# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 08:49:02 2020
#   Inital geometry file: a 121 line input string
#   Ligand name: 3-[2-(6-azanyl-4-methyl-pyridin-2-yl)ethyl]-5-[methyl-[2-(methylamino)ethyl]amino]benzenecarbonitrile
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNCCN(C)c1cc(CCc2cc(C)cc(N)n2)cc(c1)C#N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1T  Q1T  3-[2-(6-azanyl-4-methyl-pyridin-2-yl)ethyl]-5-[methyl-[2-(methylamino)ethyl]amino]benzenecarbonitrile  ligand  49  24  .  2022-07-22  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_Q1T
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1T  N01   N  N     0  -0.487  -3.8836  -1.2124   0.1350
 Q1T  C02   C  CR6   0   0.441  -5.1487  -1.5566   0.3454
 Q1T  N02   N  NH2   0  -0.839  -5.3772  -2.7984   0.8642
 Q1T  C03   C  CR16  0  -0.449  -6.2179  -0.6785   0.0920
 Q1T  C04   C  CR6   0   0.207  -5.9478   0.5899  -0.3768
 Q1T  C05   C  CR16  0  -0.437  -4.6085   0.9464  -0.5785
 Q1T  C06   C  CR6   0   0.284  -3.6197   0.0167  -0.3147
 Q1T  C07   C  CH3   0  -0.726  -7.0477   1.5665  -0.6589
 Q1T  C08   C  CH2   0  -0.490  -2.1682   0.3463  -0.5186
 Q1T  C09   C  CH2   0  -0.516  -1.3604   0.2547   0.7828
 Q1T  C11   C  CR6   0   0.167   0.0951   0.5370   0.5398
 Q1T  C12   C  CR16  0  -0.366   0.5847   1.8346   0.6205
 Q1T  C13   C  CR6   0   0.053   1.9290   2.0528   0.3301
 Q1T  C14   C  CR16  0  -0.376   2.7869   1.0243  -0.0413
 Q1T  C15   C  CR6   0   0.444   2.3002  -0.2904  -0.1429
 Q1T  C16   C  CR16  0  -0.407   0.9424  -0.4979   0.1692
 Q1T  C17   C  CSP   0   0.044   2.4550   3.3783   0.4266
 Q1T  N18   N  NS    0  -0.257   2.8772   4.4479   0.5037
 Q1T  C19   C  CH3   0  -0.549   2.5987  -2.6835  -0.4743
 Q1T  N19   N  NT    0  -0.514   3.0956  -1.3279  -0.5332
 Q1T  C20   C  CH2   0  -0.353   4.4587  -1.1213  -0.9670
 Q1T  C21   C  CH2   0  -0.265   5.4719  -1.1536   0.1723
 Q1T  N22   N  NH1   0  -0.594   6.8093  -0.9496  -0.3418
 Q1T  C23   C  CH3   0  -0.516   7.8144  -0.9309   0.7011
 Q1T  H021  H  HNH2  0   0.379  -4.6296  -3.4654   0.7655
 Q1T  H022  H  HNH2  0   0.388  -6.2969  -3.1901   0.7499
 Q1T  H03   H  HCR6  0   0.256  -7.2375  -1.0002   0.2668
 Q1T  H05   H  HCR6  0   0.244  -4.3471   1.9325  -0.9419
 Q1T  H071  H  HCH3  0   0.252  -6.9794   2.4285   0.0068
 Q1T  H072  H  HCH3  0   0.250  -6.9816   1.9463  -1.6792
 Q1T  H073  H  HCH3  0   0.246  -8.0307   1.1171  -0.5264
 Q1T  H081  H  HCH2  0   0.250  -1.7394  -0.3455  -1.2500
 Q1T  H082  H  HCH2  0   0.249  -2.0703   1.3480  -0.9411
 Q1T  H091  H  HCH2  0   0.252  -1.7641   0.9628   1.5103
 Q1T  H092  H  HCH2  0   0.252  -1.4835  -0.7435   1.2058
 Q1T  H12   H  HCR6  0   0.260  -0.0582   2.6577   0.9037
 Q1T  H16   H  HCR6  0   0.271   0.5228  -1.4935   0.1088
 Q1T  H14   H  HCR6  0   0.283   3.8236   1.2586  -0.2334
 Q1T  H191  H  HCH3  0   0.238   1.7990  -2.8667  -1.1979
 Q1T  H192  H  HCH3  0   0.263   3.4106  -3.3695  -0.7016
 Q1T  H193  H  HCH3  0   0.240   2.2211  -2.9393   0.5184
 Q1T  H201  H  HCH2  0   0.261   4.7012  -1.9035  -1.6902
 Q1T  H202  H  HCH2  0   0.250   4.5426  -0.1804  -1.5150
 Q1T  H211  H  HCH2  0   0.223   5.2516  -0.3541   0.8865
 Q1T  H212  H  HCH2  0   0.199   5.3627  -2.0986   0.7296
 Q1T  H22   H  HNH1  0   0.344   7.0275  -1.6959  -0.9907
 Q1T  H231  H  HCH3  0   0.232   8.8056  -0.8371   0.2579
 Q1T  H232  H  HCH3  0   0.222   7.6604  -0.0656   1.3487
 Q1T  H233  H  HCH3  0   0.194   7.8144  -1.8238   1.3410

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1T  N01  C02   aromatic  1.328  0.020  1.328
 Q1T  N01  C06   aromatic  1.335  0.020  1.335
 Q1T  C02  N02   single    1.365  0.020  1.365
 Q1T  C02  C03   aromatic  1.407  0.020  1.407
 Q1T  C03  C04   aromatic  1.379  0.020  1.379
 Q1T  C04  C05   aromatic  1.401  0.020  1.401
 Q1T  C04  C07   single    1.498  0.020  1.498
 Q1T  C05  C06   aromatic  1.383  0.020  1.383
 Q1T  C06  C08   single    1.502  0.020  1.502
 Q1T  C08  C09   single    1.534  0.020  1.534
 Q1T  C09  C11   single    1.502  0.020  1.502
 Q1T  C11  C12   aromatic  1.389  0.020  1.389
 Q1T  C11  C16   aromatic  1.388  0.020  1.388
 Q1T  C12  C13   aromatic  1.392  0.020  1.392
 Q1T  C13  C14   aromatic  1.390  0.020  1.390
 Q1T  C13  C17   single    1.429  0.020  1.429
 Q1T  C14  C15   aromatic  1.406  0.020  1.406
 Q1T  C15  C16   aromatic  1.409  0.020  1.409
 Q1T  C15  N19   single    1.364  0.020  1.364
 Q1T  C17  N18   triple    1.152  0.020  1.152
 Q1T  C19  N19   single    1.445  0.020  1.445
 Q1T  N19  C20   single    1.445  0.020  1.445
 Q1T  C20  C21   single    1.525  0.020  1.525
 Q1T  C21  N22   single    1.447  0.020  1.447
 Q1T  N22  C23   single    1.449  0.020  1.449
 Q1T  N02  H021  single    0.890  0.020  1.040
 Q1T  N02  H022  single    0.890  0.020  1.040
 Q1T  C03  H03   single    0.930  0.020  1.080
 Q1T  C05  H05   single    0.930  0.020  1.080
 Q1T  C07  H071  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C07  H072  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C07  H073  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C08  H081  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C08  H082  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C09  H091  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C09  H092  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C12  H12   single    0.930  0.020  1.080
 Q1T  C16  H16   single    0.930  0.020  1.080
 Q1T  C14  H14   single    0.930  0.020  1.080
 Q1T  C19  H191  single    0.970  0.020  1.090
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 Q1T  C19  H193  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C20  H201  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C20  H202  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C21  H211  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C21  H212  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  N22  H22   single    0.890  0.020  1.040
 Q1T  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
 Q1T  C23  H233  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1T  C06   N01  C02   118.71  3.000
 Q1T  C03   C02  N02   120.60  3.000
 Q1T  C03   C02  N01   122.27  3.000
 Q1T  N02   C02  N01   117.10  3.000
 Q1T  H022  N02  H021  114.19  3.000
 Q1T  H022  N02  C02   117.65  3.000
 Q1T  H021  N02  C02   116.18  3.000
 Q1T  H03   C03  C04   120.82  3.000
 Q1T  H03   C03  C02   120.07  3.000
 Q1T  C04   C03  C02   119.11  3.000
 Q1T  C07   C04  C05   120.60  3.000
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 Q1T  C05   C04  C03   118.06  3.000
 Q1T  H05   C05  C06   120.24  3.000
 Q1T  H05   C05  C04   120.73  3.000
 Q1T  C06   C05  C04   119.03  3.000
 Q1T  C08   C06  C05   121.17  3.000
 Q1T  C08   C06  N01   116.02  3.000
 Q1T  C05   C06  N01   122.81  3.000
 Q1T  H073  C07  H072  108.19  3.000
 Q1T  H073  C07  H071  107.96  3.000
 Q1T  H072  C07  H071  106.97  3.000
 Q1T  H073  C07  C04   111.77  3.000
 Q1T  H072  C07  C04   111.02  3.000
 Q1T  H071  C07  C04   110.75  3.000
 Q1T  H082  C08  H081  106.63  3.000
 Q1T  H082  C08  C09   109.62  3.000
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 Q1T  H082  C08  C06   109.90  3.000
 Q1T  H081  C08  C06   109.31  3.000
 Q1T  C09   C08  C06   112.36  3.000
 Q1T  H092  C09  H091  107.04  3.000
 Q1T  H092  C09  C11   110.11  3.000
 Q1T  H091  C09  C11   110.11  3.000
 Q1T  H092  C09  C08   108.90  3.000
 Q1T  H091  C09  C08   109.36  3.000
 Q1T  C11   C09  C08   111.20  3.000
 Q1T  C16   C11  C12   119.79  3.000
 Q1T  C16   C11  C09   119.64  3.000
 Q1T  C12   C11  C09   120.50  3.000
 Q1T  H12   C12  C13   120.60  3.000
 Q1T  H12   C12  C11   121.08  3.000
 Q1T  C13   C12  C11   118.32  3.000
 Q1T  C17   C13  C14   118.50  3.000
 Q1T  C17   C13  C12   119.11  3.000
 Q1T  C14   C13  C12   122.39  3.000
 Q1T  H14   C14  C15   121.49  3.000
 Q1T  H14   C14  C13   118.65  3.000
 Q1T  C15   C14  C13   119.85  3.000
 Q1T  N19   C15  C16   120.89  3.000
 Q1T  N19   C15  C14   122.01  3.000
 Q1T  C16   C15  C14   117.10  3.000
 Q1T  H16   C16  C15   119.80  3.000
 Q1T  H16   C16  C11   117.66  3.000
 Q1T  C15   C16  C11   122.53  3.000
 Q1T  N18   C17  C13   180.00  3.000
 Q1T  H193  C19  H192  107.49  3.000
 Q1T  H193  C19  H191  108.02  3.000
 Q1T  H192  C19  H191  107.58  3.000
 Q1T  H193  C19  N19   112.05  3.000
 Q1T  H192  C19  N19   109.07  3.000
 Q1T  H191  C19  N19   112.43  3.000
 Q1T  C20   N19  C19   118.08  3.000
 Q1T  C20   N19  C15   121.80  3.000
 Q1T  C19   N19  C15   120.09  3.000
 Q1T  H202  C20  H201  105.52  3.000
 Q1T  H202  C20  C21   110.01  3.000
 Q1T  H201  C20  C21   109.38  3.000
 Q1T  H202  C20  N19   110.26  3.000
 Q1T  H201  C20  N19   107.80  3.000
 Q1T  C21   C20  N19   113.54  3.000
 Q1T  H212  C21  H211  106.04  3.000
 Q1T  H212  C21  N22   113.07  3.000
 Q1T  H211  C21  N22   108.35  3.000
 Q1T  H212  C21  C20   109.27  3.000
 Q1T  H211  C21  C20   109.77  3.000
 Q1T  N22   C21  C20   110.22  3.000
 Q1T  H22   N22  C23   108.74  3.000
 Q1T  H22   N22  C21   108.84  3.000
 Q1T  C23   N22  C21   112.78  3.000
 Q1T  H233  C23  H232  107.38  3.000
 Q1T  H233  C23  H231  107.87  3.000
 Q1T  H232  C23  H231  107.54  3.000
 Q1T  H233  C23  N22   114.13  3.000
 Q1T  H232  C23  N22   109.85  3.000
 Q1T  H231  C23  N22   109.84  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
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loop_
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