# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 02:24:35 2020
#   Inital geometry file: a 87 line input string
#   Ligand name: 7-(2-methoxyphenyl)quinazoline-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccccc1c2ccc3c(N)nc(N)nc3c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q11  Q11  7-(2-methoxyphenyl)quinazoline-2,4-diamine  ligand  34  20  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q11
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q11  C1    C  CR6   0   0.483  -3.3937   0.9913   0.4248
 Q11  N2    N  N     0  -0.513  -4.2599   0.1422  -0.0838
 Q11  C3    C  CR6   0   0.525  -3.7842  -1.0076  -0.6075
 Q11  N4    N  N     0  -0.537  -2.5240  -1.3910  -0.6627
 Q11  C5    C  CR66  0   0.283  -1.6182  -0.5318  -0.1449
 Q11  C6    C  CR66  0  -0.059  -1.9810   0.7067   0.4226
 Q11  C7    C  CR16  0  -0.385  -0.2501  -0.8789  -0.1707
 Q11  C8    C  CR6   0   0.097   0.7162  -0.0372   0.3326
 Q11  C9    C  CR16  0  -0.299   0.3348   1.2029   0.8887
 Q11  C10   C  CR16  0  -0.285  -0.9886   1.5583   0.9355
 Q11  N11   N  NH2   0  -0.826  -3.8700   2.1250   0.9457
 Q11  N12   N  NH2   0  -0.828  -4.7155  -1.8275  -1.1268
 Q11  C13   C  CR6   0  -0.054   2.1338  -0.4629   0.3300
 Q11  C14   C  CR16  0  -0.276   2.4985  -1.6601   0.9348
 Q11  C15   C  CR16  0  -0.273   3.8179  -2.0942   0.9506
 Q11  C16   C  CR16  0  -0.247   4.7897  -1.3168   0.3435
 Q11  C17   C  CR16  0  -0.382   4.4528  -0.1202  -0.2781
 Q11  C18   C  CR6   0   0.359   3.1286   0.3106  -0.2913
 Q11  O19   O  O2    0  -0.463   2.7153   1.4405  -0.8929
 Q11  C20   C  CH3   0  -0.438   3.6641   2.2328  -1.5786
 Q11  H7    H  HCR6  0   0.247   0.0258  -1.8300  -0.6099
 Q11  H9    H  HCR6  0   0.250   1.0839   1.8659   1.2995
 Q11  H10   H  HCR6  0   0.249  -1.2495   2.5107   1.3803
 Q11  HN11  H  HNH2  0   0.403  -4.8597   2.3019   0.9258
 Q11  HN1A  H  HNH2  0   0.416  -3.2822   2.8326   1.3454
 Q11  HN12  H  HNH2  0   0.394  -5.6898  -1.5955  -1.0633
 Q11  HN1B  H  HNH2  0   0.393  -4.4522  -2.7207  -1.5015
 Q11  H14   H  HCR6  0   0.255   1.7311  -2.2546   1.4153
 Q11  H15   H  HCR6  0   0.254   4.0788  -3.0252   1.4352
 Q11  H16   H  HCR6  0   0.260   5.8241  -1.6352   0.3456
 Q11  H17   H  HCR6  0   0.281   5.2319   0.4600  -0.7533
 Q11  H20   H  HCH3  0   0.260   3.1164   3.0720  -1.9999
 Q11  H20A  H  HCH3  0   0.229   4.4375   2.6185  -0.9093
 Q11  H20B  H  HCH3  0   0.229   4.1438   1.6807  -2.3909

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q11  C1   N2    aromatic  1.315  0.020  1.315
 Q11  C1   C6    aromatic  1.441  0.020  1.441
 Q11  C1   N11   single    1.335  0.020  1.335
 Q11  N2   C3    aromatic  1.350  0.020  1.350
 Q11  C3   N4    aromatic  1.318  0.020  1.318
 Q11  C3   N12   single    1.345  0.020  1.345
 Q11  N4   C5    aromatic  1.352  0.020  1.352
 Q11  C5   C6    aromatic  1.410  0.020  1.410
 Q11  C5   C7    aromatic  1.412  0.020  1.412
 Q11  C6   C10   aromatic  1.405  0.020  1.405
 Q11  C7   C8    aromatic  1.377  0.020  1.377
 Q11  C8   C9    aromatic  1.412  0.020  1.412
 Q11  C8   C13   single    1.480  0.020  1.480
 Q11  C9   C10   aromatic  1.371  0.020  1.371
 Q11  C13  C14   aromatic  1.390  0.020  1.390
 Q11  C13  C18   aromatic  1.405  0.020  1.405
 Q11  C14  C15   aromatic  1.389  0.020  1.389
 Q11  C15  C16   aromatic  1.385  0.020  1.385
 Q11  C16  C17   aromatic  1.390  0.020  1.390
 Q11  C17  C18   aromatic  1.393  0.020  1.393
 Q11  C18  O19   single    1.345  0.020  1.345
 Q11  O19  C20   single    1.414  0.020  1.414
 Q11  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 Q11  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 Q11  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 Q11  N11  HN11  single    0.860  0.020  1.020
 Q11  N11  HN1A  single    0.860  0.020  1.020
 Q11  N12  HN12  single    0.860  0.020  1.020
 Q11  N12  HN1B  single    0.860  0.020  1.020
 Q11  C14  H14   single    0.930  0.020  1.080
 Q11  C15  H15   single    0.930  0.020  1.080
 Q11  C16  H16   single    0.930  0.020  1.080
 Q11  C17  H17   single    0.930  0.020  1.080
 Q11  C20  H20   single    0.970  0.020  1.090
 Q11  C20  H20A  single    0.970  0.020  1.090
 Q11  C20  H20B  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q11  N11   C1   C6    121.19  3.000
 Q11  N11   C1   N2    117.64  3.000
 Q11  C6    C1   N2    121.17  3.000
 Q11  C3    N2   C1    117.88  3.000
 Q11  N12   C3   N4    117.93  3.000
 Q11  N12   C3   N2    115.14  3.000
 Q11  N4    C3   N2    126.93  3.000
 Q11  C5    N4   C3    116.08  3.000
 Q11  C7    C5   C6    118.22  3.000
 Q11  C7    C5   N4    119.09  3.000
 Q11  C6    C5   N4    122.70  3.000
 Q11  C10   C6   C5    119.85  3.000
 Q11  C10   C6   C1    124.91  3.000
 Q11  C5    C6   C1    115.24  3.000
 Q11  H7    C7   C8    120.41  3.000
 Q11  H7    C7   C5    118.04  3.000
 Q11  C8    C7   C5    121.54  3.000
 Q11  C13   C8   C9    120.81  3.000
 Q11  C13   C8   C7    119.71  3.000
 Q11  C9    C8   C7    119.44  3.000
 Q11  H9    C9   C10   119.78  3.000
 Q11  H9    C9   C8    120.08  3.000
 Q11  C10   C9   C8    120.13  3.000
 Q11  H10   C10  C9    118.32  3.000
 Q11  H10   C10  C6    120.86  3.000
 Q11  C9    C10  C6    120.82  3.000
 Q11  HN1A  N11  HN11  117.42  3.000
 Q11  HN1A  N11  C1    123.05  3.000
 Q11  HN11  N11  C1    119.52  3.000
 Q11  HN1B  N12  HN12  118.95  3.000
 Q11  HN1B  N12  C3    120.32  3.000
 Q11  HN12  N12  C3    120.46  3.000
 Q11  C18   C13  C14   118.74  3.000
 Q11  C18   C13  C8    121.37  3.000
 Q11  C14   C13  C8    119.88  3.000
 Q11  H14   C14  C15   119.76  3.000
 Q11  H14   C14  C13   118.68  3.000
 Q11  C15   C14  C13   121.56  3.000
 Q11  H15   C15  C16   120.69  3.000
 Q11  H15   C15  C14   120.22  3.000
 Q11  C16   C15  C14   119.09  3.000
 Q11  H16   C16  C17   119.07  3.000
 Q11  H16   C16  C15   120.32  3.000
 Q11  C17   C16  C15   120.62  3.000
 Q11  H17   C17  C18   120.99  3.000
 Q11  H17   C17  C16   118.94  3.000
 Q11  C18   C17  C16   120.07  3.000
 Q11  O19   C18  C17   123.80  3.000
 Q11  O19   C18  C13   116.28  3.000
 Q11  C17   C18  C13   119.92  3.000
 Q11  C20   O19  C18   118.78  3.000
 Q11  H20B  C20  H20A  108.83  3.000
 Q11  H20B  C20  H20   108.85  3.000
 Q11  H20A  C20  H20   108.75  3.000
 Q11  H20B  C20  O19   111.84  3.000
 Q11  H20A  C20  O19   112.06  3.000
 Q11  H20   C20  O19   106.40  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q11  CONST_01  N4    C3   N2   C1     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_02  N4    C5   C6   C1     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_03  C7    C5   C6   C1   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_04  C9    C10  C6   C1   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_05  C5    C6   C1   N2     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_06  C10   C6   C1   N2   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_07  C5    N4   C3   N2     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_08  C6    C1   N2   C3     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_09  C6    C5   N4   C3     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_10  C7    C5   N4   C3   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_11  C10   C6   C5   N4   180.00   0.0  0
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 Q11  CONST_14  C9    C8   C7   C5     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_15  C13   C8   C7   C5   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_16  C8    C7   C5   C6     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_17  C8    C9   C10  C6     0.00   0.0  0
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 Q11  CONST_19  C10   C9   C8   C7     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_22  C15   C14  C13  C8   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_23  C17   C18  C13  C8   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_26  C13   C8   C9   C10  180.00   0.0  0
 Q11  CONST_27  C16   C15  C14  C13    0.00   0.0  0
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 Q11  CONST_29  C17   C18  C13  C14    0.00   0.0  0
 Q11  CONST_30  C17   C16  C15  C14    0.00   0.0  0
 Q11  CONST_31  C18   C13  C14  C15    0.00   0.0  0
 Q11  CONST_32  C18   C17  C16  C15    0.00   0.0  0
 Q11  CONST_33  N12   C3   N2   C1   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_34  N11   C1   N2   C3   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_35  N12   C3   N4   C5   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_36  N11   C1   C6   C5   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_37  O19   C18  C13  C8     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_38  N11   C1   C6   C10    0.00   0.0  0
 Q11  CONST_39  O19   C18  C13  C14  180.00   0.0  0
 Q11  CONST_40  O19   C18  C17  C16  180.00   0.0  0
 Q11  CONST_41  H10   C10  C6   C1     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_42  H7    C7   C5   N4     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_43  H9    C9   C10  C6   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_44  H14   C14  C13  C8     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_45  H15   C15  C14  C13  180.00   0.0  0
 Q11  CONST_46  H17   C17  C18  C13  180.00   0.0  0
 Q11  CONST_47  H16   C16  C15  C14  180.00   0.0  0
 Q11  CONST_48  HN11  N11  C1   N2     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_49  HN1A  N11  C1   N2   180.00   0.0  0
 Q11  CONST_50  HN12  N12  C3   N2     0.00   0.0  0
 Q11  CONST_51  HN1B  N12  C3   N2   180.00   0.0  0
 Q11  Var_01    H20   C20  O19  C18  178.82  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 Q11  plan-1  C8    0.020
 Q11  plan-1  C13   0.020
 Q11  plan-1  C14   0.020
 Q11  plan-1  C15   0.020
 Q11  plan-1  C16   0.020
 Q11  plan-1  C17   0.020
 Q11  plan-1  C18   0.020
 Q11  plan-1  O19   0.020
 Q11  plan-1  H14   0.020
 Q11  plan-1  H15   0.020
 Q11  plan-1  H16   0.020
 Q11  plan-1  H17   0.020
 Q11  plan-2  C1    0.020
 Q11  plan-2  N2    0.020
 Q11  plan-2  C3    0.020
 Q11  plan-2  N4    0.020
 Q11  plan-2  C5    0.020
 Q11  plan-2  C6    0.020
 Q11  plan-2  C7    0.020
 Q11  plan-2  C8    0.020
 Q11  plan-2  C9    0.020
 Q11  plan-2  C10   0.020
 Q11  plan-2  N11   0.020
 Q11  plan-2  N12   0.020
 Q11  plan-2  C13   0.020
 Q11  plan-2  H7    0.020
 Q11  plan-2  H9    0.020
 Q11  plan-2  H10   0.020
 Q11  plan-3  C1    0.020
 Q11  plan-3  N11   0.020
 Q11  plan-3  HN11  0.020
 Q11  plan-3  HN1A  0.020
 Q11  plan-4  C3    0.020
 Q11  plan-4  N12   0.020
 Q11  plan-4  HN12  0.020
 Q11  plan-4  HN1B  0.020

