# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 22 11:11:14 2021
#   Inital geometry file: a 106 line input string
#   Ligand name: (5beta,9beta,10alpha,13alpha,14beta,17beta)-17-hydroxyestran-3-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@]12CC[C@@H]3[C@H]4CCC(=O)C[C@@H]4CC[C@H]3[C@@H]1CC[C@@H]2O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q6J  Q6J  (5beta,9beta,10alpha,13alpha,14beta,17beta)-17-hydroxyestran-3-one  ligand  48  20  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_Q6J
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q6J  C1   C  C     0   0.413  5.4334  14.1146  12.2788
 Q6J  C10  C  CH2   0  -0.410  5.8260  10.5603  13.7206
 Q6J  C11  C  CH2   0  -0.419  5.0899   9.2467  13.5069
 Q6J  C12  C  CH1   0  -0.214  5.0598   8.8637  12.0315
 Q6J  C13  C  CH1   0  -0.186  4.4075   9.9852  11.2005
 Q6J  C16  C  CH1   0  -0.191  4.3128   7.5644  11.7904
 Q6J  C17  C  CT    0  -0.099  4.2798   7.1429  10.3151
 Q6J  C18  C  CH2   0  -0.406  3.5848   8.2408   9.5190
 Q6J  C19  C  CH2   0  -0.442  4.2667   9.5962   9.7241
 Q6J  C2   C  CH2   0  -0.546  5.9861  12.9895  13.1089
 Q6J  C24  C  CH2   0  -0.448  4.7590   6.2968  12.5219
 Q6J  C25  C  CH2   0  -0.488  4.1327   5.1527  11.6914
 Q6J  C26  C  CH1   0   0.102  3.5076   5.8283  10.4488
 Q6J  C27  C  CH3   0  -0.672  5.6757   6.8694   9.7433
 Q6J  C3   C  CH1   0  -0.235  5.2186  11.6805  12.8857
 Q6J  C4   C  CH1   0  -0.205  5.1579  11.3112  11.3975
 Q6J  C5   C  CH2   0  -0.445  4.5399  12.4644  10.6079
 Q6J  C6   C  CH2   0  -0.553  5.2867  13.7850  10.8191
 Q6J  O1   O  O     0  -0.409  5.1373  15.1941  12.7451
 Q6J  O27  O  OH1   0  -0.676  3.5599   5.0610   9.2706
 Q6J  H1   H  HCH2  0   0.209  6.8798  10.4378  13.4426
 Q6J  H2   H  HCH2  0   0.228  5.8131  10.8373  14.7786
 Q6J  H3   H  HCH2  0   0.205  4.0610   9.3371  13.8762
 Q6J  H4   H  HCH2  0   0.233  5.5629   8.4550  14.0936
 Q6J  H5   H  HCH1  0   0.204  6.1012   8.7449  11.6999
 Q6J  H6   H  HCH1  0   0.197  3.3888  10.1221  11.5982
 Q6J  H7   H  HCH1  0   0.209  3.2654   7.7482  12.0798
 Q6J  H8   H  HCH2  0   0.210  2.5432   8.3185   9.8522
 Q6J  H9   H  HCH2  0   0.222  3.5554   7.9992   8.4524
 Q6J  H10  H  HCH2  0   0.212  5.2538   9.5974   9.2491
 Q6J  H11  H  HCH2  0   0.233  3.6817  10.3528   9.1970
 Q6J  H12  H  HCH2  0   0.254  7.0301  12.8380  12.8064
 Q6J  H13  H  HCH2  0   0.255  5.9863  13.2671  14.1647
 Q6J  H14  H  HCH2  0   0.232  4.4336   6.2826  13.5627
 Q6J  H15  H  HCH2  0   0.220  5.8497   6.2221  12.5326
 Q6J  H16  H  HCH2  0   0.232  3.3822   4.6000  12.2594
 Q6J  H17  H  HCH2  0   0.227  4.8879   4.4267  11.3822
 Q6J  H18  H  HCH1  0   0.194  2.4619   6.0824  10.6830
 Q6J  H19  H  HCH3  0   0.231  6.1861   6.0508  10.2523
 Q6J  H20  H  HCH3  0   0.230  5.6098   6.6026   8.6879
 Q6J  H21  H  HCH3  0   0.229  6.3259   7.7401   9.8127
 Q6J  H22  H  HCH1  0   0.223  4.1844  11.8321  13.2272
 Q6J  H23  H  HCH1  0   0.206  6.1908  11.1685  11.0429
 Q6J  H24  H  HCH2  0   0.224  3.4917  12.5842  10.9037
 Q6J  H25  H  HCH2  0   0.251  4.5395  12.2488   9.5391
 Q6J  H26  H  HCH2  0   0.257  6.2976  13.6841  10.4071
 Q6J  H27  H  HCH2  0   0.259  4.7974  14.6057  10.2929
 Q6J  H28  H  HOH1  0   0.447  3.0489   4.2587   9.4124

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q6J  O27  C26  single  1.407  0.020  1.407
 Q6J  C18  C19  single  1.531  0.020  1.531
 Q6J  C18  C17  single  1.524  0.020  1.524
 Q6J  C19  C13  single  1.533  0.020  1.533
 Q6J  C27  C17  single  1.533  0.020  1.533
 Q6J  C17  C26  single  1.530  0.020  1.530
 Q6J  C17  C16  single  1.535  0.020  1.535
 Q6J  C26  C25  single  1.546  0.020  1.546
 Q6J  C5   C6   single  1.532  0.020  1.532
 Q6J  C5   C4   single  1.528  0.020  1.528
 Q6J  C6   C1   single  1.504  0.020  1.504
 Q6J  C13  C4   single  1.536  0.020  1.536
 Q6J  C13  C12  single  1.541  0.020  1.541
 Q6J  C4   C3   single  1.534  0.020  1.534
 Q6J  C25  C24  single  1.546  0.020  1.546
 Q6J  C16  C12  single  1.518  0.020  1.518
 Q6J  C16  C24  single  1.530  0.020  1.530
 Q6J  C12  C11  single  1.525  0.020  1.525
 Q6J  C1   O1   double  1.213  0.020  1.213
 Q6J  C1   C2   single  1.503  0.020  1.503
 Q6J  C3   C2   single  1.534  0.020  1.534
 Q6J  C3   C10  single  1.523  0.020  1.523
 Q6J  C11  C10  single  1.521  0.020  1.521
 Q6J  C10  H1   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C10  H2   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C11  H3   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C11  H4   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C12  H5   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C13  H6   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C16  H7   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C18  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C18  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C19  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C19  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C2   H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C2   H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C24  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C24  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C25  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C25  H17  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C26  H18  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C27  H19  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C27  H20  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C27  H21  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C3   H22  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C4   H23  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C5   H24  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C5   H25  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C6   H26  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  C6   H27  single  0.970  0.020  1.090
 Q6J  O27  H28  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q6J  O1   C1   C6   123.00  3.000
 Q6J  O1   C1   C2   122.93  3.000
 Q6J  C6   C1   C2   114.07  3.000
 Q6J  H2   C10  H1   106.55  3.000
 Q6J  H2   C10  C3   109.83  3.000
 Q6J  H1   C10  C3   109.05  3.000
 Q6J  H2   C10  C11  110.42  3.000
 Q6J  H1   C10  C11  109.45  3.000
 Q6J  C3   C10  C11  111.41  3.000
 Q6J  H4   C11  H3   106.55  3.000
 Q6J  H4   C11  C12  110.24  3.000
 Q6J  H3   C11  C12  109.15  3.000
 Q6J  H4   C11  C10  109.92  3.000
 Q6J  H3   C11  C10  109.60  3.000
 Q6J  C12  C11  C10  111.25  3.000
 Q6J  H5   C12  C16  109.01  3.000
 Q6J  H5   C12  C13  108.49  3.000
 Q6J  C16  C12  C13  109.21  3.000
 Q6J  H5   C12  C11  107.48  3.000
 Q6J  C16  C12  C11  112.23  3.000
 Q6J  C13  C12  C11  110.33  3.000
 Q6J  H6   C13  C4   107.34  3.000
 Q6J  H6   C13  C19  107.10  3.000
 Q6J  C4   C13  C19  112.79  3.000
 Q6J  H6   C13  C12  106.69  3.000
 Q6J  C4   C13  C12  110.63  3.000
 Q6J  C19  C13  C12  111.93  3.000
 Q6J  H7   C16  C24  106.84  3.000
 Q6J  H7   C16  C17  106.13  3.000
 Q6J  C24  C16  C17  103.79  3.000
 Q6J  H7   C16  C12  106.46  3.000
 Q6J  C24  C16  C12  119.32  3.000
 Q6J  C17  C16  C12  113.47  3.000
 Q6J  C27  C17  C26  109.80  3.000
 Q6J  C26  C17  C18  115.75  3.000
 Q6J  C27  C17  C18  110.42  3.000
 Q6J  C26  C17  C16   99.37  3.000
 Q6J  C27  C17  C16  112.83  3.000
 Q6J  C18  C17  C16  108.30  3.000
 Q6J  H9   C18  H8   106.64  3.000
 Q6J  H9   C18  C19  109.76  3.000
 Q6J  H8   C18  C19  108.64  3.000
 Q6J  H9   C18  C17  111.25  3.000
 Q6J  H8   C18  C17  109.00  3.000
 Q6J  C19  C18  C17  111.39  3.000
 Q6J  H11  C19  H10  105.83  3.000
 Q6J  H11  C19  C18  108.06  3.000
 Q6J  H10  C19  C18  110.13  3.000
 Q6J  H11  C19  C13  109.76  3.000
 Q6J  H10  C19  C13  109.55  3.000
 Q6J  C18  C19  C13  113.23  3.000
 Q6J  H13  C2   H12  107.55  3.000
 Q6J  H13  C2   C3   110.97  3.000
 Q6J  H12  C2   C3   108.54  3.000
 Q6J  H13  C2   C1   110.11  3.000
 Q6J  H12  C2   C1   107.51  3.000
 Q6J  C3   C2   C1   111.99  3.000
 Q6J  H15  C24  H14  106.70  3.000
 Q6J  H15  C24  C25  111.02  3.000
 Q6J  H14  C24  C25  112.47  3.000
 Q6J  H15  C24  C16  110.62  3.000
 Q6J  H14  C24  C16  112.34  3.000
 Q6J  C25  C24  C16  103.77  3.000
 Q6J  H17  C25  H16  106.62  3.000
 Q6J  H17  C25  C26  110.03  3.000
 Q6J  H16  C25  C26  111.19  3.000
 Q6J  H17  C25  C24  111.34  3.000
 Q6J  H16  C25  C24  111.94  3.000
 Q6J  C26  C25  C24  105.79  3.000
 Q6J  H18  C26  O27  109.82  3.000
 Q6J  H18  C26  C25  108.28  3.000
 Q6J  O27  C26  C25  114.81  3.000
 Q6J  H18  C26  C17  107.43  3.000
 Q6J  C25  C26  C17  103.98  3.000
 Q6J  O27  C26  C17  112.12  3.000
 Q6J  H21  C27  H20  107.06  3.000
 Q6J  H21  C27  H19  106.91  3.000
 Q6J  H20  C27  H19  107.24  3.000
 Q6J  H21  C27  C17  112.16  3.000
 Q6J  H20  C27  C17  110.46  3.000
 Q6J  H19  C27  C17  112.70  3.000
 Q6J  H22  C3   C4   107.29  3.000
 Q6J  H22  C3   C2   107.92  3.000
 Q6J  C4   C3   C2   111.49  3.000
 Q6J  H22  C3   C10  107.82  3.000
 Q6J  C2   C3   C10  110.38  3.000
 Q6J  C4   C3   C10  111.74  3.000
 Q6J  H23  C4   C5   108.10  3.000
 Q6J  H23  C4   C3   107.84  3.000
 Q6J  C5   C4   C3   109.61  3.000
 Q6J  H23  C4   C13  107.76  3.000
 Q6J  C3   C4   C13  110.57  3.000
 Q6J  C5   C4   C13  112.80  3.000
 Q6J  H25  C5   H24  106.62  3.000
 Q6J  H25  C5   C6   107.81  3.000
 Q6J  H24  C5   C6   109.56  3.000
 Q6J  H25  C5   C4   110.94  3.000
 Q6J  H24  C5   C4   109.26  3.000
 Q6J  C6   C5   C4   112.47  3.000
 Q6J  H27  C6   H26  107.55  3.000
 Q6J  H27  C6   C5   111.32  3.000
 Q6J  H26  C6   C5   108.56  3.000
 Q6J  H27  C6   C1   110.32  3.000
 Q6J  H26  C6   C1   107.16  3.000
 Q6J  C5   C6   C1   111.74  3.000
 Q6J  H28  O27  C26  108.16  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q6J  Var_01  C4   C5   C6   C1   -52.94  30.0  1
 Q6J  Var_02  C3   C10  C11  C12   55.95  30.0  1
 Q6J  Var_03  C17  C18  C19  C13  -53.75  30.0  1
 Q6J  Var_04  C26  C25  C24  C16    6.39  30.0  1
 Q6J  Var_05  C5   C6   C1   C2    50.37  30.0  1
 Q6J  Var_06  C6   C1   C2   C3   -51.25  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q6J  chir_01  C12  C13  C16  C11  positiv
 Q6J  chir_02  C13  C12  C4   C19  negativ
 Q6J  chir_03  C16  C17  C12  C24  positiv
 Q6J  chir_04  C17  C26  C16  C18  positiv
 Q6J  chir_05  C26  O27  C17  C25  positiv
 Q6J  chir_06  C3   C4   C2   C10  positiv
 Q6J  chir_07  C4   C3   C13  C5   negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q6J  plan-1  C1  0.020
 Q6J  plan-1  C2  0.020
 Q6J  plan-1  C6  0.020
 Q6J  plan-1  O1  0.020

