# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 20 11:02:38 2022
#   Inital geometry file: a 54 line input string
#   Ligand name: (3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H](CC(O)=O)C(=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1Z  Q1Z  '(3~{R})-3-methyl-2-oxidanylidene-pentanedioic acid'  ligand  17  11  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_Q1Z
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1Z  C01  C  C      0   0.242  -10.4084   8.1547  -14.7209
 Q1Z  C02  C  CH1    0  -0.324  -10.8018   8.0926  -13.2652
 Q1Z  C03  C  CH2    0  -0.573  -10.7171   9.5112  -12.6880
 Q1Z  C04  C  CH3    0  -0.651  -12.1867   7.4926  -13.0712
 Q1Z  C05  C  C      0   0.338   -8.8907   8.3055  -15.0707
 Q1Z  C06  C  C      0   0.412  -10.8064   9.6070  -11.1469
 Q1Z  O01  O  O      0  -0.401  -11.2311   8.1044  -15.6087
 Q1Z  O02  O  O      0  -0.580   -8.6377   8.5520  -16.2588
 Q1Z  O03  O  OC    -1  -0.575   -8.0983   8.1469  -14.1249
 Q1Z  O04  O  OC    -1  -0.601  -10.4531   8.6120  -10.4841
 Q1Z  O05  O  O      0  -0.613  -11.1892  10.7060  -10.6977
 Q1Z  H01  H  HCH1   0   0.229  -10.0617   7.4856  -12.7417
 Q1Z  H02  H  HCH2   0   0.237   -9.7640   9.9688  -12.9750
 Q1Z  H03  H  HCH2   0   0.209  -11.4958  10.1358  -13.1362
 Q1Z  H04  H  HCH3   0   0.224  -12.4210   7.4276  -12.0095
 Q1Z  H05  H  HCH3   0   0.209  -12.9590   8.0991  -13.5467
 Q1Z  H06  H  HCH3   0   0.218  -12.2558   6.4851  -13.4848

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1Z  O02  C05  deloc   1.240  0.020  1.240
 Q1Z  O01  C01  double  1.211  0.020  1.211
 Q1Z  C05  C01  single  1.565  0.020  1.565
 Q1Z  C05  O03  deloc   1.244  0.020  1.244
 Q1Z  C01  C02  single  1.509  0.020  1.509
 Q1Z  C02  C04  single  1.522  0.020  1.522
 Q1Z  C02  C03  single  1.534  0.020  1.534
 Q1Z  C03  C06  single  1.547  0.020  1.547
 Q1Z  C06  O05  deloc   1.247  0.020  1.247
 Q1Z  C06  O04  deloc   1.247  0.020  1.247
 Q1Z  C02  H01  single  0.970  0.020  1.090
 Q1Z  C03  H02  single  0.970  0.020  1.090
 Q1Z  C03  H03  single  0.970  0.020  1.090
 Q1Z  C04  H04  single  0.970  0.020  1.090
 Q1Z  C04  H05  single  0.970  0.020  1.090
 Q1Z  C04  H06  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1Z  O01  C01  C05  119.93  3.000
 Q1Z  C05  C01  C02  118.19  3.000
 Q1Z  O01  C01  C02  121.88  3.000
 Q1Z  H01  C02  C04  109.68  3.000
 Q1Z  H01  C02  C03  107.25  3.000
 Q1Z  C04  C02  C03  111.53  3.000
 Q1Z  H01  C02  C01  108.00  3.000
 Q1Z  C03  C02  C01  108.09  3.000
 Q1Z  C04  C02  C01  112.11  3.000
 Q1Z  H03  C03  H02  105.86  3.000
 Q1Z  H03  C03  C06  109.37  3.000
 Q1Z  H02  C03  C06  106.59  3.000
 Q1Z  H03  C03  C02  109.54  3.000
 Q1Z  H02  C03  C02  109.62  3.000
 Q1Z  C06  C03  C02  115.41  3.000
 Q1Z  H06  C04  H05  107.65  3.000
 Q1Z  H06  C04  H04  107.50  3.000
 Q1Z  H05  C04  H04  107.80  3.000
 Q1Z  H06  C04  C02  111.92  3.000
 Q1Z  H05  C04  C02  111.68  3.000
 Q1Z  H04  C04  C02  110.10  3.000
 Q1Z  O03  C05  O02  128.61  3.000
 Q1Z  O03  C05  C01  115.82  3.000
 Q1Z  O02  C05  C01  115.56  3.000
 Q1Z  O05  C06  O04  126.78  3.000
 Q1Z  O04  C06  C03  117.64  3.000
 Q1Z  O05  C06  C03  115.53  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q1Z  Var_01  O02  C05  C01  C02  -169.62  30.0  2
 Q1Z  Var_02  O05  C06  C03  C02  -156.67  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q1Z  chir_01  C02  C01  C04  C03  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q1Z  plan-1  C01  0.020
 Q1Z  plan-1  C02  0.020
 Q1Z  plan-1  C05  0.020
 Q1Z  plan-1  O01  0.020
 Q1Z  plan-2  C01  0.020
 Q1Z  plan-2  C05  0.020
 Q1Z  plan-2  O02  0.020
 Q1Z  plan-2  O03  0.020
 Q1Z  plan-3  C03  0.020
 Q1Z  plan-3  C06  0.020
 Q1Z  plan-3  O04  0.020
 Q1Z  plan-3  O05  0.020

