# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 11:55:34 2020
#   Inital geometry file: a 79 line input string
#   Ligand name: {5-[(3-aminopropyl)amino]pentyl}(trihydroxy)boranium
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NCCCNCCCCC[B+](O)(O)O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q7V  Q7V  {5-[(3-aminopropyl)amino]pentyl}(trihydroxy)boranium  ligand  36  14  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_Q7V
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q7V  C10  C  CH2   0  -0.559  -3.3491   0.9722  -0.0196
 Q7V  B11  B  B     1   0.249  -5.3707  -0.7002   0.0510
 Q7V  C02  C  CH2   0  -0.247   6.5754   0.2796   0.0893
 Q7V  C03  C  CH2   0  -0.442   5.2445  -0.4364  -0.0808
 Q7V  C04  C  CH2   0  -0.254   4.0583   0.4970   0.0986
 Q7V  C06  C  CH2   0  -0.285   1.6476   0.6631   0.0864
 Q7V  C07  C  CH2   0  -0.488   0.3475  -0.0896  -0.1484
 Q7V  C08  C  CH2   0  -0.448  -0.8754   0.7967   0.0482
 Q7V  C09  C  CH2   0  -0.481  -2.1729   0.0770  -0.3131
 Q7V  N01  N  NH2   0  -0.838   7.6881  -0.6420  -0.0920
 Q7V  N05  N  NH1   0  -0.622   2.7992  -0.2045  -0.0668
 Q7V  O12  O  OB    0  -0.649  -6.3462  -1.1282  -0.7495
 Q7V  O13  O  OB    0  -0.590  -4.9459  -1.0375   1.2654
 Q7V  O14  O  OB    0  -0.315  -4.6117   0.3851  -0.5348
 Q7V  H1   H  HCH2  0   0.345  -3.2819   1.9350  -0.5204
 Q7V  H2   H  HCH2  0   0.340  -3.5166   1.1335   1.0414
 Q7V  H3   H  HCH2  0   0.222   6.6587   1.0661  -0.6658
 Q7V  H4   H  HCH2  0   0.150   6.5829   0.7893   1.0641
 Q7V  H5   H  HCH2  0   0.213   5.2109  -0.8931  -1.0754
 Q7V  H6   H  HCH2  0   0.276   5.1707  -1.2535   0.6443
 Q7V  H7   H  HCH2  0   0.251   4.0802   0.9243   1.1065
 Q7V  H8   H  HCH2  0   0.223   4.1562   1.3494  -0.5947
 Q7V  H9   H  HCH2  0   0.276   1.6838   1.5355  -0.5874
 Q7V  H10  H  HCH2  0   0.293   1.6550   1.0664   1.1045
 Q7V  H11  H  HCH2  0   0.253   0.3433  -0.4950  -1.1660
 Q7V  H12  H  HCH2  0   0.312   0.2983  -0.9462   0.5298
 Q7V  H13  H  HCH2  0   0.321  -0.9144   1.1382   1.0870
 Q7V  H14  H  HCH2  0   0.319  -0.7826   1.6944  -0.5705
 Q7V  H15  H  HCH2  0   0.293  -2.2549  -0.8530   0.2538
 Q7V  H16  H  HCH2  0   0.333  -2.1592  -0.1808  -1.3748
 Q7V  H17  H  HNH2  0   0.356   8.5612  -0.1362  -0.0156
 Q7V  H18  H  HNH2  0   0.339   7.6944  -1.3093   0.6697
 Q7V  H20  H  HNH1  0   0.374   2.7774  -0.6105  -0.9961
 Q7V  H22  H  H     0   0.474  -6.8977  -1.8415  -0.4096
 Q7V  H24  H  H     0   0.528  -4.8081   0.6297  -1.4557
 Q7V  H19  H  H     0   0.478  -5.4171  -1.7522   1.7077

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q7V  N01  C02  single  1.456  0.020  1.456
 Q7V  C02  C03  single  1.521  0.020  1.521
 Q7V  O13  B11  single  1.330  0.020  1.330
 Q7V  C03  C04  single  1.520  0.020  1.520
 Q7V  C04  N05  single  1.451  0.020  1.451
 Q7V  B11  O12  single  1.332  0.020  1.332
 Q7V  B11  O14  single  1.448  0.020  1.448
 Q7V  B11  C10  single  2.625  0.020  2.625
 Q7V  C09  C10  single  1.507  0.020  1.507
 Q7V  C09  C08  single  1.527  0.020  1.527
 Q7V  C07  C08  single  1.523  0.020  1.523
 Q7V  C07  C06  single  1.521  0.020  1.521
 Q7V  N05  C06  single  1.450  0.020  1.450
 Q7V  C10  H1   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C10  H2   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C02  H3   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C02  H4   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C03  H5   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C03  H6   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C04  H7   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C04  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C06  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C06  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C07  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C07  H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C08  H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C08  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C09  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  C09  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q7V  N01  H17  single  0.890  0.020  1.040
 Q7V  N01  H18  single  0.890  0.020  1.040
 Q7V  N05  H20  single  0.890  0.020  1.040
 Q7V  O12  H22  single  0.850  0.020  0.980
 Q7V  O14  H24  single  0.850  0.020  0.980
 Q7V  O13  H19  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q7V  H2   C10  H1   109.15  3.000
 Q7V  H2   C10  C09  113.51  3.000
 Q7V  H1   C10  C09  112.84  3.000
 Q7V  H2   C10  B11   87.11  3.000
 Q7V  H1   C10  B11  128.62  3.000
 Q7V  C09  C10  B11  103.17  3.000
 Q7V  O14  B11  O13  113.08  3.000
 Q7V  O14  B11  O12  112.42  3.000
 Q7V  O13  B11  O12  134.50  3.000
 Q7V  O14  B11  C10   26.86  3.000
 Q7V  O12  B11  C10  138.79  3.000
 Q7V  O13  B11  C10   86.57  3.000
 Q7V  H4   C02  H3   106.14  3.000
 Q7V  H4   C02  N01  113.48  3.000
 Q7V  H3   C02  N01  108.13  3.000
 Q7V  H4   C02  C03  108.85  3.000
 Q7V  H3   C02  C03  109.15  3.000
 Q7V  N01  C02  C03  110.91  3.000
 Q7V  H6   C03  H5   106.75  3.000
 Q7V  H6   C03  C04  109.12  3.000
 Q7V  H5   C03  C04  109.83  3.000
 Q7V  H6   C03  C02  109.65  3.000
 Q7V  H5   C03  C02  108.95  3.000
 Q7V  C04  C03  C02  112.37  3.000
 Q7V  H8   C04  H7   105.97  3.000
 Q7V  H8   C04  N05  112.28  3.000
 Q7V  H7   C04  N05  108.12  3.000
 Q7V  H8   C04  C03  109.34  3.000
 Q7V  H7   C04  C03  109.42  3.000
 Q7V  N05  C04  C03  111.53  3.000
 Q7V  H10  C06  H9   106.05  3.000
 Q7V  H10  C06  N05  108.25  3.000
 Q7V  H9   C06  N05  112.50  3.000
 Q7V  H10  C06  C07  109.37  3.000
 Q7V  H9   C06  C07  108.98  3.000
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 Q7V  H12  C07  H11  106.62  3.000
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 Q7V  H11  C07  C08  109.40  3.000
 Q7V  H12  C07  C06  109.30  3.000
 Q7V  H11  C07  C06  109.26  3.000
 Q7V  C08  C07  C06  112.24  3.000
 Q7V  H14  C08  H13  106.49  3.000
 Q7V  H14  C08  C09  108.96  3.000
 Q7V  H13  C08  C09  109.97  3.000
 Q7V  H14  C08  C07  109.65  3.000
 Q7V  H13  C08  C07  109.44  3.000
 Q7V  C09  C08  C07  112.17  3.000
 Q7V  H16  C09  H15  107.72  3.000
 Q7V  H16  C09  C08  109.30  3.000
 Q7V  H15  C09  C08  110.01  3.000
 Q7V  H16  C09  C10  109.83  3.000
 Q7V  H15  C09  C10  110.25  3.000
 Q7V  C08  C09  C10  109.70  3.000
 Q7V  H18  N01  H17  105.50  3.000
 Q7V  H18  N01  C02  109.16  3.000
 Q7V  H17  N01  C02  109.48  3.000
 Q7V  H20  N05  C06  108.62  3.000
 Q7V  H20  N05  C04  108.45  3.000
 Q7V  C06  N05  C04  112.83  3.000
 Q7V  H22  O12  B11  116.41  3.000
 Q7V  H19  O13  B11  116.81  3.000
 Q7V  H24  O14  B11  117.74  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q7V  Var_01  C07  C08  C09  C10   176.58  30.0  3
 Q7V  Var_02  C08  C09  C10  B11  -161.94  30.0  1
 Q7V  Var_03  N05  C04  C03  C02  -179.97  30.0  3
 Q7V  Var_04  C06  N05  C04  C03  -179.46  30.0  3
 Q7V  Var_05  N01  C02  C03  C04  -179.86  30.0  1
 Q7V  Var_06  C07  C06  N05  C04   177.68  30.0  3
 Q7V  Var_07  C09  C08  C07  C06   174.69  30.0  3
 Q7V  Var_08  N05  C06  C07  C08   178.33  30.0  3
 Q7V  Var_09  O13  B11  C10  C09    77.62  30.0  2
 Q7V  Var_10  H17  N01  C02  C03   177.48  30.0  3

