# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Jul 22 06:12:33 2021
#   Inital geometry file: a 99 line input string
#   Ligand name: 3-[(2-~{tert}-butyl-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-6-chloranyl-quinazolin-4-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)(C)c1scc(CN2C=Nc3ccc(Cl)cc3C2=O)n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q4E  Q4E  3-[(2-~{tert}-butyl-1,3-thiazol-4-yl)methyl]-6-chloranyl-quinazolin-4-one  ligand  38  22  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_Q4E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q4E  S1   S   S2    0   0.220  97.7862  47.7167  11.1509
 Q4E  C2   C   CT    0  -0.181  97.4407  48.9340   8.6051
 Q4E  C3   C   CH3   0  -0.624  97.4685  47.8534   7.5150
 Q4E  C4   C   CH3   0  -0.663  98.8643  49.4153   8.8837
 Q4E  C5   C   CR5   0   0.112  96.8252  48.3211   9.8377
 Q4E  C6   C   CR5   0   0.355  95.2818  47.4894  11.1754
 Q4E  C8   C   CR16  0   0.161  92.5813  46.9146   9.4484
 Q4E  C10  C   CR16  0  -0.317  91.6988  44.2161   7.3284
 Q4E  C11  C   CR16  0  -0.193  91.8464  42.8506   7.2577
 Q4E  C1   C   CH3   0  -0.633  96.5765  50.1103   8.1456
 Q4E  N1   N   N     0  -0.383  95.5576  48.1303  10.0014
 Q4E  C7   C   CH2   0  -0.424  93.8559  47.1894  11.5047
 Q4E  N2   N   NR6   0  -0.509  93.2623  46.3371  10.4779
 Q4E  N3   N   N     0  -0.463  92.0727  46.2977   8.4487
 Q4E  C9   C   CR66  0   0.253  92.2370  44.9345   8.4049
 Q4E  C12  C   CR6   0  -0.045  92.5396  42.1751   8.2670
 Q4E  CL1  CL  CL    0  -0.116  92.7150  40.4570   8.1603
 Q4E  C13  C   CR16  0  -0.233  93.0807  42.8510   9.3347
 Q4E  C14  C   CR66  0  -0.107  92.9282  44.2379   9.4044
 Q4E  C15  C   CR6   0   0.604  93.5045  44.9753  10.5246
 Q4E  O1   O   O     0  -0.445  94.1428  44.4753  11.4307
 Q4E  C16  C   CR15  0  -0.549  96.3622  47.1757  11.9327
 Q4E  H6   H   HCH3  0   0.231  98.0638  46.9930   7.8252
 Q4E  H4   H   HCH3  0   0.237  96.4621  47.5042   7.2834
 Q4E  H5   H   HCH3  0   0.235  97.9086  48.2534   6.5999
 Q4E  H8   H   HCH3  0   0.241  98.8903  50.1718   9.6697
 Q4E  H9   H   HCH3  0   0.235  99.5258  48.5956   9.1747
 Q4E  H7   H   HCH3  0   0.248  99.2873  49.8590   7.9820
 Q4E  H13  H   HCR6  0   0.279  91.1667  44.7501   6.5526
 Q4E  H14  H   HCR6  0   0.292  91.4286  42.3018   6.4248
 Q4E  H3   H   HCH3  0   0.232  96.5371  50.8942   8.9035
 Q4E  H1   H   HCH3  0   0.232  96.9938  50.5433   7.2346
 Q4E  H2   H   HCH3  0   0.238  95.5566  49.7926   7.9333
 Q4E  H11  H   HCH2  0   0.298  93.2718  48.1089  11.5436
 Q4E  H10  H   HCH2  0   0.297  93.7668  46.7036  12.4730
 Q4E  H15  H   HCR6  0   0.288  93.6158  42.3244  10.1131
 Q4E  H16  H   HCR5  0   0.304  96.3887  46.6694  12.8846
 Q4E  H12  H   HCR6  0   0.294  92.4704  47.9897   9.5207

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q4E  C3   C2   single    1.535  0.020  1.535
 Q4E  C10  C11  aromatic  1.375  0.020  1.375
 Q4E  C10  C9   aromatic  1.402  0.020  1.402
 Q4E  C11  C12  aromatic  1.398  0.020  1.398
 Q4E  N3   C9   single    1.374  0.020  1.374
 Q4E  N3   C8   double    1.280  0.020  1.280
 Q4E  C1   C2   single    1.530  0.020  1.530
 Q4E  C9   C14  aromatic  1.401  0.020  1.401
 Q4E  C2   C4   single    1.528  0.020  1.528
 Q4E  C2   C5   single    1.508  0.020  1.508
 Q4E  C12  CL1  single    1.730  0.020  1.730
 Q4E  C12  C13  aromatic  1.375  0.020  1.375
 Q4E  C8   N2   single    1.363  0.020  1.363
 Q4E  C14  C13  aromatic  1.397  0.020  1.397
 Q4E  C14  C15  single    1.460  0.020  1.460
 Q4E  C5   N1   aromatic  1.292  0.020  1.292
 Q4E  C5   S1   aromatic  1.736  0.020  1.736
 Q4E  N1   C6   aromatic  1.366  0.020  1.366
 Q4E  N2   C15  single    1.384  0.020  1.384
 Q4E  N2   C7   single    1.460  0.020  1.460
 Q4E  C15  O1   double    1.216  0.020  1.216
 Q4E  S1   C16  aromatic  1.712  0.020  1.712
 Q4E  C6   C7   single    1.494  0.020  1.494
 Q4E  C6   C16  aromatic  1.356  0.020  1.356
 Q4E  C3   H6   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C3   H4   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C3   H5   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C4   H8   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C4   H9   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C4   H7   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C8   H12  single    0.930  0.020  1.080
 Q4E  C10  H13  single    0.930  0.020  1.080
 Q4E  C11  H14  single    0.930  0.020  1.080
 Q4E  C1   H3   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C1   H1   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C1   H2   single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C7   H11  single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C7   H10  single    0.970  0.020  1.090
 Q4E  C13  H15  single    0.930  0.020  1.080
 Q4E  C16  H16  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q4E  C16  S1   C5    89.72  3.000
 Q4E  C1   C2   C5   109.11  3.000
 Q4E  C5   C2   C4   111.05  3.000
 Q4E  C1   C2   C4   109.80  3.000
 Q4E  C5   C2   C3   107.56  3.000
 Q4E  C4   C2   C3   109.52  3.000
 Q4E  C1   C2   C3   109.76  3.000
 Q4E  H5   C3   H4   108.15  3.000
 Q4E  H5   C3   H6   107.90  3.000
 Q4E  H4   C3   H6   108.15  3.000
 Q4E  H5   C3   C2   110.16  3.000
 Q4E  H4   C3   C2   111.08  3.000
 Q4E  H6   C3   C2   111.29  3.000
 Q4E  H7   C4   H9   106.89  3.000
 Q4E  H7   C4   H8   107.71  3.000
 Q4E  H9   C4   H8   108.29  3.000
 Q4E  H7   C4   C2   109.80  3.000
 Q4E  H9   C4   C2   112.10  3.000
 Q4E  H8   C4   C2   111.83  3.000
 Q4E  N1   C5   C2   124.33  3.000
 Q4E  N1   C5   S1   113.31  3.000
 Q4E  C2   C5   S1   122.28  3.000
 Q4E  C16  C6   C7   126.22  3.000
 Q4E  C16  C6   N1   115.32  3.000
 Q4E  C7   C6   N1   118.46  3.000
 Q4E  H12  C8   N3   119.32  3.000
 Q4E  H12  C8   N2   114.92  3.000
 Q4E  N3   C8   N2   125.76  3.000
 Q4E  H13  C10  C9   119.12  3.000
 Q4E  H13  C10  C11  120.40  3.000
 Q4E  C9   C10  C11  120.48  3.000
 Q4E  H14  C11  C12  120.15  3.000
 Q4E  H14  C11  C10  120.14  3.000
 Q4E  C12  C11  C10  119.72  3.000
 Q4E  H2   C1   H1   108.12  3.000
 Q4E  H2   C1   H3   108.13  3.000
 Q4E  H1   C1   H3   107.97  3.000
 Q4E  H2   C1   C2   111.29  3.000
 Q4E  H1   C1   C2   109.86  3.000
 Q4E  H3   C1   C2   111.36  3.000
 Q4E  C6   N1   C5   112.11  3.000
 Q4E  H10  C7   H11  107.53  3.000
 Q4E  H10  C7   N2   109.40  3.000
 Q4E  H11  C7   N2   107.43  3.000
 Q4E  H10  C7   C6   111.37  3.000
 Q4E  H11  C7   C6   110.48  3.000
 Q4E  N2   C7   C6   110.50  3.000
 Q4E  C15  N2   C7   118.64  3.000
 Q4E  C7   N2   C8   119.14  3.000
 Q4E  C15  N2   C8   122.00  3.000
 Q4E  C9   N3   C8   117.10  3.000
 Q4E  C14  C9   N3   121.99  3.000
 Q4E  C14  C9   C10  118.85  3.000
 Q4E  N3   C9   C10  119.16  3.000
 Q4E  C13  C12  CL1  119.75  3.000
 Q4E  C13  C12  C11  121.21  3.000
 Q4E  CL1  C12  C11  119.04  3.000
 Q4E  H15  C13  C14  120.09  3.000
 Q4E  H15  C13  C12  120.96  3.000
 Q4E  C14  C13  C12  118.95  3.000
 Q4E  C15  C14  C13  119.78  3.000
 Q4E  C15  C14  C9   119.42  3.000
 Q4E  C13  C14  C9   120.79  3.000
 Q4E  O1   C15  C14  124.85  3.000
 Q4E  O1   C15  N2   121.44  3.000
 Q4E  C14  C15  N2   113.71  3.000
 Q4E  H16  C16  C6   128.39  3.000
 Q4E  H16  C16  S1   122.07  3.000
 Q4E  C6   C16  S1   109.54  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q4E  CONST_01  C6   N1   C5   S1     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_02  N1   C6   C16  S1     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_03  C16  C6   N1   C5     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_04  C6   C16  S1   C5     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_05  C13  C12  C11  C10    0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_06  C13  C14  C9   C10    0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_07  C14  C9   C10  C11    0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_08  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_09  C16  S1   C5   N1     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_10  C12  C11  C10  C9     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_11  C12  C13  C14  C9     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_12  C14  C15  N2   C8     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_13  C9   N3   C8   N2     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_14  C15  N2   C8   N3     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_15  C7   C6   C16  S1   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_16  C6   N1   C5   C2   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_17  C16  S1   C5   C2   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_18  C7   C6   N1   C5   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_19  CL1  C12  C11  C10  180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_20  C14  C13  C12  CL1  180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_21  O1   C15  N2   C8   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_22  N3   C8   N2   C7   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_23  C14  C15  N2   C7   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_24  H16  C16  S1   C5   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_25  H15  C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_26  H13  C10  C9   N3     0.00   0.0  0
 Q4E  CONST_27  H14  C11  C10  C9   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_28  H12  C8   N3   C9   180.00   0.0  0
 Q4E  CONST_29  O1   C15  N2   C7     0.00   0.0  0
 Q4E  Var_01    C8   N2   C7   C6   -93.84  30.0  2
 Q4E  Var_02    N2   C7   C6   N1    59.71  30.0  2
 Q4E  Var_03    C3   C2   C5   S1    98.63  30.0  3
 Q4E  Var_04    H6   C3   C2   C5   -60.33  30.0  3
 Q4E  Var_05    H3   C1   C2   C5    62.25  30.0  3
 Q4E  Var_06    H8   C4   C2   C5   -60.18  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q4E  plan-1  S1   0.020
 Q4E  plan-1  C2   0.020
 Q4E  plan-1  C5   0.020
 Q4E  plan-1  C6   0.020
 Q4E  plan-1  N1   0.020
 Q4E  plan-1  C7   0.020
 Q4E  plan-1  C16  0.020
 Q4E  plan-1  H16  0.020
 Q4E  plan-2  C8   0.020
 Q4E  plan-2  C10  0.020
 Q4E  plan-2  C11  0.020
 Q4E  plan-2  C7   0.020
 Q4E  plan-2  N2   0.020
 Q4E  plan-2  N3   0.020
 Q4E  plan-2  C9   0.020
 Q4E  plan-2  C12  0.020
 Q4E  plan-2  CL1  0.020
 Q4E  plan-2  C13  0.020
 Q4E  plan-2  C14  0.020
 Q4E  plan-2  C15  0.020
 Q4E  plan-2  O1   0.020
 Q4E  plan-2  H13  0.020
 Q4E  plan-2  H14  0.020
 Q4E  plan-2  H15  0.020
 Q4E  plan-2  H12  0.020

