000
 RUE  O26   C24  O25   126.95  3.000
 RUE  O26   C24  C22   116.65  3.000
 RUE  O25   C24  C22   116.41  3.000
 RUE  H021  N02  O01   115.13  3.000
 RUE  H021  N02  C03   123.14  3.000
 RUE  O01   N02  C03   120.71  3.000
 RUE  C17   N06  C07   112.22  3.000
 RUE  C17   N06  C05   115.91  3.000
 RUE  C07   N06  C05   113.90  3.000
 RUE  H011  O01  N02   106.19  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 RUE  CONST_01  C11   C12  C13  C08     0.00   0.0  0
 RUE  CONST_02  C11   C10  C09  C08     0.00   0.0  0
 RUE  CONST_03  C12   C11  C10  C09     0.00   0.0  0
 RUE  CONST_04  C12   C13  C08  C09     0.00   0.0  0
 RUE  CONST_05  C13   C12  C11  C10     0.00   0.0  0
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 RUE  CONST_07  C21   C22  C23  C18     0.00   0.0  0
 RUE  CONST_08  C21   C20  C19  C18     0.00   0.0  0
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 RUE  CONST_11  C23   C18  C19  C20     0.00   0.0  0
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 RUE  CONST_13  C12   C13  C08  C07   180.00   0.0  0
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 RUE  CONST_16  C14   C12  C11  C10   180.00   0.0  0
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 RUE  CONST_29  O01   N02  C03  C05   180.00   0.0  0
 RUE  CONST_30  O04   C03  N02  O01     0.00   0.0  0
 RUE  CONST_31  H021  N02  C03  C05     0.00   0.0  0
 RUE  Var_01    N06   C07  C08  C09   125.30  30.0  2
 RUE  Var_02    O16   C14  C12  C11  -177.05  30.0  2
 RUE  Var_03    N06   C17  C18  C19    62.57  30.0  2
 RUE  Var_04    O25   C24  C22  C21     0.39  30.0  2
 RUE  Var_05    C08   C07  N06  C05   -57.55  30.0  1
 RUE  Var_06    C18   C17  N06  C05    57.66  30.0  1
 RUE  Var_07    C07   N06  C05  C03   -57.55  30.0  3
 RUE  Var_08    N06   C05  C03  N02   126.33  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 RUE  plan-1  C07   0.020
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 RUE  plan-5  O25   0.020
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