# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 03:44:10 2020
#   Inital geometry file: a 101 line input string
#   Ligand name: 7-(3,4-dimethoxyphenyl)-6-methylquinazoline-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc(cc1OC)c2cc3nc(N)nc(N)c3cc2C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q12  Q12  7-(3,4-dimethoxyphenyl)-6-methylquinazoline-2,4-diamine  ligand  41  23  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q12
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q12  C1    C  CR6   0   0.479  -4.3858   0.7308  -0.3060
 Q12  N2    N  N     0  -0.512  -5.0727  -0.3230   0.0798
 Q12  C3    C  CR6   0   0.512  -4.3877  -1.3886   0.5447
 Q12  N4    N  N     0  -0.531  -3.0827  -1.4971   0.6703
 Q12  C5    C  CR66  0   0.264  -2.3580  -0.4246   0.2736
 Q12  C6    C  CR66  0  -0.030  -2.9469   0.7465  -0.2366
 Q12  C7    C  CR16  0  -0.349  -2.1347   1.8165  -0.6416
 Q12  C8    C  CR6   0   0.063  -0.7621   1.7748  -0.5443
 Q12  C9    C  CR6   0   0.051  -0.1641   0.5989  -0.0151
 Q12  C10   C  CR16  0  -0.381  -0.9534  -0.4626   0.3713
 Q12  N11   N  NH2   0  -0.826  -5.0683   1.7819  -0.7683
 Q12  N12   N  NH2   0  -0.825  -5.1481  -2.4581   0.8798
 Q12  C13   C  CH3   0  -0.740   0.0566   2.9369  -1.0299
 Q12  C14   C  CR6   0   0.049   1.3060   0.4692   0.1155
 Q12  C15   C  CR16  0  -0.308   2.0562   1.3665   0.8559
 Q12  C16   C  CR16  0  -0.374   3.4318   1.1973   0.9968
 Q12  C17   C  CR6   0   0.302   4.0773   0.1296   0.3955
 Q12  C18   C  CR6   0   0.328   3.3230  -0.7917  -0.3602
 Q12  C19   C  CR16  0  -0.434   1.9566  -0.6141  -0.4888
 Q12  O20   O  O2    0  -0.465   4.0230  -1.8008  -0.9107
 Q12  C21   C  CH3   0  -0.438   3.3161  -2.7869  -1.6346
 Q12  O22   O  O2    0  -0.462   5.3968  -0.1203   0.4696
 Q12  C23   C  CH3   0  -0.437   6.1970   0.7536   1.2395
 Q12  H7    H  HCR6  0   0.242  -2.5822   2.7095  -1.0625
 Q12  H10   H  HCR6  0   0.246  -0.4982  -1.3579   0.7776
 Q12  HN11  H  HNH2  0   0.402  -6.0735   1.7551  -0.7749
 Q12  HN1A  H  HNH2  0   0.416  -4.6269   2.6411  -1.0384
 Q12  HN12  H  HNH2  0   0.388  -6.1333  -2.3135   1.0176
 Q12  HN1B  H  HNH2  0   0.387  -4.7221  -3.1838   1.4297
 Q12  H13   H  HCH3  0   0.245   0.4815   3.5159  -0.2091
 Q12  H13A  H  HCH3  0   0.243   0.8910   2.6123  -1.6523
 Q12  H13B  H  HCH3  0   0.249  -0.5570   3.6176  -1.6187
 Q12  H15   H  HCR6  0   0.253   1.5807   2.2007   1.3540
 Q12  H16   H  HCR6  0   0.282   3.9839   1.9130   1.5908
 Q12  H19   H  HCR6  0   0.279   1.3687  -1.3102  -1.0727
 Q12  H21   H  HCH3  0   0.228   2.5692  -3.2900  -1.0145
 Q12  H21A  H  HCH3  0   0.228   2.8194  -2.3721  -2.5160
 Q12  H21B  H  HCH3  0   0.260   4.0521  -3.5178  -1.9605
 Q12  H23   H  HCH3  0   0.228   5.8820   0.7792   2.2861
 Q12  H23A  H  HCH3  0   0.260   7.2127   0.3694   1.1881
 Q12  H23B  H  HCH3  0   0.228   6.1859   1.7730   0.8442

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q12  C1   N2    aromatic  1.316  0.020  1.316
 Q12  C1   C6    aromatic  1.441  0.020  1.441
 Q12  C1   N11   single    1.336  0.020  1.336
 Q12  N2   C3    aromatic  1.349  0.020  1.349
 Q12  C3   N4    aromatic  1.316  0.020  1.316
 Q12  C3   N12   single    1.354  0.020  1.354
 Q12  N4   C5    aromatic  1.354  0.020  1.354
 Q12  C5   C6    aromatic  1.407  0.020  1.407
 Q12  C5   C10   aromatic  1.408  0.020  1.408
 Q12  C6   C7    aromatic  1.403  0.020  1.403
 Q12  C7   C8    aromatic  1.377  0.020  1.377
 Q12  C8   C9    aromatic  1.421  0.020  1.421
 Q12  C8   C13   single    1.502  0.020  1.502
 Q12  C9   C10   aromatic  1.378  0.020  1.378
 Q12  C9   C14   single    1.482  0.020  1.482
 Q12  C14  C15   aromatic  1.384  0.020  1.384
 Q12  C14  C19   aromatic  1.401  0.020  1.401
 Q12  C15  C16   aromatic  1.393  0.020  1.393
 Q12  C16  C17   aromatic  1.385  0.020  1.385
 Q12  C17  C18   aromatic  1.410  0.020  1.410
 Q12  C17  O22   single    1.345  0.020  1.345
 Q12  C18  C19   aromatic  1.384  0.020  1.384
 Q12  C18  O20   single    1.346  0.020  1.346
 Q12  O20  C21   single    1.413  0.020  1.413
 Q12  O22  C23   single    1.413  0.020  1.413
 Q12  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 Q12  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 Q12  N11  HN11  single    0.860  0.020  1.020
 Q12  N11  HN1A  single    0.860  0.020  1.020
 Q12  N12  HN12  single    0.890  0.020  1.040
 Q12  N12  HN1B  single    0.890  0.020  1.040
 Q12  C13  H13   single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C13  H13A  single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C13  H13B  single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C15  H15   single    0.930  0.020  1.080
 Q12  C16  H16   single    0.930  0.020  1.080
 Q12  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 Q12  C21  H21   single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C21  H21A  single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C21  H21B  single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C23  H23   single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C23  H23A  single    0.970  0.020  1.090
 Q12  C23  H23B  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q12  N11   C1   C6    121.23  3.000
 Q12  N11   C1   N2    117.71  3.000
 Q12  C6    C1   N2    121.06  3.000
 Q12  C3    N2   C1    117.94  3.000
 Q12  N12   C3   N4    117.92  3.000
 Q12  N12   C3   N2    115.08  3.000
 Q12  N4    C3   N2    126.98  3.000
 Q12  C5    N4   C3    115.96  3.000
 Q12  C10   C5   C6    117.72  3.000
 Q12  C10   C5   N4    119.48  3.000
 Q12  C6    C5   N4    122.80  3.000
 Q12  C7    C6   C5    119.82  3.000
 Q12  C7    C6   C1    124.93  3.000
 Q12  C5    C6   C1    115.25  3.000
 Q12  H7    C7   C8    117.65  3.000
 Q12  H7    C7   C6    120.09  3.000
 Q12  C8    C7   C6    122.25  3.000
 Q12  C13   C8   C9    122.08  3.000
 Q12  C13   C8   C7    119.80  3.000
 Q12  C9    C8   C7    118.09  3.000
 Q12  C14   C9   C10   118.44  3.000
 Q12  C14   C9   C8    121.51  3.000
 Q12  C10   C9   C8    120.04  3.000
 Q12  H10   C10  C9    120.06  3.000
 Q12  H10   C10  C5    117.86  3.000
 Q12  C9    C10  C5    122.07  3.000
 Q12  HN1A  N11  HN11  117.45  3.000
 Q12  HN1A  N11  C1    122.84  3.000
 Q12  HN11  N11  C1    119.48  3.000
 Q12  HN1B  N12  HN12  116.37  3.000
 Q12  HN1B  N12  C3    117.87  3.000
 Q12  HN12  N12  C3    118.08  3.000
 Q12  H13B  C13  H13A  107.97  3.000
 Q12  H13B  C13  H13   107.13  3.000
 Q12  H13A  C13  H13   106.82  3.000
 Q12  H13B  C13  C8    110.56  3.000
 Q12  H13A  C13  C8    111.79  3.000
 Q12  H13   C13  C8    112.32  3.000
 Q12  C19   C14  C15   118.71  3.000
 Q12  C19   C14  C9    119.38  3.000
 Q12  C15   C14  C9    121.88  3.000
 Q12  H15   C15  C16   118.76  3.000
 Q12  H15   C15  C14   120.53  3.000
 Q12  C16   C15  C14   120.70  3.000
 Q12  H16   C16  C17   120.70  3.000
 Q12  H16   C16  C15   118.64  3.000
 Q12  C17   C16  C15   120.66  3.000
 Q12  O22   C17  C18   115.65  3.000
 Q12  O22   C17  C16   125.21  3.000
 Q12  C18   C17  C16   119.14  3.000
 Q12  O20   C18  C19   124.87  3.000
 Q12  O20   C18  C17   115.52  3.000
 Q12  C19   C18  C17   119.61  3.000
 Q12  H19   C19  C18   120.26  3.000
 Q12  H19   C19  C14   118.55  3.000
 Q12  C18   C19  C14   121.18  3.000
 Q12  C21   O20  C18   118.21  3.000
 Q12  H21B  C21  H21A  108.72  3.000
 Q12  H21B  C21  H21   108.85  3.000
 Q12  H21A  C21  H21   108.75  3.000
 Q12  H21B  C21  O20   106.50  3.000
 Q12  H21A  C21  O20   112.05  3.000
 Q12  H21   C21  O20   111.86  3.000
 Q12  C23   O22  C17   118.08  3.000
 Q12  H23B  C23  H23A  108.78  3.000
 Q12  H23B  C23  H23   108.75  3.000
 Q12  H23A  C23  H23   108.83  3.000
 Q12  H23B  C23  O22   111.95  3.000
 Q12  H23A  C23  O22   106.54  3.000
 Q12  H23   C23  O22   111.89  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q12  CONST_01  N4    C3   N2   C1     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_02  N4    C5   C6   C1     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_03  C10   C5   C6   C1   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_04  C8    C7   C6   C1   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_05  C5    C6   C1   N2     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_06  C7    C6   C1   N2   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_07  C5    N4   C3   N2     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_08  C6    C1   N2   C3     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_09  C6    C5   N4   C3     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_10  C10   C5   N4   C3   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_11  C7    C6   C5   N4   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_12  C9    C10  C5   N4   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_13  C8    C7   C6   C5     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_14  C8    C9   C10  C5     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_15  C14   C9   C10  C5   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_16  C9    C10  C5   C6     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_17  C9    C8   C7   C6     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_18  C10   C5   C6   C7     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_19  C10   C9   C8   C7     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_20  C14   C9   C8   C7   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_23  C16   C15  C14  C9   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_24  C18   C19  C14  C9   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_27  C17   C16  C15  C14    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_28  C17   C18  C19  C14    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_29  C18   C19  C14  C15    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_30  C18   C17  C16  C15    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_31  C19   C14  C15  C16    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_32  C19   C18  C17  C16    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_33  N12   C3   N2   C1   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_34  N11   C1   N2   C3   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_35  N12   C3   N4   C5   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_36  N11   C1   C6   C5   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_37  C13   C8   C7   C6   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_38  N11   C1   C6   C7     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_39  C13   C8   C9   C10  180.00   0.0  0
 Q12  CONST_40  C14   C9   C8   C13    0.00   0.0  0
 Q12  CONST_41  O20   C18  C19  C14  180.00   0.0  0
 Q12  CONST_42  O22   C17  C16  C15  180.00   0.0  0
 Q12  CONST_43  O20   C18  C17  C16  180.00   0.0  0
 Q12  CONST_44  O22   C17  C18  C19  180.00   0.0  0
 Q12  CONST_45  H7    C7   C6   C1     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_46  H10   C10  C5   N4     0.00   0.0  0
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 Q12  CONST_48  H19   C19  C14  C9     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_49  H16   C16  C15  C14  180.00   0.0  0
 Q12  CONST_50  HN11  N11  C1   N2     0.00   0.0  0
 Q12  CONST_51  HN1A  N11  C1   N2   180.00   0.0  0
 Q12  CONST_53  HN1B  N12  C3   N2   180.00   0.0  0
 Q12  Var_01    H13   C13  C8   C7   107.16  30.0  2
 Q12  Var_02    H23   C23  O22  C17   59.97  30.0  3
 Q12  Var_03    H21   C21  O20  C18  -59.24  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q12  plan-1  C9    0.020
 Q12  plan-1  C14   0.020
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 Q12  plan-2  C8    0.020
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 Q12  plan-2  N12   0.020
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 Q12  plan-2  C14   0.020
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 Q12  plan-2  H10   0.020
 Q12  plan-3  C1    0.020
 Q12  plan-3  N11   0.020
 Q12  plan-3  HN11  0.020
 Q12  plan-3  HN1A  0.020
 Q12  plan-4  C3    0.020
 Q12  plan-4  N12   0.020
 Q12  plan-4  HN12  0.020
 Q12  plan-4  HN1B  0.020

