# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Apr 30 01:53:05 2020
#   Inital geometry file: a 72 line input string
#   Ligand name: [(1R)-1-amino-3-cyclopentylpropyl]phosphonic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](CCC1CCCC1)[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 Q06  Q06  '[(1R)-1-amino-3-cyclopentylpropyl]phosphonic acid'  ligand  29  13  .  2021-08-20  2021-08-20  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_Q06
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 Q06  O2   O  OP    -1  -0.915   3.9398  -0.2773   0.4635
 Q06  P    P  P      0   1.154   2.4790  -0.5317   0.0402
 Q06  O    O  O      0  -0.913   2.2948  -0.6070  -1.4847
 Q06  O1   O  OP    -1  -0.900   1.8336  -1.6994   0.8030
 Q06  C    C  CH1    0  -0.338   1.6020   1.0359   0.5528
 Q06  N    N  NH2    0  -0.814   2.3089   2.2241   0.0342
 Q06  C1   C  CH2    0  -0.409   0.1429   1.1347   0.1233
 Q06  C2   C  CH2    0  -0.405  -0.8066   0.1269   0.7592
 Q06  C3   C  CH1    0  -0.222  -2.2698   0.3931   0.4327
 Q06  C7   C  CH2    0  -0.431  -3.2409  -0.6112   1.0700
 Q06  C6   C  CH2    0  -0.444  -4.5100  -0.6006   0.1899
 Q06  C5   C  CH2    0  -0.447  -4.1619   0.2718  -1.0318
 Q06  C4   C  CH2    0  -0.427  -2.6358   0.3213  -1.0496
 Q06  H4   H  HCH1   0   0.165   1.6319   1.1043   1.6507
 Q06  H5   H  HNH2   0   0.318   3.2930   2.0868   0.2417
 Q06  H6   H  HNH2   0   0.311   2.2728   2.1603  -0.9792
 Q06  H8   H  HCH2   0   0.180  -0.2148   2.1478   0.3525
 Q06  H9   H  HCH2   0   0.209  -0.5352  -0.8825   0.4442
 Q06  H10  H  HCH2   0   0.190  -0.6765   0.1452   1.8478
 Q06  H11  H  HCH1   0   0.200  -2.5310   1.3989   0.7905
 Q06  H12  H  HCH2   0   0.212  -2.7849  -1.6057   1.0651
 Q06  H13  H  HCH2   0   0.222  -3.4509  -0.3698   2.1137
 Q06  H14  H  HCH2   0   0.220  -4.7725  -1.6137  -0.1194
 Q06  H15  H  HCH2   0   0.222  -5.3765  -0.2084   0.7247
 Q06  H16  H  HCH2   0   0.224  -4.5924  -0.1089  -1.9592
 Q06  H17  H  HCH2   0   0.215  -4.5508   1.2843  -0.8936
 Q06  H18  H  HCH2   0   0.225  -2.2461   1.1574  -1.6332
 Q06  H19  H  HCH2   0   0.204  -2.2243  -0.5986  -1.4821
 Q06  H2   H  HCH2   0   0.195   0.0934   1.0359  -0.9670

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 Q06  O2  P    deloc   1.542  0.020  1.542
 Q06  P   O    deloc   1.538  0.020  1.538
 Q06  P   O1   deloc   1.537  0.020  1.537
 Q06  P   C    single  1.868  0.020  1.868
 Q06  C   N    single  1.477  0.020  1.477
 Q06  C   C1   single  1.524  0.020  1.524
 Q06  C1  C2   single  1.524  0.020  1.524
 Q06  C2  C3   single  1.523  0.020  1.523
 Q06  C3  C7   single  1.535  0.020  1.535
 Q06  C3  C4   single  1.528  0.020  1.528
 Q06  C7  C6   single  1.544  0.020  1.544
 Q06  C6  C5   single  1.541  0.020  1.541
 Q06  C5  C4   single  1.527  0.020  1.527
 Q06  C   H4   single  0.970  0.020  1.090
 Q06  N   H5   single  0.890  0.020  1.040
 Q06  N   H6   single  0.890  0.020  1.040
 Q06  C1  H8   single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C2  H9   single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C2  H10  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C3  H11  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C7  H12  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C7  H13  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C6  H14  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C6  H15  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C5  H16  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C5  H17  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C4  H18  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C4  H19  single  0.970  0.020  1.090
 Q06  C1  H2   single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 Q06  C    P   O1   107.71  3.000
 Q06  C    P   O    104.89  3.000
 Q06  O1   P   O    113.87  3.000
 Q06  C    P   O2   103.36  3.000
 Q06  O1   P   O2   112.77  3.000
 Q06  O    P   O2   113.19  3.000
 Q06  H4   C   C1   107.64  3.000
 Q06  H4   C   N    106.70  3.000
 Q06  C1   C   N    107.89  3.000
 Q06  H4   C   P    108.25  3.000
 Q06  C1   C   P    115.25  3.000
 Q06  N    C   P    110.74  3.000
 Q06  H6   N   H5   103.29  3.000
 Q06  H6   N   C    106.43  3.000
 Q06  H5   N   C    106.47  3.000
 Q06  H2   C1  H8   106.02  3.000
 Q06  H2   C1  C2   109.11  3.000
 Q06  H8   C1  C2   108.66  3.000
 Q06  H2   C1  C    108.52  3.000
 Q06  H8   C1  C    108.23  3.000
 Q06  C2   C1  C    115.85  3.000
 Q06  H10  C2  H9   105.80  3.000
 Q06  H10  C2  C3   108.91  3.000
 Q06  H9   C2  C3   109.80  3.000
 Q06  H10  C2  C1   109.23  3.000
 Q06  H9   C2  C1   109.65  3.000
 Q06  C3   C2  C1   113.19  3.000
 Q06  H11  C3  C4   107.57  3.000
 Q06  H11  C3  C7   108.25  3.000
 Q06  C4   C3  C7   102.73  3.000
 Q06  H11  C3  C2   108.57  3.000
 Q06  C4   C3  C2   115.46  3.000
 Q06  C7   C3  C2   113.85  3.000
 Q06  H13  C7  H12  106.59  3.000
 Q06  H13  C7  C6   112.66  3.000
 Q06  H12  C7  C6   110.25  3.000
 Q06  H13  C7  C3   111.95  3.000
 Q06  H12  C7  C3   109.21  3.000
 Q06  C6   C7  C3   106.18  3.000
 Q06  H15  C6  H14  106.35  3.000
 Q06  H15  C6  C5   111.37  3.000
 Q06  H14  C6  C5   110.81  3.000
 Q06  H15  C6  C7   112.07  3.000
 Q06  H14  C6  C7   110.66  3.000
 Q06  C5   C6  C7   105.67  3.000
 Q06  H17  C5  H16  106.87  3.000
 Q06  H17  C5  C4   109.09  3.000
 Q06  H16  C5  C4   113.31  3.000
 Q06  H17  C5  C6   110.10  3.000
 Q06  H16  C5  C6   112.78  3.000
 Q06  C4   C5  C6   104.68  3.000
 Q06  H19  C4  H18  107.32  3.000
 Q06  H19  C4  C5   110.63  3.000
 Q06  H18  C4  C5   112.82  3.000
 Q06  H19  C4  C3   109.39  3.000
 Q06  H18  C4  C3   113.39  3.000
 Q06  C5   C4  C3   103.27  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 Q06  Var_01  C5  C6  C7  C3    7.20  30.0  1
 Q06  Var_02  C4  C5  C6  C7   18.60  30.0  1
 Q06  Var_03  C3  C2  C1  C   172.42  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 Q06  chir_01  C   P   N   C1  negativ
 Q06  chir_02  C3  C2  C7  C4  positiv

