# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 20 11:53:54 2022
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: (6~{R})-2-phenyl-5,6,7,8-tetrahydroquinazolin-6-amine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H]1CCc2nc(ncc2C1)c3ccccc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1Q  Q1Q  (6~{R})-2-phenyl-5,6,7,8-tetrahydroquinazolin-6-amine  ligand  32  17  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q1Q
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1Q  C4   C  CH2   0  -0.496   0.0691  37.5465  -22.2390
 Q1Q  C5   C  CR6   0  -0.008   3.0531  33.5128  -19.6020
 Q1Q  C6   C  CH2   0  -0.522   1.0163  37.8741  -19.4266
 Q1Q  C7   C  CH1   0  -0.082  -0.5196  38.5849  -21.2905
 Q1Q  C8   C  CH2   0  -0.460   0.5587  39.0318  -20.3042
 Q1Q  C12  C  CR16  0  -0.238   4.1829  32.6882  -17.6326
 Q1Q  C3   C  CR16  0  -0.044   1.1629  35.2729  -22.1258
 Q1Q  C1   C  CR6   0   0.282   1.3087  36.6334  -20.2156
 Q1Q  C2   C  CR6   0  -0.028   0.8458  36.4818  -21.5222
 Q1Q  N2   N  NH2   0  -0.790  -1.1181  39.6553  -22.0700
 Q1Q  N    N  N     0  -0.449   2.0082  35.6757  -19.6151
 Q1Q  N1   N  N     0  -0.426   1.8612  34.3205  -21.5305
 Q1Q  C    C  CR6   0   0.373   2.2642  34.5618  -20.2859
 Q1Q  C10  C  CR16  0  -0.283   3.4166  32.3463  -20.2760
 Q1Q  C11  C  CR16  0  -0.238   4.1554  31.3636  -19.6351
 Q1Q  C13  C  CR16  0  -0.255   4.5401  31.5296  -18.3108
 Q1Q  C9   C  CR16  0  -0.284   3.4467  33.6731  -18.2725
 Q1Q  H1   H  HCH2  0   0.249   0.7373  38.0565  -22.9436
 Q1Q  H2   H  HCH2  0   0.259  -0.7200  37.0913  -22.8419
 Q1Q  H3   H  HCH2  0   0.261   0.2348  37.6321  -18.6983
 Q1Q  H4   H  HCH2  0   0.263   1.8987  38.1417  -18.8426
 Q1Q  H5   H  HCH1  0   0.230  -1.3254  38.1096  -20.7184
 Q1Q  H6   H  HCH2  0   0.226   1.4069  39.4387  -20.8660
 Q1Q  H7   H  HCH2  0   0.242   0.1770  39.8392  -19.6756
 Q1Q  H8   H  HCR6  0   0.256   4.4791  32.8263  -16.6007
 Q1Q  H9   H  HCR6  0   0.265   0.8303  35.0697  -23.1400
 Q1Q  H10  H  HNH2  0   0.344  -1.5585  40.3213  -21.4465
 Q1Q  H11  H  HNH2  0   0.336  -0.3867  40.1707  -22.5483
 Q1Q  H13  H  HCR6  0   0.251   3.1190  32.2105  -21.3067
 Q1Q  H14  H  HCR6  0   0.256   4.4313  30.4649  -20.1714
 Q1Q  H15  H  HCR6  0   0.258   5.1154  30.7615  -17.8102
 Q1Q  H16  H  HCR6  0   0.251   3.1708  34.5730  -17.7401

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1Q  C4   C2   single    1.500  0.020  1.500
 Q1Q  C4   C7   single    1.525  0.020  1.525
 Q1Q  C3   N1   aromatic  1.323  0.020  1.323
 Q1Q  C3   C2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 Q1Q  N2   C7   single    1.453  0.020  1.453
 Q1Q  N1   C    aromatic  1.330  0.020  1.330
 Q1Q  C2   C1   aromatic  1.394  0.020  1.394
 Q1Q  C7   C8   single    1.528  0.020  1.528
 Q1Q  C    C5   single    1.480  0.020  1.480
 Q1Q  C    N    aromatic  1.325  0.020  1.325
 Q1Q  C1   N    aromatic  1.329  0.020  1.329
 Q1Q  C1   C6   single    1.499  0.020  1.499
 Q1Q  C8   C6   single    1.523  0.020  1.523
 Q1Q  C10  C5   aromatic  1.395  0.020  1.395
 Q1Q  C10  C11  aromatic  1.386  0.020  1.386
 Q1Q  C5   C9   aromatic  1.396  0.020  1.396
 Q1Q  C11  C13  aromatic  1.389  0.020  1.389
 Q1Q  C9   C12  aromatic  1.386  0.020  1.386
 Q1Q  C13  C12  aromatic  1.389  0.020  1.389
 Q1Q  C4   H1   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C4   H2   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C6   H3   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C6   H4   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C7   H5   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C8   H6   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C8   H7   single    0.970  0.020  1.090
 Q1Q  C12  H8   single    0.930  0.020  1.080
 Q1Q  C3   H9   single    0.930  0.020  1.080
 Q1Q  N2   H10  single    0.890  0.020  1.040
 Q1Q  N2   H11  single    0.890  0.020  1.040
 Q1Q  C10  H13  single    0.930  0.020  1.080
 Q1Q  C11  H14  single    0.930  0.020  1.080
 Q1Q  C13  H15  single    0.930  0.020  1.080
 Q1Q  C9   H16  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1Q  H2   C4   H1   106.22  3.000
 Q1Q  H2   C4   C2   109.99  3.000
 Q1Q  H1   C4   C2   108.76  3.000
 Q1Q  H2   C4   C7   110.38  3.000
 Q1Q  H1   C4   C7   108.56  3.000
 Q1Q  C2   C4   C7   112.71  3.000
 Q1Q  C9   C5   C10  118.85  3.000
 Q1Q  C9   C5   C    120.60  3.000
 Q1Q  C10  C5   C    120.54  3.000
 Q1Q  H4   C6   H3   105.97  3.000
 Q1Q  H4   C6   C1   109.08  3.000
 Q1Q  H3   C6   C1   107.84  3.000
 Q1Q  H4   C6   C8   111.39  3.000
 Q1Q  H3   C6   C8   109.68  3.000
 Q1Q  C1   C6   C8   112.61  3.000
 Q1Q  H5   C7   N2   107.24  3.000
 Q1Q  H5   C7   C8   107.98  3.000
 Q1Q  N2   C7   C8   114.92  3.000
 Q1Q  H5   C7   C4   108.25  3.000
 Q1Q  C8   C7   C4   109.16  3.000
 Q1Q  N2   C7   C4   109.09  3.000
 Q1Q  H7   C8   H6   106.93  3.000
 Q1Q  H7   C8   C7   109.94  3.000
 Q1Q  H6   C8   C7   108.90  3.000
 Q1Q  H7   C8   C6   109.59  3.000
 Q1Q  H6   C8   C6   110.19  3.000
 Q1Q  C7   C8   C6   111.19  3.000
 Q1Q  H8   C12  C9   119.65  3.000
 Q1Q  H8   C12  C13  120.10  3.000
 Q1Q  C9   C12  C13  120.24  3.000
 Q1Q  H9   C3   N1   116.56  3.000
 Q1Q  H9   C3   C2   119.93  3.000
 Q1Q  N1   C3   C2   123.51  3.000
 Q1Q  N    C1   C2   121.31  3.000
 Q1Q  N    C1   C6   117.46  3.000
 Q1Q  C2   C1   C6   121.22  3.000
 Q1Q  C1   C2   C3   115.24  3.000
 Q1Q  C1   C2   C4   122.85  3.000
 Q1Q  C3   C2   C4   121.91  3.000
 Q1Q  H11  N2   H10  105.64  3.000
 Q1Q  H11  N2   C7   109.28  3.000
 Q1Q  H10  N2   C7   109.46  3.000
 Q1Q  C    N    C1   118.58  3.000
 Q1Q  C    N1   C3   116.77  3.000
 Q1Q  N1   C    N    124.58  3.000
 Q1Q  N    C    C5   117.69  3.000
 Q1Q  N1   C    C5   117.73  3.000
 Q1Q  H13  C10  C11  119.88  3.000
 Q1Q  H13  C10  C5   119.58  3.000
 Q1Q  C11  C10  C5   120.54  3.000
 Q1Q  H14  C11  C13  120.07  3.000
 Q1Q  H14  C11  C10  119.69  3.000
 Q1Q  C13  C11  C10  120.23  3.000
 Q1Q  H15  C13  C11  120.22  3.000
 Q1Q  H15  C13  C12  120.18  3.000
 Q1Q  C11  C13  C12  119.60  3.000
 Q1Q  H16  C9   C12  119.96  3.000
 Q1Q  H16  C9   C5   119.51  3.000
 Q1Q  C12  C9   C5   120.53  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q1Q  CONST_01  C3   N1   C    C5   180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_02  C1   N    C    C5   180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_03  C13  C11  C10  C5     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_04  C13  C12  C9   C5     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_05  C    C5   C9   C12  180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_06  C10  C5   C9   C12    0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_07  C10  C11  C13  C12    0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_08  N    C    N1   C3     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_09  N    C1   C2   C3     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_10  N1   C3   C2   C1     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_11  N1   C    N    C1     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_12  C    N1   C3   C2     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_13  C    N    C1   C2     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_14  C10  C5   C    N    180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_15  C9   C5   C    N      0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_16  C10  C5   C    N1     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_17  C9   C5   C    N1   180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_18  C11  C10  C5   C    180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_19  C9   C5   C10  C11    0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_20  C9   C12  C13  C11    0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_21  H9   C3   C2   C4     0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_22  H14  C11  C10  C5   180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_23  H8   C12  C9   C5   180.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_24  H13  C10  C5   C      0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_25  H16  C9   C5   C      0.00   0.0  0
 Q1Q  CONST_26  H15  C13  C11  C10  180.00   0.0  0
 Q1Q  Var_01    C3   C2   C4   C7   162.77  30.0  1
 Q1Q  Var_02    C1   C6   C8   C7    47.36  30.0  1
 Q1Q  Var_03    C2   C1   C6   C8   -16.67  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q1Q  chir_01  C7  C4  N2  C8  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q1Q  plan-1  C5   0.020
 Q1Q  plan-1  C12  0.020
 Q1Q  plan-1  C    0.020
 Q1Q  plan-1  C10  0.020
 Q1Q  plan-1  C11  0.020
 Q1Q  plan-1  C13  0.020
 Q1Q  plan-1  C9   0.020
 Q1Q  plan-1  H8   0.020
 Q1Q  plan-1  H13  0.020
 Q1Q  plan-1  H14  0.020
 Q1Q  plan-1  H15  0.020
 Q1Q  plan-1  H16  0.020
 Q1Q  plan-2  C4   0.020
 Q1Q  plan-2  C5   0.020
 Q1Q  plan-2  C6   0.020
 Q1Q  plan-2  C3   0.020
 Q1Q  plan-2  C1   0.020
 Q1Q  plan-2  C2   0.020
 Q1Q  plan-2  N    0.020
 Q1Q  plan-2  N1   0.020
 Q1Q  plan-2  C    0.020
 Q1Q  plan-2  H9   0.020

