# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Mar 20 11:02:42 2022
#   Inital geometry file: a 58 line input string
#   Ligand name: 5-(trifluoromethyloxy)-1,3-dihydroindol-2-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: FC(F)(F)Oc1ccc2NC(=O)Cc2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q1B  Q1B  5-(trifluoromethyloxy)-1,3-dihydroindol-2-one  ligand  21  15  .  2022-03-23  2022-03-23
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q1B
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q1B  C1  C  CR6   0   0.308  18.7582  13.8179  70.0844
 Q1B  C2  C  CR16  0  -0.307  18.2157  14.7485  70.9536
 Q1B  C3  C  CR16  0  -0.302  16.8403  14.9594  70.9799
 Q1B  C4  C  CR56  0   0.423  16.0566  14.2141  70.1199
 Q1B  C6  C  CH2   0  -0.621  15.4921  12.6380  68.4829
 Q1B  C8  C  CR16  0  -0.368  17.9681  13.0620  69.2242
 Q1B  F1  F  F     0  -0.301  20.6183  14.1693  68.0275
 Q1B  C5  C  CR5   0   0.515  14.2522  13.3398  69.0193
 Q1B  N   N  NR15  0  -0.741  14.6800  14.2339  69.9590
 Q1B  C7  C  CR56  0   0.005  16.6068  13.2699  69.2517
 Q1B  O   O  O2    0  -0.523  20.1309  13.5784  70.1180
 Q1B  C   C  CT    0   1.070  20.9124  14.3153  69.3217
 Q1B  F   F  F     0  -0.300  20.8390  15.6215  69.5870
 Q1B  F2  F  F     0  -0.278  22.1640  13.9237  69.5083
 Q1B  H1  H  HCR6  0   0.281  18.8563  15.3026  71.6268
 Q1B  H2  H  HCR6  0   0.277  16.4092  15.6837  71.6578
 Q1B  H3  H  HCH2  0   0.307  15.4119  11.5606  68.6466
 Q1B  H4  H  HCH2  0   0.307  15.5702  12.7911  67.4038
 Q1B  H5  H  HCR6  0   0.278  18.4104  12.3247  68.5663
 Q1B  H6  H  HNR5  0   0.413  14.0552  14.8362  70.4750
 Q1B  O1  O  O     0  -0.442  13.1017  13.1555  68.6904

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q1B  F1  C   single    1.335  0.020  1.335
 Q1B  C6  C5  single    1.522  0.020  1.522
 Q1B  C6  C7  single    1.494  0.020  1.494
 Q1B  O1  C5  double    1.211  0.020  1.211
 Q1B  C5  N   single    1.366  0.020  1.366
 Q1B  F   C   single    1.335  0.020  1.335
 Q1B  C7  C8  aromatic  1.377  0.020  1.377
 Q1B  C7  C4  aromatic  1.396  0.020  1.396
 Q1B  C8  C1  aromatic  1.391  0.020  1.391
 Q1B  C   F2  single    1.325  0.020  1.325
 Q1B  C   O   single    1.337  0.020  1.337
 Q1B  N   C4  single    1.386  0.020  1.386
 Q1B  C4  C3  aromatic  1.382  0.020  1.382
 Q1B  O   C1  single    1.394  0.020  1.394
 Q1B  C1  C2  aromatic  1.384  0.020  1.384
 Q1B  C3  C2  aromatic  1.392  0.020  1.392
 Q1B  C2  H1  single    0.930  0.020  1.080
 Q1B  C3  H2  single    0.930  0.020  1.080
 Q1B  C6  H3  single    0.970  0.020  1.090
 Q1B  C6  H4  single    0.970  0.020  1.090
 Q1B  C8  H5  single    0.930  0.020  1.080
 Q1B  N   H6  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q1B  O   C1  C8  118.74  3.000
 Q1B  O   C1  C2  119.10  3.000
 Q1B  C8  C1  C2  122.07  3.000
 Q1B  H1  C2  C3  119.72  3.000
 Q1B  H1  C2  C1  120.20  3.000
 Q1B  C3  C2  C1  120.07  3.000
 Q1B  H2  C3  C4  121.68  3.000
 Q1B  H2  C3  C2  120.47  3.000
 Q1B  C4  C3  C2  117.85  3.000
 Q1B  C7  C4  N   109.21  3.000
 Q1B  N   C4  C3  128.89  3.000
 Q1B  C7  C4  C3  121.90  3.000
 Q1B  H4  C6  H3  106.93  3.000
 Q1B  H4  C6  C7  113.30  3.000
 Q1B  H3  C6  C7  113.24  3.000
 Q1B  H4  C6  C5  109.97  3.000
 Q1B  H3  C6  C5  110.00  3.000
 Q1B  C7  C6  C5  103.38  3.000
 Q1B  H5  C8  C7  121.25  3.000
 Q1B  H5  C8  C1  120.91  3.000
 Q1B  C7  C8  C1  117.84  3.000
 Q1B  N   C5  O1  125.75  3.000
 Q1B  N   C5  C6  106.80  3.000
 Q1B  O1  C5  C6  127.45  3.000
 Q1B  H6  N   C5  123.25  3.000
 Q1B  H6  N   C4  124.32  3.000
 Q1B  C5  N   C4  112.43  3.000
 Q1B  C8  C7  C6  131.55  3.000
 Q1B  C8  C7  C4  120.27  3.000
 Q1B  C6  C7  C4  108.18  3.000
 Q1B  C   O   C1  117.81  3.000
 Q1B  F2  C   F   108.25  3.000
 Q1B  F2  C   O   107.78  3.000
 Q1B  F   C   O   112.88  3.000
 Q1B  O   C   F1  112.85  3.000
 Q1B  F2  C   F1  108.20  3.000
 Q1B  F   C   F1  106.71  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q1B  CONST_01  C4  C7  C8  C1     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_02  C4  C3  C2  C1     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_03  C7  C8  C1  C2     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_04  C7  C4  C3  C2     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_05  C8  C7  C4  C3     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_06  C8  C1  C2  C3     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_07  C6  C5  N   C4     0.00   0.0  0
 Q1B  CONST_08  O   C1  C2  C3   180.00   0.0  0
 Q1B  CONST_09  O   C1  C8  C7   180.00   0.0  0
 Q1B  CONST_10  O1  C5  N   C4   180.00   0.0  0
 Q1B  CONST_11  H2  C3  C2  C1   180.00   0.0  0
 Q1B  CONST_12  H5  C8  C1  C2   180.00   0.0  0
 Q1B  CONST_13  H1  C2  C3  C4   180.00   0.0  0
 Q1B  CONST_14  H6  N   C5  C6   180.00   0.0  0
 Q1B  Var_01    H3  C6  C7  C4  -118.90  30.0  1
 Q1B  Var_02    F1  C   O   C1   -60.40  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q1B  plan-1  C1  0.020
 Q1B  plan-1  C2  0.020
 Q1B  plan-1  C3  0.020
 Q1B  plan-1  C4  0.020
 Q1B  plan-1  C6  0.020
 Q1B  plan-1  C8  0.020
 Q1B  plan-1  C5  0.020
 Q1B  plan-1  N   0.020
 Q1B  plan-1  C7  0.020
 Q1B  plan-1  O   0.020
 Q1B  plan-1  H1  0.020
 Q1B  plan-1  H2  0.020
 Q1B  plan-1  H5  0.020
 Q1B  plan-1  H6  0.020
 Q1B  plan-1  O1  0.020

