# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Mar 21 14:57:59 2022
#   Inital geometry file: a 138 line input string
#   Ligand name: 6-(6-aminopyrazin-2-yl)-N-{4-[4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]phenyl}imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Nc1cncc(n1)c2cn3ccnc3c(Nc4ccc(cc4)N5CCN(CC5)C6COC6)n2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 R6D  R6D  6-(6-aminopyrazin-2-yl)-N-{4-[4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]phenyl}imidazo[1,2-a]pyrazin-8-amine  ligand  58  33  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_R6D
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 R6D  C02  C  CR6   0   0.116   4.1670   0.9215   0.0044
 R6D  C03  C  CR16  0  -0.010   5.4051   0.3750  -0.1048
 R6D  C05  C  CR56  0   0.396   4.3546  -1.7650  -0.2466
 R6D  C06  C  CR6   0   0.472   3.0873  -1.1057  -0.1248
 R6D  C07  C  CR15  0  -0.101   6.5412  -1.8338  -0.3571
 R6D  C08  C  CR15  0  -0.202   5.9936  -3.0894  -0.4444
 R6D  C11  C  CR6   0   0.344   0.6471  -1.6223  -0.0575
 R6D  C12  C  CR6   0   0.173   4.0185   2.3828   0.1335
 R6D  C14  C  CR6   0   0.409   5.0309   4.4215   0.2841
 R6D  C15  C  CR16  0  -0.153   3.7539   5.0263   0.3617
 R6D  C17  C  CR16  0  -0.134   2.7705   2.9836   0.2048
 R6D  C18  C  CR16  0  -0.347  -0.2437  -2.6734  -0.3016
 R6D  C19  C  CR16  0  -0.308  -1.6068  -2.4921  -0.2175
 R6D  C20  C  CR6   0   0.345  -2.1599  -1.2422   0.0985
 R6D  C21  C  CR16  0  -0.349  -1.2642  -0.1999   0.3382
 R6D  C22  C  CR16  0  -0.314   0.1134  -0.3817   0.2751
 R6D  C24  C  CH2   0  -0.316  -4.0639   0.1496   0.7174
 R6D  C25  C  CH2   0  -0.288  -5.5306  -0.0019   1.0783
 R6D  C27  C  CH2   0  -0.294  -5.7917  -1.6985  -0.5571
 R6D  C28  C  CH2   0  -0.309  -4.3320  -1.5650  -0.9388
 R6D  C29  C  C     0  -0.183  -7.7084  -0.5284   0.2479
 R6D  C30  C  C     0  -0.137  -8.4369   0.8008   0.4719
 R6D  C32  C  C     0  -0.137  -8.6505  -0.6661  -0.9528
 R6D  N01  N  N     0  -0.504   3.0154   0.1893  -0.0029
 R6D  N04  N  N     0  -0.483   5.4776  -0.9891  -0.2306
 R6D  N09  N  N     0  -0.463   4.6403  -3.0411  -0.3755
 R6D  N10  N  NH1   0  -0.786   2.0075  -1.9173  -0.1476
 R6D  N13  N  N     0  -0.454   5.1370   3.1069   0.1759
 R6D  N16  N  N     0  -0.347   2.6592   4.3083   0.3216
 R6D  N23  N  NT    0  -0.515  -3.5473  -1.0986   0.1959
 R6D  N26  N  NT    0  -0.430  -6.3066  -0.4325  -0.0695
 R6D  N33  N  NH2   0  -0.841   6.1592   5.1674   0.2804
 R6D  O31  O  O     0  -0.513  -9.3267   0.5531  -0.6233
 R6D  H1   H  HCR6  0   0.309   6.3252   0.9362  -0.1016
 R6D  H2   H  HCR5  0   0.306   7.5588  -1.4836  -0.3742
 R6D  H3   H  HCR5  0   0.266   6.5238  -4.0226  -0.5543
 R6D  H4   H  HCR6  0   0.273   3.6574   6.1029   0.4551
 R6D  H5   H  HCR6  0   0.270   1.8580   2.4061   0.1662
 R6D  H6   H  HCR6  0   0.267   0.1395  -3.6564  -0.5506
 R6D  H7   H  HCR6  0   0.263  -2.2481  -3.3475  -0.3854
 R6D  H8   H  HCR6  0   0.266  -1.6226   0.7918   0.5773
 R6D  H9   H  HCR6  0   0.296   0.7620   0.4558   0.4732
 R6D  H11  H  HCH2  0   0.253  -3.5192   0.4203   1.6230
 R6D  H12  H  HCH2  0   0.202  -5.6201  -0.7123   1.9177
 R6D  H13  H  HCH2  0   0.247  -5.9013   0.9641   1.4287
 R6D  H14  H  HCH2  0   0.246  -6.3536  -2.0060  -1.4419
 R6D  H15  H  HCH2  0   0.203  -5.9014  -2.4975   0.1956
 R6D  H16  H  HCH2  0   0.255  -3.9742  -2.5372  -1.2719
 R6D  H17  H  HCH2  0   0.216  -4.2418  -0.8709  -1.7877
 R6D  H18  H  H     0   0.238  -7.9017  -1.2703   1.0385
 R6D  H19  H  H     0   0.222  -8.9643   0.9015   1.4237
 R6D  H20  H  H     0   0.212  -7.8159   1.6884   0.3129
 R6D  H21  H  H     0   0.212  -8.1496  -0.6155  -1.9251
 R6D  H22  H  H     0   0.222  -9.3189  -1.5302  -0.9408
 R6D  H23  H  HNH1  0   0.417   2.2249  -2.8938  -0.2882
 R6D  H25  H  HNH2  0   0.399   6.1145   6.1186   0.6042
 R6D  H26  H  HNH2  0   0.392   7.0333   4.6956   0.4429
 R6D  H10  H  HCH2  0   0.212  -3.9457   0.9762  -0.0003

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 R6D  N33  C14  single    1.353  0.020  1.353
 R6D  C14  C15  aromatic  1.415  0.020  1.415
 R6D  C14  N13  aromatic  1.323  0.020  1.323
 R6D  C15  N16  aromatic  1.310  0.020  1.310
 R6D  N13  C12  aromatic  1.333  0.020  1.333
 R6D  N16  C17  aromatic  1.334  0.020  1.334
 R6D  C12  C17  aromatic  1.387  0.020  1.387
 R6D  C12  C02  single    1.475  0.020  1.475
 R6D  C03  C02  aromatic  1.358  0.020  1.358
 R6D  C03  N04  aromatic  1.372  0.020  1.372
 R6D  C02  N01  aromatic  1.365  0.020  1.365
 R6D  N04  C07  aromatic  1.364  0.020  1.364
 R6D  N04  C05  aromatic  1.365  0.020  1.365
 R6D  C07  C08  aromatic  1.373  0.020  1.373
 R6D  N01  C06  aromatic  1.303  0.020  1.303
 R6D  C05  C06  aromatic  1.434  0.020  1.434
 R6D  C05  N09  aromatic  1.314  0.020  1.314
 R6D  C06  N10  single    1.351  0.020  1.351
 R6D  C08  N09  aromatic  1.356  0.020  1.356
 R6D  C22  C21  aromatic  1.391  0.020  1.391
 R6D  C22  C11  aromatic  1.391  0.020  1.391
 R6D  C21  C20  aromatic  1.395  0.020  1.395
 R6D  N10  C11  single    1.395  0.020  1.395
 R6D  C11  C18  aromatic  1.399  0.020  1.399
 R6D  C20  N23  single    1.398  0.020  1.398
 R6D  C20  C19  aromatic  1.403  0.020  1.403
 R6D  N23  C24  single    1.448  0.020  1.448
 R6D  N23  C28  single    1.456  0.020  1.456
 R6D  C18  C19  aromatic  1.378  0.020  1.378
 R6D  C25  C24  single    1.518  0.020  1.518
 R6D  C25  N26  single    1.451  0.020  1.451
 R6D  C27  C28  single    1.515  0.020  1.515
 R6D  C27  N26  single    1.451  0.020  1.451
 R6D  N26  C29  single    1.440  0.020  1.440
 R6D  C29  C30  single    1.532  0.020  1.532
 R6D  C29  C32  single    1.532  0.020  1.532
 R6D  C30  O31  single    1.433  0.020  1.433
 R6D  C32  O31  single    1.433  0.020  1.433
 R6D  C03  H1   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C07  H2   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C08  H3   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C15  H4   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C17  H5   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C18  H6   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C19  H7   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C21  H8   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C22  H9   single    0.930  0.020  1.080
 R6D  C24  H10  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C24  H11  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C25  H12  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C25  H13  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C27  H14  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C27  H15  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C28  H16  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C28  H17  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C29  H18  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C30  H19  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C30  H20  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C32  H21  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  C32  H22  single    0.970  0.020  1.090
 R6D  N10  H23  single    0.860  0.020  1.020
 R6D  N33  H25  single    0.890  0.020  1.040
 R6D  N33  H26  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 R6D  N01  C02  C12  116.57  3.000
 R6D  N01  C02  C03  123.58  3.000
 R6D  C12  C02  C03  119.85  3.000
 R6D  H1   C03  N04  118.22  3.000
 R6D  H1   C03  C02  124.66  3.000
 R6D  N04  C03  C02  117.11  3.000
 R6D  N09  C05  N04  111.98  3.000
 R6D  N09  C05  C06  130.32  3.000
 R6D  N04  C05  C06  117.69  3.000
 R6D  N10  C06  N01  123.69  3.000
 R6D  N10  C06  C05  115.39  3.000
 R6D  N01  C06  C05  120.92  3.000
 R6D  H2   C07  N04  122.49  3.000
 R6D  H2   C07  C08  132.36  3.000
 R6D  N04  C07  C08  105.15  3.000
 R6D  H3   C08  N09  121.77  3.000
 R6D  H3   C08  C07  126.99  3.000
 R6D  N09  C08  C07  111.24  3.000
 R6D  N10  C11  C22  125.33  3.000
 R6D  N10  C11  C18  116.79  3.000
 R6D  C22  C11  C18  117.87  3.000
 R6D  N13  C12  C17  121.20  3.000
 R6D  C17  C12  C02  121.63  3.000
 R6D  N13  C12  C02  117.17  3.000
 R6D  N33  C14  N13  118.73  3.000
 R6D  N13  C14  C15  120.10  3.000
 R6D  N33  C14  C15  121.15  3.000
 R6D  H4   C15  N16  118.18  3.000
 R6D  H4   C15  C14  120.60  3.000
 R6D  N16  C15  C14  121.22  3.000
 R6D  H5   C17  N16  117.59  3.000
 R6D  H5   C17  C12  121.77  3.000
 R6D  N16  C17  C12  120.63  3.000
 R6D  H6   C18  C19  118.89  3.000
 R6D  H6   C18  C11  119.75  3.000
 R6D  C19  C18  C11  121.36  3.000
 R6D  H7   C19  C20  120.36  3.000
 R6D  H7   C19  C18  118.22  3.000
 R6D  C20  C19  C18  121.41  3.000
 R6D  N23  C20  C21  123.25  3.000
 R6D  N23  C20  C19  119.90  3.000
 R6D  C21  C20  C19  116.82  3.000
 R6D  H8   C21  C22  117.27  3.000
 R6D  H8   C21  C20  120.70  3.000
 R6D  C22  C21  C20  122.03  3.000
 R6D  H9   C22  C21  119.09  3.000
 R6D  H9   C22  C11  120.41  3.000
 R6D  C21  C22  C11  120.49  3.000
 R6D  H11  C24  H10  107.53  3.000
 R6D  H11  C24  N23  109.56  3.000
 R6D  H10  C24  N23  111.97  3.000
 R6D  H11  C24  C25  108.05  3.000
 R6D  H10  C24  C25  109.49  3.000
 R6D  N23  C24  C25  110.14  3.000
 R6D  H13  C25  H12  107.33  3.000
 R6D  H13  C25  N26  109.55  3.000
 R6D  H12  C25  N26  111.56  3.000
 R6D  H13  C25  C24  108.41  3.000
 R6D  H12  C25  C24  108.88  3.000
 R6D  N26  C25  C24  111.00  3.000
 R6D  H15  C27  H14  107.31  3.000
 R6D  H15  C27  N26  111.55  3.000
 R6D  H14  C27  N26  109.59  3.000
 R6D  H15  C27  C28  109.37  3.000
 R6D  H14  C27  C28  108.45  3.000
 R6D  N26  C27  C28  110.47  3.000
 R6D  H17  C28  H16  107.48  3.000
 R6D  H17  C28  N23  110.79  3.000
 R6D  H16  C28  N23  110.33  3.000
 R6D  H17  C28  C27  109.21  3.000
 R6D  H16  C28  C27  108.38  3.000
 R6D  N23  C28  C27  110.56  3.000
 R6D  H18  C29  N26  111.95  3.000
 R6D  H18  C29  C32  113.21  3.000
 R6D  N26  C29  C32  115.57  3.000
 R6D  H18  C29  C30  113.33  3.000
 R6D  C32  C29  C30   84.27  3.000
 R6D  N26  C29  C30  115.92  3.000
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 R6D  H19  C30  C29  115.90  3.000
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 R6D  H21  C32  C29  114.23  3.000
 R6D  O31  C32  C29   91.92  3.000
 R6D  C06  N01  C02  119.16  3.000
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 R6D  C07  N04  C03  131.72  3.000
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 R6D  C27  N26  C25  109.57  3.000
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 R6D  H26  N33  C14  117.74  3.000
 R6D  H25  N33  C14  118.92  3.000
 R6D  C32  O31  C30   91.71  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 R6D  CONST_07  C17  C12  C02  C03   180.00   0.0  0
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 R6D  CONST_20  C20  C19  C18  C11     0.00   0.0  0
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 R6D  CONST_50  H3   C08  N09  C05   180.00   0.0  0
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 R6D  Var_07    N26  C27  C28  N23    57.38  30.0  1
 R6D  Var_08    C11  N10  C06  C05  -179.86  30.0  2
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loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 R6D  chir_01  C29  N26  C30  C32  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 R6D  plan-1  C02  0.020
 R6D  plan-1  C12  0.020
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 R6D  plan-3  C22  0.020
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