# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 20 12:48:34 2022
#   Inital geometry file: a 81 line input string
#   Ligand name: 6-(4-methylsulfonylpiperazin-1-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[S](=O)(=O)N1CCN(CC1)c2ccc3nncn3n2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1K  Q1K  6-(4-methylsulfonylpiperazin-1-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazine  ligand  33  19  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_Q1K
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1K  C4   C  CR16  0  -0.296  13.4050  15.0995  19.3576
 Q1K  C5   C  CH2   0  -0.312  15.6865  10.9371  18.5156
 Q1K  C6   C  CH2   0  -0.307  13.4875  10.8784  19.5246
 Q1K  C7   C  CH2   0  -0.299  15.3526  12.2592  17.8509
 Q1K  C8   C  CH2   0  -0.303  13.1535  12.1964  18.8545
 Q1K  C3   C  CR16  0  -0.261  13.3887  16.4465  19.2853
 Q1K  C1   C  CR6   0   0.517  14.2930  14.3384  18.5051
 Q1K  C2   C  CR15  0   0.063  15.8010  17.0673  16.8473
 Q1K  O1   O  OS    0  -0.659  15.5778   8.0388  17.9860
 Q1K  O    O  OS    0  -0.659  13.2815   7.9764  18.9953
 Q1K  C9   C  CH3   0  -0.804  15.3426   8.3382  20.5833
 Q1K  N2   N  N     0  -0.584  14.4633  10.1629  18.7072
 Q1K  N4   N  NT    0  -0.508  14.3603  12.9784  18.6292
 Q1K  N1   N  N     0  -0.333  15.0930  14.9044  17.6427
 Q1K  C    C  CR56  0   0.465  14.2679  17.0639  18.3623
 Q1K  N5   N  N     0  -0.337  14.5131  18.3174  18.0483
 Q1K  N3   N  N     0  -0.312  15.4689  18.3065  17.1032
 Q1K  N    N  N     0  -0.331  15.0657  16.2424  17.6231
 Q1K  H1   H  HCR6  0   0.300  12.7777  14.5961  20.0771
 Q1K  H2   H  HCH2  0   0.282  16.3745  10.3947  17.8709
 Q1K  H3   H  HCH2  0   0.246  16.1861  11.1276  19.4732
 Q1K  H4   H  HCH2  0   0.282  12.5723  10.2966  19.6089
 Q1K  H5   H  HCH2  0   0.248  13.8745  11.0672  20.5336
 Q1K  H6   H  HCH2  0   0.277  16.2655  12.8473  17.7905
 Q1K  H7   H  HCH2  0   0.245  14.9998  12.0864  16.8267
 Q1K  H8   H  HCH2  0   0.277  12.4551  12.7277  19.4956
 Q1K  H9   H  HCH2  0   0.252  12.6462  12.0029  17.9020
 Q1K  H10  H  HCR6  0   0.303  12.7512  17.0498  19.9157
 Q1K  H11  H  HCR5  0   0.309  16.5363  16.7246  16.1376
 Q1K  H12  H  HCH3  0   0.292  14.6807   8.7644  21.3344
 Q1K  H13  H  HCH3  0   0.308  15.4656   7.2716  20.7657
 Q1K  H14  H  HCH3  0   0.293  16.3122   8.8308  20.6127
 Q1K  S    S  S     0   1.347  14.6242   8.5335  18.9663

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1K  C2  N3   aromatic  1.308  0.020  1.308
 Q1K  C2  N    aromatic  1.350  0.020  1.350
 Q1K  N3  N5   aromatic  1.344  0.020  1.344
 Q1K  N   N1   aromatic  1.338  0.020  1.338
 Q1K  N   C    aromatic  1.363  0.020  1.363
 Q1K  N5  C    aromatic  1.315  0.020  1.315
 Q1K  O1  S    double    1.454  0.020  1.454
 Q1K  N1  C1   aromatic  1.305  0.020  1.305
 Q1K  C   C3   aromatic  1.416  0.020  1.416
 Q1K  C7  C5   single    1.517  0.020  1.517
 Q1K  C7  N4   single    1.452  0.020  1.452
 Q1K  C5  N2   single    1.460  0.020  1.460
 Q1K  C1  N4   single    1.367  0.020  1.367
 Q1K  C1  C4   aromatic  1.447  0.020  1.447
 Q1K  N2  S    single    1.658  0.020  1.658
 Q1K  N2  C6   single    1.460  0.020  1.460
 Q1K  O   S    double    1.454  0.020  1.454
 Q1K  S   C9   single    1.780  0.020  1.780
 Q1K  N4  C8   single    1.456  0.020  1.456
 Q1K  C3  C4   aromatic  1.349  0.020  1.349
 Q1K  C8  C6   single    1.516  0.020  1.516
 Q1K  C4  H1   single    0.930  0.020  1.080
 Q1K  C5  H2   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C5  H3   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C6  H4   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C6  H5   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C7  H6   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C7  H7   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C8  H8   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C8  H9   single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C3  H10  single    0.930  0.020  1.080
 Q1K  C2  H11  single    0.930  0.020  1.080
 Q1K  C9  H12  single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C9  H13  single    0.970  0.020  1.090
 Q1K  C9  H14  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1K  H1   C4  C1   120.27  3.000
 Q1K  H1   C4  C3   119.63  3.000
 Q1K  C1   C4  C3   120.06  3.000
 Q1K  H3   C5  H2   108.42  3.000
 Q1K  H3   C5  N2   111.05  3.000
 Q1K  H2   C5  N2   110.07  3.000
 Q1K  H3   C5  C7   109.36  3.000
 Q1K  H2   C5  C7   108.31  3.000
 Q1K  N2   C5  C7   109.58  3.000
 Q1K  H5   C6  H4   108.52  3.000
 Q1K  H5   C6  N2   111.31  3.000
 Q1K  H4   C6  N2   110.09  3.000
 Q1K  H5   C6  C8   109.56  3.000
 Q1K  H4   C6  C8   108.30  3.000
 Q1K  N2   C6  C8   109.02  3.000
 Q1K  H7   C7  H6   107.65  3.000
 Q1K  H7   C7  N4   111.02  3.000
 Q1K  H6   C7  N4   109.62  3.000
 Q1K  H7   C7  C5   110.03  3.000
 Q1K  H6   C7  C5   108.11  3.000
 Q1K  N4   C7  C5   110.32  3.000
 Q1K  H9   C8  H8   107.55  3.000
 Q1K  H9   C8  N4   110.12  3.000
 Q1K  H8   C8  N4   111.19  3.000
 Q1K  H9   C8  C6   109.43  3.000
 Q1K  H8   C8  C6   107.81  3.000
 Q1K  N4   C8  C6   110.66  3.000
 Q1K  H10  C3  C    120.20  3.000
 Q1K  H10  C3  C4   122.23  3.000
 Q1K  C    C3  C4   117.56  3.000
 Q1K  N1   C1  N4   117.46  3.000
 Q1K  N4   C1  C4   119.99  3.000
 Q1K  N1   C1  C4   122.49  3.000
 Q1K  H11  C2  N    123.76  3.000
 Q1K  H11  C2  N3   127.09  3.000
 Q1K  N    C2  N3   109.15  3.000
 Q1K  H14  C9  H13  109.77  3.000
 Q1K  H14  C9  H12  110.25  3.000
 Q1K  H13  C9  H12  109.67  3.000
 Q1K  H14  C9  S    109.55  3.000
 Q1K  H13  C9  S    107.77  3.000
 Q1K  H12  C9  S    109.79  3.000
 Q1K  S    N2  C6   117.32  3.000
 Q1K  C6   N2  C5   111.92  3.000
 Q1K  S    N2  C5   117.41  3.000
 Q1K  C1   N4  C8   120.50  3.000
 Q1K  C8   N4  C7   112.55  3.000
 Q1K  C1   N4  C7   118.54  3.000
 Q1K  N    N1  C1   115.51  3.000
 Q1K  N    C   N5   109.62  3.000
 Q1K  N5   C   C3   133.37  3.000
 Q1K  N    C   C3   117.00  3.000
 Q1K  N3   N5  C    107.02  3.000
 Q1K  N5   N3  C2   109.01  3.000
 Q1K  C    N   N1   127.34  3.000
 Q1K  C    N   C2   105.20  3.000
 Q1K  N1   N   C2   127.45  3.000
 Q1K  N2   S   C9   106.80  3.000
 Q1K  C9   S   O    108.21  3.000
 Q1K  N2   S   O    106.87  3.000
 Q1K  C9   S   O1   108.08  3.000
 Q1K  O    S   O1   119.25  3.000
 Q1K  N2   S   O1   107.01  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q1K  CONST_01  N    N1  C1  C4     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_02  N    C   C3  C4     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_03  N5   C   C3  C4   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_04  C2   N   C   C3   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_05  N1   N   C   C3     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_06  N3   N5  C   C3   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_07  N1   C1  C4  C3     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_08  C2   N   N1  C1   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_09  C    N   N1  C1     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_10  C    C3  C4  C1     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_11  C    N5  N3  C2     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_12  N5   C   N   C2     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_13  N3   C2  N   N1   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_14  N5   C   N   N1   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_15  N3   C2  N   C      0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_16  N    C2  N3  N5     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_17  N    C   N5  N3     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_18  N4   C1  C4  C3   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_19  N    N1  C1  N4   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_20  H10  C3  C4  C1   180.00   0.0  0
 Q1K  CONST_21  H1   C4  C1  N4     0.00   0.0  0
 Q1K  CONST_22  H11  C2  N   N1     0.00   0.0  0
 Q1K  Var_01    C7   N4  C1  C4  -174.13  30.0  2
 Q1K  Var_02    C1   N4  C7  C5   155.82  30.0  1
 Q1K  Var_03    C8   C6  N2  C5    58.67  30.0  1
 Q1K  Var_04    C7   C5  N2  C6   -58.70  30.0  1
 Q1K  Var_05    N4   C7  C5  N2    55.80  30.0  1
 Q1K  Var_06    N4   C8  C6  N2   -56.18  30.0  1
 Q1K  Var_07    O1   S   N2  C5   -45.78  30.0  3
 Q1K  Var_08    H12  C9  S   N2    61.20  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q1K  plan-1  C4   0.020
 Q1K  plan-1  C3   0.020
 Q1K  plan-1  C1   0.020
 Q1K  plan-1  C2   0.020
 Q1K  plan-1  N4   0.020
 Q1K  plan-1  N1   0.020
 Q1K  plan-1  C    0.020
 Q1K  plan-1  N5   0.020
 Q1K  plan-1  N3   0.020
 Q1K  plan-1  N    0.020
 Q1K  plan-1  H1   0.020
 Q1K  plan-1  H10  0.020
 Q1K  plan-1  H11  0.020

