# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Jul 23 02:36:44 2021
#   Inital geometry file: a 171 line input string
#   Ligand name: ~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-4-methoxy-5-[[4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]phenyl]propanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCC(=O)Nc1cc(Nc2nccc(n2)c3cn(C)c4ccccc34)c(OC)cc1N(C)CCN(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q6K  Q6K  ~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyl-methyl-amino]-4-methoxy-5-[[4-(1-methylindol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]phenyl]propanamide  ligand  72  37  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q6K
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q6K  C10  C  CR5   0  -0.052  44.1506  -10.0879  -3.3439
 Q6K  N12  N  N     0  -0.499  42.6895  -11.8819  -3.8973
 Q6K  C13  C  CR6   0   0.571  41.4682  -12.3496  -4.1284
 Q6K  C15  C  CR6   0   0.269  42.2995  -14.6400  -4.5916
 Q6K  C20  C  CR6   0   0.243  44.2214  -16.6680  -4.7710
 Q6K  C22  C  CH3   0  -0.547  45.3161  -18.2783  -6.1672
 Q6K  C24  C  CH2   0  -0.275  46.6604  -19.2537  -3.6472
 Q6K  C26  C  CH3   0  -0.527  45.9852  -20.9986  -2.1248
 Q6K  C28  C  CR6   0   0.301  44.5068  -15.3811  -5.2409
 Q6K  C01  C  CH3   0  -0.531  46.5061   -7.3866  -2.7036
 Q6K  C03  C  CR56  0   0.365  46.4086   -9.8485  -3.1151
 Q6K  C04  C  CR56  0   0.064  45.3994  -10.8046  -3.3533
 Q6K  C05  C  CR16  0  -0.375  45.7747  -12.1410  -3.5299
 Q6K  C06  C  CR16  0  -0.262  47.1154  -12.4733  -3.4757
 Q6K  C07  C  CR16  0  -0.279  48.1006  -11.5022  -3.2458
 Q6K  C08  C  CR16  0  -0.310  47.7608  -10.1756  -3.0587
 Q6K  C09  C  CR15  0  -0.056  44.4735   -8.7698  -3.1024
 Q6K  C11  C  CR6   0   0.258  42.8125  -10.5958  -3.5694
 Q6K  C16  C  CR6   0   0.343  42.0104  -15.9296  -4.1185
 Q6K  C18  C  CH3   0  -0.437  40.4036  -17.4009  -3.1735
 Q6K  C19  C  CR16  0  -0.451  42.9663  -16.9290  -4.2276
 Q6K  C23  C  CH2   0  -0.308  45.2866  -18.5985  -3.7566
 Q6K  C27  C  CH3   0  -0.519  48.2561  -20.2837  -2.2087
 Q6K  C30  C  C     0   0.517  46.2545  -14.2195  -6.5707
 Q6K  C31  C  CH2   0  -0.568  47.7316  -14.3290  -6.8779
 Q6K  C32  C  CH3   0  -0.664  47.9717  -15.2910  -8.0420
 Q6K  C34  C  CR16  0  -0.371  43.5332  -14.3902  -5.1760
 Q6K  C36  C  CR16  0  -0.031  40.4623  -10.3792  -3.7124
 Q6K  C37  C  CR16  0  -0.413  41.6785   -9.7810  -3.4599
 Q6K  N02  N  NR5   0  -0.520  45.8092   -8.6227  -2.9676
 Q6K  N21  N  NT    0  -0.506  45.2397  -17.6463  -4.8553
 Q6K  N25  N  NT    0  -0.407  46.8744  -19.8787  -2.3550
 Q6K  N29  N  NH1   0  -0.728  45.8107  -15.1490  -5.6913
 Q6K  N35  N  N     0  -0.472  40.3300  -11.6548  -4.0507
 Q6K  O17  O  O2    0  -0.475  40.7827  -16.1037  -3.5862
 Q6K  O33  O  O     0  -0.478  45.5331  -13.3981  -7.1125
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 Q6K  H2   H  HCH3  0   0.220  44.5106  -19.0080  -6.3247
 Q6K  H3   H  HCH3  0   0.249  45.2485  -17.5287  -6.9545
 Q6K  H4   H  HCH2  0   0.196  46.8091  -19.9782  -4.4664
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 Q6K  H25  H  HCH3  0   0.232  48.9144  -19.4234  -2.3384
 Q6K  H26  H  HCH2  0   0.252  48.2864  -14.6637  -5.9986
 Q6K  H27  H  HCH2  0   0.262  48.0999  -13.3354  -7.1338
 Q6K  H28  H  HCH3  0   0.246  49.0333  -15.3407  -8.2800
 Q6K  H29  H  HCH3  0   0.228  47.6377  -16.3012  -7.8023
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 Q6K  H32  H  HCR6  0   0.268  39.5457   -9.8036  -3.6390
 Q6K  H33  H  HCR6  0   0.261  41.7357   -8.7368  -3.1918
 Q6K  H34  H  HNH1  0   0.396  40.3535  -13.9636  -4.5118
 Q6K  H36  H  HNH1  0   0.401  46.4688  -15.8450  -5.3634
 Q6K  N14  N  NH1   0  -0.758  41.3136  -13.6576  -4.4770

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q6K  C32  C31  single    1.529  0.020  1.529
 Q6K  C31  C30  single    1.513  0.020  1.513
 Q6K  C22  N21  single    1.458  0.020  1.458
 Q6K  C30  O33  double    1.220  0.020  1.220
 Q6K  C30  N29  single    1.354  0.020  1.354
 Q6K  N29  C28  single    1.399  0.020  1.399
 Q6K  C28  C34  aromatic  1.391  0.020  1.391
 Q6K  C28  C20  aromatic  1.399  0.020  1.399
 Q6K  N21  C20  single    1.415  0.020  1.415
 Q6K  N21  C23  single    1.455  0.020  1.455
 Q6K  C34  C15  aromatic  1.388  0.020  1.388
 Q6K  C20  C19  aromatic  1.392  0.020  1.392
 Q6K  C15  C16  aromatic  1.404  0.020  1.404
 Q6K  C15  N14  single    1.397  0.020  1.397
 Q6K  C19  C16  aromatic  1.387  0.020  1.387
 Q6K  C23  C24  single    1.526  0.020  1.526
 Q6K  C16  O17  single    1.349  0.020  1.349
 Q6K  N14  C13  single    1.362  0.020  1.362
 Q6K  N35  C13  aromatic  1.336  0.020  1.336
 Q6K  N35  C36  aromatic  1.326  0.020  1.326
 Q6K  C13  N12  aromatic  1.328  0.020  1.328
 Q6K  C24  N25  single    1.451  0.020  1.451
 Q6K  C36  C37  aromatic  1.379  0.020  1.379
 Q6K  N12  C11  aromatic  1.333  0.020  1.333
 Q6K  C37  C11  aromatic  1.401  0.020  1.401
 Q6K  C11  C10  single    1.449  0.020  1.449
 Q6K  C18  O17  single    1.413  0.020  1.413
 Q6K  C09  C10  aromatic  1.378  0.020  1.378
 Q6K  C09  N02  aromatic  1.351  0.020  1.351
 Q6K  C10  C04  aromatic  1.440  0.020  1.440
 Q6K  C01  N02  single    1.443  0.020  1.443
 Q6K  N02  C03  aromatic  1.372  0.020  1.372
 Q6K  C04  C03  aromatic  1.410  0.020  1.410
 Q6K  C04  C05  aromatic  1.399  0.020  1.399
 Q6K  C03  C08  aromatic  1.392  0.020  1.392
 Q6K  C05  C06  aromatic  1.382  0.020  1.382
 Q6K  C08  C07  aromatic  1.382  0.020  1.382
 Q6K  C06  C07  aromatic  1.402  0.020  1.402
 Q6K  N25  C27  single    1.447  0.020  1.447
 Q6K  N25  C26  single    1.448  0.020  1.448
 Q6K  C22  H1   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C22  H2   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C22  H3   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C24  H4   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C24  H5   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C26  H6   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C26  H7   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C26  H8   single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C01  H9   single    0.970  0.020  1.090
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 Q6K  C01  H11  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C05  H12  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C06  H13  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C07  H14  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C08  H15  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C09  H16  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C18  H17  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C18  H18  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C18  H19  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C19  H20  single    0.930  0.020  1.080
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 Q6K  C23  H22  single    0.970  0.020  1.090
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 Q6K  C27  H24  single    0.970  0.020  1.090
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 Q6K  C31  H26  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C31  H27  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C32  H28  single    0.970  0.020  1.090
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 Q6K  C32  H30  single    0.970  0.020  1.090
 Q6K  C34  H31  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C36  H32  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  C37  H33  single    0.930  0.020  1.080
 Q6K  N14  H34  single    0.860  0.020  1.020
 Q6K  N29  H36  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q6K  C11  C10  C09  125.37  3.000
 Q6K  C09  C10  C04  105.90  3.000
 Q6K  C11  C10  C04  128.72  3.000
 Q6K  C11  N12  C13  117.87  3.000
 Q6K  N35  C13  N14  114.68  3.000
 Q6K  N35  C13  N12  126.18  3.000
 Q6K  N14  C13  N12  119.15  3.000
 Q6K  N14  C15  C34  122.38  3.000
 Q6K  N14  C15  C16  118.24  3.000
 Q6K  C34  C15  C16  119.37  3.000
 Q6K  N21  C20  C19  122.86  3.000
 Q6K  C19  C20  C28  119.16  3.000
 Q6K  N21  C20  C28  117.98  3.000
 Q6K  H3   C22  H2   107.94  3.000
 Q6K  H3   C22  H1   107.48  3.000
 Q6K  H2   C22  H1   108.17  3.000
 Q6K  H3   C22  N21  110.41  3.000
 Q6K  H2   C22  N21  112.25  3.000
 Q6K  H1   C22  N21  110.43  3.000
 Q6K  H5   C24  H4   106.91  3.000
 Q6K  H5   C24  N25  108.08  3.000
 Q6K  H4   C24  N25  110.99  3.000
 Q6K  H5   C24  C23  107.71  3.000
 Q6K  H4   C24  C23  110.48  3.000
 Q6K  N25  C24  C23  112.43  3.000
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 Q6K  H8   C26  H6   107.75  3.000
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 Q6K  H7   C26  N25  111.13  3.000
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_chem_comp_tor.id
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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