# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 06:17:09 2020
#   Inital geometry file: a 83 line input string
#   Ligand name: 7-[(3-aminopropyl)amino]heptane-2,2-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(O)(O)CCCCCNCCCN
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q6M  Q6M  7-[(3-aminopropyl)amino]heptane-2,2-diol  ligand  38  14  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_Q6M
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q6M  C11  C  CH2   0  -0.253   3.9819   0.4911   0.0112
 Q6M  C12  C  CH2   0  -0.453   5.2032  -0.4147   0.0080
 Q6M  C13  C  CH2   0  -0.273   6.5055   0.3704  -0.0210
 Q6M  C01  C  CH3   0  -0.702  -5.0489  -0.9830   1.2235
 Q6M  C02  C  CT    0   0.459  -4.8207  -0.1162  -0.0074
 Q6M  C05  C  CH2   0  -0.487  -3.4916   0.6407   0.0412
 Q6M  C06  C  CH2   0  -0.423  -2.2478  -0.2384   0.0628
 Q6M  C07  C  CH2   0  -0.414  -0.9663   0.5865   0.0405
 Q6M  C08  C  CH2   0  -0.441   0.2926  -0.2709   0.0628
 Q6M  C09  C  CH2   0  -0.247   1.5653   0.5608   0.0367
 Q6M  N10  N  NH1   0  -0.600   2.7510  -0.2745   0.0605
 Q6M  N14  N  NH2   0  -0.800   7.6526  -0.5272  -0.0296
 Q6M  O03  O  OH1   0  -0.670  -4.8815  -0.9798  -1.1150
 Q6M  O04  O  OH1   0  -0.674  -5.8104   0.8809  -0.1002
 Q6M  H1   H  HCH2  0   0.212   4.0161   1.1396   0.8934
 Q6M  H2   H  HCH2  0   0.183   4.0237   1.1637  -0.8618
 Q6M  H3   H  HCH2  0   0.218   5.1847  -1.0588   0.8917
 Q6M  H4   H  HCH2  0   0.214   5.1608  -1.0758  -0.8659
 Q6M  H5   H  HCH2  0   0.189   6.4868   1.0635  -0.8747
 Q6M  H6   H  HCH2  0   0.213   6.5654   0.9932   0.8762
 Q6M  H7   H  HCH3  0   0.237  -4.2972  -1.7658   1.3173
 Q6M  H8   H  HCH3  0   0.233  -5.0179  -0.3739   2.1267
 Q6M  H9   H  HCH3  0   0.238  -6.0263  -1.4699   1.1792
 Q6M  H10  H  HCH2  0   0.231  -3.4438   1.3051  -0.8309
 Q6M  H11  H  HCH2  0   0.229  -3.4907   1.2909   0.9212
 Q6M  H12  H  HCH2  0   0.218  -2.2467  -0.8708   0.9560
 Q6M  H13  H  HCH2  0   0.215  -2.2537  -0.9167  -0.7951
 Q6M  H14  H  HCH2  0   0.212  -0.9592   1.2218  -0.8521
 Q6M  H15  H  HCH2  0   0.212  -0.9570   1.2683   0.8982
 Q6M  H16  H  HCH2  0   0.215   0.2946  -0.9041   0.9556
 Q6M  H17  H  HCH2  0   0.213   0.2833  -0.9489  -0.7984
 Q6M  H18  H  HCH2  0   0.182   1.5415   1.2330  -0.8378
 Q6M  H19  H  HCH2  0   0.211   1.5880   1.2118   0.9173
 Q6M  H20  H  HNH1  0   0.333   2.7244  -0.8960  -0.7407
 Q6M  H22  H  HNH2  0   0.337   7.6677  -1.0343  -0.9066
 Q6M  H23  H  HNH2  0   0.345   8.5058   0.0171  -0.0191
 Q6M  H25  H  HOH1  0   0.446  -4.6355  -0.4849  -1.9056
 Q6M  H26  H  HOH1  0   0.445  -6.6776   0.4642  -0.0341

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q6M  N14  C13  single  1.457  0.020  1.457
 Q6M  C13  C12  single  1.521  0.020  1.521
 Q6M  O04  C02  single  1.408  0.020  1.408
 Q6M  C02  O03  single  1.406  0.020  1.406
 Q6M  C02  C01  single  1.523  0.020  1.523
 Q6M  C02  C05  single  1.530  0.020  1.530
 Q6M  C12  C11  single  1.521  0.020  1.521
 Q6M  C11  N10  single  1.450  0.020  1.450
 Q6M  C06  C05  single  1.523  0.020  1.523
 Q6M  C06  C07  single  1.524  0.020  1.524
 Q6M  C08  C07  single  1.523  0.020  1.523
 Q6M  C08  C09  single  1.521  0.020  1.521
 Q6M  N10  C09  single  1.451  0.020  1.451
 Q6M  C11  H1   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C11  H2   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C12  H3   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C12  H4   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C13  H5   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C13  H6   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C01  H7   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C01  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C01  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C05  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C05  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C06  H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C06  H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C07  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C07  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C08  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C08  H17  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C09  H18  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  C09  H19  single  0.970  0.020  1.090
 Q6M  N10  H20  single  0.890  0.020  1.040
 Q6M  N14  H22  single  0.890  0.020  1.040
 Q6M  N14  H23  single  0.890  0.020  1.040
 Q6M  O03  H25  single  0.850  0.020  0.980
 Q6M  O04  H26  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q6M  H2   C11  H1   105.97  3.000
 Q6M  H2   C11  N10  112.39  3.000
 Q6M  H1   C11  N10  108.16  3.000
 Q6M  H2   C11  C12  109.34  3.000
 Q6M  H1   C11  C12  109.23  3.000
 Q6M  N10  C11  C12  111.55  3.000
 Q6M  H4   C12  H3   106.75  3.000
 Q6M  H4   C12  C13  109.21  3.000
 Q6M  H3   C12  C13  109.50  3.000
 Q6M  H4   C12  C11  109.26  3.000
 Q6M  H3   C12  C11  109.61  3.000
 Q6M  C13  C12  C11  112.35  3.000
 Q6M  H6   C13  H5   106.19  3.000
 Q6M  H6   C13  N14  108.22  3.000
 Q6M  H5   C13  N14  113.40  3.000
 Q6M  H6   C13  C12  108.98  3.000
 Q6M  H5   C13  C12  109.00  3.000
 Q6M  N14  C13  C12  110.87  3.000
 Q6M  H9   C01  H8   107.93  3.000
 Q6M  H9   C01  H7   107.49  3.000
 Q6M  H8   C01  H7   108.10  3.000
 Q6M  H9   C01  C02  110.79  3.000
 Q6M  H8   C01  C02  110.34  3.000
 Q6M  H7   C01  C02  112.05  3.000
 Q6M  O04  C02  O03  110.65  3.000
 Q6M  O03  C02  C05  111.49  3.000
 Q6M  O04  C02  C05  105.21  3.000
 Q6M  C05  C02  C01  112.71  3.000
 Q6M  O03  C02  C01  106.30  3.000
 Q6M  O04  C02  C01  110.56  3.000
 Q6M  H11  C05  H10  106.22  3.000
 Q6M  H11  C05  C06  109.32  3.000
 Q6M  H10  C05  C06  108.97  3.000
 Q6M  H11  C05  C02  108.67  3.000
 Q6M  H10  C05  C02  108.18  3.000
 Q6M  C06  C05  C02  115.10  3.000
 Q6M  H13  C06  H12  106.37  3.000
 Q6M  H13  C06  C07  109.19  3.000
 Q6M  H12  C06  C07  108.89  3.000
 Q6M  H13  C06  C05  110.02  3.000
 Q6M  H12  C06  C05  110.24  3.000
 Q6M  C07  C06  C05  111.96  3.000
 Q6M  H15  C07  H14  106.07  3.000
 Q6M  H15  C07  C08  109.38  3.000
 Q6M  H14  C07  C08  109.45  3.000
 Q6M  H15  C07  C06  109.42  3.000
 Q6M  H14  C07  C06  109.34  3.000
 Q6M  C08  C07  C06  112.96  3.000
 Q6M  H17  C08  H16  106.44  3.000
 Q6M  H17  C08  C09  109.39  3.000
 Q6M  H16  C08  C09  109.20  3.000
 Q6M  H17  C08  C07  109.25  3.000
 Q6M  H16  C08  C07  109.82  3.000
 Q6M  C09  C08  C07  112.56  3.000
 Q6M  H19  C09  H18  105.99  3.000
 Q6M  H19  C09  N10  108.19  3.000
 Q6M  H18  C09  N10  112.43  3.000
 Q6M  H19  C09  C08  109.18  3.000
 Q6M  H18  C09  C08  109.20  3.000
 Q6M  N10  C09  C08  111.65  3.000
 Q6M  H20  N10  C09  108.57  3.000
 Q6M  H20  N10  C11  108.59  3.000
 Q6M  C09  N10  C11  112.91  3.000
 Q6M  H23  N14  H22  105.41  3.000
 Q6M  H23  N14  C13  109.41  3.000
 Q6M  H22  N14  C13  108.98  3.000
 Q6M  H25  O03  C02  108.63  3.000
 Q6M  H26  O04  C02  108.76  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q6M  Var_01  N14  C13  C12  C11  -179.74  30.0  1
 Q6M  Var_02  C08  C09  N10  C11   178.92  30.0  3
 Q6M  Var_03  C09  N10  C11  C12  -178.79  30.0  3
 Q6M  Var_04  N10  C11  C12  C13  -179.08  30.0  3
 Q6M  Var_05  C06  C05  C02  C01    62.84  30.0  3
 Q6M  Var_06  C07  C06  C05  C02   177.14  30.0  1
 Q6M  Var_07  C08  C07  C06  C05   179.95  30.0  3
 Q6M  Var_08  C09  C08  C07  C06   179.85  30.0  1
 Q6M  Var_09  N10  C09  C08  C07   179.91  30.0  3
 Q6M  Var_10  H22  N14  C13  C12    67.01  30.0  3
 Q6M  Var_11  H7   C01  C02  C05   -62.75  30.0  3

