# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 20 14:56:29 2022
#   Inital geometry file: a 104 line input string
#   Ligand name: ~{N}-methyl-3-[4-([1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-6-yl)piperazin-1-yl]sulfonyl-propanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CNC(=O)CC[S](=O)(=O)N1CCN(CC1)c2ccc3nncn3n2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1E  Q1E  ~{N}-methyl-3-[4-([1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-6-yl)piperazin-1-yl]sulfonyl-propanamide  ligand  43  24  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_Q1E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1E  C4   C  CR16  0  -0.262  13.7050  16.4538  19.0996
 Q1E  C5   C  CH2   0  -0.297  15.7169  12.1617  18.1200
 Q1E  C6   C  CH2   0  -0.310  15.8063  10.8184  18.8193
 Q1E  C7   C  CH2   0  -0.309  13.4297  10.8857  19.2754
 Q1E  C8   C  CH2   0  -0.301  13.3388  12.2292  18.5790
 Q1E  C12  C  CH3   0  -0.514  14.5399   4.7960  24.1704
 Q1E  C3   C  CR16  0  -0.295  13.6356  15.1083  19.1691
 Q1E  C1   C  CR56  0   0.465  14.7932  17.0181  18.3897
 Q1E  C2   C  CR6   0   0.515  14.6460  14.2964  18.5262
 Q1E  O2   O  O     0  -0.490  15.6903   7.0443  23.0031
 Q1E  C11  C  C     0   0.564  14.9451   6.3458  22.3313
 Q1E  N6   N  NH1   0  -0.627  14.3341   5.2588  22.8176
 Q1E  C10  C  CH2   0  -0.580  14.6706   6.6378  20.8660
 Q1E  C9   C  CH2   0  -0.617  14.7132   8.1335  20.5994
 Q1E  O    O  OS    0  -0.660  13.1863   8.0267  18.4524
 Q1E  O1   O  OS    0  -0.660  15.6730   7.9654  18.1483
 Q1E  N5   N  N     0  -0.575  14.5297  10.1245  18.6912
 Q1E  N4   N  NT    0  -0.509  14.6104  12.9347  18.6562
 Q1E  N    N  N     0  -0.336  15.1645  18.2545  18.1387
 Q1E  N3   N  N     0  -0.331  15.6438  14.8132  17.8628
 Q1E  N2   N  N     0  -0.332  15.6900  16.1504  17.8408
 Q1E  C    C  CR15  0   0.064  16.6174  16.9302  17.2448
 Q1E  N1   N  N     0  -0.312  16.3014  18.1868  17.4245
 Q1E  H1   H  HCR6  0   0.302  12.9793  17.0932  19.5818
 Q1E  H2   H  HCH2  0   0.276  16.6494  12.6960  18.2872
 Q1E  H3   H  HCH2  0   0.244  15.6076  12.0129  17.0388
 Q1E  H4   H  HCH2  0   0.282  16.5968  10.2386  18.3486
 Q1E  H5   H  HCH2  0   0.247  16.0686  10.9681  19.8734
 Q1E  H6   H  HCH2  0   0.283  12.4891  10.3578  19.1328
 Q1E  H7   H  HCH2  0   0.251  13.5815  11.0385  20.3505
 Q1E  H8   H  HCH2  0   0.276  12.5468  12.7988  19.0584
 Q1E  H9   H  HCH2  0   0.251  13.0509  12.0800  17.5315
 Q1E  H10  H  HCH3  0   0.250  13.9274   3.9132  24.3285
 Q1E  H11  H  HCH3  0   0.238  15.5814   4.5285  24.3519
 Q1E  H12  H  HCH3  0   0.239  14.2481   5.5507  24.9011
 Q1E  H13  H  HCR6  0   0.300  12.8451  14.6418  19.7367
 Q1E  H14  H  HNH1  0   0.406  13.7190   4.7307  22.2216
 Q1E  H15  H  HCH2  0   0.281  13.7093   6.2207  20.5635
 Q1E  H16  H  HCH2  0   0.295  15.4386   6.1277  20.2778
 Q1E  H17  H  HCH2  0   0.305  15.6664   8.5690  20.9009
 Q1E  H18  H  HCH2  0   0.305  13.9134   8.6559  21.1277
 Q1E  H19  H  HCR5  0   0.309  17.4701  16.5442  16.7103
 Q1E  S    S  S     0   1.366  14.5090   8.4801  18.8536

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1E  N1   C    aromatic  1.308  0.020  1.308
 Q1E  N1   N    aromatic  1.344  0.020  1.344
 Q1E  C    N2   aromatic  1.350  0.020  1.350
 Q1E  N    C1   aromatic  1.315  0.020  1.315
 Q1E  N2   N3   aromatic  1.338  0.020  1.338
 Q1E  N2   C1   aromatic  1.363  0.020  1.363
 Q1E  N3   C2   aromatic  1.305  0.020  1.305
 Q1E  C1   C4   aromatic  1.417  0.020  1.417
 Q1E  O1   S    double    1.455  0.020  1.455
 Q1E  C5   C6   single    1.517  0.020  1.517
 Q1E  C5   N4   single    1.452  0.020  1.452
 Q1E  C2   N4   single    1.368  0.020  1.368
 Q1E  C2   C3   aromatic  1.447  0.020  1.447
 Q1E  C4   C3   aromatic  1.349  0.020  1.349
 Q1E  N5   C6   single    1.459  0.020  1.459
 Q1E  N5   S    single    1.652  0.020  1.652
 Q1E  N5   C7   single    1.460  0.020  1.460
 Q1E  O    S    double    1.455  0.020  1.455
 Q1E  N4   C8   single    1.456  0.020  1.456
 Q1E  S    C9   single    1.792  0.020  1.792
 Q1E  C8   C7   single    1.516  0.020  1.516
 Q1E  C9   C10  single    1.520  0.020  1.520
 Q1E  C10  C11  single    1.519  0.020  1.519
 Q1E  C11  N6   single    1.338  0.020  1.338
 Q1E  C11  O2   double    1.222  0.020  1.222
 Q1E  N6   C12  single    1.444  0.020  1.444
 Q1E  C4   H1   single    0.930  0.020  1.080
 Q1E  C5   H2   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C5   H3   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C6   H4   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C6   H5   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C7   H6   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C7   H7   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C8   H8   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C8   H9   single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C12  H10  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C12  H11  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C3   H13  single    0.930  0.020  1.080
 Q1E  N6   H14  single    0.860  0.020  1.020
 Q1E  C10  H15  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C10  H16  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C9   H17  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C9   H18  single    0.970  0.020  1.090
 Q1E  C    H19  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1E  H1   C4   C1   120.25  3.000
 Q1E  H1   C4   C3   122.18  3.000
 Q1E  C1   C4   C3   117.56  3.000
 Q1E  H3   C5   H2   107.68  3.000
 Q1E  H3   C5   N4   111.11  3.000
 Q1E  H2   C5   N4   109.57  3.000
 Q1E  H3   C5   C6   109.88  3.000
 Q1E  H2   C5   C6   108.27  3.000
 Q1E  N4   C5   C6   110.24  3.000
 Q1E  H5   C6   H4   108.36  3.000
 Q1E  H5   C6   N5   111.02  3.000
 Q1E  H4   C6   N5   110.15  3.000
 Q1E  H5   C6   C5   109.66  3.000
 Q1E  H4   C6   C5   108.39  3.000
 Q1E  N5   C6   C5   109.22  3.000
 Q1E  H7   C7   H6   108.42  3.000
 Q1E  H7   C7   N5   111.14  3.000
 Q1E  H6   C7   N5   110.24  3.000
 Q1E  H7   C7   C8   109.58  3.000
 Q1E  H6   C7   C8   108.54  3.000
 Q1E  N5   C7   C8   108.87  3.000
 Q1E  H9   C8   H8   107.53  3.000
 Q1E  H9   C8   N4   110.23  3.000
 Q1E  H8   C8   N4   111.04  3.000
 Q1E  H9   C8   C7   109.51  3.000
 Q1E  H8   C8   C7   107.79  3.000
 Q1E  N4   C8   C7   110.66  3.000
 Q1E  H12  C12  H11  108.29  3.000
 Q1E  H12  C12  H10  108.32  3.000
 Q1E  H11  C12  H10  108.36  3.000
 Q1E  H12  C12  N6   111.58  3.000
 Q1E  H11  C12  N6   111.75  3.000
 Q1E  H10  C12  N6   108.45  3.000
 Q1E  H13  C3   C2   120.17  3.000
 Q1E  H13  C3   C4   119.73  3.000
 Q1E  C2   C3   C4   120.06  3.000
 Q1E  N2   C1   N    109.62  3.000
 Q1E  N2   C1   C4   116.97  3.000
 Q1E  N    C1   C4   133.40  3.000
 Q1E  N3   C2   N4   117.54  3.000
 Q1E  N4   C2   C3   119.87  3.000
 Q1E  N3   C2   C3   122.52  3.000
 Q1E  C10  C11  N6   115.09  3.000
 Q1E  N6   C11  O2   122.87  3.000
 Q1E  C10  C11  O2   122.03  3.000
 Q1E  H14  N6   C11  119.35  3.000
 Q1E  H14  N6   C12  118.27  3.000
 Q1E  C11  N6   C12  122.37  3.000
 Q1E  H16  C10  H15  106.94  3.000
 Q1E  H16  C10  C9   110.18  3.000
 Q1E  H15  C10  C9   110.63  3.000
 Q1E  H16  C10  C11  107.59  3.000
 Q1E  H15  C10  C11  110.69  3.000
 Q1E  C9   C10  C11  110.69  3.000
 Q1E  H18  C9   H17  108.39  3.000
 Q1E  H18  C9   S    107.18  3.000
 Q1E  H17  C9   S    106.97  3.000
 Q1E  H18  C9   C10  111.44  3.000
 Q1E  H17  C9   C10  111.66  3.000
 Q1E  S    C9   C10  110.99  3.000
 Q1E  S    N5   C7   118.04  3.000
 Q1E  C7   N5   C6   112.11  3.000
 Q1E  S    N5   C6   118.41  3.000
 Q1E  C2   N4   C8   119.99  3.000
 Q1E  C8   N4   C5   112.82  3.000
 Q1E  C2   N4   C5   118.34  3.000
 Q1E  N1   N    C1   107.03  3.000
 Q1E  N2   N3   C2   115.50  3.000
 Q1E  C    N2   N3   127.45  3.000
 Q1E  N3   N2   C1   127.35  3.000
 Q1E  C    N2   C1   105.18  3.000
 Q1E  H19  C    N1   127.10  3.000
 Q1E  H19  C    N2   123.74  3.000
 Q1E  N1   C    N2   109.16  3.000
 Q1E  C    N1   N    109.01  3.000
 Q1E  N5   S    O1   107.12  3.000
 Q1E  N5   S    O    107.13  3.000
 Q1E  O1   S    O    118.91  3.000
 Q1E  O    S    C9   108.19  3.000
 Q1E  N5   S    C9   106.67  3.000
 Q1E  O1   S    C9   108.22  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q1E  CONST_01  N1   N    C1   C4   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_02  C    N2   C1   C4   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_03  N3   N2   C1   C4     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_04  N3   C2   C3   C4     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_05  N2   N3   C2   C3     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_06  N    C1   C4   C3   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_07  N2   C1   C4   C3     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_08  C    N1   N    C1     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_09  N1   C    N2   C1     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_10  C2   N3   N2   C1     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_11  C2   C3   C4   C1     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_12  C    N2   N3   C2   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_13  N2   C    N1   N      0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_14  C    N2   C1   N      0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_15  N3   N2   C1   N    180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_16  N1   C    N2   N3   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_17  N1   N    C1   N2     0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_18  N4   C2   C3   C4   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_19  N2   N3   C2   N4   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_20  H19  C    N2   C1   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_21  H13  C3   C4   C1   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_22  H1   C4   C3   C2   180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_23  C10  C11  N6   C12  180.00   0.0  0
 Q1E  CONST_24  O2   C11  N6   C12    0.00   0.0  0
 Q1E  CONST_25  H14  N6   C11  O2   180.00   0.0  0
 Q1E  Var_01    C7   N5   C6   C5   -59.38  30.0  1
 Q1E  Var_02    N3   C2   N4   C5     3.53  30.0  2
 Q1E  Var_03    C7   C8   N4   C5    55.82  30.0  1
 Q1E  Var_04    C2   N4   C5   C6   156.82  30.0  1
 Q1E  Var_05    C8   C7   N5   C6    59.07  30.0  1
 Q1E  Var_06    N4   C5   C6   N5    56.03  30.0  1
 Q1E  Var_07    N4   C8   C7   N5   -55.75  30.0  1
 Q1E  Var_08    O1   S    N5   C6   -41.53  30.0  3
 Q1E  Var_09    N5   S    C9   C10  178.46  30.0  2
 Q1E  Var_10    C9   C10  C11  O2   -32.30  30.0  1
 Q1E  Var_11    S    C9   C10  C11  175.88  30.0  1
 Q1E  Var_12    H10  C12  N6   C11  179.16  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q1E  plan-1  C4   0.020
 Q1E  plan-1  C3   0.020
 Q1E  plan-1  C1   0.020
 Q1E  plan-1  C2   0.020
 Q1E  plan-1  N4   0.020
 Q1E  plan-1  N    0.020
 Q1E  plan-1  N3   0.020
 Q1E  plan-1  N2   0.020
 Q1E  plan-1  C    0.020
 Q1E  plan-1  N1   0.020
 Q1E  plan-1  H1   0.020
 Q1E  plan-1  H13  0.020
 Q1E  plan-1  H19  0.020
 Q1E  plan-2  C12  0.020
 Q1E  plan-2  O2   0.020
 Q1E  plan-2  C11  0.020
 Q1E  plan-2  N6   0.020
 Q1E  plan-2  C10  0.020
 Q1E  plan-2  H14  0.020

