# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Mar 22 04:04:31 2022
#   Inital geometry file: a 83 line input string
#   Ligand name: 3-{[(1R)-1-benzyl-2-sulfanylethyl]amino}-3-oxopropanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)CC(=O)N[C@@H](CS)Cc1ccccc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 RRT  RRT  '3-{[(1R)-1-benzyl-2-sulfanylethyl]amino}-3-oxopropanoic acid'  ligand  31  17  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_RRT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 RRT  SG    S  S2     0  -0.229   2.0792   2.8640   0.1370
 RRT  CB2   C  CH2    0  -0.558   0.3683   2.8960  -0.4957
 RRT  CA1   C  CH1    0  -0.067  -0.3445   1.6068  -0.1105
 RRT  CB1   C  CH2    0  -0.510  -1.7631   1.5948  -0.7051
 RRT  CG    C  CR6    0   0.154  -2.5226   0.3578  -0.3242
 RRT  CD1   C  CR16   0  -0.303  -3.2417   0.3092   0.8676
 RRT  CD2   C  CR16   0  -0.305  -2.4851  -0.7809  -1.1245
 RRT  CE1   C  CR16   0  -0.242  -3.9080  -0.8458   1.2519
 RRT  CE2   C  CR16   0  -0.241  -3.1460  -1.9412  -0.7430
 RRT  CZ    C  CR16   0  -0.274  -3.8607  -1.9772   0.4468
 RRT  O1    O  O      0  -0.507   0.4142  -0.6563   1.4295
 RRT  N     N  NH1    0  -0.622   0.4112   0.4578  -0.5389
 RRT  CA2   C  CH2    0  -0.738   1.3938  -1.7352  -0.4681
 RRT  C2    C  C      0   0.428   2.9399  -1.6362  -0.3778
 RRT  O2    O  OC    -1  -0.620   3.5613  -2.5669  -0.9245
 RRT  O3    O  O      0  -0.580   3.4124  -0.6532   0.2151
 RRT  HSG   H  HSH1   0   0.210   2.2640   4.1894   0.1341
 RRT  HB21  H  HCH2   0   0.262   0.3769   3.0200  -1.5806
 RRT  HB22  H  HCH2   0   0.281  -0.1587   3.7463  -0.0648
 RRT  HA1   H  HCH1   0   0.264  -0.4161   1.5568   0.9762
 RRT  HB11  H  HCH2   0   0.252  -2.2911   2.4850  -0.3542
 RRT  HB12  H  HCH2   0   0.247  -1.6914   1.6779  -1.7935
 RRT  HD1   H  HCR6   0   0.242  -3.2790   1.1875   1.5022
 RRT  HD2   H  HCR6   0   0.240  -1.9343  -0.7614  -2.0575
 RRT  HE1   H  HCR6   0   0.250  -4.4668  -0.8623   2.1792
 RRT  HE2   H  HCR6   0   0.250  -3.1042  -2.8168  -1.3783
 RRT  HZ    H  HCR6   0   0.250  -4.3811  -2.8790   0.7435
 RRT  H     H  HNH1   0   0.388   0.6393   0.3974  -1.5187
 RRT  HA21  H  HCH2   0   0.247   1.1065  -1.7830  -1.5229
 RRT  HA22  H  HCH2   0   0.257   1.0732  -2.6786  -0.0201
 RRT  C1    C  C      0   0.573   0.6946  -0.6085   0.2404

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 RRT  SG   CB2   single    1.824  0.020  1.824
 RRT  SG   HSG   single    1.200  0.020  1.300
 RRT  CB2  CA1   single    1.523  0.020  1.523
 RRT  CB2  HB21  single    0.970  0.020  1.090
 RRT  CB2  HB22  single    0.970  0.020  1.090
 RRT  CA1  CB1   single    1.538  0.020  1.538
 RRT  CA1  N     single    1.440  0.020  1.440
 RRT  CA1  HA1   single    0.970  0.020  1.090
 RRT  CB1  CG    single    1.501  0.020  1.501
 RRT  CB1  HB11  single    0.970  0.020  1.090
 RRT  CB1  HB12  single    0.970  0.020  1.090
 RRT  CG   CD1   aromatic  1.393  0.020  1.393
 RRT  CG   CD2   aromatic  1.392  0.020  1.392
 RRT  CD1  CE1   aromatic  1.388  0.020  1.388
 RRT  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 RRT  CD2  CE2   aromatic  1.389  0.020  1.389
 RRT  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 RRT  CE1  CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 RRT  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 RRT  CE2  CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 RRT  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 RRT  CZ   HZ    single    0.930  0.020  1.080
 RRT  C1   O1    double    1.223  0.020  1.223
 RRT  C1   N     single    1.351  0.020  1.351
 RRT  C1   CA2   single    1.503  0.020  1.503
 RRT  N    H     single    0.860  0.020  1.020
 RRT  CA2  C2    single    1.552  0.020  1.552
 RRT  CA2  HA21  single    0.970  0.020  1.090
 RRT  CA2  HA22  single    0.970  0.020  1.090
 RRT  C2   O2    deloc     1.245  0.020  1.245
 RRT  C2   O3    deloc     1.241  0.020  1.241

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 RRT  HSG   SG   CB2    96.40  3.000
 RRT  HB22  CB2  HB21  107.95  3.000
 RRT  HB22  CB2  CA1   109.53  3.000
 RRT  HB21  CB2  CA1   110.56  3.000
 RRT  HB22  CB2  SG    109.28  3.000
 RRT  HB21  CB2  SG    109.82  3.000
 RRT  CA1   CB2  SG    109.66  3.000
 RRT  HA1   CA1  N     107.12  3.000
 RRT  HA1   CA1  CB1   108.93  3.000
 RRT  N     CA1  CB1   111.27  3.000
 RRT  HA1   CA1  CB2   108.76  3.000
 RRT  N     CA1  CB2   110.77  3.000
 RRT  CB1   CA1  CB2   109.91  3.000
 RRT  HB12  CB1  HB11  106.82  3.000
 RRT  HB12  CB1  CG    110.39  3.000
 RRT  HB11  CB1  CG    110.21  3.000
 RRT  HB12  CB1  CA1   108.87  3.000
 RRT  HB11  CB1  CA1   108.36  3.000
 RRT  CG    CB1  CA1   112.03  3.000
 RRT  CD2   CG   CD1   118.50  3.000
 RRT  CD2   CG   CB1   120.97  3.000
 RRT  CD1   CG   CB1   120.48  3.000
 RRT  HD1   CD1  CE1   119.72  3.000
 RRT  HD1   CD1  CG    119.36  3.000
 RRT  CE1   CD1  CG    120.93  3.000
 RRT  HD2   CD2  CE2   119.57  3.000
 RRT  HD2   CD2  CG    119.59  3.000
 RRT  CE2   CD2  CG    120.83  3.000
 RRT  HE1   CE1  CZ    120.09  3.000
 RRT  HE1   CE1  CD1   119.84  3.000
 RRT  CZ    CE1  CD1   120.07  3.000
 RRT  HE2   CE2  CZ    120.11  3.000
 RRT  HE2   CE2  CD2   119.74  3.000
 RRT  CZ    CE2  CD2   120.14  3.000
 RRT  HZ    CZ   CE2   120.26  3.000
 RRT  HZ    CZ   CE1   120.21  3.000
 RRT  CE2   CZ   CE1   119.53  3.000
 RRT  H     N    C1    117.78  3.000
 RRT  H     N    CA1   117.11  3.000
 RRT  C1    N    CA1   124.62  3.000
 RRT  HA22  CA2  HA21  106.29  3.000
 RRT  HA22  CA2  C2    108.88  3.000
 RRT  HA21  CA2  C2    108.69  3.000
 RRT  HA22  CA2  C1    108.51  3.000
 RRT  HA21  CA2  C1    111.40  3.000
 RRT  C2    CA2  C1    112.84  3.000
 RRT  O3    C2   O2    127.70  3.000
 RRT  O3    C2   CA2   117.23  3.000
 RRT  O2    C2   CA2   115.08  3.000
 RRT  CA2   C1   N     114.67  3.000
 RRT  CA2   C1   O1    122.39  3.000
 RRT  N     C1   O1    122.95  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 RRT  CONST_01  CZ   CE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 RRT  CONST_02  CZ   CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 RRT  CONST_03  CE2  CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 RRT  CONST_04  CE2  CZ   CE1  CD1    0.00   0.0  0
 RRT  CONST_05  CE1  CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 RRT  CONST_06  CE1  CZ   CE2  CD2    0.00   0.0  0
 RRT  CONST_07  CE1  CD1  CG   CB1  180.00   0.0  0
 RRT  CONST_08  CE2  CD2  CG   CB1  180.00   0.0  0
 RRT  CONST_09  HE1  CE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 RRT  CONST_10  HE2  CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 RRT  CONST_11  HD2  CD2  CG   CD1  180.00   0.0  0
 RRT  CONST_12  HZ   CZ   CE1  CD1  180.00   0.0  0
 RRT  CONST_13  HD1  CD1  CG   CD2  180.00   0.0  0
 RRT  CONST_14  O1   C1   N    CA1    0.00   0.0  0
 RRT  CONST_15  CA2  C1   N    CA1  180.00   0.0  0
 RRT  CONST_16  H    N    C1   O1   180.00   0.0  0
 RRT  Var_01    CD1  CG   CB1  CA1   86.80  30.0  2
 RRT  Var_02    O2   C2   CA2  C1   178.39  30.0  3
 RRT  Var_03    C2   CA2  C1   O1   -87.53  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 RRT  chir_01  CA1  CB2  CB1  N  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 RRT  plan-1  CB1  0.020
 RRT  plan-1  CG   0.020
 RRT  plan-1  CD1  0.020
 RRT  plan-1  CD2  0.020
 RRT  plan-1  CE1  0.020
 RRT  plan-1  CE2  0.020
 RRT  plan-1  CZ   0.020
 RRT  plan-1  HD1  0.020
 RRT  plan-1  HD2  0.020
 RRT  plan-1  HE1  0.020
 RRT  plan-1  HE2  0.020
 RRT  plan-1  HZ   0.020
 RRT  plan-2  CA1  0.020
 RRT  plan-2  O1   0.020
 RRT  plan-2  N    0.020
 RRT  plan-2  CA2  0.020
 RRT  plan-2  H    0.020
 RRT  plan-2  C1   0.020
 RRT  plan-3  CA2  0.020
 RRT  plan-3  C2   0.020
 RRT  plan-3  O2   0.020
 RRT  plan-3  O3   0.020

