# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 20 11:53:24 2022
#   Inital geometry file: a 60 line input string
#   Ligand name: 2,2-dimethyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)(CC(=O)C(O)=O)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1W  Q1W  '2,2-dimethyl-4-oxidanylidene-pentanedioic acid'  ligand  20  12  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q1W
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1W  C01  C  C      0   0.341  46.4643   -7.1140  -26.6752
 Q1W  C02  C  C      0   0.250  47.1585   -8.4973  -26.8052
 Q1W  C03  C  CH2    0  -0.544  48.6630   -8.4839  -26.7226
 Q1W  C04  C  CT     0  -0.179  49.4608   -9.7724  -26.9672
 Q1W  C05  C  C      0   0.432  50.9666   -9.3948  -26.7899
 Q1W  C06  C  CH3    0  -0.647  49.1273  -10.8382  -25.9160
 Q1W  C07  C  CH3    0  -0.636  49.1907  -10.3240  -28.3649
 Q1W  O01  O  O      0  -0.409  46.4852   -9.4965  -26.9395
 Q1W  O02  O  O      0  -0.584  45.4513   -6.9501  -27.3720
 Q1W  O03  O  OC    -1  -0.583  46.9931   -6.3239  -25.8730
 Q1W  O04  O  OC    -1  -0.614  51.2880   -8.9435  -25.6701
 Q1W  O05  O  O      0  -0.590  51.7328   -9.5698  -27.7580
 Q1W  H01  H  HCH2   0   0.245  49.0008   -7.7057  -27.4205
 Q1W  H02  H  HCH2   0   0.261  48.9158   -8.0820  -25.7378
 Q1W  H04  H  HCH3   0   0.212  49.2311  -10.4445  -24.9045
 Q1W  H06  H  HCH3   0   0.218  48.1109  -11.2113  -26.0306
 Q1W  H05  H  HCH3   0   0.208  49.8009  -11.6944  -26.0063
 Q1W  H07  H  HCH3   0   0.209  48.1514  -10.6303  -28.4773
 Q1W  H09  H  HCH3   0   0.204  49.4045   -9.5825  -29.1367
 Q1W  H08  H  HCH3   0   0.207  49.8146  -11.1950  -28.5700

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1W  C07  C04  single  1.527  0.020  1.527
 Q1W  O05  C05  deloc   1.247  0.020  1.247
 Q1W  O01  C02  double  1.212  0.020  1.212
 Q1W  O02  C01  deloc   1.240  0.020  1.240
 Q1W  C02  C01  single  1.553  0.020  1.553
 Q1W  C02  C03  single  1.507  0.020  1.507
 Q1W  C05  C04  single  1.562  0.020  1.562
 Q1W  C05  O04  deloc   1.249  0.020  1.249
 Q1W  C01  O03  deloc   1.244  0.020  1.244
 Q1W  C04  C03  single  1.535  0.020  1.535
 Q1W  C04  C06  single  1.534  0.020  1.534
 Q1W  C03  H01  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C03  H02  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C06  H04  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C06  H06  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C06  H05  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C07  H07  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C07  H09  single  0.970  0.020  1.090
 Q1W  C07  H08  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1W  O03  C01  O02  128.73  3.000
 Q1W  O03  C01  C02  115.44  3.000
 Q1W  O02  C01  C02  115.83  3.000
 Q1W  O01  C02  C03  124.61  3.000
 Q1W  C03  C02  C01  115.71  3.000
 Q1W  O01  C02  C01  119.67  3.000
 Q1W  H02  C03  H01  103.93  3.000
 Q1W  H02  C03  C04  109.39  3.000
 Q1W  H01  C03  C04  109.48  3.000
 Q1W  H02  C03  C02  106.47  3.000
 Q1W  H01  C03  C02  106.17  3.000
 Q1W  C04  C03  C02  120.18  3.000
 Q1W  C07  C04  C06  109.75  3.000
 Q1W  C06  C04  C05  107.44  3.000
 Q1W  C07  C04  C05  111.21  3.000
 Q1W  C06  C04  C03  111.16  3.000
 Q1W  C05  C04  C03  106.25  3.000
 Q1W  C07  C04  C03  110.93  3.000
 Q1W  O05  C05  O04  126.05  3.000
 Q1W  O04  C05  C04  115.91  3.000
 Q1W  O05  C05  C04  118.05  3.000
 Q1W  H05  C06  H06  107.35  3.000
 Q1W  H05  C06  H04  107.50  3.000
 Q1W  H06  C06  H04  108.08  3.000
 Q1W  H05  C06  C04  110.71  3.000
 Q1W  H06  C06  C04  111.65  3.000
 Q1W  H04  C06  C04  111.36  3.000
 Q1W  H08  C07  H09  107.30  3.000
 Q1W  H08  C07  H07  107.56  3.000
 Q1W  H09  C07  H07  107.75  3.000
 Q1W  H08  C07  C04  111.07  3.000
 Q1W  H09  C07  C04  111.55  3.000
 Q1W  H07  C07  C04  111.40  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q1W  Var_01  C04  C03  C02  C01  -174.35  30.0  3
 Q1W  Var_02  C07  C04  C03  C02    59.51  30.0  2
 Q1W  Var_03  O02  C01  C02  C03   143.99  30.0  2
 Q1W  Var_04  O05  C05  C04  C03  -120.44  30.0  2
 Q1W  Var_05  H07  C07  C04  C03   -64.55  30.0  3
 Q1W  Var_06  H04  C06  C04  C03   -52.15  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q1W  plan-1  C01  0.020
 Q1W  plan-1  C02  0.020
 Q1W  plan-1  C03  0.020
 Q1W  plan-1  O01  0.020
 Q1W  plan-2  C01  0.020
 Q1W  plan-2  C02  0.020
 Q1W  plan-2  O02  0.020
 Q1W  plan-2  O03  0.020
 Q1W  plan-3  C04  0.020
 Q1W  plan-3  C05  0.020
 Q1W  plan-3  O04  0.020
 Q1W  plan-3  O05  0.020

